eiwitten & enzymen Flashcards
(87 cards)
1
Q
verschil chemische reactie en fysisch proces
A
chemische reactie : bindingen verschuiven
fysisch proces : bindingen verschuiven niet, toestand wel (bv water koken)
2
Q
entropie
A
maat voor diffusie van energie
3
Q
gevolg positieve delta G
A
proces verloopt niet (vergelijkbaar endotherm)
4
Q
gevolg negatief delta G
A
proces verloopt spontaan (vergelijkbaar exotherm)
5
Q
gevolg nul delta G
A
evenwicht
6
Q
cofactor
A
anorganisch (bv metaalion)
organisch (co-enzym/prostetische groep)
7
Q
co-enzym
A
niet-eiwit molecuul, vaak complex, betrokken bij de binding van substraat of bij katalyse. Neemt deel aan de reactie
8
Q
apo-enzym
A
enzym zonder cofactor (die het wel nodig heeft)
9
Q
holo-enzym
A
cofactor + apo-enzym
10
Q
prostetische groep
A
type organische cofactor, wordt niet in de reactie verbruikt en laat niet los
11
Q
proteases
A
kunnen peptidebindingen in eiwitten verbreken
12
Q
beta-sheet
A
bestaat uit minstens 2 beta-strands
kan parallel (zelfde richting) of anti-parallel (niet zelfde richting) zijn
13
Q
alpha-helix
A
gevormd door waterstofbruggen die aminozuren met elkaar verbinden (elke 3,6 aminozuren). tussen C=O en NH
14
Q
wat zegt primaire eiwitstructuur
A
welke aminozuren er zijn
15
Q
wat zegt secundaire eiwitstructuur
A
welke interacties er tussen aminozuren zitten (H-bruggen, S-bruggen)
16
Q
wat zegt tertiaire eiwitstructuur
A
welke interacties tussen secundaire structuren (bv homeodomeinen)
17
Q
wat zegt quaternaire eiwitstructuur
A
welke interacties er zijn tussen eiwitten. bestaat uit minstens 2 eiwit sub-units (multi-sub-eiwitten)
18
Q
allosterie
A
regulatie van activiteit/functie van een eiwit door moleculen die binden aan het eiwit op een plek die niet het actieve centrum is
19
Q
hydrofiele aminozuren
A
- asparagine
- glutamine
- serine
- threonine
- tyrosine
20
Q
hydrofobe aminozuren
A
- alanine
- glycine
- valine
- leucine
- isoleucine
- proline
- fenylalanine
- methionine
- tryptofaan
- cysteine
21
Q
positief geladen aminozuren
A
- arginine
- lysine
- histidine
22
Q
negatief geladen aminozuren
A
- glutaminezuur
- asparaginezuur
23
Q
ongeladen aminozuren
A
- asparagine
- glutamine
- serine
- threonine
- tyrosine
24
Q
aromatische aminozuren
A
-fenylalanine
- tyrosine
- tryptofaan
25
zure aminozuren
- asparaginezuur
- glutaminezuur
26
basische aminozuren
- histidine
- lysine
- arginine
27
(uit) wat is myoglobine
- 1 subunit
- opslag O2 in weefsel/spieren
- opgebouwd uit a-helixen
- bevat prosthetische groep (heem (met ijzeratoom in het midden)) in hydrofobe groef
28
hoe bindt het zuurstof atoom aan het ijzer atoom
op de 6e positie van Fe2+
29
hoe werkt allosterische regulatie van enzymen
allosterische enzymen worden vaak geremd door hun eindproduct (kan verder op in de keten zitten)
30
wetten van thermodynamica
1. energie gaat niet verloren en kan niet uit niets ontstaan
2. processen kunnen alleen verlopen als mate van chaos toeneemt (entropie)
31
natieve structuur
eiwitten in conformatie met een zo laag mogelijke energie toestand
32
amfipatisch
Binnenkant eiwit bevat niet-polaire aminozuren (hydrofoob).
