Fasel Flashcards
(134 cards)
1
Q
Comment est composée une membrane ?
A
Une bicouche lipidique amphiphile (une partie hydrophobe qui pointe vers l’intérieur et une partie hydrophile qui pointe vers l’extérieur).
2
Q
Comment sont formés les composés polymériques ?
A
Par des liaisons covalentes entre des unités monomériques (acide aminés, acide nucléiques, sucres, etc.)
3
Q
Comment sont formés les composés supramoléculaires ?
A
Ils sont formés par des liaisons non-covalentes entre des composés polymériques.
4
Q
Quelle est la différence de conformation lorsqu’un carbone est lié à 4 atomes ou à 3 atomes ?
A
Un carbone lié à quatre atomes est au centre d’un tétraèdre, et il y a rotation libre d’atomes le long des liaisons simples ; tandis qu’un carbone lié à 3 atomes a des liaisons qui se trouvent dans le même plan, et aucune rotation n’est possible autour de la double liaison.
5
Q
Quand est ce qu’on considère qu’une liaison covalente est polaire ?
A
Lorsqu’il y a une différence d’électronégativité entre les deux atomes. Un atome sera chargé un peu + négativement et l’autre un peu + positivement.
6
Q
Quand y’a-t-il une interaction électrostatique ?
A
Lorsqu’une molécule chargée positivement interagit avec une molécule chargée négativement (2 ions).
7
Q
Comment se présentent les ions en solution aqueuse ?
A
Ils sont hydratés, c’est-à-dire qu’ils ne sont pas libres mais sont entourés par une cage de molécules d’eau.
8
Q
Quand y’a-t-il une liaison hydrogène ?
A
Si un hydrogène partiellement chargé interagit avec le doublet non-liant venant d’un autre atome.
9
Q
Pour quelles types de particule est ce que les interactions de Van der Waals sont importantes ?
A
Pour des atomes de même électronégativité ou des molécules non-polaires comme les hydrocarbures.
10
Q
Quand y’a-t-il des interactions hydrophobes ?
A
Lors de l’accumulation de molécules hydrophobes dans un milieu aqueux.
11
Q
Quels sont les 3 types principaux de macromolécules présents dans les cellules ?
A
Les polysaccharides, les acides nucléiques et les protéines.
12
Q
Quel type de réaction a lieu pour former des liaisons covalentes à partir d’unités monomériques ?
A
Une réaction de déshydratation = départ d’une molécule H2O.
13
Q
Quel est le point commun de tous les monosaccharides ?
A
Ils contiennent tous au moins un groupement –OH et un groupe carbonylé (aldéhyde ou cétone).
14
Q
Comment se forme une liaison glycosidique ?
A
Le groupement –OH en position 1 d’un sucre (en configuration alpha ou beta) se lie par déshydratation au groupement –OH en une autre position sur un autre sucre
15
Q
Quelle est l’unité monomérique des acides nucléiques ?
A
Le nucléotide
16
Q
De quoi est composé un nucléotide ?
A
Il est composé d’une base azotée, d’un groupement phosphate et d’un pentose.
17
Q
Comment sont liés les nucléotides entre eux pour former des polymères ?
A
Ils sont liés par des liaisons phosphodiesters.
18
Q
Qu’est ce qu’une liaison peptidique ?
A
C’est une liaison covalente entre le la fonction carboxyle d’un acide aminé et la fonction amine d’un autre.
19
Q
Quelle est la principale différence entre un procaryote et un eucaryote ?
A
Les cellules procaryotes n’ont pas un noyau défini par une membrane et présentent une organisation intracellulaire relativement simple. Les eucaryotes ont une organisation cellulaire (organelles délimités par une membrane) complexes et un noyau bien défini.
20
Q
Qu’est ce que le nucléoide ?
A
Une localisation intracellulaire précise des cellules procaryotes qui contient le matériel génétique mais n’est pas entouré par une membrane.
21
Q
Quelle est organelle est en continu avec la membrane externe du noyau ? Quelle est sa fonction ?
