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Laboratoire de biochimie > Examen 2 (module 6 à 9) > Flashcards

Examen 2 (module 6 à 9) Flashcards

(89 cards)

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1
Q

Signification du mot : chromatographie

A

enregistrement graphique des couleurs

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Q

Expérience de Mikhaïl Tswett

A

Séparer pigments végétaux (clorophylle, xanthophylles)

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Q

Classification des différentes techniques de chromatographie est basée sur ________

A

la nature des ses phases (stationnaire et mobile)

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4
Q

Si phase stationnaire sur un support plat, la détection se fait ______

A

à même le support (TLC ou papier)

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Q

Quelle information peut-on tirer d’une chromatographie planaire? Comment on le calcule?

A

Rf = déplacement du composé/ déplacement solvant

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6
Q

Nommer les deux types de chromato planires

A

adsorption

de partage

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7
Q

Décrire la phase stationnaire et mobile de la chromato d’adsorption

A

stationnaire : adsorbant inorganique (silice)

mobile : mélange liquide dont polarité est semblable à l’échantillon

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8
Q

Comment peut être le silice dans des conditions normales de T et de H

A

trois couches d’eau

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9
Q

Comment activer le gel si trois couches d’eau sur gel de silice?

A

par chauffage

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10
Q

Quel est le goupement qui est le sites de liaison de la phase stationnaire pour les solutés?

A

silinol (Si-OH)

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11
Q

Vrai ou faux : le gel peut contenir un indicateur fluorescent inerte pour visualiser les composés après la séparation

A

Vrai

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12
Q

Décrire la phase stationnaire et mobile de la chromato de partage

A

stationnaire : liquide imbibé sur une phase stationnaire (papier, cellulose, billes recouvertes)
mobile : liquide dont polarité est généralement opposée à la phase stationnaire
séparation des composés de polarités différentes**

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13
Q

Comment fait on pour obtenir meilleure séparation possible concernant la phase mobile?

A

mélange de solvants

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14
Q

Comment fait on pour éviter évaporation de la phase mobile

A

placer un papier buvard dans la cuve durant la chromato

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15
Q

Si le silice est près des cations métalliques, qu’arrive-t-il?

A

devient acide

changement des propriétés

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16
Q

Dans un chromato plannaires, la reproductibilité du Rf dépend de nombreux facteurs tels que :

A 
qualité/ qte échantillon
qaulité/degré d'activation de stationnaire
épaisseur/uniformité stationnaire
qualité/nature solvants
degré saturation cuve
T/t de développement
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17
Q

Comment visualiser composés après chromato plannaires?

A

réactifs + traitement

récupérées et analysées par d’autres méthodes (spectro, ex.)

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18
Q

Où sont détectées les molécules?

A

Dans les différentes fractions de l’éluat

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19
Q

La séparation (chromato colonne) peut se baser sur:

A

taille
charge
hydrohobicité

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20
Q

Capacité à séparer deux composés dépend de leur _______. Comment est-il calculer? PLus il est grand, plus ____ sera le temps d’élution

A

coefficient de partition pour la phase stationnaire

K= [A] stationnaire/[A] mobile

grand

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21
Q

Quest-ce que a résolution dans le domaine de la chromato ?

A

capacité à séparer

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22
Q

Paramètres affectant résolution

A

capacité de a colonne
efficacité de la colonne (vitesse de diffusion et débit)
Sélectivité de la colonne (distance entre les Ve)
tuyau de sortie de la colonne (perte si grande d et grande longueur)

