Fasta & BLast Flashcards Preview

zzz..... uni......Bioinformatics > Fasta & BLast > Flashcards

Flashcards in Fasta & BLast Deck (13):
1

Fasta

First sequence searching algorithm for comparing a query sequence against a database

2

Blasta

-Basis Local Alignment Search Technique

- improvement of FASTA :

a) Search speed
b) ease of use
c) statistical rigor

3

Fasta and Blast : The Basis idea ....

a good alignment contains subsequences of absolute identy (short lengths of exact matches)

4

Blast is

- good to compare small single sequences to an entire database

- better than Fasta

-more user-friendly

5

Welche Aussagen zum FASTA-Algorithmus sind korrekt?

a. Ist eine Heuristik

b. Arbeitet mit kurzen Alignment Seeds

6

Welche Aussagen zum BLAST(2)-Algorithmus sind korrekt?

a. Ist eine Heuristik
b. Filtert Seed-Words über einen Score
c. Kann Seed-Hits kombinieren

7

Bei einer Datenbanksuche mit BLAST erhält man E- und P-values. Welche Aussagen sind richtig?

a. P-Value und E-Value sind aneinander gekoppelt
b. E-values ändern sich wenn sich die Datenbankgröße
ändert
c. Der E-value ist immer größer als der P-value
d. Je kleiner der E-value, desto signifikanter der Hit

8

Sie haben die Proteinsequenz eines biologisch relevanten Peptids isoliert. Welche BLAST-Variante würden sie benutzen um die dazugehörige genomische Sequenz aufzufinden?

TBLASTN

9

BLASTN

compares a DNA query sequence to a DNA sequence database

10

BLASTP

compares a protein query sequence to a protein sequence database

11

TBLASTN

compares a protein query sequence to a DNA sequence database (6 frames translation)

12

BLASTX

compares a DNA query sequence (6 frames translation) to a protein sequence database

13

TBLASTX

compares a DNA query sequence (6 frames translation) to a DNA sequence database (6 frames translation)