A
Le réticulum endoplasmique rugueux. Il est chargé d’assembler les protéines.
22
Q
Comment fonctionne un virus ?
A
Il est dépendant de la machinerie cellulaire de la cellule hôte et ne possède pas son propre métabolisme.
23
Q
Quelle est la grosse différence entre les cellules procaryotes et eucaryotes dans la synthèse de protéines ?
A
Dans les procaryotes, il y a un couplage transcription/traduction, alors que les cellules eucaryotes ont des compartiments → noyau (transcription + maturation) et cytoplasme (traduction)
24
Q
Dans les cellules eucaryotes, quel processus a lieu a l’extérieur du noyau (dans le cytoplasme) ?
A
La traduction.
25
Quelle base sont des pyrimidines et quelles bases sont des purines ?
Purines : Adénine et Guanine Pyrimidine : Cytosine, Thymine et Uracile
26
Quelle différence y’a-t-il entre les purines et les pyrimidines ?
Les purines possèdent un double anneau, tandis que les pyrimidines ont un seul anneau.
27
Quelle molécule obtient-on lors d’une méthylation de l’Uracile ?
La thymine
28
Comment peut-on passer d’une cytosine à une thymine ?
Par méthylation, suivie d’une déamination oxydative.
29
Quelle molécule est issue de la dégradation des purines ?
L’acide urique.
30
Quel carbone du pentose détermine s’il s’agit d’un ADN ou ARN ?
C2
31
Quel carbone se lie à la base ? Quel est le type de liaison ?
C1 : BN-9 pour purines et BN1 pour pyrimidine
32
Comment appelle-t-on une base liée à un sucre sans phosphate ? Quel carbone lie le phosphate ?
Un nucléoside, C5
33
Quel carbone permet de se lier à un autre nucléotide ?
C3
34
Sous quelle forme les nucléotides peuvent-ils exercer une fonction de messagers ?
cAMP, cGMP → forme cyclique (cycle formé par une liaison phosphate entre 3’ et 5’).
35
Quel type de liaison permet de lier 2 nucléotides ?
Liaison phosphodiester 3’-5’.
36
Quelle convention permet d’exprimer la polarité de la structure ADN ?
5’ à gauche et 3’ à droite.
37
Comment sont liées les deux chaînes polynucléotides de l’ADN ?
Elles sont liées entre bases complémentaires (A-T et G-C) par des liaisons hydrogènes.
38
Quelle différence y’a-t-il entre les liaisons A-T et G-C ?
A-T n’ont que 2 ponts hydrogène alors que G-C en a 3.
39
Quelle structure prend l’ADN ?
Structure en double hélice, avec des grands et petits sillons
40
Quels sont les 3 éléments qui assurent la stabilité de la double hélice ?
Liaisons hydrogènes, interactions hydrophobes entre les bases et hydratation des phosphates.
41
De quel type d’hélice est l’ADN double brin ?
Hélice B
42
Quels sont les 2 types de séquences répétées que l’on peut trouver dans le génome ? Et leurs sous-catégories ?
Tandem → Microsatellite, Mini-satellite et satellite. Dispersée → LINE et SINE
43
Comment sont générées les séquences répétées dispersées ?
Par transcriptase inverse.
44
Quelles sont les protéines autour desquelles s’entoure l’ADN ? Quelle est leur charge ? Quelle structure cela permet d’obtenir ?
Les histones des protéines basiques chargées +, la chromatine.
45
Quelles sont les 2 formes de chromatine et comment sont-elles organisées ?
Euchromatine → peu condensée donc accessible. Hétérochromatine → condensée.
46
Quand a lieu la réplication de DNA ? Quelles sont ses 2 caractéristiques ?
Avant la mitose. Elle est semi-conservative et bidirectionnelle.
47
Dans ce cas, combien de fois est répliquée chaque séquence ?
Chaque séquence doit être répliquée au moins une fois, mais pas plus d’une fois.
48
Quelle enzyme est chargée de synthétiser des bruns complémentaires ?
DNA polymérase.
