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GENET DES POP > EXAMS HUMEAU > Flashcards

EXAMS HUMEAU Flashcards

(49 cards)

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1
Q

Forces évolutifs

A

Processus qui interviennent dans les variations des fréquences allelique au cours des generations

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Q

Populations definition

A

Groupe d’individus d’une meme espèces suspectible de se reproduire entre eux plutôt que des indiv extérieur au groupe
- aspect spatial et temporel

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Q

Loci definition

A

Segment d’ADN précisément situer dans le genome

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4
Q

Genotype defintion

A

Composition allelique d’un individu

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Q

Homozygote définition

A

Meme état allelique à un loci donner pour un individu

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6
Q

Hétérozygote

A

État allelique different pour un indiv

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7
Q

Comment est composer la structure génétique d’une pop

A
  • structure phénotypique
  • structure génotype aux
  • structure allelique
    ==> besoin de polymorphisme entre indiv
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8
Q

Qu’est ce qui permet de caractériser les indiv et/ou les pop

A

Polymorphisme ADN: variation dans les sequences nucléotides

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9
Q

Loi de Hard-Weinberg

A
  • croisement des indiv doit se faire au hasard —> pop en panmixie
  • pas de selection
  • croisement des gametes au hasard —> pangamie
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10
Q

Ho definition

A

Fréquence observer d’individu hétérozygote
Mesure le polymorphisme génétique dans la pop

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11
Q

He definition + formule

A

Fréquence théorique d’indiv hétérozygotes dans la pop
= 2pq pour un loci à 2 alleles
= 1 - somme des pk^2
Pk= la fréquence de l’allele k

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12
Q

FIS definitions + formule

A

Compare les fréquences observer et théorique d’heterozygotes dans UNE population (compare Ho et He dans 1 pop)
Permet de calculer le taux d’auto fécondation
Test l’écart a la panmixie
Test les effets de la reproduction, les éventuelles problèmes technique et la sous structuration)
=1 - (Ho/He)
FIS= 0 —> quand Ho=He —> panmixie
FIS < 0 —> Ho > He —> choix de son partenaire sexuelle en fonction de son phenotype et donc genotype —> pas de panmixie —> préfère des partenaire génétiquement different heterogamie
FIS > 0 —> Ho < He—> reproduction pas au hasard —> coirssement entre indiv apparenter —> consanguinité

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13
Q

Causes de l’écart à la panmixie

A
  • échantillonnage, problème technique
  • regime de reproduction: autogame, heterogame, mixte…
  • force évolutif : migration; mutation, selection, derive
  • sous structuration de la pop (effet wahlund)
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14
Q

4 forces évolutifs

A
  • mutation
  • migration
  • dérive génétique
  • selection naturelle
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15
Q

Migration

A

= homogénéisations des fréquences allelique
- sens stricte: mouvement des organes entre pop
- sens large: flux de genes
- plusieurs modèles de migration: content- ile et modèle en archipel

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16
Q

modèle continent ile

A

flux de migration unidirectionnel constant a chaque generation
Fréquence allelique de ile va tendre vers celle du continent ==> convergence

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17
Q

modèle en archipel

A
  • convergence des fréquences allelique
  • tends vers la moyenne des fréquences allelique
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18
Q

la derive

A

liée a la taille de la pop
= fluctuation aléatoire de la fréquence des alleles au cours des générations résultant d’un échantillonnage aléatoire parmis les gametes
==> fixation aléatoire d’un allele present initialement
= conduit vers un état d’homozygote totale
= augmentation de la différenciation génétique entre les populations
- modèle de wright-fisher

Lié a
- taille de la pop
- effet fondateur
- bottleneck

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19
Q

modèle de wright fisher

A

pour un nombre infini de pop isoler et de generation
- la variation a l’intérieur des pop diminue
- variation entre les pop augmente

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20
Q

selection naturelle

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A

= processus par lequel des variations favorables vont tendre a augmenter en fréquences au sein d’une pop, et inversement pour des variations défavorables
= survie ou reproduction différentielle des different phenotype dans la pop
- agit sur les phenotypes
- causes des variations alleliques

21
Q

valeur selective

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A

capacite d’un individu a transmettre ses propre alleles a la génération suivante
= survie + reproduction

22
Q

valeur selective absolue

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A

nombre totale de descendant suivant produit au cours de la vie d’un indiv

23
Q

4 types de selections

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A
  • directionnelle ( W11 < W12 < W22)
  • stabilisante (W11 < W12 > W22)
  • diversifiante (W11 > W12 < W22)
24
Q

FIT

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A

test du deficit en hétérozygote sur l’ensemble des populations confondues

= 1 - (Ho/Ht)

