1
Q
Quels sont les différents interactions avec un objet que la lumière peu avoir ?
A
- Réflexion : l’onde rebondit sur la surface, donne la couleur aux objets
- Absorption : énergie de la lumière gardée par l’objet, lumière émise de nouveau
- Transmission : passage de la lumière à travers des objets
- Diffraction : déviation ou courbure des rayons lumineux lors de leur passage à travers une ouverture de petite taille
- Réfraction: Changement d’angle de la lumière en fonction de la densité de la matière qu’elle traverse
2
Q
Nomme les solutions des problème en microscopie pour la diffraction et la réfraction
A
Diffraction: les lentilles créent un tel effet, le grossissement maximal associé à une lentille est de 100X
Réfraction: Utilisation de l’huile à immersion qui possède le même indice de réfraction que le verre
3
Q
Qu’est-ce que la résolution ?
A
-Capacité d’une lentille à présenter les objets distinctement sans chevauchement
- Liée à la longueur d’onde de la lumière
4
Q
Nomme les trois types de microscopes
A
-Microscopes optiques: utilisent ;’énergie du spectre lumineux et des lentilles (fond clair, fond noir, contraste de phase)
- Microscope électronique : utilisent un faisceau d’électrons et des électroaimants (à balayages, à transmission)
- Microscopes à sondes : utilisent le principe du braille à l’aide d’une sonde et d’un signal électrique
5
Q
Qu’est-ce que la microscopie à fond clair ?
A
-Échantillon plus foncé sur fond brillant
- Observation de spécimens frais et contrastés ou morts colorés (dénombrement)
- Grossissement maximal
6
Q
Qu’est-ce que la microscopie à fond noir ?
A
- Observation de microorganismes vivants : invisible en fond clair, impossible à colorer
- Condenseur modifié avec disque opaque
- Plis faible grossissement
- Spécimen brillant sur fond noir
7
Q
Qu’est-ce que la microscopie à contraste de phase ?
A
- Observation des structures internes d’organismes vivants (fixés non colorés)
- Augmente le contraste entre strcutures d’épaisseurs variables (rayons diffractés et retardés par le spécimen)
- Spécimens avec régions brillantes à noir en passant par le gris
8
Q
Qu’est-ce que le fluorochrome
A
Substance naturellement fluorescente ou colorant fluorescent. Absorbe l’énergie lumineuse et la réémet en lumière visible
9
Q
Qu’est-ce que le filtre d’excitation
A
Il retient la lumière visible et laisse passer les rayons UVs qui exciteront les fluorochromes sur les spécimen à observer
10
Q
Qu’est-ce qu’un filtre d’émission
A
Il retient les rayons UVs et laisse passer la lumiètr visible émise par le fluorochrome
11
Q
Qu’est-ce que l’immunofluorescence
A
Utilisation d’anticorps associés à des fluorochromes
12
Q
Qu’est-ce que ;a Microscopie confocale
A
Construction d’images tridimensionnelles
Utilisation de fluorochromes
Un laser balai l’échantillon couche par couche
13
Q
Qu’est-ce que la microscopie électronique ?
A
Idéal pour visualiser des spécimens de moins de 0.2 um (structures bactériennes internes, virus)
Spécimens non vivants seulement
Pas de source lumineuses ; faisceaux d’électrons (échantillon détruit ensuite
Pas de lentilles de verre
14
Q
Qu’est que la microscopie électronique à transmission
A
- Observation d’échantillons très minces
-Électrons passent à travers le spécimen puis atteignent le détecteur
-Possibilité d’énorme grossissement
-
15
Q
Qu’est-ce que la microscopie électronique à balayage
A
- Fonctionne différemment du TEm ; images tridimensionnelles des surfaces
- Électrons du spécimens sont renvoyés ver un capteur
16
Q
La différence entre un montage frais (liquide) et un montage fixe (séché et coloré)
A
Frais: technique simple et goutte suspendue
Fixe: séchage à l’Air, fixation à chaud et coloration
17
Q
Nomme les différents types de colorations
A
-Simple : Colorant basiques, morphologie, taille et arrangement comme la coloration bleu de méthylène
- Différentielle : Plusieurs colorants , caractéristiques distinctives d’un microorganismes comme la coloration de Gram
- Négative : Le fond de la lame est coloré, le spécimen peut être coloré ou non selon les observations à faire ex: coloration de la capsule
18
Q
Qu’est-ce que le catabolisme ?