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23
Q

Types de chromato sur colonne

A

exclusion
hydrophobicité
échangeur ionique
affinité

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24
Q

Décrire phase stationnaire chromato exclusion

A

matériau inerte avec pores dimension définie

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25
Séparation selon ___ pour la chromato exclusion
taille
26
Quest ce que le volume mort? | exemple de molécules utilisées pour le calculer
volume d'élution d'une molécule exclue de la phase stationnaire Bleu de Dextran
27
Quest ce que le Ve?
volume de phase mobile requis pour éluer le plus grande [A]
28
Quest ce que Wa et commet le mesurer a l'aide d'un graphique?
largeur du pic | distance entre début pic et fin du pic
29
Que signifie Kav?
Coefficient de partage moyen entre la phase mobile et la phase stationnaire
30
Comment calculer Kav
Kav = Ve - Vo / Vt-Vo (doit etre plus petit ou egal a 1)
31
Paramètre qui affectant chromato d'exclusion
``` phase stationnaire type de gel débit de l'élution pression supportée taille des billes hauteur et diametre de la colonne volume du dépôt ```
32
Applications possibles de la chromato
Purification d'une protéine selon sa taille Détermination de la taille native d'une protéine Séparation de groupes (dessalage)
33
Nommer une autre façon de séparer des groupes
Dialyse (dessalage)
34
Décrire phase stationnaire d'une chromato échange d'ions
ions (anions ou cations) de signe opposé à celui des composantes de l'échantillon
35
Dans une chormato d'exclusion, plus la charge est grande, plus l'ion est attiré et plus le temps d'élution est _______
long
36
Décrire la phase mobile d'une chormato échange d'ions
tampon aqueux à pH variable pour modifier les temps d'élutions
37
Nommer deux échangeurs populaires en biochimie
anionique : DEAE-cellulose | cationique : CM-cellulose
38
Paramètres affectant séparation composés chromato échange d'ion
phase stationnaire pH de la phase mobile force ionique de la phase mobile T
39
Dans une chromato échange d'ions, l'interaction est favorisée à _____ T
basse
40
Dans une chromato échange d'ion, l'interaction est favorisée à ______ [sel]
faible
41
La force ionique d'une solution dépend de la _____ et de leur ______
[ions en solution] | nature (monovalent, divalent)
42
La conductivité d'une solution n'est pas directement reliée à sa force ionique, vrai ou faux
faux, directement liée
43
Comment mesure-t-on la conductivité?
avec un conductimètre
44
Échangeur anionique utilisé à un ______ pH
haut | donc grande charge positive de surface et solutés négatifs
45
Échangeur cationique utilisé à un ______ pH
bas | donc grande charge négative de surface et solutés positif
46
L'élution par le pH est elle la meilleure méthode?
Non garde pourrait dénaturer, meilleure méthode est par le sel
47
Exemple d'application de la chromato échange d'ions
purification protéine selon sa charge | Séparation d'acide aminé
48
Réviser diapo 12 pour l'approche direct pour trouver conditions de chromato
aller vas voir ! ;)
49
Dans une chromato d'hydrophobicité, de quoi est composé la phase stationnaire
adsorbant légèrement hydrophobe
50
Dans quelles conditions les solutés vont se lier à la surface pour diminuer exposition à l'eau dans chromato d'hydro
en solution aqueuse | haute force ionique
51
De quoi est composé la phase mobile d'une chromato d'hydro
tampon aqueux | riche en sel (peut être réglé pour contrôler t d'élution)
52
Paramètres affectant séparation dans chromato d'hydro
phase stationnaire : plus chaine longue, plus grande est l'interaction, mais si trop grande la phase mobile devra être non polaire (chromato inverse, RPC) pH phase mobile Type/ [sel] dans phase mobile T
53
Dans chromato d'hydro, l'interaction est favorisée à ____ [sel]
haute
54
Dans chromato d'hydro, l'interaction est favorisée à ___ T
haute
55
De quoi est composé la phase stationnaire dans chromato d'affinité
ligand immobilisé sur support solide
56
Comment est l'interaction entre la matrice et les solutés dans une chromato d'affinité
spécifique et réversible
57
Nommer des interactions récepteurs-ligands
enzyme - substrat anticorps - antigène récepteur - hormone protéine - ADN
58
Propriété de la matrice pour une chromato d'affinité
inerte : pas autres interactions poreuse : passer biomolécules rigide et stable aux T et pH forte densité de groupes réactifs
59
Étapes purification rapide par IMAC d'une protéine
Ajout 6-10 His Insère site de clivage entre His et protéine originale Colonne avec Ni ou de Co His s'y accroche élution du reste avec faible [imidazole] élution Protéine - His avec forte [imidazole] Enlève His avec protéase Chromato pour séparer His des protéines
60
Nommer autres types de chromato
``` Sur hydroxyapatite (HAP) : matrice de Ca, interaction avec protéines/ acides nucléiques Sur mbr ou résine de silice : purification ADN/ARN, lysé --> résine -->lavage avec éthanol -->élution ADN avec sln aq à pH alcalin ```
61
Comment entretenir les colonnes
