Exam 1 Flashcards
(262 cards)
1
Q
Rôles des microorganismes dans l’environnement
A
- MO d’eau douce et marins base la chaîne alimentaire dans l’eau
- dégradation des déchets et transformation de la matière organique animale et végétale dans le sol
- Fixation et transformation de l’azote de l’air
2
Q
TAB en microbio - logistique
A
- Réception des spécimens bio
- Ensemencement
- ID culture (si lieu) par test d’identification/coloration de Gram et un antibiogramme
3
Q
Les 4 secteurs de microbio
A
- Bactériologie
- Virologie
- Mycologie
- Parasitologie
4
Q
5 règnes du règne vivant
A
- animal (parasite = helminthe/vers)
- végétal
- protiste (parasite = protozoaires)
- mycetes (moisi + levures)
- monères (bactéries)
5
Q
v ou F. Les vers sont des microorganismes
A
f. même s’ils s’ont identifiés en labo de microbio
Les vers (comme les helminthes : nématodes, cestodes, trématodes) sont des organismes multicellulaires macroscopiques, donc pas des micro-organismes.
Leurs œufs et larves peuvent être microscopiques et observés au microscope, notamment en parasitologie.
6
Q
Classification des MO des 5 règnes du vivant - 3 critères de diversité
A
- Type cell : Procaryote (no noyau) / Euccaryote (noyau)
- Organisation cellulaire : uni-pluricellulaire
- Processus nutritionnel : auto (CO2) / hétérotrophe (subs orga)
7
Q
Les 3 critères de diversité des Helminthes (+ quel règne ?)
A
- (vers)
- pluricellulaire
- eucaryote
- hétérotrophe
Note : pas des MO car Macro organisme ! et font partie du règne animal
8
Q
Les 3 critères de diversité des protistes (+ leur particularité)
A
- eucaryote
- unicell (majorité)
- hétéro
*** protozoaires (mobile, absence de paroi cell rigide donc plutôt membrane plasmique, reproduction sexuée ou asexuée complexe)
9
Q
Les 3 critères de diversité des Mycètes (+ particularité)
A
- eucaryote
- unicell (levure)
- pluri (moisi)
- hétéro
- chitine
10
Q
Les 3 critères de diversité des Monère (bactéries) (+ particularité)
A
- procaryote
- unicell
- hétéro
- paroi cellulaire de peptidoglycanes
11
Q
V ou F. Tous les MO eucaryote ont une paroi cellulaire
A
Faux :
Mycètes = paroi oui mais avec chitine
Protozoaires = aucune
Helminthe = aucune
P.-S. Bactéries ont paroi de peptidoglycanes (sauf bactérie mycoplasma qui n’a pas de paroi)
12
Q
v ou f. les cellules procaryotes possèdent des mitochondries
A
non (pense à la mitochondrie qui, par évolution, était à la base elle-même une cellule procaryote)
13
Q
Paroi bactérienne, composition
A
- Paroi semi rigide
- Composée principalement de peptidoglycane*
- Chaînes de disaccharides (NAM et NAG) reliées par des polypeptides
14
Q
V ou F. La cellule procaryote n’a pas de noyau mais possède autant de chromosome que la cellule eucaryote
A
F. procaryote possède 1 seul chrs (mais bcp de ribosomes vs ses autres organites)
- chrs circulaire, sans histone, parfois présence de plasmides
15
Q
Fonctions de la paroi bactérienne
A
- donne forme bactéries (cocci/bacille)
- protège contre chocs osmotiques (hypo/hyper)
- sites d’action de certains antibiotiques
- site de fixation pour les bactériophages
- structure antigénique (Ag somatique O)
- différenciation des bactéries par la coloration de Gram
16
Q
L’antigène O, c’est quoi ? quelle est son utilité ?
A
L’antigène O est une partie du lipopolysaccharide (LPS), qui est un composant majeur de la membrane externe des bactéries Gram négatif.
Il joue un rôle dans la réponse immunitaire, la classification bactérienne, et la virulence, en permettant à certaines bactéries d’échapper aux défenses de l’hôte.
17
Q
Différence entre coloration de Gram des bactéries
A
Gram (violet (+)
donc plus épaisse et contient moins de lipides (1-3%)
acide téichoïque en surface
—> ne décolore pas avec l’alcool acétone (ça ne la rend pas plus perméable)
Rose (-)
—> décolorée, car paroi a plus de lipides (11-22%) et plus mince (l’alcool acétone fait «fondre les lipides» donc le colorant s’échappe de la paroi car elle est rendue perméable et donc la safranine aussi peut pénétrer après la décoloration),
aucun acides teichoiques
Lipopolysaccharides en surface
18
Q
V ou F. Les virus font partie du règne vivant
A
NON, ils sont des parasites intracellulaires obligatoires et ne se PROLIFÈRE pas eux-mêmes, donc acaryote
- impossible de cultiver (microscope only)
- possède ADN ou ARN
19
Q
Structures présentes chez certaines bactéries (5)
A
- Capsule
- Plasmide
- Flagelle
- Pili ou fimbriae
- Pilus sexuel
20
Q
Quels sont les facteurs de virulence ?
A
- Facteurs d’adhésion (ex. fimbriae)
- Facteurs d’évasion du système immunitaire (ex. capsule empeche phago)
- Facteurs d’invasion (ex protéines pour pénétrer)
- Toxines (ex. paralysie, diarrhée)
- Facteurs de résistance antibio
21
Q
La capsule, c’est quoi ? Et sa fonction ?
A
Enveloppe qui entoure la paroi de certaines bactéries et levures
Formée de polysaccharides
- Protège contre la phagocytose
- Facteur de virulence
- Structure antigénique (antigène K)
22
Q
Différences entre les antigènes bactériens
A
Antigène H → Protéine flagellaire (présente chez les bactéries mobiles).
Antigène K → Associé à la capsule bactérienne (protection contre la phagocytose).
Antigène O → Partie du LPS des Gram négatif (rôle dans la reconnaissance immunitaire et la virulence).
23
Q
Les plasmides
A
- Petite Molécule d’ADN INDÉPENDANT du génome/chrs bactérien (fragment à part dans la bactérie)
- Réplication autonome
- Possible 1 ou n copies
- Contient des gènes = résistance aux antibiotiques
- Contient des gènes = some toxines
24
Q
Les flagelles
A
- mobilité
- Longs filaments (flagellines)
- Attachés à paroi cellulaire
- Structures antigéniques (AntigènesH)
- Facteur de virulence
25
La disposition des flagelles
- Monotriche
- Lophotriche
- Amphitriche
- Péritriche
26
Les pili ou fimbriae
- Permet adhérence aux cellules / muqueuses etc, via filaments rigides (pilines)
- chez les Gram (-)
- Facteur de virulence !
27
Le pili sexuel
- Permet échange de plasmides par Conjugaison (voir aussi les 2 autres façons d'échanger matériel génétique)
28
Les bactéries peuvent s’échanger du matériel génétique selon 3 mécanismes
1- Conjugaison
2- Transformation
3- Transduction
29
1- Conjugaison
Échange de plasmides entre bactéries AVEC contact via le pilus sexuel (hétérosexuel de donneur à receveur via pont de conjugaison, ex gène de résistance antibio)
30
2- Transformation
Transfert de gènes entre une bactérie donneuse et une bactérie receveuse SANS contact (fragment ADN d'une cellule morte --> cell recombinée)
31
3- Transduction
Échange de matériel génétique entre une bactérie donneuse et une bactérie receveuse SANS contact via bactériophage (introduit)
32
Granulations métachromatiques, c'est quoi ? Quelle fonction ?
* Inclusions présentes à l’intérieur de la cellule bactérienne (corynbacterium diphtheria et mycobacterium sp)
* Réserve de phosphate inorganique
* Utilisée par la bactérie lorsque le milieu s’appauvrit
33
Concrètement en microbio, quelle utilité pour nous des granulations métachromatiques ? et ça nécessite quelle procédure pour les identifier ?
* Critère d’identification pour le genre Corynebacterium et mycobacterium
* Nécessite une coloration spéciale: Coloration d’Albert
✔ Tous les Corynebacterium en produisent
✔ Chez les autres genres, c’est variable selon l’espèce et les conditions de culture.
34
Coloration d’Albert, principe
Détection des granulations métachromatiques
Avec la coloration d’Albert, ces granules apparaissent en vert foncé ou noir, tandis que le reste de la bactérie est coloré en vert clair, ce qui permet de bien les voir au microscope.