  • compare heterotzygotie observer moyenne à l’heterozygotie globale

Test les effets cumules reproduction + structuration

25
FST
compare les fréquences théorique moyenne et théorique globale d’heterozygote entre +sieurs populations Estimation de la différenciation génétique =1-(Hs/Ht) Test la structuration, effet de la derive et migration
26
Si Hs est different de Ht
les populations n’ont pas les meme fréquences alleliques donc sont +/- isoler les unes des autres
27
effet wahlund
= mesure le deficit en hétérozygote théorique dans la population moyenne/ pop global = FST qui traduit le degré de différenciation des demes dans le processus de fixation des fréquences alléliques sous l’effet de la dérive génétique - pas effet Wahlund si Hs=Ht (meme fréquence allelique dans toutes les population moyenne) - effet wahlund si Hs different de Ht (les fréquences alleliques sont différentes selon les pop) (sous structuration ou dérive génétique)
28
analyses preliminaire
- courbes d’accumulation - déséquilibre de liaison entre les loci - alleles nuls
29
courbes d’accumulation
test le nombre de marqueur nécessaire pour garder la même diversité
30
déséquilibre de liaison entre les loci
test de la redondance d’informations des marqueurs DL= association non aléatoire entre les alleles de 2 ou plusieurs loci
31
alleles nuls
test de fiabilité du génotype gré = allele non detectable par amplification PCR - hétérozygote coder comme homo Conséquences: diminution de la diversité génétique intra pop et augmentation de la difference des pop
32
Na
nombre d’alleles par locus - tres dependant de l’effectif de la pop - indicateur de la diversité génétique mais problématique pour comparer les pop et les espèces Alternative RA Na donne la vraie diversité
33
RA
richesse allelique corrigée - ne sert qu’a comparer la diversité génétique entre pop et indiv
34
Ne
nombre d’alleles efficaces - nombre d’allele qui va être assurément transmis aux descendants - permet la detection des alleles rares
35
influence des regimes de reproduction sur les valeurs du FIS
Rencontre non aléatoire des phenotypes - reproduction entre indiv différent —> heterogamie FIS < 0 excès d’hétérozy - reproduction entre indiv semblables —> homogamie FIS > 0 deficit d’heterozy Partenaire génétiquement apparente - consanguinité (reprod entre familles ou hermaphrodisme ou reproduction entre sous groupe FIS > 0 deficit hétérozygote
36
methodes pour calculer le taux d’auto fécondité
- a partir des données des descendants - a partir du fis S= 2FIS/(FIS+1) - structure des correlations multiples
37
structure des correlations multiples
si autofécondations réelle alors observation d’un excès de multi homozygote et deficit d’hétérozyg
38
Pourquoi deficit en hétérozygote
autofécondation pour les hermaphrodites autocompatibles - direct (pollen sur meme fleur) - indirecte (avec l’aide de pollinisateur) Croissement entre indiv apparente - si 2 indiv meme gene type homozygote alors tout les descendant homozygotes ont le meme genotype
39
consanguinite
= reproduction entre indiv génétiquement proches Conséquences: - réduction hétérozygote - augmentation homozygote
40
homogamie/autofecondation
diminution d’heterozygote observer par rapport à la valeur attendu en panmixie
41
CLONALITÉ
Clone= indiv provenant de la reproduction asexué d’un indiv unique
42
Comment détecter l’isolement des pop
- examiner les relations entre tous les indiv - examiner les flux de genes entre les pop - tester si l’isolement genet dependant de l’isolement des et ou d’autres facteurs
43
determiner la distance génétique entre indiv
- avec une matrice de distance par loci - puis une ACP ou PCoA (projection de la matrice) - analyse de clustering
44
dispersion/migration
=mouvement d’un indiv ou gamète entre son lieu de naissance et son lieu de reproduction potentielle
45
dispersion chez les animaux vs les plantes
animaux: - mouvement des gametes - mouvement des indiv Plantes - mouvement gametes —> pollen - mouvement des indiv —> graines
46
mesurer la dispersion
- directe: CMR, tracking - indirecte: étude de distribution geo de la div genet
47
mesurer l’isolement si isolement par la distance
modèle en ile de wright - estime le nombre de migrant par pop et par genet - seulement pour les modèle ile a l’équateur derive-migration - le nombre d emigrant est indépendant de la distance geo entre les pop - modèle d’isolement par la distance - modèle en pas japonais
48
mouvement des genes peut dépendre de plusieurs facteurs
- topo et fragm de l’habitat - presence de barrière phy - compo du migrant, philopatrie - compo disperser bio/abiotique
49
Comment tester l’IBD?
Avec un test de mantel - test difference genet selon la distance geo séparant chaque pairs de pop - determine si corrélations entre 2 matrices d’associations - calcul coefficient de correlation reel et Théo entre les elements des 2 matrices

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