``` lavage + régénération Entreposage dans NaN3 ou EtOH température : 4 °C Respecter pression (débit) Refroidir + filtrer phases mobiles sur 0,45 uM Dégazer pahse mobile (FPLC, HPLC) ```
62
Nommer différences entre FPLC et HLPC
HPLC : tubulure acier (vs plastique) pureté, qte, agrégation (vs pureté seulement) petit volume (vs gros volume) petite colonne (vs grosse colonne) RPC (vs affinité, échange d'ions, IMAC, hydro, exclusion) plusieurs types de molécules (vs protéines)
63
En quoi consiste l'électrophorèse?
Migration molécules dans champ électrique créé par deux électrodes
64
Comment se nomme l'électrode attirant les charges positives? négatives?
Cathode (-) | Anode (+)
65
En quoi consiste le buvardage?
Passage des molécules d'un gel après électrophorèse à une membrane
66
Comment calculer la vitesse de déplacement des molécules dans une champ électrique?
v = (Eq)/f
67
Nommer les trois composantes d'un appareil faisant une électrophorèse?
Source d'alimentation (E) Tampon d'électrophorèse (q) Support
68
Il y a électroendosmose si le support n'est pas __________.. Que se passe-t-il si ce n'est pas le cas?
électriquement neutre | Si chargé, entraîne un courant de solvant
69
Un support peut être positionné ______ ou _______. Donner un exemple pour chaque
verticalement ou horizontalement | agarose vs PAGE
70
Quel type de gel est couramment utilisé pour l'électrophorèse des protéines?
PAGE
71
Comment préparer le gel de polyacrylaminde? Nécessite des radicaux libres fournis par ? Stabilisé par?
polymérisation de monomères d'acrylamide Persulfate d'ammonium TEMED
72
Vrai ou faux, l'oxygène est essentiel à la polymérisation du gel de polyacrylamide?
Faux, il y a inhibition
73
Comment enlever l'oxygène lors de la confection d'un gel de polyacrylamide?
Dégazage | Polymérisation entre deux plaques avec une couche d'eau ou d'alcool
74
Une électrophorèse non dénaturante dépend de :
charge taille forme
75
Comment la charge varie-t-elle suite à un changement de pH? Les molécules se dirigeront alors vers l'anode ou la cathode?
Augmentation de pH : charge négative, direction vers l'anode Diminution de pH: charge positive, direction vers la cathode Charge nulle : aucune migration
76
Applications courantes d'un gel en conditions non-dénaturantes
``` point isoélectrique d'une protéine (IEF) étude structurale (monomère, dimère) Conserver activité enzymatique 1ère dimension d'un gel 2-D étude interactions protéines-ADN, protéines-protéines ```
77
Méthode pour déterminer focalisation isoélectrique sur un gel
gradient de pH dans une microélectrode Ajout de la protéine Champ électrique L'arrêt de la migration implique qu'il s'agit de pI.
78
Une électrophorèse dénaturantes dépend de :
taille
79
Applications courantes d'une électrophorèse en conditions dénaturantes
déterminer masse moléculaire d'une protéine suivre purification protéine détermination de la présence de sous-unités + taille d'un enzyme 2ème dimension d'un gel 2-D Déterminer si une protéine est correctement repliées
80
Comment dénaturer une protéine
Chaleur SDS Agent réducteur (B-mercaptoéthanol Urée
81
À quoi sert le SDS?
bris liens non covalents Donne charge négative en fonction de la taille (explique pourquoi ne dépend pas de la charge) Empêche les protéines dénaturées de s'agréger et de précipiter
82
À quoi sert le B-mercaptoéthanol?
Bris pont disulfure
83
On mentionne que l'électrophorèse en conditions dénaturantes est un système continu ou discontinu? Pk?
discontinu | Il y a plusieurs gradient de pH et de concentration de SDS dans le gel
84
Expliquer le fonctionne d'un gel de concentration
Les ions Cl- se dirige vers la borne positive (anode) rapidement tout comme les protéines La glycine aussi mais dès qu'elle entre dans la section du gel qui a un pH de 6,08, elle s'arrête (migre lentement), car sa charge est presque de 0 Il y a donc une barrière inférieur (glycine) et supérieur (Cl-) aux protéines. Haut voltage provoquant empilement Quand le tout atteint le gel de séparation avec un pH de 8.8, les ions glycines se charges négativement et vont plus vite Il y a donc séparation selon la taille des protéines étant donné un % d'acrylamide du gel plus élevé.
85
Utilisé d'un gel de concentration
Plus d'échantillon que l'on peut y déposer | Pour que les protéines entrent en même temps dans le gel de séparation (formation d'une bande mince et non diffuse
86
Comment détecter les protéines sur le gel suite à une électrophorèse?
fixation avec acide acétique et du méthanol Utilisation de colorants : Bleu de Coomassie R-250 ou Nitrate d'argent Buvardage : molécules accessibles à la détection par des sondes (anticorps)
87
Comment déterminer la taille des protéines après une SDS-PAGE?
d parcourue 1/proportionnelle au log10 de leur masse | Courbe de calibration
88
Expliquer l'électrophorèse 2D
Séparation avec gel non dénaturant selon le pI | Séparation selon la masse moléculaire avec un gel dénaturant SDS-PAGE
89
Qu'est-ce que le 2D-DIGE?
Coloration préalable à l'électrophorèse Migration Éclaire avec différentes longueurs d'onde

Laboratoire de biochimie (3 decks)

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