35
Nommer 3 techniques utilisées pour détecter des levures
calcofluor (fluo blanc chitine levure)
gram (bleu, + grosse que bgp)
État frais/frottis
36
Nommer 2 colorations utilisées pour détecter Mycobacterium tuberculosis
Auramine-rhodamine
Ziehl-Neelsen
37
Vous devez détecter la présence de microorganismes dans un liquide pleural prélevé chez un patient qui souffre d’une pneumonie. Nommer 2 colorations utilisées pour la mise en évidence de microorganismes
- Gram
- Acridine-orange pour détecter cellules biologiques
sinon aussi ziehl-Neelsen ?
38
Endospores, pourquoi, comment la bactérie passe d'un état è l'autre
--> Résistance (mode survie)
Milieu défavorable = sporulation (spores) très difficiles à détruire (chaleur, dessication ou prod chimiques)
Milieu favorable à nouveau = germination (forme végétative)
39
Les 2 genre bacillus et clostridium ont une capacité spéciale pour être identifiés
sporulation ! Permettant de les identifier !!
40
Morphologie des endospores (revoir un visuel, car doit reconnaitre)
1. La forme: ronde, rectangulaire ou ovale
2. La position: centrale, terminale ou sub-terminale (juste avant le bout de la cellule)
3. La taille: déformante ou non
On peut observer en contraste de phase
41
Chlamydia et les Rickettsies sont comme les virus, pourquoi ?
Parasites intracellulaires obligatoires
(pas de croissance artificiel!) peuvent se reproduire seulement à l'intérieur de cellules
Très petits (0,2 à 0,5μm)
42
Quelle est la particularité des Mycoplasma
* Bactérie sans paroi cellulaire
* Croissance sur milieu artificiel
* Petite taille (0,2à0,5μm)
* Les colonies sont petites (<1mm)
43
Quelle est 1ere étape ID bactéries ?
- Gram + ou -
- observe la forme générale (ne pas se concentrer sur une zone mais l'ensemble)
44
forme particulière cocobacille
Mix entre cocci et bacille, on voit des cocci et des bacilles dans un même échantillon donc on fait attention !! c'est probable coccibacille
45
Formes particulière de bacilles Gram (-)
- Bacille Gram (-) incurvé
- Bacille Gram (-) fusiforme
- Coccobacilles Gram (-)
46
Disposition des bactéries du genre des cocci Gram (+)
- cocci gram + en chainette
- cocci gram + en amas
- cocci gram + en tétrade
- cocci gram + diplocoques lancéolés
47
Disposition des bactéries: les diplocoques, 2 types
- Diplocoques Gram + lancéolés
- Diplocoques Gram- réniformes
48
Disposition des bactéries: les bacilles, généralité et 1 particularité
bacilles sont le plus souvent sans disposition particulière...sauf pour Corynebacterium: les bactéries se regroupent en palissade !!
*Identifier Corynebacterium seulement si EVIDENT
49
Particularité pour la disposition des cellules de Corynebacterium...
Ces bactéries se regroupent en palissade
50
V ou F. Toutes les bactéries, gram (-) ou (+) peuvent avoir des dispositions particulières
F. Les BGN n’ont jamais de disposition particulière
51
Quelle disposition est impossible de retrouver dans les cocci gram (-) ?
Les cocci Gram négatif sont toujours des diplocoques réniformes; chercher des cellules isolées (ils semblent souvent en amas, ce qui n’existe pas...)
52
Quels MO peut être confondu avec les cocci gram (+) ?
Les LEVURES au GRAM, car ce ne sont pas des bactéries mais seront tjrs colorés en bleu avec Gram.
53
V ou F. Les diplocoqies Gram (+) sont habituellement réniformes
F. Les diplocoques Gram positif sont habituellement lancéolés
54
État frais - utilités pour l'examen au microscope
- La forme de la bactérie (cocci ou bacille)
- La diversité des bactéries présentes dans le spécimen (1 type ou plus)
- La mobilité d’une bactérie
55
Examen direct vs état frais
Cherche levure ou parasite, cherche de quoi de particuler au microscopie ; - La présence de levures ou de parasites à partir de sécrétions ou de selles. Dans ce
cas, il s’agit d’un examen direct.
Généralités = état frais
56
Faire la différence entre bactéries mobiles et mouvement Brownien
État frais : tout bouge, pas de mobilité = mouvement Brownien (tourne/vibre sur place) MAIS si un bacille nage d'une place à une autre = mobilité !!
57
2 façon d'obtenir un état frais de bactéries
- bouillon (dépose une goutte)
- colonie (baton de bois, on pique et on émulsionne dans une gtte de saline sur la lame)
58
Avantages d'un état frais
* Rapidité d’exécution (pas d’étape de coloration)
* Utile si on veut rapidement savoir si c’est un cocci ou un bacille
59
Désavantages d'un état frais
* Risque de contaminer le microscope (décontaminer avec à alcool 70%)
* Doit être lu rapidement (ne pas laisser sécher)
* Arrêter l’observation à l’objectif 40X
* Ne permet pas toujours de bien voir le morphotype (on préfère le Gram, mais ça c'est plus long)
60
C'est quoi une coloration simple
* Un seul colorant
* Pas d’étape de décoloration
61
C'est quoi une coloration différentielle
* Au moins 2 colorants
* Une étape de décoloration
* Permet de distinguer une structure ou un type de bactérie en particulier
Ex. Gram
62
2 types de colorations
simple
différentielle
63
Comment préparer un frottis
- Déposer une partie de l’échantillon sur une lame
- Obtenir une couche mince de l’échantillon
Attention de Bien étendre la goutte
- Les bactéries doivent être isolées
64
frottis À partir de colonies sur gélose
* Déposer une petite goutte de saline sur la lame
* Ajouter une partie de la colonie
* Laisser sécher
65
frottis À partir d’une suspension bactérienne
* Déposer une petite goutte de la suspension sur une lame, ne pas
ajouter de salin
Si c’est écouvillon tu tapote et tu presse pas ni roule le bout ok
66
La fixation du frottis à la flamme, étapes
* Passer la lame 3X dans la flamme
* Une seconde suffit à chaque passage
* Si vous « fixez » trop longtemps, les cellules seront altérées * Le frottis doit être bien sec avant de le fixer
--> permet de conserver la structure cellulaire
67
Coloration de Gram
Sépare les bactéries en 2 groupes
* Gram positif en bleu
* Gram négatif en rouge
Différentielle
1ere step d'ID bactérie
68
Étapes de colorations de Gram
1- La fixation du frottis
2- Le Cristal violet (colorant primaire) colore toutes les bactéries en bleu (30 sec) rince eau distillée
3- Le lugol (mordant) forme un complexe avec le cristal violet (30 sec) rince eau distillée
4- Décoloration à l’alcool-acétone (1 lame à la fois, aussitôt que colorant finit de couler et que devient transparent on rince avec l'eau distillée!! étape critique)
5 - Safranine (contre-colorant)
69
Explique la Décoloration à l’alcool-acétone selon si Gram+ ou Gram -
Gram +
* Déshydratation du peptidoglycane
* Le complexe VC-lugol reste emprisonné dans la cellule
* Les bactéries sont de couleur bleue
Gram –
* Dissolution de la couche externe
* Formation de petits trous dans la mince couche de peptidoglycane
* Le complexe VC-lugol se retire de la cellule
* Les bactéries sont incolores
70
Avantages et inconvénients des acides mycoliques dans la paroi des BAAR
Avantages : Résistance antibiotiques ; désinfectants ; phagocytose ; conditions extrêmes de T/pH ; évasion système immunitaiere
Inconvenient : croissance très lente
71
Quel résultat qu'On peut obtenir avec la safranine ? contre-colorant
Gram –
* Les bactéries sont de couleur rouge-rose
* Pas d’effet sur les Gram + qui sont de couleur bleue
72
Coloration Gram, facteurs qui influencent la coloration
- Âge des bactéries (cultures fraîches 18-24h)
- Séchage du frottis (laisser sécher le frottis avant de colorer)
- Fixation du frottis (passer à la flamme, 3X rapidement)
- Décoloration (une lame à la fois)
- Prise d’antibiotique (en lien avec la paroi bactérienne)
73
Les cocci Gram+ apparaissent en roses. Expliquer pourquoi ?
trop décoloré !