A
Réactions qui produisent de l’énergie via la dégradation des molécules complexes
(exergoniques)
19
Q
Qu’est-ce que l’anabolisme ?
A
Réactions qui requièrent de l’énergie afin de synthétiser des molécules complexes
(endergoniques)
20
Q
Quel est la différence entre phototrophe et chimiotrophe
A
- Photo : source d’énergie par la lumière
-Chimio : source d’énergie par composé chimiques
21
Q
Quel est la différence entre autotrophe et hétérotrophes
A
- Auto: Source de carbone par le CO2 atmosphérique
- Hétéro : source de carbone composés organiques
22
Q
Quel est la différence entre phototrophes et hétérotrophes
A
Proto: Auto producteur de sa nourriture
Hétéro : consommateur nutritionnels
23
Q
Nomme des voies métaboliques
A
Glycolyse, fermentation éthanolique, respiration aérobie, photosyntèse…
24
Q
Qu’est-ce qu’une enzyme..
(Fonctions)
A
-Protéines qui augmentent la vitesse des réactions biochimiques
- Elles diminuent l’énergie d’activation nécessaire aux réactions. Sans les enzymes, les cellules ne seraient pas viables .
25
Quelles sont les structures d'une enzymes ?
-Apoenzyme (protéine inactive)
-Coenzyme et ou cofacteur
- Holoenzyme = enzyme active
26
Nomme les étapes de la réaction enzymatique
1-Interactions substrat et site actif
2- Formation du complexe intermédiaire enzyme-substrat
3-Transformation des substrats
4-Détachement des produits
5-Enzyme demeure intacte et prête à recommencer
27
Quels sont les lieux de catalyse ?
-Enzyme intracellulaire (endoenzymes)
-Enzymes extracellulaires (exoenzymes)
28
Quels sont les variables de l'environnement qui rend les enzymes vulnérables ?
-Température
-pH
-Concentration de substrat
-Inhibiteurs
29
Quels sont les régulations d'enzymes lors de la synthèse des enzymes ?
- Utilisation d'activateur ou d'inhibiteur de transcription
- Pas toutes les enzymes produites en permanence
-Arrangement des gènes en opérons
30
Quels sont les régulation enzymatiques lors de l'activité enzymatique ?
-Inhibition compétitive
-Inhibition non compétitive
31
Qu'est-ce que la rétro-inhibition ?
- Produit final de la voie inhibe une enzyme précédente (inhibition non compétitive )
- Bonne méthode conservation énergétique
- On ne veut pas gaspiller les ressources
32
Quelle est la différence entre les enzymes constitutives et enzymes inductibles ?
- Consti : transcrites et traduites en permanence , associées aux processus vitaux
- Induct: transcrites et traduites au besoin (conservation de l'énergie), régulation prétranscriptionnelle (signaux moléculaires internes ou externes )
33
Qu'est-ce qu'un Opéron ?
gène adjacent dont l'expression est régulée simultanément par les mêmes gènes régulateurs
34
Qu'est-ce que lacl
Protéine régulatrice constitutive qui se lie à l'opérateur
35
Qu'est-ce que p sur un brin d'ADN
promoteur; lieu de liaison de l'ARN polymérase
36
Qu'est-ce que o dans l'opéron
opérateur; lieu de liaison du répresseur lacl
37
Qu'est-ce que lacz
Bêta-Galactosidase ; transforme le lactose en glucose et galactose
38
Qu'est-ce que lacY
Perméase; transporte le lactose à travers la membrane cytoplasmique
39
Qu'est-ce que lacA
Transacétylase; transforme les galactosides
40
Comment se mesure la croissance microbienne ?
Se mesure en termes de nombres de cellules
41
La croissance microbienne implique quoi ?
