Expression du génome (partie 2)

Question 1

Comment se nomme l’ensemble regroupant le coeur de l’ARN polymérase et la sous-unité sigma?

Answer 1

Holoenzyme

Question 2

À quoi servent les sous-unités alpha?

Answer 2

• Échafaudage lors de l’assemblage du coeur
• Reconnaissance du promoteur (élément UP)

Question 3

À quoi servent les sous-unités bêta?

Answer 3

À former le site actif

Question 4

À quoi sert la sous-unité oméga?

Answer 4

• Assemblage et stabilisation du coeur
• Liaison au facteur sigma

Question 5

À quoi sert la sous-unité sigma?

Answer 5

• Reconnaissance du promoteur
• Facteur d’initiation

Question 6

D’où vient le nombre des sous-unités sigma?

Answer 6

De leur longueur

Question 7

Qu’est-ce qui peut être ajouté à la région -10 (boîte de Pribnow) pour former un promoteur?

Answer 7

Une région -35 (plus fréquent), un élément UP ou une région -10 étendue

Question 8

Quelles sont les différences entre l’édition pyrophosphorolytique et l’édition hydrolytique?

Answer 8

Pyrophosphorolytique: Recule d’un seul nucléotide et coupure d’un lien phosphodiester par un PPi (libération d’un NTP)
Hydrolytique: Peut reculer sur plusieurs nucléotides, hydrolyse d’un lien phosphodiester par H2O (libération d’un NMP) et favorisée par le facteur Gre

Question 9

Quel est le mécanisme de réparation de la transcription chez les procaryotes?

Answer 9

La protéine TRCF va entraîner le redémarrage de l’élongation ou la dissociation de l’ARN pol en utilisant de l’ATP pour pousser l’ARN pol. TRCF peut aussi recruter la machinerie de réparation de l’ADN.

Question 10

Qu’est-ce qu’une transcription avortée?

Answer 10

Courts transcrits de moins de 10 nucléotides libérés (leur rôle précis n’est pas connu)

Question 11

Quels sont les modèles de synthèse avortée de l’ARN?

Answer 11

• Excursion: L’ARN pol commence à retranscrire et lâche le transcrit après 10 nucléotides et reculerait
• Étirement: L’ARN pol reste fixée à la région -35, s’étirerait et reviendrait à sa position initiale après relâchement du transcrit
• Froissement/compression: ARN pol ne bouge pas et tire l’ADN à l’intérieur de sa cavité (renflement simple brin). L’énergie s’accumulerait par rembobinageet l’évasion du promoteur est possible

Question 12

Qu’est-ce qui caractérise le début de la phase d’élongation chez les procaryotes?

Answer 12

La libération du facteur sigma de l’holoenzyme

Question 13

Vrai ou faux: la terminaison se fait plus souvent de manière involontaire

Answer 13

Faux

Question 14

Quelles sont les différences entre le mécanismes Rho-indépendant et Rho-dépendant?

Answer 14

Indépendant: Répétition inversée (complémentaire) dans l’ADN qui permet la création d’une structure en épingle à cheveux riche en G:C suivie d’une région riche en A:U
Dépendant: Rho se lie à la polymérase dès le début de la transcription et lorsque rho reconnaît rut (site riche en C), le transcrit se décroche

Question 15

Quel est l’équivalent du facteur d’initiation sigma chez les eucaryotes?

Answer 15

Les General Transcription Factors (GTFs): TFI, TFII et TFIII

Question 16

Vrai ou faux: le promoteur central peut couvrir en amont ou en aval du site d’initiation

Answer 16

Vrai

Question 17

Quel est le promoteur le plus commun chez les eucaryotes? À quoi est-il associé?

Answer 17

L’élément Inr est associé à l’élément DPE (TATA-less) ou à la boîte TATA (containing TATA) et souvent avec un élément DCE

Question 18

Quels GTFs reconnaissent la plupart des promoteurs?

Answer 18

TFIIB et TFIID

Question 19

Comment débute la transcription chez les eucaryotes? Décrire les étapes de ce processus.

Answer 19

La formation du complexe de pré-initiation (CPI) sur le promoteur
1- Liaison du complexe TFIID
2- Liaison des facteurs TFIIA et TFIIB
3- Recrutement de l’ARN polymérase II liée à TFIIF
4- Liaison de TFIIE et TFIIH

Question 20

Comment la sous-unité TBP interagit-elle avec l’ADN?

Answer 20

Via un feuillet bêta dans le sillon mineur

Question 21

Quels sont les rôles du complexe médiateur dans la transcription?

Answer 21

• Faire le lien entre les protéines régulatrices et le CPI
• Réguler l’activité kinase de TFIIH

Question 22

Que signifie CPI?

Answer 22

Complexe pré-initiation (analogue du complexe fermé)

Question 23

Comment la coiffe se crée-t-elle?

Answer 23

1- Le groupement phosphte de l’extrémité 5’ de l’ARNm est enlevé
2- Le fragment GMP est ajouté en 5’ formant un lien phosphodiester 5’-5’
3- Un groupement méthyle s’ajoute à la guanine

Question 24

Quels sont les rôles des différents facteurs d’élongation eucaryotes?

Answer 24

• pTEFb: Kinase qui phosphoryle Ser-2 (domaine C-terminal) et SPT5 et recrute TAT-SF1
• SPT5: Favorise le processus d’élongation et de terminaison (similaire à Nus)
• TAT-SF1: Favorise le processus d’élongation et recrute la machinerie d’épissage
• TFIIS: Édition hydrolytique (comme Gre) et limite les pauses transitoires de l’enzyme
• FACT: Désassemble les nucléosomes avant et les reconstruit après le passage de l’ARN pol II

Question 25

Qu'est-ce que la queue de poly-A?

Answer 25

L'ajout d'une chaine de A (environ 200) à l'extrémité 3' du transcrit de l'ARN pol II seulement

Question 26

Quelle sont les contributions de CPSF et CstF à la queue de poly-A?

Answer 26

CstF favorise la coupure du transcrit et CPSF recrute la poly-A-polymérase

Question 27

Quels sont les modèles de terminaison chez les eucaryotes?

Answer 27

Torpille (RNase collée à l'ARN pol) ou allostérique ( l'ARN pol se décroche d'elle-même et le «déchet» est libéré)

Question 28

Quels sont les rôles des trois ARN polymérases des eucaryotes?

Answer 28

ARN pol I: ARNr ARN pol II: ARNm et ARN non-codants ARN pol III: ARNt

Question 29

Quelles sont les particularités de l'ARN polymérase I?

Answer 29

* Elle ne produit qu'un seul transcrit * Elle n'a qu'un seul promoteur * Facteur d'initiation (SL1)

Question 30

Comment les facteurs sont-ils recrutés par la polymérase au cours de la transition entre les phases d'initiation et d'élongation?

Answer 30

Par les changements de la phosphorylation de la queue CTD