74
La coloration de Ziehl-Neelsen
Coloration différentielle des bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR)
75
Particularités de bactéries de type BAAR
composition de la paroi riche en lipides (acides mycoliques et phospholipides) -- comme une couche de CIRE
Bactéries alcoolo-acido résistantes
76
V ou F. Toutes les bactéries peuvent être colorés au Gram
Faux, ex. les BAAR (bacilles acido-alcoolo-résistants
77
Quel décolorant utilise-t-on dans le Ziehl-Neelsen ? Pourquoi pas l'alcool acétone ?
Pas le même que le Gram mais Ziehl-Neelsen;
L'alcool acétone non --> l'alcool acide !!
- Le colorant primaire est appliqué en chauffant pour permettre la pénétration du colorant dans les lipides (acide mycoliques très hydrophobes) de la paroi des BAAR
- En refroidissant, le colorant reste emprisonné dans la paroi
L'alcool-acide est un décolorant plus fort pour s'assurer de décolorer toutes les autres bactéries non-BAAR
78
Étapes de coloration de Ziehl-Neelsen
1- Fuchsine basique (colorant primaire): en chauffant, le colorant pénètre dans les BAAR qui sont colorés en ROSES
2- Alcool-acide : HCl + éthanol (décoloration) Les BAAR résistent à la décoloration
3- Bleu de méthylène ou vert de malachite (contre-colorant!!) Les autres bactéries sont colorées en vert ou bleu
79
Principe de la coloration à l'encre de chine
Comme à l'état frais mais avec ink ! pour déterminer si capsule ou pas
- Mise en évidence de la capsule (halo clair = CAPSULE, sinon no cap)
- Coloration négative
- L’encre, composée de particules de charbon, est incapable de pénétrer la
capsule
80
Procédure de la coloration à l'encre de Chine
- Mettre une mini goutte d’encre de Chine et une goutte de saline dans laquelle on ajoute une colonie (côte à côte sur la lame - NE PAS MIX avant la lamelle!!!)
- Recouvrir d’une lamelle: le mélange se fait par capillarité
- Observer à 40X
81
Microorganismes capsulés (name 2 by heart)
- Cryptococcus neoformans (levure)
- Streptococcus pneumoniae
Les genres comme Streptococcus, Klebsiella, Neisseria, Haemophilus, Bacillus, Pseudomonas, et Enterococcus comprennent des espèces toujours capsulées
82
La coloration au vert de malachite (Schaeffer-Fulton), principe
- Permet la mise en évidence des endospores
- Coloration différentielle
83
2 Exemples de bactéries sporulées (by heart) suite au vert de malachite :
* Clostridium
* Bacillus
84
Différence concrète entre spores et capsules (coloration et observation)
- Coloration au vert de malachite (Schaffer-Fulton) pour les spores : Les spores apparaissent vertes dans un cytoplasme rouge (safranine) après la coloration de Schaffer-Fulton. Spore = structure interne/externe colorée en vert (avec le reste de la bactérie en rouge).
- Coloration (encre de Chine, Hiss, Maneval, etc.) pour la capsule : La capsule apparaît comme une zone claire/incolore autour de la bactérie colorée en noir, rose ou violet, selon la technique utilisée
85
Différences entre spores et capsules, d'un point de vue de fonction chez la bactérie
Spores : Protection résistante contre des conditions extrêmes (chaleur, sécheresse, désinfectants)
Capsule : Protection contre la phagocytose et l’environnement hostile (polysaccharides/polypep)
86
Procédure de la coloration au vert de malachite dans la coloration Scheaffer-Fulton
1- Vert de malachite (colorant primaire): pénétration dans la spore par chauffage
2- Lavage
- Safranine (contre-colorant) colore la bactérie
87
Comment est-ce possible de colorer les bactéries sporulantes si elles sont imperméables ?
***La paroi des spores est imperméable, mais avec la chaleur, le vert de
malachite peut pénétrer dans les spores
88
Endospores au microscope à contraste de phase et au Gram
meilleur résultat en contraste de phase ou au vert de malachite
car au gram c'est possible mais moins clair selon la prof
89
Coloration à l’aide de molécules fluorescentes, principe
- Permet de mettre en évidence différentes structures à l’aide de (fluorochromes)
- Plus facile à repérer et à interpréter
- Microscope à fluorescence
90
2 types de microscopie à fluorescence
1- Spécifique (avec immunofluorescence)
2- Non-spécifique (colorant fluo avec une affinité directe avec bactérie/structure, sans Ac impliqués)
91
Les 3 types de Colorations fluo non spécifiques à savoir
1- Calcofluor
2- Acridine-orange
3- Auramine-Rhodamine
92
Calcofluor - fluorescence, principe
* Mise en évidence de levures
* Non-spécifique: le calcofluor se fixe sur la chitine présente dans la paroi
des levures
93
Acridine-orange - fluorescence, principe
* Non-spécifique: affinité avec les acides nucléiques
* Colore toutes les cellules
* Utilisé pour détecter les microorganismes dans un spécimen biologique
94
Auramine-rhodamine - fluorescence, principe
- Mise en évidence des BAAR en jaunâtre
- Non-spécifique: affinité avec la paroi des BAAR (Mycobacterium tuberculosis) (B)
- Dans le cas d’un résultat +, toujours confirmer avec la coloration de Ziehl-Neelsen (A)
95
Si on voit des bactéries orange lors d'une recherche de Mycobacteriym avec auramine-rhodamine, on doit faire quelle étape supplémentaire ?
1- Recherche de Mycobacterium avec Auramine-Rhodamine
2- Si présence de bactéries (orange), faire un Ziehl pour confirmer la présence de BAAR
96
Le principe d'immunofluorescence
Permet d’identifier une bactérie à l’aide d’anticorps conjugués à un fluorochrome qui reconnait et se fixe sur un antigène spécifique à la bactérie
97
Lien entre antigène, anticorps, bactéries et ELISA
L’anticorps spécifique se fixe sur un antigène présent sur la paroi bactérienne
Antigènes bactériens : la clé de l’identification
ELISA : Détection des bactéries ou de la réponse immunitaire
L’ELISA permet donc d’identifier une infection bactérienne en ciblant SOIT les antigènes des bactéries (infection présente), SOIT les anticorps produits par le patient contre ces bactéries (rxn à une infection).
98
Étapes de l'immunofluorescence
- Antigène : Sur la surface de l'organisme cible, il y a un antigène spécifique que l'on souhaite détecter.
- Anticorps marqué au fluorophore : Un anticorps est marqué avec une molécule fluorescente (fluorophore) et se lie spécifiquement à l'antigène.
- Microscope à fluorescence : Le microscope est équipé d'un système de lumière qui permet d'exciter le fluorophore.
- Émission de fluorescence : Lorsque le fluorophore est excité, il émet une lueur fluorescente, permettant de visualiser l'anticorps lié à l'antigène.
99
Fonction des antigènes bactériens lorsqu'elles arrivent à ne pas être détectés par l'organisme
Composants essentiels de la paroi :
Maintenir forme/résistance mécanique de la bactérie:
- Peptidoglycane chez les Gram +/- ;
- Lipopolysaccharide (LPS) (chez les Gram -)
Résister aux conditions hostiles :
- Ag K (kapsule hehe empeche phago), can ∆ (évasion!)
