Épitranscriptomique Flashcards
Quel concept réfère à toutes les modifications chimiques sur les ARN dans une cellule?
Épitranscriptomique
Qu’est-ce que l’épigénétique?
L’épigénétique décrit les changements réversibles, transmissibles et adaptatifs du génome qui n’impliquent pas de changement dans la séquence nuclotidique.
Quels sont les types de modifications des histones?
Acétylation Méthylation Phosphorylation Ubiquitination \+++
Quels sont les régulateurs épigénétiques?
Writer : Acétyltransférase, méthyltransférase, kinases
Eraser : Déacétylases, deméthylases, phosphatases
Reader : Proteins avec des bromo-domaines, chromo-domaines
Qu’est-ce que l’épitranscriptomique?
L’épitranscriptomique implique tous les changements réversibles du transcriptome qui n’impliquent pas un changement dans la séquence ribonucléotidique.
Quels nucléosides sont les purines?
Quels nucléosides sont les pyrimidines?
Purine : Adénosine et Guanosine
Pyrimidine : Cytidine et Uridine
Nommez les modifications d’ARN les plus conservés
m6A m1A m7G m5C m2,2G hm5C ac4C pseudouridine
Quels sont les étapes du Dot blotting?
1-ARN sur membrane
2-Ajout d’un anticorps
3-Signal
Quels sont les avantages et limitations du Dot Blotting?
\+ Pas cher \+ Haute sélectivité \+ Addition de contrôles - Fort de bruit de fond observé - Pas de résolution - Identification des modifications limitées (Pas de localisation)
Quelles sont les étapes du RIP-Seq?
1-Fragmentation 2-Anticorps reconnait 3-Immunoprécipitation 4-Librairie en préparation 5-Élution 6-Séquencage
Quels sont les avantages et limitations du RIP-Seq?
+ Haute séléctivité
+ Taux de faux positifs bas
+ Localisation
- Résolution de pic
- Fiabilité des anticorps peut être un problème
- Application pour de nouvelles modifications
Quelles sont les étapes de la digestion avec l’enzyme MazF?
L’endoribonucléase MazF est sensible à la modification m6A et clive les séquences ACA, mais pas les séquences m6ACA.
L’oligonucléotide a un fluorophore 6-FAM à l’extrémité 5’ et un extincteur BHQ1 à l’extrémité 3’.
Le clivage MazF entraine une augmentation du signal de fluorescence due à la séparation du fluorophore et de l’extincteur.
Quelles sont les limitations de la digestion avec l’enzyme MazF?
- Limitée à un type d’expériences spécifiques
- MazF sensible à m1A mais ne convient pas pour distinguer la position de méthylation
- MazF ne clive pas les ARN double brin = pas de détection dans un ARN structuré
Quelles sont les étapes pour la technique Mismatch error signature?
1-Traitement avec modification 2-Reverse transcription 3-Reverse transcription erreur 4-Librairie 5-Séquencage 6-Mismatch démontre une ligne qui représente une modification d'ARN
Quels sont les avantages et limitations avec la technique de Mismatch error signature?
+ Résolution au nucléotide près
- Limité aux modifications qui produisent cette signature mismatch
- Requiert une forte couverture
- Limité aux ARNs fortement exprimés
Quelles sont les étapes du Chem-Seq?
Traitement chimique
Reverse transcription
Reverse transcriptase s’arrête lors d’une modification
Quels sont les avantages et limitations du Chem-Seq?
+ Résolution au nucléotide près
- Haut taux de faux positifs du au drop-off de la RT
- Application a d’autres modifications
Quels sont les avantages et limitations au séquencage Nanopore?
+ Résolution au nucléotide près
+ Quantitative
- Limité à des modifications prédéfinies
*Signal pour chaque base
Quelles sont les étapes du séquencage Nanopore?
Extrait d’ARN polyA
Adaptateur lié
Reverse transcriptase
Adaptateur moteur lié
Quel type d’ARN est le plus modifié?
ARNt
À quoi servent les modifications de l’ARNt?
Les modifications de l’ARNt jouent un rôle crucial dans le maintien de l’efficacité de la traduction et les intéractions anticodon-codon.
À quelle position se trouve la pseudouridine dans les ARNt?
Position 55
Vrai ou faux
La position des modifications sur les ARNm sont aléatoires?
Faux, souvent à la même position
Quelles sont les molécules Writers et Erasers dans la régulation de la modification m6A?
Writers : KIAA1429, METTL3, METTL14, WTAP
Erasers : FTO ou ALKBH5