49
Quelle différence y’a-t-il entre le génome des mammifères et celui des bactéries dans leur origine de réplication ?
Le génome des mammifères a plusieurs origines de réplications, alors que les bactéries ont un génome circulaire et une seule origine de réplication.
50
Quels sont les 3 éléments fondamentaux pour la réplication ?
Une matrice (séquence de base qui va être copiée), une amorce et un 3’OH.
51
Dans quel sens est l’amorce par rapport à la matrice ?
Antiparallèle
52
D’où vient l’énergie pour l’addition d’un nucléotide ?
Elle provient du nucléotide qui arrive dans le brin antiparallèle. Son phosphate alpha se lie au 3’OH de l’amorce et libère un pyrophosphate. Cette liaison est riche en énergie et permet donc le processus
53
Quel élément est nécessaire au fonctionnement d’une DNA polymérase ?
Une amorce ARN hybridée à une matrice.
54
Comment s’appelle l’activité de dégradation des liaisons phosphodiesters des DNA polymérase ?
Exo nucléase
55
Quels sont les deux types de synthèse dans une bulle de réplication ?
Synthèse continue (qui provient de la première amorce) et synthèse discontinue (en amont de la première amorce, car la bulle s’ouvre dans les 2 sens).
56
Comment s’appelle l’enzyme qui synthétise l’amorce ARN ?
La primase, elle synthétise une vingtaine de nucléotide pour l’amorce.
57
Comment s’occupe-t-on des brins en amont de la première amorce ? Comment s’appellera se brin et de quelle synthèse fait-il partie ?
On synthétise une nouvelle amorce en amont, ce brin sera le brin trainard. Il fait partie de la synthèse discontinue.
58
Comment sont nommés ces brins trainards ?
Fragment d’Okazaki.
59
Comment sont traitées les amorces ARN après la synthèse ? Par qui ?
Une enzyme DNA polymérase I va se charger de dégrader ces amorces grâce à une activité d’exo nucléase 5’-3’.
60
Quelle enzyme lie les fragments d’Okasaki et l’amorce entre eux ? Comment fonctionne-t-elle ?
Ligase. Elle doit être activée par de l’ATP et forme une ligase AMP qui permet la liaison entre 5’ Phosphate et 3’OH
61
Quelle enzyme est responsable de la progression de la fourche d’élongation ?
Hélicase
62
Pour quelle espèce connaît-on l’origine de réplication ?
Elle est connue chez E.coli mais pas chez les eucaryotes.
63
Quel phénomène peut conduire à une erreur d’appariement dans la synthèse ?
La tautomérie de la Thymine, qui peut s’apparier à une Guanine si elle est sous forme énol. La cytosine sous forme immino peut s’apparier à une Adénine
64
Si un mauvais nucléotide est apparié, quelle activité est utilisée par les polymérases ?
Exonucléase 3’-5’
65
Qu’est ce qu’un télomère ? Quelle enzyme les synthétise ?
Une séquence répétée en mini satellite présente au bout de chaque chromosome. La séquence est TTAGGG chez l’homme. Elle est synthétisée par une télomérase et permet d’éviter la senescence.
66
Comment se présente cette enzyme ?
C’est une ribonucleoprotéine (assemblage d’ARN et de protéine), une enzyme spécifique avec une matrice ARN intégrée, et un composé protéique fournissant une activité catalytique. C’est un complexe supramoléculaire.
67
Quel problème est rencontré lors de la réplication des télomères ?
Une fois que le nouveau brin est synthétisé, l’amorce ARN est retirée et le brin inférieur est donc incomplet comparé au brin de matrice → perte d’information.
68
Comment va donc agir la télomérase ?
Elle va élargir le brin parental à partir de sa matrice ARN
69
Quelle structure peut se former entre des séquences riches en guanine ?
G quadruplex : ADN à 4 brins antiparallèles
70
Comment se nomment les ponts H dans le G quadruplex ?
Ponts de Hoogsteen
71
Quelle est l’utilité de ces G quadruplex ?