- Augmentation en taille
- Duplication de son contenu cellulaire
- Division cellulaire
- Répétition du cycle encore et encore
42
Quel est le principal moyen de reproduction chez les bactéries
- Par fission binaire
43
Quelles sont les étapes de la fission binaire ?
- Bactérie produit plus de composantes cellulaires
- Réplication de l'ADN (2 copies)
- Constriction centrale et septum
- Division = 2 bactéries identiques
44
Qu'est-ce que le Bourgeonnement ?
-Mode de reproduction microbienne
- Excroissance qui grossit puis se sépare
- Surtout levures
45
Qu'est-ce que la Fragmentation ?
- Mode de reproduction microbienne
- Chez cyanobactéries (long filament, division simultsnée)
46
Qu'est-ce que l'Exospores
-Mode de reproduction microbienne
- Actinomycètes filamenteuses
47
Qu'est-ce que le temps de génération ?
temps pour effectuer un cycle de vie ; une divisom
48
Quels sont les deux type de représentation graphique pour la croissance ?
- Échelle logarithmique
- Courbe de croissance bactérienne
49
Quels sont les caractéristiques de la courbe de croissance bactérienne ?
- Augmentation de la population (nombre) et de la biomasse (quantité)
- Bactéries dans un milieu de culture sans ajout ou retrait
- Divisée en quatre phases :
-> Latence
-> Croissance exponentielle
-> Stationnaire
-> Déclin
50
Les caractéristiques de la phase de latence
- Période d'adaptation de l'inoculum
- Population ne double pas, mais la biomasse augmente (activité métabolique intense)
-Influencée par la composition du milieu, quantité d'inoculum de départ et les bactéries elles-mêmes
- Commence éventuellement à se diviser à un taux constant ; fin de la phase de latence
51
Les caractéristiques de la phase de croissance exponentielle
- Les bactéries adaptées se divisent à un taux constant (temps de génération maximal)
- Population uniforme, bactéries métaboliquement très actives
52
Les caractéristiques de la phase stationnaire
- Épuisement d'un élément essentiel, accumulation de déchets métaboliques ou changement conditions
-La reproduction et la mortalité cellulaires sont équivalentes
-Production de molécules signales en réponse à une densité critiques
- Amorce de processus cellulaires importants
53
Les caractéristiques de la phase de déclin ?
* Haut taux de mortalité.
* La mortalité est plus grande que la
reproduction.
* Lorsque la plupart des bactéries sont
mortes certaines bactéries survivent
(en utilisant les ressources provenant
des cadavres).
* Relâchement des endospores
54
Quels sont les Variations que peuvent avoir les courbes de croissance
* Les courbes de croissance diffèrent selon
l'espèce bactérienne en croissance.
* Chaque phase varie même pour les
souches d’une même espèce.
* La composition du milieu ou des
conditions de culture font également varier
la courbe de croissance
55
Qu'est-ce que le Dénombrement direct de cellules
* Dénombrement des cellules
vivantes et mortes dans un
volume connu en microscopie.
