E Lecture 05

Question 1

Problem mikrobiol. Artkonzept

Answer 1

16s RNA ähnlichkeit garantiert nicht neue Spezies: DNA-DNA hybridisierung

=> unterschätzung der diversität auf Ebene der 16sRNA

Question 2

FISH

Answer 2

fluoreszenzmarkierte Oligonukleotide
=> spezifität, sonden fârben nur eine Spezies
16sRNA in Ribosomen

Question 3

Durchflusszytometrie

Answer 3

Tröpfchen mit je einem Bakterium durch Laser nach Farbe sortieren

Question 4

Full cycle rRNA approach

Answer 4

Environmental Sample => 16s rDNA => Library => 16s rDNA sequences => phylogeny => probes

Question 5

16s RNA

Answer 5

instabiler als DNA

Question 6

Metagenom

Answer 6

Gesamte DNA in einer Umweltprobe

Question 7

Evolution bakterieller Genome

Answer 7

In “Quantensprüngen”

Question 8

Relative Häufigkeit funktioneller Gene

Answer 8

In kleinen Genomen translation und replikation priorisiert

In grösseren Genomen regulation und spezialfunktionen TFs und so

Question 9

Core genome

Answer 9

Die gene die konserviert sind in einer spezies
“Hauskeeping” genes

Question 10

Accessory genome

Answer 10

Vorteil, aber nicht grundsätzliche Funktion
=> Adaption an Habitat

Question 11

ANI

Answer 11

average nucleotide identities

=> sequenzbasiert
=> core gene vergleichen: ähnlichkeit vergleichen

gleiche spezies bei > 96%

Stimmt nicht mit 16sRNA überein

Question 12

Acquisition and loss of genetic material

Answer 12

Loss z.B. in Symbiosen => organellen

Aufnahme aus umgb. Oder organismen oder GDIs (inseln?)

Rearrangements

Question 13

Vertikaler und Horizontaler Gentransfer

Answer 13

Vertikal:
Zellteilung

Horizontal:
Transformation, Transduktion, Konjugation

Question 14

Pathogenitätsinseln und chromosomen inseln

Answer 14

In nähe von essentiellen, konservierten Genen => tRNA

Question 15

Pathogene E coli

Answer 15

Pathogenitätsinseln, kommen in K12 E coli nicht vor

Question 16

GC gehalt

Answer 16

In kürzlich erworbenen Inseln stark abweichend von konstantem core genom GC Gehalt

Question 17

Purifying selection

Answer 17

Loss of costly, unnecessary functions

Question 18

Genetic drift

Answer 18

Stark in kleiner population
=> vierlieren von Diversität

Question 19

Blattläuse

Answer 19

Intracelluläre Bacteriocyten => stark reduziert => produzieren Aminosäuren => Tryptophanproduktion energetisch aufwändig

Question 20

Symbiose

Answer 20

=> degeneration zu organell

Question 21

Burkholderia mallei

Answer 21

Rotz
=> Wirtsspezifität durch genomreduktion

Question 22

Burkholderia pseudomallei

Answer 22

Pathogene in Lungen von Menschen
Lange Latenzzeit

=> Melioidosis (Biowaffen)

=> lange Zeit Antibiotika

Question 23

Burkholderia gladioli

Answer 23

Pflanzen => Befällt Reis

Question 24

Burkholderien

Answer 24

Bongkrekic acid

Question 25

Cystic fibrosis

Answer 25

Coinfektion mit Burkholderia cepacia und P. aeruginosa Bisher niemand überlebt

Question 26

B. cepacia

Answer 26

Detrimental for CF patients Aber Biokontrollmittel weil beneficial für Pflanzen

Question 27

Biofilm

Answer 27

Slime cities of bacteria Matten Bevorzugte Lebensform

Question 28

Clinically relevant biofilms

Answer 28

Caries Herzklappen- & Mittelohrentzündung Muskelhäutchen Prostata, urinary CF Implantate

Question 29

Problem Biofilme

Answer 29

Grössere Antibiotikaresistenz

Question 30

Biofilmstruktur

Answer 30

Exzessive Produktion von EZM, Proteine und DNA

Question 31

Gilden

Answer 31

Metabolisch verwandte Populationen

Question 32

Gilde 1, 2, 3 & 4

Answer 32

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