Buitenkant eiwit bevat aminozuren met geladen of polaire zijgroepen (hydrofiel)
33
katalyse door chymotrypsine
1. acylering (covalente binding van enzym met 1 vd producten (substraat wordt geknipt))
2. deacylering (losmaken enzym-product door toevoeging water)
34
hoe werkt het oxyanion holte
negatief geladen zuurstof atoom wordt beschermd/gestabiliseerd door waterstofatomen
35
hoe werkt serine proteasen
- OH groep die werkt als nucleofiel
- verschillende specifiteiten
36
X-ray crystallografie (röntgendiffractie)
3D structuur van eiwitten achterhalen door kristalisatie en vertrooing van straling
37
Nucleair mechanic resonance (NMR)
verschillende conformaties in oplossing, je ziet alle tussenvormen door variërend magnetisch veld
38
nuclear overhauser effect (NOE)
- protonen dicht bij elkaar geven energie aan elkaar door
- meet chemical shift na pulse, als het buiten de diagonaal ligt, liggen ze dicht bij elkaar
39
cryo-EM
geschikt voor grote eiwit-complexen. van duizenden foto's wordt de structuur berekend
40
wat kan post-translationele modificaties beïnvloeden
tertiar en quaternaire 3D structuur (e.g. fosforylatie)
41
myoglobine
- 1 subunit
- opslag O2 in spieren/weefsel
42
hemoglobine
- 4 subunits (a2b2)
- transport O2 van longen naar weefsel
43
bindingen op ijzer (ii) van de heemgroep
1 tm 4 : vier stikstofatomen van protoporfyrine
5 : proximale histidine
6: zuurstof
44
gevolg binding zuurstof aan ijzeratoom
trekt ijzeratoom (die ook gebonden is aan prox his) in het vlak van de porphyrine groep
45
coöperatieve O2 binding
snelle verzadiging met O2 in hoog-O2 omgeving en snelle afgifte van O2 in laag-O2 omgeving (affiniteit voor O2 is afhankelijk van zuurstofspanning)
46
gevolg binding zuurstof aan heemgroep
(voorkeur quaternaire structuur veranderd) positie prox his veranderd -> conformatieverandering reeks o.a. a helix -> zoutbruggen verbreken -> subunits draaien
47
2,3-BisPhosphoglyceraat
molecuul in rode bloedcellen dat T-state stabiliseert(het blijft langer in T-state) (T-state is instabiel, laat makkelijker O2 los)
48
hoe verlaagt 2,3BPG affiniteit voor O2
2,3-BPG bindt in centrum van tetrameer(alleen in T-vorm)
2,3-BPG is afwezig in foetus
49
bohr effect
CO2 en H+ verlagen de affiniteit van hemoglobine voor zuurstof
zoutbruggen stabiliseren T-state (aanwezig bij lage pH/hoge CO2 conc.)
50
commited step
als deze stap is uitgevoerd lopen de volgende reacties vrijwel ongereguleerd door
51
factoren die efficiëntie van zuurstoftransport beïnvloeden
- zuurstofspanning (lager is meer afgifte)
- concentratie CO2, H+ (hoger is meer afgifte)
- pH (lager is meer afgifte)
- in R- of T-state (T-state is meer afgifte)
52
hoe ontstaat sikkelcelanemie
mutatie Glu -> Val aan buitenkant b-keten -> deoxy-HbS polymeren (samenklontering)
53
capaciteit van een enzym
max hoeveelheid substraat dat omgezet wordt per tijdseenheid (i.e. Vmax)
54
werkingssnelheid van enzym
bij welke substraat concentratie je de half-maximale snelheid bereikt (i.e. Km)
55
afleiding Lineweaver-Burk vergelijking
- best fit door een curve
1/V0=Vmax ([S]/[S]+Km) ->> 1/V0=1/Vmax+Km/Vmax*1/[S] aka y=b+ax
helling is a, afsnede is b oftewel 1/Vmax
56
reversibele enzymremmers
- competitive inhibitor
- uncompetitive inhibitor
- noncempetitive inhibitor
57
competitieve remmers
- competitie met substraat voor active site (ES vormt moeilijker)
- tegenwerken door meer substraat toevoegen
- Km wordt groter
- Vmax blijft gelijk
58
noncompetitieve remmers
- bindt ergens anders dan actieve site op enzym, zorgt voor conformatieverandering
- Km blijft gelijk
- Vmax wordt lager
59
uncompetitieve remmers
- remmer bindt aan gevormd ES-complek (vertraagt vorming E+P)
- Km wordt kleiner
-Vmax wordt lager
60
irreversibele enzymremmers
laten het enzym niet/nauwelijks los. lijkt meest op noncompetitieve remmers (je raakt het enzym kwijt)
61
hoe reguleer je enzym activiteit
- door proteolyse (een deel van enzym moet geknipt worden voordat het actief wordt)
- post-translationele modificaties (e.g. belemmering active site)