* Chambre de Petroff-Hausser
56
Quels sont les deux types Mesure quantitative de la croissance
* Mesure directe:
* Dénombrement de cellules
* Dénombrement de colonies
* Filtration (peu)
* Dilution en série (beaucoup)
* Nombre le plus probable
* Mesure indirecte:
* Turbidimétrie (densité cellulaire)
* Activité métabolique
* Biomasse sèche
57
Qu'est-ce que le Dénombrement de colonies
* Unités formatrices de colonie (UFC)
* Décompte des bactéries viables
(UFC/mL), sous-estimation du nombre
réel
* Comptage final sur une boîte de Pétri
avec entre 30 et 300 colonies
58
Qu'est-ce que Dilutions préalables
* Dilution en série
* Étape obligatoire pour échantillons concentrés
59
Qu'est-ce que Filtration préalable
* Filtration sur membrane (peu bactérie, volume connu)
60
Qu'est-ce que Méthode du nombre le plus probable (MPN)
* Estimation du nombre de bactéries basée sur des dilutions:
* Croissance liquide
* Milieu sélectif ou différentiel
* Ajout tube de Durham possible
* Méthode statistique
61
Nomme des Estimation par méthode indirecte
* Turbidimétrie (densité optique):
* Spectrophotomètre
* Biomasse sèche:
* Centrifugation ou filtration puis pesée
* Mesure de l’activité métabolique
62
Qu'est-ce que Les biofilms
* En nature, les colonies clonales sont rarement
présentes
* Biofilms:
* Microorganismes fixés, mais en contact avec l’eau
* Couche visqueuses (matrice)
* Une ou plusieurs espèces
* Formes diverses
* Communautés microbiennes coordonnées:
* Signalisation chimique (quorum sensing)
63
Quels sont les avantages des
Biofilms
* Avantages
* Réserves de nutriments
* Protection de l’environnement:
* Dessication
* Antibiotiques
* Prédation
* Transfert matériel génétique
64
Formation d’un biofilm
* Microorganismes planctoniques dans milieu aqueux
* Adhérence de certains microorganismes sur une surface
* Fimbriae
* Multiplication et production d’une matrice visqueuse
* Production d’auto-inducteurs pour la communication et le recrutement
* Épaississement du biofilm, création de canaux et répartitions des tâches
* Fragmentation ou détachement; retour à l’état planctonique
65
Mesurer la croissance en biofilm
Coloration au violet cristallisé
66
Observer un biofilm
* Microscopie (permettant d’observer la structure en 3D):
* Électronique à balayage
* Confocal
67
Facteurs de croissance
* Conditions optimales pour la croissance microbienne
* Facteurs physiques (conditions de l’environnement):
* Température
* pH
* Pression osmotique et barométrique
* Lumière
* Facteurs chimiques (éléments dans l’environnement):
* Carbone et hydrogène
* Azote, phosphore et soufre
* Oligoéléments
* Facteurs de croissance
* Dioxygène
68
Pourquoi la température affecte la croissance ?
Température optimale de croissance; permet le temps de génération le plus court:
* Température minimale
* Température maximale
* Psychrophiles (0-15-25°C)
* Psychrotrophes (0 à 35°C)
* Mésophiles (Top 25-40°C)
* Bactéries pathogènes:
* Thermophiles (Top 50-60°C)
* Hyperthermophiles (Top min 80°C)
69
Pourquoi la pression osmotique affecte la croissance
* Plasmolyse en milieu hypertonique freine la croissance:
* Méthode de conservation
* Halophiles extrêmes:
* Halophiles stricts (besoin du sel)
* Halophiles facultatifs (tolèrent bien le sel)
* Considération pour les milieux de culture solides
* Agar 1.5%
70
Pourquoi la Pression barométrique affecte la croissance
* Piézophiles
* Fonds marins ou sous-sol profond
* Extrêmement difficile d’obtenir des spécimens
puis de les faire croître en laboratoire.
* Microorganismes largement inconnus
71
En quoi la Lumière affecte la croissance
* Essentielle à la croissance des bactéries photosynthétiques
72
En quoi Facteurs chimiques affecte croissance
* Les facteurs chimiques réfèrent principalement à la composition des milieux
de culture utilisés en laboratoire.
* Besoins très diversifiés entre les bactéries
* Les besoins d’un microorganisme reflètent son bagage génétique (enzymes)
* Certaines bactéries demeurent incultivables sur des milieux de culture
artificiels, elles requièrent des cellules vivantes.
* Ces capacités métaboliques peuvent être utilisées en identification
bactérienne (caractères biochimiques).
73
Comment les organismes vont chercher leur carbone et hydrogène
* Source de carbone:
* Inorganique : CO2
* Organique : glucides, protéines et lipides
* Hydrogène:
* Élément essentiel, mais non limitant
* H2O et molécules organiques
74
Comment les organismes vont chercher Azote, phosphore et soufre
* Azote
* Synthèse protéique, ADN et ARN
* Sources: protéines et acides aminés, nitrates et ammonium
* Autre: Fixation d’azote atmosphérique (libre ou symbiose)
* Phosphore
* Synthèse phospholipides, ADN, ARN et ATP
* Sources: phosphates
* Soufre
* Synthèse protéique et vitamines
* Sources: sulfates ou acide aminés soufré
75
Qu'est-ce que les Oligoéléments
* Éléments minéraux nécessaires en petites quantités
* Fer, cuivre, zinc, etc.
