Examen 3 (module 10 à 12) Flashcards
(84 cards)
1
Q
Vrai ou faux, la plupart des molécules en biochimie sont visibles
A
Faux!
2
Q
Qu’est ce qu’on utilise pour mettre en évidence des molécules en biochimie? Peut-on quantifier ave ces sondes?
A
des sondes moléculaires
oui on peut quantifier
3
Q
Une sonde a une affinité _____ pour les molécules que l’on veut détecter
A
spécifique
4
Q
Une sonde est couplé à un ______
A
traceur
5
Q
Le traceur modifie l’affinité de la sonde pour la molécule en question, vrai ou faux?
A
Faux
6
Q
Le traceur n’est naturellement pas ________ dans l’échantillon analysé
A
présent
7
Q
Nommer des exemples de sondes moléculaires
A
Fragment ADN spécifique
Anticorps
8
Q
Nommer les trois types de traceurs usuels avec des exemples.
A
isotopes (14C,32P, 13C - stables ou radioactifs)
fluorophores (GFP)
enzymes (peroxydase, B-galactosidase
9
Q
La stabilité du noyau dépend du ratio :
A
neutrons/protons
10
Q
S’il y a trop de neutrons ou pas assez dans le noyau de l’atome, que se passe-t-il?
A
émission rayonnement radioactif pour se stabiliser
11
Q
La désintégration de l’atome est un processus qui dépend des conditions enviro, vrai ou faux?
A
faux, ça ne dépend pas
12
Q
Nommer les quatre types de rayonnements radioactifs
A
alpha
beta
gamma
X
13
Q
Décrire la réaction d’un rayonnement alpha
A
éjection 2 neutrons + 2 protons (donc = He2+)
14
Q
Décrire la réaction d’un rayonnement beta
A
éjection d’un électron (négatron) et d’un antineutrino
15
Q
Décrire la réaction d’un rayonnement gamme et rayons X
A
très énergétique
rayonnement électromagnétique formé de photons
16
Q
La radioactivité est invisible, vrai ou faux
A
vrai
17
Q
Comment détecter la radioactivité
A
Autodiographie (plaque photographique) Compteur Geiger (comptage proportionnel) Compteur de scintillations liquide (Intensité du photon dépend de l'É de la radiation)
18
Q
Le compteur Geiger est efficace pour quel isotope?
A
32P
19
Q
Décrire étapes de l’hybridation Southern
A
gel –>membrane –> autoradiogramme (hybridation avec un fragment d’ADN marqué au 32P)
20
Q
Inconvénient de la radioactivité
A
dangers!!
21
Q
Particules la plus pénétrante? la moins pénétrante?
A
gamme
alpha
22
Q
Fluorescence VS phosphorescence
A
Absorption de lumière et émission à des longueurs d’onde plus grandes dans les deux cas
fluo: émission arrêtée dès que cesse l’illumination
phospho: émission de lumière continue après illumination
23
Q
Décrire le cycle d’absorption, excitation et émission
A
absorption à certaines longueur d’onde
émission a une longueur d’onde plus élevée
la fréquence de la lumière de l’émission sera équivalente à la fréquence de la lumière d’absorption
24
Q
Est-il possible de détecter plusieurs traceurs simultannément? Si oui comment?
A
Oui, avec des filtres appropriés
25
Applications courantes impliquant fluorochromes
détection des a.nucléiques sur gel
Séquençage de l'ADN
Microscopie `à fluorescence
26
Applications courantes impliquant des traceurs fluorescents
Cytométrie en flux
Hybridation de puces à ADN
Microscopie à immunofluorescence
qPCR par TaqMan
27
Comment on détecte la fluorescence?
Microscopie à fluorescence
| Fluorimètre (lecture à 90°)
28
Décrire traceurs colorimétriques
enzyme liée de façon covalente à la sonde
| Réaction enzymatique est spécifique et génère un produit coloré mesurable
29
Avec un traceur colorimétrique, l'intensité de la couleur est habituellement ________à la quantité de sondes fixées à la cible
proportionnelle
30
Exemples de système de colorimétrie
ELISA
Détection de phosphatase alcaline avec NBT + BCIP (anticorps 1 + anticorps 2 conjugués à phosphatase alcaline + phosphate hydrolyse BCIP + détecté avec NBT (bleu)
31
Décrire les traceurs luminescents
| Comment on décrit le processus de détection avec les traceurs luminescents?
