Forces that shape genomes Flashcards
(45 cards)
Noem eigenschappen van bacteriën.
Eencellige organismen, DNA in circulaire chromosomen en plasmiden.
Noem eigenschappen van archaea.
Eencellige organismen, meeste zijn extremofiel, DNA in circulaire chromosomen en plasmiden.
Welke dingen verschillen/komen overeen in de domeinen?
Bacteriën hebben geen intronen, archaea en eukaryoten wel. Eukaryoten en archaea hebben beide TATA box-like binding sites.
Wat zijn indicaties voor genoomcomplexiteit?
De genoomgrootte en het aantal genen.
Is er bij prokaryoten sprake van correlatie tussen genoomgrootte en het aantal genen? Zijn hier ook uitzonderingen op?
Ja, een bijna perfecte correlatie. Uitschieter is een parasitaire bacterie, waarschijnlijk omdat de bacterie sommige genen mist die worden uitgevoerd door het host-organisme.
Wat is de C-value paradox?
Het gebrek aan correlatie tussen genoomgrootte en het aantal genen.
Waar wijst de C-value op?
Op de grootte van een haploïd genoom.
Van welke organismen varieert de genoomgrootte het minst en welke het meest?
Het minst van vogels, zoogdieren en reptielen en het meest de protozoa (vallen onder eukaryoot).
Waardoor is er bij eukaryoten sprake van een C-value paradox?
Eukaryoten hebben veel niet-coderend DNA. Hierin variëren ze veel, maar niet in het aantal genen.
Welke elementen correleren wel met genoomgrootte?
De duur van de celcyclus en het minimale celvolume.
Waarom hebben eukaryoten meer niet-coderend DNA en hoe komen we tot het antwoord?
Door pseudogenen te vergelijk van een bepaalde genus van prokaryoten en te kijken of die genen eerder de neiging hadden voor insertie of deletie. Het antwoord was deletie het meest voorkwam in niet-coderende regio’s. Hierdoor zijn prokaryoten compacter.
Wat geeft polyploïdie in geslachtscellen ons voor hint?
Het is een bewijs voor genoom duplicatie.
Hoeveel n hebben graan, bananen en de rode viscacha?
Respectievelijk 6, 3 en 4n.
Waarom is haploïdie in de plant Arabidopsis ook bewijs voor genoomduplicatie?
Omdat uit het genoom van deze plant bleek dat er veel geshuffled is met genen en er dus duplicatie heeft plaatsgevonden hiervoor.
Waaruit blijkt dat junk-DNA toch functioneel zou kunnen zijn?
Bij het vergelijken van intergenische sequenties afkomstig van de genomen van de mens en de muis komt naar voren dat er meer sequentie homologie is dan zou kunnen als die genen allemaal niet-functioneel zijn.
Waarom kunnen pseudogenen bestaan?
Omdat één functionerende kopie van het gen genoeg is voor het organisme om te overleven, één gemuteerde kopie zal dan geen negatieve effecten hebben.
Wat zijn processed pseudogenen?
Dit zijn genen met geen intronen of promotor regio.
Hoe worden microsatellieten ook wel genoemd?
Simple Sequence Repeats.
Wat zijn microsatellieten?
Het zijn korte repeats van 1-6 nt lang en zijn hoog variabel.
Waarom zijn microsatellieten hoog variabel?
Door een proces genaamd slipped-strand mispairing. Dit is een proces bij DNA-replicatie, bij mispairing in de nieuw gevormde streng ontstaat insertie van een repeat. Bij mispairing in de template streng, zorgt dit voor deletie van een repeat.
Wat zijn minisatellieten?
Repeats van 7-100 nt lang en zijn vaak C-G rijk en soms A-T rijk.
Wat is het interessante van minisatellieten en waaraan is dit te wijten?
Hun hoge mutatiesnelheid, dit ligt waarschijnlijk aan het feit dat ze op plekken op chromosomen liggen die een hoge recombinatiefrequentie hebben. 90% van alle minisatellieten bevind zich op zo’n plek.
Waarvoor worden minisatellieten gebruikt?
Voor politieonderzoek –> DNA-fingerprinting. Of om mutagene stoffen te onderzoeken.
Wat zijn mobile elements of transposable elements?
DNA-sequenties die zich kunnen verplaatsen in het genoom.