- eiwit-eiwit interacties (e.g. reguletoire subunits)
62
verschil allosterisch en MM enzym
allosterisch : voeren een commited step uit, S-cruve, regulatie komt meestal door eindproduct en quaternaire structuur verandereing
63
Michaelis-Menten vergelijking
V0=Vmax ([S]/[S]+Km)
64
afleiding van Michaelis-Menten vergelijking
P is afhankelijk van k1 (ES complex) k-1 (terug naar substraat) en k2(product)
k1 [E][S]=(k-1+k2)[ES]
[ES] links en breuk weghalen en [ES] buiten haken halen
65
Km , (k-1 + k2) / k1
[S] (substraat) waarde waarbij V0=1/2Vmax
66
3 type manieren om eiwitten te onderzoeken
- analystisch (bekijken) (kwali- en kwantitatief)
- preperatief (hebben) (opzuiveren actief eiwit)
- detectie
67
analystische onderzoekstechnieken (eiwitscheiding)
- gel-elektroforese
- SDS-PAGE
- Iso-electric focussing (IEF)
- 2D elektroforese
68
gel-elektroforese
- scheiding op lading en vorm/grootte door een zeef
- makkelijk te maken en te varieren
69
SDS-PAGE
- scheidt op grootte
- denatureert eiwitten (ontvouwt, dus inactief en uniform negatief)
- porie grootte aan te passen
- eiwitten kunnen aangekleurd worden
70
iso-electric focussing (IEF)
- gel met pH-gradient
- op iso-elektrisch punt is de netto lading nul
- ene kant heeft lage pH, andere hoog, eiwitten worden afhankelijk van hun punt naar een kant getrokken)
71
2D elektroforese
eerst/1e dimensie : IEF
tweede dimensie : SDS-PAGE
72
preperatieve onderzoekstechnieken
- doel : zo hoog mogelijke activiteit krijgen met zo min mogelijk verschillende eiwitten
- dialyse
- gel-filtratie/ionenwisselaar
- (ultra) centrifugatie
- gradiëntcentrifugatie
- antilichamen
- affiniteits-chromatografie/immuno-precipitatie
73
dialyse (membraan)
- eiwit scheiden van veel kleinere moleculen, NIET eiwit scheiden van eiwit
- principe : semi-permeabele membraan, berust op grootte
74
gel-filtratie
- principe : kleinere eiwitten passen in gaten van poreuze gel-bolletjes, grote eiwitten niet. kleine eiwitten nemen een andere weg
75
ionenwisselaar
- alternatief van gel-filtratie
- principe : lading/pi van eiwit bepaalt bindingssterkte aan geladen bolletjes/pH buffer
- er vindt tussendoor elutie plaats
- kationwisselaar bindt kation, anionwisselaar anionen
76
(ultra)centrifugatie
- afhankelijk van dichtheid deeltje en oplossing
77
manieren voor stukmaken weefsel of cellen
- homogenaat (mechanisch kapotgemaakt, organellen en enzym activiteit blijven intact)
- lysaat (membraan lek maken met oplosmiddelen, vaak denaturatie)
78
eiwitzuivering mbv gradiëntcentrifugatie
buisje verschilt in dichtheid door menging vloeistof, centrifugeren van sample laat de eiwitten erin zakken naar plek in buis met gelijkwaardige dichtheid
79
antilichamen (Ab)
- primair antilichaam (herkent specifiek eiwit, op te wekken door dier)
- secundair antilichaam (herkent primair antilichaam)
80
antigen
e.g. eiwit
81
epitoop
het deel van het eiwit dat herkent wordt
82
polyclonaal vs monoclonaal antilichaam
polyclonaal : mix van antilichamen die meerdere epitopen van hetzelfde antigen herkennen
monoclonaal : zuiver antilichaam, herkent alleen 1 epitoop
83
affiniteits-chromatografie
antilichamen +buffer in kolom waarbij je eiwit mengsel aan toevoegt, ‘filtraat’ opvangen, kolom wassen, opvangen, elueren, opvangen
84
immuno-precipitatie
-variant affiniteits-chromatografie
- eiwit in oplossing waaraan antilichamen worden toegevoegd, na centrifugeren verwijder je het supernatant
85
detectie onderzoekstechnieken
- algemeen (kleurstoffen)
- specifiek (activiteits-test met enzymen, antilichamen met detectie-groep)
- western blot
86
algemeen principe eiwit-detectie met antilichamen
1. eiwitmengsel vastmaken op drager, primair antilichaam toevoegen, secundair antilichaam toevoegen
2. zuiver antilichaam vastmaken aan drager, eiwitmengsel erbij, secundair antilichaam erbij
3. zuiver eiwit vastmaken op drager, antilichaam mengsel erbij, secundair antilichaam
87
western-blot
vaak voorafgegaan door SDS-PAGE
- eerst gescheiden door SDS-PAGE, daarna antistof kleuring (met primair en secundaire Ab)