- Biofilm
Adhésion/colonisation:
- Ag F (fimbrae/pili)
- Prot surface
Mobilité/dispersion:
- Ag H (flagelle)
100
Identification de Chlamydia à l'aide de coloration avec fluo
* Sur un frottis fait à partir d’un prélèvement de l’endocol ou de l’urètre
* Marquage à l’aide d’Ac spécifiques à la bactéries, conjugués à une molécule fluorescente (souvent FITC)
* Observation au microscope à fluorescence (si présence de bactéries vertes = chlamydia)
101
taxonomie ou la taxinomie
Science qui a pour but de classifier les organismes vivants en fonction de leurs points en commun
Nommer et classer les organismes vivants
Établir des groupes d’organismes selon un caractère donné
102
Taxon
Groupe d’organismes ayant des caractéristiques communes
Chaque taxon rassemblent les MO en niveaux hiérarchiques successifs (du plus grand vers le plus petit)
103
RECOFGE :
* Règne: Groupe d’embranchements semblables
* Embranchement: Groupe de classes semblables
* Classe: Groupe d’ordres semblables
* Ordre: Groupe de familles semblables
* Famille: Groupe de genres semblables
* Genre: Groupe d’espèces semblables
* Espèce: Taxon de base, parfois divisé en sous-espèces
104
Les 4 derniers taxons sont utiles en microbiologie
1. espèce
2. genre
3. famille
4. Ordre
105
Niveaux hiérarchiques des taxons de La bactérie Mycobacterium tuberculosis
* Ordre: Actinomycetales*
* Famille: Mycobacteriaceae*
* Genre: Mycobacterium
* Espèce: M. tuberculosis
* Noter que l’ordre se termine toujours par le suffixe « ales » et la famille par « aceae »
106
La bactérie Staphylococcus aureus - où se situe le s. aureus dans les différents niveaux de taxons (À REVOIR)
La famille des Micrococacceae
4 Genres: Micrococcus, Staphylococcus, Planococcus, Stomatococcus
+ de 27 espèces:
S. epidermidis, S. aureus, S. saprophyticus, S. lugdunensis, S. schleiferi, etc...
107
Les sous-espèces
- Biovar ou biotype: Souches qui ont des différences au niveau du métabolisme biochimique
- Sérovar ou sérotype: Souches qui ont des différences au niveau des antigènes
108
Un ex de bactéries qui présente des Différences au niveau du métabolisme biochimique (Selon le biotype)
Un exemple: la bactérie Escherichia coli (lactase + ou lactase -)
109
Un ex de bactéries qui présente des Différences au niveau des antigènes (Selon le sérotype)
E. coli O:157
* Cette souche est impliquée dans des colites hémorragiques
* Elle possède certains antigènes différents des autres souches de E. coli (qui font
partie de la flore normale)
110
nomenclature bactérienne, de quoi est composé le nom d'une bactérie ?
C’est une classification binominale :
Le nom de la bactérie est composé
du genre et de l’espèce
111
V ou F. Si on veut écrire le nom de la bactérie celui-ci doit être écrit en italique OU on le souligne
V, mais pas pouvoir faire les deux !
112
V ou F. Le nom de la bactérie ne contient JAMAIS d’accent et les lettres maj sont toujours une au début du nom seulement
V
113
What means sp. dans le nom d'une bactérie
Dans ce cas, on sait que la bactérie fait partie du genre ex. Staphylococcus mais on ne connait pas précisément l’espèce ! Donc : Staphylococcus sp.
114
Comment nomme-t-on un groupe de familles ?
Ordre (OF)
115
Comment nomme-t-on un groupe d’espèces ?
Genre (GE)
116
Embranchement est une groupe de:
Classes (EC)
117
La classe est un groupe de ?
Ordre (CO), la classe regroupe plusieurs ordres
118
Selon RECOF GE, l'embranchement de (...) est la lettre d'____ et le groupe de (...) est l'ordre d'____
Après / Avant
ex. : donc l'embranchement d'un ordre est une classe et une classe est un groupe d'ordres
119
La bactérie Escherichia coli O157:H7
a) Quelle est l’espèce de la bactérie ?
b) Quel est le genre ?
c) Dans cet exemple, on parle de sérotype ou de biotype ?
Coli
Escherichia
sérotype (O157:H7 correspond à un sérotype, car il est basé sur des différences antigéniques des lipopolysaccharides (antigène O) et des flagelles (antigène H). Un biotype, en revanche, classe les bactéries selon des différences métaboliques ou physiologiques, et non antigéniques.)
120
Motilité bactérienne - définition et mécanismes possible
🔹 Définition : Capacité d’une bactérie à se déplacer activement grâce à des structures spécifiques.
🔹 Mécanisme : La bactérie produit son propre mouvement à l'aide de :
- Flagelles (ex. Escherichia coli)
- Filaments axiaux (ex. Treponema pallidum, qui utilise un mouvement en spirale)
- Glissement (ex. Myxococcus xanthus, qui se déplace sans flagelles)
(vs fimbriae-pilis = adhésion, différent de motilité!!)
121
MO qu'on peut retrouver dans un frottis buccal (sain)
Streptocoques non –hémolytiques (cocci G+)
Neisseria sp. (bacille G-)
Spirochètes (spirille G-)
Lactobacillus sp. (bacille G+)
Fusobacterium sp. (bacille fuselé G-)
Candida albicans (levure G+)
Cellules épithéliales
122
MO normaux dans un frottis nasal
Streptococcus viridans (cocci chaîne G+)
Neisseria sp. (bacille G-)
Et évidemment des cellules épithéliales !
123
MO normaux dans un frottis vaginal
Lactobacillus sp. (bacille G+)
Et évidemment des cellules épithéliales !
124
MO normaux dans un frottis cutané/oreille
Staphylococcus sp. (cocci en amas G+)
Micrococcus sp. (cocci tétrade G+)
Corynebacterium sp. (bacille palissade G+)
Candida sp. (levures G+)
125
Differences entre les spores et granules metachromatiques
les spores sont des unités de survie d'organismes (et a lil bit of reproduction but mostly survival), tandis que les granulations métachromatiques sont des structures spécifiques dans certaines cellules, associé au métabo et stockage énergie
126
différence entre membrane cellulaire et paroi cellulaire bactérienne
- La membrane cellulaire = barrière lipidique qui contrôle les échanges.
- La paroi cellulaire = structure rigide externe qui protège et donne la forme.
127
Quel est le site de la synthèse des protéines chez les bactéries?
ribosome ? libres dans le cytoplasme (pas de noyau)
128
La cellule bactérienne :
a. possède des mitochondries dans le cytoplasme
b. se reproduit par mitose
c. possède un matériel génétique bien organisé en plusieurs chromosomes
d. possède une paroi cellulaire semi-rigide
e. possède une membrane nucléaire
La majorité des bactéries ont une paroi cellulaire composée de peptidoglycane, qui leur donne leur forme et les protège des chocs osmotiques.
129
V ou F. Les bactéries sont procaryotes, elles n'ont pas d'organites membranaires comme les mitochondries
V. Leur membrane plasmique joue le rôle des mitochondries en assurant la respiration cellulaire (avec les ribosomes)
130
Comment se reproduisent les bactéries ?
Les bactéries se reproduisent par fission binaire (scissiparité), un mode de division rapide et asexué qui ne passe pas par la mitose.
pas oublier procaryote ne forme pas de spores lors de la reproduction, il s'agit de fission binaire
131
Si les bactéries n'ont pas de noyau, où se trouve leur ADN et sous quelle forme ?
Les bactéries n'ont pas de noyau. Leur ADN est libre dans le cytoplasme, dans une région appelée nucléoïde.
1 chrs circulaire
possible plasmide (fragment ADN)
132
La paroi cellulaire bactérienne :
a. est le site de synthèse protéique
b. est toujours présente chez les bactéries
c. possède les enzymes respiratoires
d. protège la cellule contre la phagocytose
e. protège la bactérie contre les chocs osmotiques
e. La paroi cellulaire des bactéries, composée de peptidoglycane, empêche la lyse cellulaire en maintenant la forme et la rigidité de la bactérie face aux variations osmotiques.
133
Pourquoi la paroi cellulaire ne protège pas contre la phagocytose ?
Ce sont plutôt les capsules (couche externe faite de polysaccharides) qui protègent certaines bactéries contre la phagocytose, en rendant leur reconnaissance plus difficile par le système immunitaire
134
V ou F. Un virus peut contenir les deux types d'acides nucléiques en même temps.
F. Il ne contient jamais ARN et ADN en même temps
135
Un plasmide ça contient quel types de gènes ?
un plasmide ne contient que des gènes accessoires (ex : résistance aux antibiotiques, facteurs de virulence), mais pas les gènes essentiels nécessaires à la survie de la bactérie.
136
Les plasmides peuvent contenir des gènes qui codent pour la production de toxines. Les souches porteuses de ces plasmides sont toxinogènes. Donner 2 exemples
Clostridium botulinum
Plasmide : Clostridium botulinum contient des plasmides qui codent pour la production de la toxine botulique.
Escherichia coli (souche EHEC)
Plasmide : Certaines souches de E. coli produisent des plasmides qui portent des gènes pour la production de la toxine shiga.