Grâce à leur structure distordue, ils permettent une protection contre la dégradation par les nucléases, et ainsi le maintient des télomères.
72
A quoi est du le syndrome de Werner
A l’absence d’hélicase se liant aux G-quadruplex.
73
Comment se nomme le fonctionnement de la télomérase ?
C’est une transcriptase inverse car elle synthétise du DNA à partir d’une matrice d’ARN.
74
Que se passe-t-il pendant la transcription ? Quelle est la différence avec la réplication ?
On va copier l’information génétique sous forme d’ARN. Contrairement à la réplication, la transcription ne fait que quelques séquences spécifiques du génome et pas tout le génome entier.
75
Quelle enzyme recopie le génome sous forme de RNA ? Quelle est la différence avec la DNA polymérase ?
RNA polymérase. Elle peut synthétiser du RNA sur un brin de matrice sans amorce, contrairement à la DNA polymérase qui a besoin d’une amorce.
76
Quels sont les 3 types principaux de RNA dans une cellule ?
rRNA (supramoléculaire), tRNA et mRNA.
77
Quel est le rôle des mRNA ?
Leur rôle est de transporter l’information génétique de l’ADN (noyau) jusqu’aux ribosomes.
78
Quel est le rôle des tRNA ?
Se lient aux mRNA et permettent de traduire les séquences d’acides nucléiques en protéines (acides aminés).
79
Quel est le rôle des rRNA ?
Ils jouent un rôle structural dans les ribosomes.
80
Combien y’a-t-il de RNA polymérase chez les eucaryotes ? Que synthétisent-ils ? Comment peut-on les distinguer ?
RNA polymérase I : synthèse de rRNA. RNA polymérase II : synthèse de mRNA. RNA polymérase III : synthèse de petits RNA. On peut les distinguer par leur sensibilité à l’alpha- amanitine.
81
Les procaryotes ont-ils le même nombre de RNA polymérase ?
Non, ils n’ont qu’un seul type de RNA polymérase.
82
Quel est le rôle de la TATA box, où est-elle située sur le DNA ?
C’est une séquence promotrice. Elle est située en amont de +1 et fixe le début et le sens de la transcription.
83
Que permet la CAAT box ?
Elle permet d’augmenter le taux de transcription.
84
Que faut-il pour que la RNA polymérase II vienne se fixer sur TATA ?
Plusieurs facteurs de transcription TFII doivent se fixer sur TATAA box et former un complexe. Une fois que ce complexe est formé, la RNA polymérase peut venir se fixer.
85
Quel brin de l’ADN aura la même séquence que l’ARN ?
Le brin codant aura la même séquence, excepté les T qui seront remplacés par des U. Le brin matrice est le brin à partir duquel la RNA polymérase II va synthétiser l’ARN.
86
Dans quel sens se déplace l’ARN polymérase lors de la transcription ?
Dans le sens 3’→ 5’.
87
Quelle est la grande différence entre la DNA polymérase et la RNA polymérase ?
La RNA polymérase n’a pas besoin d’amorce pour synthétiser des brins, une matrice suffit.
88
A quoi correspond le pré-mRNA ? Que va-t-il subir ?
C’est un transcrit primaire, une copie d’un des deux brins de l’ADN. Il va subir une maturation (va être modifié) pour donner du mRNA.
89
De quoi est composée la maturation du RNA ?
Ajout de la coiffe en 5’, Polyadénylation en 3’ et épissage (spicing). La maturation permet d’obtenir un RNA messager à partir d’un transcrit primaire (pré-mRNA).
90
En quoi consiste le capping ? Quelle est son utilité ?
Addition d’une Guanine (GTP) sur le nucléotide +1 à l’aide d’une transférase + double méthylation. Elle permet de protéger l’extrémité 5’ contre la dégradation et la traduction.
91
Quelle est la particularité de cette coiffe 5’ ?
Il s’agit d’une liaison phosphodiester 5’-5’, ce qui permet une résistance vis à vis des nucléases.