Comme traceurs colorimétriques, mais au lieu de faire de la couleur, ils font des de la lumière lorsqu'ils sont hydrolysés par l'enzyme couplée à l'anticorps.
chimioluminescence
32
Comment détecte-t-on la luminescence
luminomètre
| autoradiographie
33
Est-ce possible de visualiser le dosage de l'ATP?
oui avec luciferin + ATP + luciférase ---> production de lumière dont l'intensité dépende la [ATP]
34
Comment marque-t-on les sondes avec les traceurs? (2)
Conjugaison chimique
| Synthèse biochimique
35
Expliquer la conjugaison chimique et donner un exemple
lien chimique stable
| marquage à l'iode
36
Expliquer la synthèse biochimique et donner un exemple
biosynthèse de composés complexes à partir de précurseurs munis du traceur
sonde nucléique (radioactive ou non)
37
Quel est le but du PCR
synthèse grande quantité d'une copie d'un fragment d'ADN
38
Quels sont les réactifs dans le tube au départ pour effectuer un PCR
```
tampon pour l'enzyme
dNTPs
oligonucléotide (primer 1 )
oligonucléotide (primer 2)
Taq DNA polymérase
ADN à amplifier
```
39
Quelle est la particularité de l'enzyme pol dans une PCR
thermostable
40
Expliquer le processus de PCR
```
Dénaturation (95)
appariement des amorces (60)
élongation (72)
dénaturation (95)
et on recommence
```
41
Quelles sont les applications courantes de l'électrophorèse
estimer la taille de fragments d'ADN
analyser des produits de digestion avec une enzyme de restriction
analyser des produits d'amplification PCR
séparer les molécules d'ADN ou d'ARN avant buvardage
isoler et purifier fragment d'ADN
42
Équation utiliser pour expliquer électrophorèse
v=Eq/f
43
Quelle est la charge des acides nucléiques
négative
44
Dans une électrophorèse, la possibilité de séparer les acides nucléiques repose sur :
forme et taille des acides nucléiques
45
à quel moment vas t on utiliser un gel d'agarose? un gel de polyacrylamide?
agarose : gros fragments
| polyacrylamide : petits fragments
46
Quest ce que de l'agarose
polymère linéaire non ramifié
galactose
neutre
algues rouges
47
La concentration d'agarose influence ______ du gel et donc le pouvoir de _______
porosité
| séparation
48
Décrire le pouvoir de séparation sur gel d'agarose selon la taille des molécules
très grosse: entrent pas dans le gel
grosse: entrent, mais ne sont pas séparé
petites : séparé, courbe standard possible
très petites: ne sont pas séparées
49
Comment préparer un gel d'agarose dans des conditions non dénaturantes
```
peser
solubiliser
refroidir (50°C)
couler avec peigne
solidifier
enlever peigne
ajouter tampon électrophorèse
```
50
Comment sont traités les échantillons
ajout tampon de chargement + colorant
51
à quoi sert le tampon de chargement
augmente la densité des échantillons
52
Qui migre le plus loin : plasmide superenroulé ou relâché
superenroulé
53
Qui migre le plus loin: linéaire, circulaire superenroulé
superenroulé
linéaire
circulaire
54
La migration dépend de la taille des molécule, vrai ou faux
vrai!
55
But d'une électrophorèse sur gel en conditions dénaturantes
éliminer l'effet de la conformation pour pouvoir séparer que selon la taille
56
Exemple d'agents dénaturants
urée
formamide
formaldéhyde
haute température
57
à quoi sert le gradient d'agent dénaturant (DGGE)
séparer des fragments d'ADN de même taille, mais pas de même composition (séquences différentes)
58
Exemple d'applications d'un gel DGGE (gradient dénaturant)
analyses s'amplification des 16S
59
But d'une électrophorèse en capillaire
Permet de séparer avec une grande résolution les petites fragments d'ADN (séquenceurs de première génération)
60
Comment estime-t-on la vitesse de réaction enzymatique?
Variation de la concentration de produit ou de substrat en fonction du temps au cours de la phase 1
61
Comment est la pente durant la phase 1 d'une réaction enzymatique
linéaire
62
Durant la phase 1, moins de ____ du substrat est transformé en produit
10%
63
Qu'est-ce qui est seulement mesurée lors de la phase 1 d'une réaction enzymatique
la vitesse initiale
64
Quel est le calcul pour obtenir la vitesse initiale en phase 1
vi = kcat[ES]
65
La phase 2 est linéaire dans une réaction enzymatique, vrai ou faux?
faux, elle est non linéaire
66
Qu'est-ce qui peut expliquer une relation non linéaire dans une phase 2?