137
V ou F. Les bactéries sans paroi et les bactéries intracellulaires obligatoires peuvent croitre sur milieu artificiel
F. Les bactéries intracellulaires obligatoires (ex. Chlamydia, Rickettsia) ne peuvent pas
EXCEPTION : MYCOPLASMA peut pousser en milieu artificiel ENRICHI : Elles n'ont pas besoin de paroi pour protéger contre la pression osmotique, car elles obtiennent les nutriments directement du milieu, et leur membrane gère les échanges ioniques et la régulation de l'eau.
138
Facteurs essentiels à la croissance
Facteurs physiques --> T˚ (min, optimale, maximale) ; pH ; pression osmotique
Facteurs chimiques --> ́ Macroéléments, Oligoéléments, Eau, Facteurs organiques de croissance et vitamines, Oxygène
139
Quelle T˚ pour la dénaturation des protéines et des enzymes bactériennes
́ 56˚C
140
Comment ralentir la croissance et conserver les bactéries facilement
Au frigo, on les met un peu comme en dormance donc on les tues pas, mais croissance considérablement plus lente
141
Quoi faire pour tuer les bactéries végétatives avec la température ?
température d’ébullition de l’eau (100˚), 5-10 min
142
Comment on peut tuer les Spores avec la température ?
tuées en 20 minutes à 121˚C à l’autoclave
tuées en 2 heures au four Pasteur à 165˚C
143
C'est quoi des bactéries Mésophile
T° optimale 30-44 °C
La plupart des bactéries pathogènes
("méso-moyenne")
144
C'est quoi des bactéries Psychrophile
T° optimale 0-30 °C
Eau froide, détérioration des aliments au frigo
(psychro - psychopathe car elles aiment le froid)
145
C'est quoi des bactéries Thermophile
T° optimale 55-65 °C
Eau chaude du robinet, compost
(Les thermo aiment les bains thermiques)
146
pH optimal de croissance
est près de la neutralité (entre 6,5 et 7,5)
Peu de bactéries se développent à un pH acide < 4
Mais certaines bactéries tolèrent bien l’acidité: appelées acidophiles
147
Donne 2 ex. de bactéries bactéries acidophiles
Lactobacillus de la flore normale vaginale maintient un pH acide: prévient l’implantation de bactéries pathogènes
Helicobacter pylori résiste au pH acide de l’estomac: ulcères (pense aux tubes d'air expiré)
148
Un milieu isotonique, caractérisé par une pression osmotique équilibrée, doit impérativement contenir 0,9 % de NaCl, car cette concentration représente le seuil optimal de solutés empêchant à la fois la lyse osmotique et la plasmolyse des bactéries, quel que soit leur environnement naturel.
F. Pour les cellules animales oui, milieu doit contenir 0,9 % de NaCl, mais un milieu isotonique ne doit pas impérativement contenir 0,9 % de NaCl pour toutes les bactéries, car cela dépend de leur habitat naturel et de leur adaptation osmotique. (ex. bactéries halophiles)
149
Bactéries halotolérantes
Peuvent se développer en présence de haute concentration en sel
ex. Staphylococcus aureus pousse en présence de NaCl à 7,5 %
150
Bactéries halophiles
Croissance *optimale* avec une haute concentration en sel
ex. Vibrio cholerae
151
Les macroéléments essentiels aux bactéries
Carbone, azote, phosphore, soufre
(CNPS)
composition des macromolécules : Protéines, glucides, lipides, Acides nucléiques § Vitamines
152
Les oligoéléments essentiels aux bactéries
Fer, cuivre, molybdène, zinc
(FeCuMbZn)
Cofacteurs enzymatiques : Présents dans l’eau du robinet et dans les constituants des milieux de culture, ajouté sous forme de sels ? non sous forme de tap water ou poudre de milieuxs
153
L'eau correspond à quel % de la bactérie en général ?
80%, donc assure-toi qu'assez d'eau pendant le transport si envois extérieur sinon il y aura dessication !
154
Facteurs de croissance ajoutés aux milieux de culture
- Des acides aminés pour la synthèse de protéines
- Des purines et pyrimidines pour la synthèse d’acides nucléiques (ADN/ARN)
- Des vitamines pour favoriser les réactions enzymatiques (coenzymes)
155
V ou F. toutes les bactéries ont besoin de facteur de croissance dans le milieu de culture
F. seulement les bactéries exigeantes ou fastidieuses
Note : il y a aussi les bactérie Auxotrophe (bactérie qui a perdu la capacité de synthétiser un composé essentiel (ex. un acide aminé, une vitamine) due à une mutation par ex. (en recherche)
156
5 types respiratoires des bactéries
1- Aérobie strict (18-21 % d’O2)
2- Anaérobie strict (O2 < 1 %)
3- Anaérobie facultatif (optimal si O2)
4 - Anaérobie aérotolérante (optimal sans O2)
5 - Microaérophile (nécessite minimum O2 : 3-9 %)
157
V ou F. Le niveau d'O2 change dans un tube selon la hauteur du tube de bouillon
V.
Dans le fond = anaréobie
Vers l'ouverture = aérobie
Un peu avant l'ouverture = microaérobie
158
Si on a des bactéries dans TOUT le tube de bouillon sans préférence
On a des bactéries probablement anaérobie facultative!
159
Bactéries capnophile
Elles ont une exigence MÉTABOLIQUE en CO2, mais ça ne signifie pas un type respiratoire anaréobique! son besoin en O₂ dépend du type RESPIRATOIRE de la bactérie (mais généralement on ne voit pas de capnophile anaréobique tho, elles nécessiste/tolèrent généralement l'air ambiant)
- Concentration obligatoire en CO2 : 5-7 %
ex. ana capno : Fusobacterium nucleatum
160
V ou F. Une bactérie qui pousse en atmosphère CO2 pousse nécessairement en milieu aérobie
V selon la prof... car en labo l'incubateur enrichi en CO2 a de l'AA
pousse pas nécessairement, car le CO₂ et l'O₂ sont deux paramètres indépendants.
atmosphère riche en CO₂ peut être : aérobie, microaérophile, ou même anaérobie selon la concentration en O2
Aérobie stricte : Besoin de O₂ + CO₂ (ex. Neisseria meningitidis).
Microaérophile : Besoin de faible O₂ + CO₂ (ex. Campylobacter jejuni).
Anaérobie facultative ou stricte : Certaines bactéries anaérobies poussent mieux avec CO₂ mais sans O₂ (ex. Bacteroides fragilis).
161
V ou F. Une bactérie anaérobie facultative pousse mieux en absence d’oxygène
F. l'inverse, pousse mieux en présence d'O2
162
Un mélange de 2 bactéries est ensemencé sur 2 milieux: l’un est incubé en aérobie et l’autre en anaérobie. Vous obtenez les résultats
suivants:
* Milieu incubé en aérobie: 2 types de colonies (jaune et bleue)
* Milieu incubé en anaérobie: 1 type de colonies (jaune)
Jaune = problamement anaréobie facultative (ou aérotolérante)
Bleue = aérobie stricte
163
Un mélange de 2 bactéries est ensemencé sur 2 milieux: l’un est incubé en aérobie et l’autre en CO2. Vous obtenez les résultats suivants:
* Milieu incubé en aérobie: 1 type de colonies (jaune) * Milieu incubé en CO2: 2 types de colonies (bleu et jaune)
bleue = capnophile (car elle a besoin de CO2) mais sans O2 dans un milieu ana ou aéra, so elle peut pt être microaérophile comme elle peut être ana facultative
jaune : on peut penser qu'elle peut être aérobie stricte, aérobie facultative ou même ana facultative si le milieu en CO2 a peu d'O2, besoin d'une 3e gélose anaréobie pour confirmer !
164
quelle conclusion on peut faire si on a une bactérie qui pousse sur gélose enrichie de CO2 et en aérobie et en anaérobiose
Colonie jaune (pousse en CO₂, en aérobiose et en anaérobiose)
→ Aérobie facultative !
165
un milieu CO2 est nécessairement aérobie ?
Un milieu avec CO₂ peut être aérobie, microaérophile ou anaérobie,
166
Vous fabriquez un milieu de culture. Que devez-vous ajouter pour contrôler le pH et la pression osmotique
Tampons pour le pH
NaCl et sucres pour la pression osmotique
167
Types d'incubateurs en labo
à revoir
Incubateur aérobie (35˚, AA donc O2, bcp N2, peu de CO2)
Incubateur à CO2 (AA + CO2 5-7%)
Incubateur microaérophile
Incubateur anaérobie
168
Incubateur enrichie en CO2 en labo, qu'est-ce qu'on peut y faire pousser ?