92
En quoi consiste la polyadénylation ? Comment fonctionne-t-elle ?
Elle fonctionne grâce à un signal de coupure (AAUAA) qui induit une coupure 20 nucléotides en aval de cette séquence puis une addition d’une centaine de A.
93
En quoi la polyadénylation est importante pour la suite ?
Le mRNA ne quitte pas le noyau s’il n’est pas polyadénylé.
94
En quoi consiste l’épissage ? Quelle est sa particularité ?
Elimination des introns. Il y a une liaison phosphodiester 2’-5’.
95
Que retrouve-t-on dans tous les introns ?
Les deux premiers nucléotides sont GU (5’) et les 2 derniers sont généralement AG (3’).
96
A quel moment a-t-on la liaison 2’-5’ ?
Lorsque le G, qui est le premier nucléotide de l’intron, se lie à un A au milieu de la séquence de ce même intron.
97
Qu’est ce qui est utilisé pour la coupure extrêmement précise de l’intron ?
Des snRNA, qui définissent le splicing site.
98
Comment s’appelle le complexe formé par U1 et U2 ?
Le spliceosome
99
Quel est le rôle de U2 dans ce processus ?
Il vient s’associer aux nucléotides entourant le A par ponts H de sorte à ce que A soit exclu de l’hybride, ce qui lui permet de se lier à G.
100
Quel est le rôle de U6 ?
Il vient stabiliser le complexe U2-intron.
101
Qu’est ce que 5’NTR et 3’NTR ?
Des régions non-traduites du mRNA, située entre la coiffe et AUG, et respectivement entre le stop codon et le poly-A.
102
Quel est le but de l’épissage alternatif ?
Générer une diversité de mRNA en fonction des tissus. Il se fait en sélectionnant ou non certains exons → De ce fait, des exons sont considérés comme intron dans le processus
103
A quoi sert le code génétique ?
Il permet de faire correspondre une séquence de nucléotides du mRNA avec des acides aminés (polypeptides).
104
Qu’est ce qu’un codon ?
Une séquence de 3 nucléotides qui correspond à un acide aminé. Il en existe 64.
105
Quel codon et acide aminé sont les premiers synthétisés dans une protéine ?
AUG, correspond à une méthionine. En revanche, elle peut être retirée par la suite et pas toutes les protéines ne commencent par cet acide aminé.
106
Le code génétique est dégénéré, qu’est ce que cela signifie ?
Certains acides aminés ont plusieurs codons possibles. Il y a donc plus de codons que d’acides aminés.
107
Comment se fait la reconnaissance entre un codon et son acide aminé ?
A l’aide d’une molécule adaptatrice, le tRNA.
108
Comment s’appelle la boucle du tRNA qui se fixe au codon du mRNA ?
La boucle anticodon.
109
Quelle enzyme interagit avec la boucle D du tRNA et permet de fixer le bon acide aminé sur le tRNA ?
Aminoacyl-tRNA-synthétase
110
Comment est ce que le tRNA interagit avec la machinerie de traduction ?
Avec la boucle T, qui lui permet d’interagir avec les ribosomes.
111
Il existe environ 40 tRNA pour 61 codons, quel mécanisme permet de compenser le déficit de tRNA par rapport aux nombre de codons, tout en respectant le code génétique ?
Il s’agit du mécanisme de flottement (wooble). La troisième base d’un codon varie souvent pour un même acide aminé. La première base de l’anticodon est moins précise que les deux autres et peut s’apparier à plusieurs bases sur le codon, tout en donnant le bon acide aminé.
Ex : Phe a le codon UUU et UUC. Le tRNA a un codon AAG : A et A s’apparient de toute manière avec UU et G s’apparie soit avec C ou avec U.
112
Quelle est l’exception au code génétique universel ?
Le code génétique mitochondrial dont certains codons diffère.
113
Qu’est ce qu’une mutation ponctuelle ? Quels sont les 2 types ?
Une mutation limitée à une ou quelques paires de base. Elle peut être une mutation de substitution ou une insertion/délétion.