épuisement substrat
inactivation de l'enzyme
inhibition par le produit (accumulation de produits)
compétition avec la réaction inverse (si possibilité d'une réversibilité)
67
Comment la concentration su substrat influence la catalyse ? (basse et forte concentration)
Faible : étape de liaison du substrat limite la vitesse
Monte : augmentation de la vitesse
Très élevée : 100% de l'enzyme sous forme de complexe ES alors la vitesse n'augmente plus
68
Quelle est la vitesse maximale que l'on peut atteindre dans une réaction enzymatique
v max quand Kcat[ES] = kcat[E]donc vmax = kacat[E]
69
Qu'est-ce que km?
Constante d'affinité
| C'est une constance qui spécifie [S] à laquelle vi = 1/2 vmax
70
Qu'est-ce que Kcat
nombre de moles de substrat transformées par mole d'enzyme par seconde dans des conditions optimales
71
Qu'est-ce que l'unité UI
unité internationale d'enzyme
| quantité d'enzyme qui catalyse la transformation de 1mmole de substrat par min dans des conditions définies
72
Qu'est-ce que l'activité spécifique
nombre d'unités d'enzyme par mg de protéine ou par mole de protéine
73
Différence entre un dosage en continu direct, indirect, par essai enzymatique couplé
direct : plusieurs prélèvements à des intervalles réguliers, sur un temps relativement court
indirect : comme direct, mais ajout d'un autre réactif pour doser le produit de la réaction
essai enzymatique: ajout d'une seconde enzyme (indirect ou direct impossible à doser)
74
Quelle particularité doit avoir l'enzyme 2 dans une réaction enzymatique en continu par essaie enzymatique couplé
La deuxième réaction doit être super rapide pour que ce soit la première réaction qui limite la cinétique
75
Décrire le dosage discontinu
Dosage après un temps donné Calcul de la variation de la concentration par rapport à la valeur initiale
76
Contrainte lors d'un dosage discontinu
Substrat en excès et enzyme en faible quantité
| Incubation pas trop longue (pour avoir moins de 10% de substrat transformé)
77
Que doit-on réaliser avec la méthode du dosage discontinu
On ne sait pas si la vitesse obtenue fait partie de la région linéaire de la phase 1
Donc si une enzyme montre de l'inhibition en fonction du temps, cela passerait inaperçu
78
Avantage du dosage discontinu
Plusieurs méthodes d'analyses peuvent être utilisées (chimique, radioactivité, spectroscopiques, anticorps, chromatographie, électrophorèse)
79
Nommer les deux contrôles à réaliser lors d'une évaluation d'une activité enzymatique ainsi que leur utilité
sans enzyme : évaluer s'il y a formations spontanée de produit à partir du substrat (ou autre réaction)
sans substrat: sert à corriger pour toute déviation causée par l'ajout de l'enzyme au mélange (enlever le dosage de l'enzyme pour avoir seulement le dosage de la quantité de produit). On soustrait alors la déviation
80
Le pH a une influence sur paramètres, lesquels? Décrire, exemple
Kcat (et vmax) (affecte plus l'aspect du substrat lui-même) : changement de la chaîne latérale de l'enzyme, changement structural
exemple: aspartate38 doit être sous sa forme déprotonées pour agir comme un accepteur de proton (faire catalyse)
km (affecte plus la liaison entre substrat-enzyme): changement pKa chaîne latérale, changement état d'ionisation du substrat, chnagement structutal
exemple: forme déprotonée de l'acide glutamique 371 de l'oxyde nitrique synthase pour faire ponts H avec le substrat
stabilité de l'enzyme: pour conserver structure tertiaire et quaternaire
81
Comment détermine-t-on le pH optimal
mesure ++ vitesse à ++ pH (graphique en forme de cloche)
82
Commet détermine-t-on la zone de stabilité
enzymes à ++ pH, puis remis à son pH normal
83
Que permet une combinaison des deux graphique (stabilité + pH optimal)
La stabilité est oui ou non influence par le pH pour l'enzyme en question
est-ce que v augmente à cause de la stabilité de l'enzyme?
84
Effet de la température sur les réactions enzymatiques
augmentation de la vitesse (augmentation de kcat), mais à un certain point dénaturation