Permet la croissance de la plupart des bactéries incluant les capnophiles qui sont également exigeantes qui nécessitent un milieu enrichi en CO2 (mais pas les ANA strictes)
169
Quel indice ça nous donne qu'une bactérie peut pousser en présence de CO2 ?
Ces bactéries sont adaptées à des environnements où le CO₂ est naturellement élevé, comme les muqueuses respiratoires ou digestives.
170
La croissance bactérienne est influencée par diverses conditions de l’environnement, lesquelles ?
Température
pH
Pression osmotique ́
Concentration en oxygène
171
Explique comment la plupart des bactéries peuvent pousser dans un incubateur enrichi en CO2
Présence d’oxygène suffisante pour les bactéries aérobies et aérobies facultatives et même si elles ne sont capnophile, ça ne veut pas dire qu'elle détestent le CO2 ! elles le supportent très bien, mais celles qui en ont un besoin obligatoire vont aussi pousser
seules les ana stricte ne pousseront pas
172
Comment On doit retirer l’oxygène de l'incubateur anaérobie ?
L’oxygène est retiré par un procédé chimique: un système appelé GasPak
+ jarre fermée hermétiquement (buée dedans généré par le H2 qui réduit l'oxygène en H2O donc génère un plus grand % de CO2 (4,2-6,2%)
173
VRAI OU FAUX ? Une bactérie anaérobie et capnophile est capable de pousser dans la jarre anaérobie
V si la bactérie capnophile est anaérobie stricte
Ex. N. est capnophile microaérophile
174
Indicateur d’anaérobiose dans l'incubateur : Une bandelette recouverte de bleu de méthylène
-- Bandelette incolore: colorant réduit (milieu anaérobie) OK
-- Bandelette bleue: colorant oxydé (présence d’oxygène) NO
175
Incubateur microaérophile (réduite en O2), comment on retire l'O2 ?
On doit retirer une partie de l’O2 pour obtenir 3-9 %
✔ Méthode la plus précise : alimenté avec un gaz pré-mélangé avec contrôle du taux d’O₂.
✔ Méthode pratique en labo : Jarre hermétique devient microaérophile avec sachets absorbant l'O2 (GazPak Campy)
176
Comment on vérifie la microéorophilie de l'incubateur ?
Placer une bandelette de bleu de méthylène à l’intérieur de la jarre ou de l’incubateur microaérophile.
Si la bandelette devient partiellement incolore → L’oxygène a bien été réduit, l’environnement est microaérophile.
Si elle reste bleue → Il y a encore trop d’oxygène, l’environnement n’est pas assez microaérophile.
177
Le temps de génération, explique
Le temps de génération d’une bactérie est le temps nécessaire pour qu’une population bactérienne double en nombre. Il correspond au temps qu’il faut pour qu’une bactérie mère se divise en deux cellules filles par fission binaire.
une génération est générée à chaque division cellulaire (ex. 7h 21 générations)
178
Étapes de la fission binaire (mitose bactérienne)
1- Réplication du chromosome
2- La bactérie s’allonge, les chromosomes s’éloignent
3- Formation d’un septum : cloison de la membrane et de la paroi cellulaire
4- Séparation en 2 cellules filles identiques
179
Facteurs influençant le temps de génération
Le temps de génération varie selon :
1️⃣ L’espèce bactérienne
ex. Escherichia coli → ~20 min
ex. Mycobacterium tuberculosis → ~15-20 heures
2️⃣ Les conditions de croissance
- Température
- pH du milieu
- Disponibilité des nutriments
3️⃣ L’environnement
Milieu de culture riche vs pauvre
Présence d'O2 (pour bactéries aérobies)
180
4 phases de croissance bactérie (courbe de croissance)
1️⃣ Phase de latence → Pas de division, adaptation au milieu.
2️⃣ Phase exponentielle → Division rapide, temps de génération stable et minimal.
3️⃣ Phase stationnaire → Arrêt de la croissance (épuisement des nutriments).
4️⃣ Phase de déclin → Mort bactérienne.
181
Une bactérie ne peut se développer en aérobiose parce que ?...
Une bactérie ne peut pas se développer en aérobiose parce que soit elle est anaérobie stricte, soit elle ne possède pas les enzymes nécessaires pour neutraliser les dérivés toxiques de l’oxygène. (ex. catalase, SOD enzyme)
182
Dans quelle phase de croissance bactérienne on mesure le temps de génération ?
dans la phase exponentielle de la courbe de croissance
g = t/n
g = temps de génération
t = temps total de croissance (en minutes ou heures)
n = nombre de divisions bactériennes
n= (logNf−logNo)/log2
Nf = nb final de bactéries
No = nb initial de bactéries
183
Les méthodes permettant de mesurer la croissance bactérienne en labo
1- Numération de cellules viables (bactéries vivantes)
2- Estimation de la masse cellulaire (Mesure de la turbiditité par comparaison avec les standards McFarland)
184
Imaginons qu’on inocule une culture bactérienne avec 1 000 bactéries (N₀ = 10³). Après 2 heures, on compte 256 000 bactéries (Nf = 2.56 × 10⁵).
On veut calculer le temps de génération g.
n= (log(2.56×10^5)−log(10^3))/log2
n = 8
g = 120 min/8 = 15 min !
185
Comment savoir combien de cellules bactériennes ont été déposées sur une gélose, avant la période de croissance ?
compte bactérien :
- numération manuelle de cellule viables selon qté précise ensemencée (compte UFC x FD), nécessite plusieurs dilution dont une qui donne 30-300 UFC
- estimation masse cellulaire (via mesure de turbidité McFarland qui est un tube std simulant culture bact)
186
Terme UFC
Quantifie les colonies : unité formant colonie :
1 UFC (une colonie sur la gélose)
187
À partir d’un bouillon de culture contenant des milliers de bactéries, on veut faire le décompte de cellules viables (e. éch de sécrétions vaginales) avec les UFC. Donne moi les étapes générales
1. Faire des dilutions en série de l’échantillon: 1/10 , 1/100 , 1/1000, ...
2. Pour chaque dilution, ensemencer un volume précis sur une gélose
3. Incuber les géloses pour permettre la croissance
4. Compter le nombre de colonies (UFC: unité formant des colonies)
ex. la meilleur dilution est 1/1000 car 38 UFC (on fait 38 x 1000 / (...)ml de suspension ensemensée pour le décompte)
188
On cherche une dilution (faite avec de la saline ou eau stérile) qui contient à entre 30-300 bactéries, pourquoi ?
dilution optimale
189
C’est quoi un standard Mc Farland (MF) ?
On simule une culture bactérienne à l’aide d’un précipité blanchâtre issu d’une réaction chimique (sulfate de baruym ppté blanc)
usage : ex. éch urine, mix avec eau stérile dans tube McFarland et on mix jusqu'à devient trouble donc 0,5 McFarland (approximatif) et on compare avec LE standard McFerland (MF) !!) et on ensemence ça pour faire l'antibiogramme
190
labo
conserve écouvillon pour ensemement par épuisement
tube doit mobilité - pique doit et ressort droit
regrade description des colonies
191
Ordre de description des colonies
forme/taille - couleur - type d'hémolyse
192
Où se trouvent généralement les enzymes respiratoires des bactéries ?
Les enzymes respiratoires se trouvent généralement dans la membrane plasmique des bactéries, et non dans la paroi cellulaire. Dans certaines bactéries, la respiration cellulaire a lieu à travers des structures de la membrane, pas de la paroi.
193
écouvillon pastille - give to binome qui fait pastille then fait sa lame, then elle me le donne l'écouvillon pour que je fasse ma lame
194
Milieux de culture de base : Définition et contenu
Nutriments, stérile, permet croissance bactéries
1. Peptones
2. Extraits de viande 3. Phosphates
4. NaCl
195
1- Les peptones
Produit de digestion partielle des protéines
Courtes chaînes d’a.a.