114
Pourquoi dit-on d’une mutation qu’elle est silencieuse ?
Car une base est substituée par une autre, mais cette substitution mène au même acide aminé (code génétique).
115
Qu’est ce qu’une mutation faux-sens ?
La substitution change le codon et donne donc un autre acide aminé.
116
Et non sens ? Comment varie son impact ?
Une mutation qui introduit un stop codon. L’impact est différent si la mutation a lieu au début de la séquence (absence de la fonction) ou plutôt vers la fin (activité défectueuse mais présente
117
Quelle est la conséquence d’une mutation insertion/délétion d’un nombre de nucléotide qui est un multiple de 3 ?
Il n’y aura pas de changement du cadre de lecture, mais simplement l’ajout/suppression d’un ou plusieurs acides aminés.
118
Quelles sont les 2 conséquences possibles d’une mutation ?
Perte de fonction → protéine moins active (fonctionnelle) ou quantité réduite. Gain de fonction → protéine trop active ou nouvelle activité de la protéine.
119
Quels sont les éléments qui permettent la régulation des gènes ? De quel type peuvent être ces éléments ?
Les éléments cis (séquences d’ADN) et les éléments trans (protéines, facteur de transcription). Ils peuvent être généraux ou spécifiques.
120
Qu’est ce qu’un promoteur ?
Un élément régulateur cis (général ou spécifique) proche du site d’initiation de la transcription. Ils continent également des sites de liaison pour des facteurs de transcription (facteurs trans).
121
Quel est l’élément cis de base ?
TATA box.
122
Quel est le rôle des facteurs régulateurs trans ?
Ce sont des protéines qui reconnaissent les promoteurs et séquences régulatrices d’un gène et viennent se lier à eux.
123
Comment peuvent agir les TF spécifiques ?
En liant directement les TF généraux ou en modifiant la structure chromatinienne du promoteur en ouvrant ou en condensant la chromatine.
124
Quelle est en général leur structure ?
Ils ont 2 domaines : un pour lier l’ADN et l’autre pour lier d’autres protéines TF.
125
Qu’est ce qui va déterminer le type de régulation qu’un gène va subir ?
La présence ou non de séquences (éléments cis) sur chaque promoteur, qui va donc déterminer si une protéine régulatrice s’y fixe ou non.
126
Quel est le rôle de l’adenylate cyclase, activée par une protéine G ?
Elle va cycliser de l’ATP : ATP → cAMP.
127
Quelles sont les 2 sous-unités de la protéine kinase A ? A laquelle se lie cAMP ?
Une sous-unité régulatrice ® et une sous unité catalytique ©. cAMP se lie à la sous-unité R.
128
Qu’est ce qui permet de contrôler l’activité des TF régulateurs ?
Des signaux extra ou intra cellulaires, par exemple des hormones (oestrogènes, insuline,..).
129
A quoi est du la lymphome de Burki ?
Une translocation d’un bout du chromosome 8 sur le 14. Le gène myc qui est impliqué dans la régulation du cycle cellulaire sera présent au mauvais endroit, ce qui va dérégler le fonctionnement des cellules.
130
Sur quoi est ce que les miRNA peuvent avoir une influence ?
Ils peuvent avoir une influence sur la traduction ou sur la stabilité.
131
Qu’est ce qu’un nucléosome ?
Un complexe comportant segment d’ADN d’environ 146 nucléotides enroulés autour d’un cœur formé de protéines nommées histones.
132
Quelles sont les enzymes qui peuvent avoir une influence sur le niveau de condensation de la chromatine ? Comment fonctionnent-elles ?
Histone acétylase et histone déacétylase. L’acétylation des histones permet de décondenser la chromatine, en modifiant la charge du N-terminal de positif à négatif, ce qui modifie son niveau d’interaction avec l’ADN chargée négativement.
133
Sur quoi les G quadruplex peuvent-ils avoir une influence ?
Ils peuvent bloquer la réplication, la transcription et la traduction.
134
Quel est le niveau principal concerné par la régulation des gènes ?
La transcription.