* Ajoutés ou présents « par défaut » dans l’eau du robinet
76
La différence entre Aérobie stricts, Anaérobie stricts et
Anaérobie obligatoire et
Anaérobie facultatifs
* Aérobie stricts: besoin d’oxygène pour croître
* Anaérobie stricts: oxygène toxique/mortel; bactéries tuées en présence
d’oxygène
* Anaérobie obligatoire: bactérie devient métaboliquement inactive
* Anaérobie facultatifs: préfèrent l’oxygène, mais capables de fonctionner sans
oxygène (fermentation ou respiration anaérobie)
77
Nomme des Milieux et cultures anaérobies
* Présence d’oxygène toxique:
* Milieu réducteur (milieu avec thioglycolate de sodium)
* Jarres anaérobie (plats de Pétri ou tubes)
* Chambre anaérobie étanche:
* Entrée matériel via sas
* Remplie de gaz inertes
78
Qu'est-ce qu'un milieu de culture ?
* Préparations nutritives stériles servant à la croissance
des microorganismes en laboratoire.
* Liquide (bouillon), solide (gélose) ou semi-solide (gélose)
* Utilisation d’agar-agar en concentration variable (1 à 1.8%)
* Contenus dans des éprouvettes ou des plats/boîtes de Pétri
* Inoculum: microorganismes introduits dans/sur un
milieu de culture pour leur croissance.
* Culture: microorganismes qui se développent et se
multiplient dans/sur un milieu de culture.
79
Qu'est-ce qu'un Milieux synthétiques (définis)
* Milieu dont la composition chimique est connue
avec exactitude
qualitativement et quantitativement.
* Plus pour bactéries autotrophes (métaboliquement
autonomes)
80
Qu'est-ce qu'un Milieux complexes (empiriques)
* Milieu dont la composition chimique exacte reste inconnue, mais dont les
ingrédients et leurs quantités sont connus.
* Ex.: sang, infusion de cœur-cerveau, extrait de levure, etc.
* Principalement pour les bactéries hétérotrophes
81
Qu'est-ce qu'un Milieux sélectifs
* Milieux de culture qui stimulent la croissance ou la prédominance de bactéries
recherchées et/ou inhibent la croissance demicroorganismes compétiteurs
* Agents de sélections généraux:
* Inhibent Gram positif
* Sels biliaires
* Violet cristallisé
* Vert brillant
* Agents sélections spécifiques:
* Antibiotiques
82
Qu'est-ce que des Milieux différentiels
* Milieux avec des ingrédients qui facilitent la distinction entre les
colonies observées pour identifier celles d’intérêt.
* Changement de couleur de la colonie ou du milieu autour de la colonie
* Agents différentiels: sang, indicateurs pH, lactose, etc.
* Colonie: amas visible de cellules microbiennes issues de la même
cellule mère
* Gélose sang: détermination des types d’hémolyse
* Alpha = destruction de l’hémoglobine (pigment verdâtre)
* Bêta = lyse complète des globules rouges (halo clair)
* Gamma = pas d’hémolyse
83
Nomme des milieux sélectifs et différentiels
* Gélose mannitol sel (Staphylococcus aureus):
* 7.5% NaCl
* Mannitol
* Indicateur de pH
* Gélose MacConkey:
* Violet cristallisé
* Sels biliaires
* Lactose
* Rouge neutre (indicateur pH)
84
Qu'est-ce qu'un Milieu d’enrichissement
Augmenter la proportion des microorganismes voulus parmi une population nombreuse et complexe.:
* Ex. décomposeurs de phénol, bactéries fixatrices d’azote, etc.
* Microorganismes viables mais non cultivables (VBNC)
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