+ facilement assimilables par la bactérie
Principales sources: Viande, Soja, Caséine, Gélatine
196
2- Les extraits de viande ou de levures
Bouillon de viande concentré (bœuf)
Fournit vit, minéraux, glu et a.a
Levures sont riches en Vit B
197
3- Les phosphates
Permet le maintien d’un pH optimal (7,2-7,4)
Source de phosphates: KH2PO4
198
4- Le NaCl
Maintien la PO isotonique
[NaCl] = 0,9 %
199
Avantage et inconvénients des milieux liquides et solides
Bouillon = croissance
Gélose (bouillon+agar) = croissance colonies isolées
200
Propriétés de l'agar
Pas dégradé par bactéries
L’agar se liquéfie à 95°C et se solidifie à 45 °C
201
Comment faire si vous devez ajouter des substances thermolabiles (détruit à la chaleur, donc détruit a 95˚) à votre milieu solide (gélose) ?
Maintenir la préparation au bain-marie à 50°C pour ajouter les substances thermolabiles avant de la verser dans les boîtes de Pétri puis on laisse refroidir a 45˚
202
Types de milieux (7)
- Nutritif
- Enrichi
- Sélectif
- Différentiel
- Milieu d’identification
- Milieu de conservation et de transport
- Milieu d’enrichissement
203
Quel milieu permet la culture de la plupart des bactéries sauf les bactéries exigeantes et qui est utilisé pour les épreuves de sensibilité aux antibiotiques
Que contient un milieu nutritif ?
1. Peptones
2. Extraits de viande/levure
3. Phosphates
4. NaCl
204
Les milieux nutritifs et utilisés pour les antibiogrammes
- Bouillon et gélose Mueller-Hinton (MH)
- Bouillon et gélose BHI (Infusion cœur-cervelle)
- Bouillon et gélose TSA-TSB (Trypticase soy)
205
antibiogrammes = sélectif ou différentiel ?
non c'est une méthode, et non pas une gélose sélective ou différentielle à proprement dit.
Généralement sur une gélose MH qui n'est ni sélective ni différentielle d'ailleurs
206
Milieux enrichis, composition et utilité
-Milieu de base additionné de facteurs de croissance
-Permet la culture de bactéries exigeantes
-Gélose sang (GS)
-Gélose chocolat (sang cuit)
207
GS, composition, utilité
- Sang de mouton à 5%
- Permet d’évaluer les propriétés hémolytiques des bactéries
208
Comment on ajoute le sang dans la gélose au sang ?
- Le sang est ajouté (après stérilisation) lorsque le milieu atteint 50oC (pour conserver les GR), on respecte le 5% de sang dans gélose
209
Gélose chocolat, composition et utilité
Composition semblable à GS
- Le sang est ajouté après stérilisation, lorsque le milieu atteint 80˚ (et non pas 50˚)!
- La chaleur libère l’hème des GR et inactive les NADases (enzyme qui détruit le NAD), donc on enrichit le milieu avec les facteurs de croissance essentiels libérés des globules rouges
210
V ou F. Une bactérie qui pousse sur GS pousse nécessairement sur gélose chocolat car le milieu est plus riche
+ fastidieux + heureuse avec du choco !!
impossible que pousse sur GS et pas sur choco !!
211
V ou F. Les géloses au sang sont incubée à l'incubateur AA seulement
F. TOUJOURS incubée en CO2 afin de favoriser la croissance des bactéries les plus exigeantes qui sont souvent capnophiles
212
Milieux sélectifs, caractéristiques et constituants
favorise 1 souche et inhibe le reste ! (subs sélectives/inhibitrices)
- Antibiotiques: colistine, ac. nalidixique
- NaCl: 6,5-7,5 %
- Colorants: Violet de cristal, vert brillant
- Sels biliaires
213
4 milieux sélectifs à l’étude
1- MacConkey (MAC)
2- SS (Salmonella-Shigella)
3- Mannitol salin (MSA)
4- CNA
214
MacConkey (MAC), utilité et substances sélectives/différentielles
- Isolement des bacilles Gram (–) (Entérobactéries et certains non-entérobactéries)
- Inhibition des autres bactéries
Subs sélectives :
- Violet de cristal
- Sels biliaires
Subs différentielles :
Lactose
rouge neutre = indicateur
215
Si j'ai des colonies sur une macConkey est que c'est pertinent de faire un Gram ?
Non, on sait PAR DÉFAUT que si ça pousse c'est que ce sont des bacille gram (-)
216
Milieu SS (Salmonella-Shigella), utilité et substances sélectives/différentielles
- Isolement des Bacilles Gram (–) des genres Salmonella et Shigella (BGN-SS)
- Entérobactéries pathogènes recherchées dans les selles (cause des gastro-entérites)
Susbtances sélectives :
Vert brillant
Sels biliaires
Substance différentielles :
Lactose
Rouge neutre
Thiosulfate de sodium + citrate de fer
217
L’apport en peptones dans les milieux de culture provient d’une digestion de :
a. caséine
b. soya
c. viandes rouges
218
- Quelle(s) substance(s) incorporée(s) dans les milieux de culture est thermolabile?
a. urée
b. glucide
c. globules rouges
d. sels biliaires
e. phosphate disodique
a b c
219
Quelle est l’utilité de l’agar dans un milieu de culture ?
isoler des bacteries
220
V ou F. La bactérie Salmonella pousse sur SS mais sa croissance est inhibée sur MAC
V. Si SS = pousse, elle poussera aussi sur Mac
221
Quelle est l’utilité du milieu sélénite de sodium?
c’est un milieu liquide qui inhibe la croissance des commensaux intestinaux et
permet la croissance de Salmonella !!
222
V ou F. Le milieu SS est davantage sélectif que MAC
V (car Mac tout type de bacille gram -)
223
Milieu Mannitol salin (MSA)
- Isolement du genre Staphylococcus et Bactérie halotolérante ...
Subs sélectif :
- NaCl
Subs différentielle
- Mannitol
- rouge de phénol
224
Devriez-vous faire un Gram à partir des colonies d’un MSA ?
Non, car isole le genre staphylococcus !!
225
Lequel est le plus sélectif entre une gélose MacConkey et une gélose MSA ?
La gélose MSA (Mannitol Salt Agar) est plus sélective que la gélose MacConkey.
car la haute teneur en NaCl inhibe toute bactérie sauf staphylococcus et halotolérantes, donc plus sélectif que juste les BGN pour Mac
226
Milieu CNA, utilité et subs sélective/différentielles
- Gélose sang additionnée de 2 antibiotiques
- Permet l’isolement des Gram + (les Gram – sont inhibés)
- Permet d’observer le type d’hémolyse
Subs sélectives :
- Colistine
- Acide nalidixique
Subs différentielle: aucune
227
Les peptones :
a. sont constitués de peptides et d’acides aminés
b. sont insolubles dans l’eau
c. sont préparés par une digestion enzymatique des protéines
d. sont détruits par autoclavage à 1210C pendant 15 minutes
e. sont rarement utilisés dans les milieux de culture
A et C
228
Devriez-vous faire un Gram à partir des colonies d’un MSA ?
Non, car gram (+)
229
SI ça pousse sur MSA et CNA, ça indique quel caractéristique pour la bactérie ?
Halotolérante et gram +, donc le duo = staphylococcus !! la CNA permet de confirmer la probabilité que staph isolée sur MSA
230
Un échantillon contient un mélange de 2 bactéries: un bacille Gram – (entérobactérie) et un cocci gram + du genre Staphylococcus : Quel sera le profil de croissance sur les milieux suivants ?
GS
Chocolat
MAC
MSA
GS = 2 colonies, possible effet différentiel
Chocolat = 2 colonies sans effet différentiel
MAC = 1 colonie, LAC +/-
MSA = 1 colonie, MAN +/-
231
Les milieux différentiels
Différenciation d’une bactérie selon sa capacité à dégrader un substrat (élément nutritif), ex lactose et mannitol
232
Milieu MSA
Ce milieu contient un sucre (mannitol) et un indicateur de pH (rouge de phénol)
233
Les milieux sélectifs ET différentiels
1- MacConkey (MAC)
2- SS (Salmonella-Shigella)
3- Mannitol Salin (MSA)
234
MacConkey (MAC) aspect différentiel
Permet d’évaluer la capacité à dégrader le lactose
Subs différentielles:
- Substrat: Lactose
- Indicateur de pH: rouge neutre
235
Attention milieu ou colonie qui change de couleur !!!
ex. colonie change couleur (ex. rose) = lactose + dans la MAC (entérobactérie)
236
Gélose MacConkey: les pistes d'interprétation (3)
1) Ce sont des bacilles Gram–
2) Les LAC+ sont des entérobactéries (E.coli, Citrobacter, Klebsiella,...)
3) Les LAC– peuvent être des entérobactérie (Salmonella,Shigella,...) ou des non-
entérobactéries (Pseudomonas...)
237
Milieu SS (Salmonella-Shigella) aspect différentiel
- Permet d’évaluer la capacité à dégrader le lactose (colonies rose = lactose +)
- Permet d’évaluer la capacité à réduire le thiosulfate de sodium pour produire du H2S (colonies centre noir, possible d'être lactose - aussi)
238
Milieu utilisé pour identifier Staphylococcus aureus (man +)
Milieu Mannitol salin (MSA)
et si le mannitol est négatif : La plupart des autres espèces de Staphylococcus "tout court" pas aureus
juste le staph aureus peut pousser sur MSA mannitol +
239
Le milieu Stuart ou Amies modifié, particularité
Permet la conservation des bactéries pendant le transport au laboratoire après le prélèvement :
Milieu pauvre (ne contient pas de sucre)
Milieu qui ralentit la croissance des bactéries Protège contre la dessiccation
240
Le milieu d’enrichissement
Milieu liquide qui favorise la croissance d’un type de bactéries tout en ralentissant la croissance d’autres types bactériens
Utile pour isoler une bactérie pathogène à partir d’un spécimen de selle
241
Le milieu Sélénite de Na
Milieu d'enrichissement qui favorise la croissance de Salmonella ou Shigella à partir d’une culture de selle
242
Exemple d’application: recherche de pathogènes à partir d’une culture de selles
Jour 1- Ensemencer la selle dans un : milieu d'enrichissement (bouillon ex.)
Jour 2- Repiquer le bouillon sur milieu solide (gélose SS)
Jour 3- Sur gélose SS, rechercher la présence de Salmonella ou Shigella Repérer les colonies isolées à lactose - (car bactéries S-S toujours ça)
243
Résultats colonie de salmonella et shigella
Salmonella: LAC- et H2S +
Shigella: LAC- et H2S -
Si lactose + (rose) on cherche pas ça sur une SS !! donc besoin de quoi ??
244
Voici les résultats de la culture de selles sur 2 SS :
LAC - H2S +
LAC - H2S -
Selon le profil de croissance, devez-vous poursuivre l’identification de ces deux bactéries ?
Les résultats de la gélose SS permettent de différencier Salmonella et Shigella, mais ces deux bactéries peuvent être confondues si vous vous fiez uniquement à l’aspect LAC -. Donc,oui il faut poursuivre avec autres tests.
245
Préparation des milieux
Étape 1: Évaluer la quantité de milieux à produire
Étape 2: Peser la quantité de poudre nécessaire
Étape 3: Ajouter la poudre dans le volume d’eau nécessaire et chauffer pour dissoudre la poudre
Étape 4: Passer la préparation à l’autoclave: le milieu doit être stérile
246
Stérilisation des milieux - Les étapes de préparation du milieu
Les étapes de préparation:
1- Passer le milieu à l’autoclave
2- Refroidir à 45-50 °C
3- Ajouter les substances thermolabiles (selon le type de milieu)
- Sang
- Urée, glucides (stérilisés par filtration)
4- Verser dans les boîtes de Pétri (20mL/boîte)
247
Il faut vérifier la qualité des milieux préparés, comment ?
1- Contrôle de stérilité
2- Contrôle de performance
248
Contrôle de stérilité, quelles étapes ?
Vérifier 5% du lot préparé
1- Incuber les milieux à 35 °C/ 24 hres
2- Compter les milieux contaminés
3- Rejet du lot si ≥ 20 % du lot est contaminé
249
pour un lot de 200 géloses, étapes de contrôle de stérilité
Rejet du lot si : Si 20% des 5% des géloses sont contaminées ? 2/10 (échantillon de 10)
250
Vous avez préparé un lot de 900 géloses MacConkey : Combien de géloses devez-vous incuber ? Si 3 géloses sont contaminées, le lot est-il acceptable ?
45 (éch)
si 3/45 = c'est encore bon, car il faut 9 géloses contaminés pour que la batch foire
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Processus du contrôle de performance
Le contrôle est fait sur quelques milieux du lot
Il faut tester :
- une souche qui donne un résultat (-)
- une souche qui donne un résultat (+) pour chacun des critères !!
On utilise des souches de référence ATCC (American Type Culture Collection)
Souches dont les caractéristiques sont connues et documentées
252
Un exemple pour MacConkey
fais 4 quadrant sur la gélose MacConkey (patine le coin avec culture connues de ces types suivants) :
1. Croissance de Bacille Gram - OK
2. Utilisation du LAC + OK (? à revoir!!)
3. Inhibition de la croissance (cocci Gram+) OK
4. Lactose - OK
Le milieu passe !
253
Un problème de performance est souvent dû à :...
à un pH inadéquat causé par une mauvaise préparation du milieu.
254
Lorsque probleme de contamination des milieux géloses, on vérifie quoi ?
VÉRIFIER:
- Quantité de poudre inadéquate
- Verreries mal lavées: résidu alcalin ou détergent
- pH de l’eau
- Cycle de stérilisation trop long
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À quoi sert le rouge neutre dans l gelose MacConkey ?
Si la bactérie fermente le lactose, elle produit de l'acide pendant le métabolisme du sucre. L'acide abaissant le pH de la gélose, le rouge neutre réagit et change de couleur, devenant rose ou rouge. Cela permet de repérer les bactéries lactoses positives (par exemple, Escherichia coli).
Si la bactérie ne fermente pas le lactose, il n'y a pas de production d'acide, donc le pH de la gélose reste neutre ou légèrement alcalin, et le rouge neutre reste jaune ou incolore.
256
S’applique à la phase de croissance bactérienne exponentielle (phase logarithmique) :
a. les bactéries s’adaptent à nouvel environnement mais elles n’augmentent pas en nombre
b.le nombre de bactéries augmente en proportion directe avec le temps d’incubation
c. le nombre de bactéries produites est égal au nombre de bactéries qui meurent
d. les bactéries cessent de se multiplier à cause de l’épuisement des éléments nutritifs
e. le nombre de bactéries double à chaque intervalle de temps
e. le nombre de bactéries double à chaque intervalle de temps
257
Un décompte de bactéries viables peut être fait :
a. par une méthode de turbidité en utilisant un spectrophotomètre
b. en comparant la suspension avec un standard de MC Farland
c. par un décompte des bactéries au microscope
d. en ensemençant différentes dilutions de l'échantillon sur des géloses
en ensemençant ∆ dilutions de l'éch sur gélose
258
Vous ensemencez un échantillon sur 3 géloses. Après incubation, vous retrouvez sur chacune des géloses :
Gélose 1 en anaérobiose : 1 type de colonies
Gélose 2 en aérobiose : 1 type de colonies
Gélose 3 en CO2: 2 types de colonies
Que peut-on conclure ? Combien de types en tout et leur type respiratoire…
a.
4 types - anaérobies facultatifs
b.
2 types- L'une est anaérobie facultatif et l'autre est aérobie strict
c.
2 types- L'une est anaérobie facultatif et l'autre est capnophile
d.
3 types dont l'une est capnophile
2 types- L'une est anaérobie facultatif et l'autre est capnophile
259
Cette croissance bactérienne (colonie rose, milieu incolore) sur milieu SS pourrait être un pathogène retrouvé dans une culture de selles
faux
260
Parmi les énoncés suivants, lequel s’applique à un milieu d’enrichissement ?
a. est utilisé pour retrouver un pathogène dans une culture de selle
b. permet de ralentir la croissance des organismes commensaux pour favoriser la croissance des pathogènes
c. le milieu Sélénite de sodium est un exemple de milieu d'enrichissement
d. un repiquage sur un milieu SS doit être fait afin d'isoler le pathogène
e. toutes ces réponses sont vraies
toutes ces réponses sont vraies
261
Quel organite ou structure se trouve chez les cellules procaryotes ?
a. le lysosome
b. la mitochondrie
c. le réticulum endoplasmique
d. la paroi cellulaire
e. l’appareil de Golgi
la paroi cellulaire (les autres ne se trouvent pas chez ces cellules) et l'énoncé ne dit pas non plus "toutes" les cellules
262
est-ce que le mycoplasma est un parasite intracellulaire obligatoire ?
Non, car il peut pousser sur milieu artificiel
