Genome structure Flashcards
(30 cards)
Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de anafase?
De chromosoomparen liggen op verschillende polen, ze zijn net uit elkaar getrokken.
Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de profase?
De chromosomen liggen verspreid in de kern, ze zijn net zichtbaar.
Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de interfase?
De chromosomen zijn nog niet zichtbaar.
Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de metafase?
In de metafase liggen de chromosoomparen op één vlak in het midden.
Welke twee vormen kan DNA aannemen en wat is de functie hiervan?
DNA kan de vorm aannemen van een hetero- of euchromatine. Heterochromatine is compact opgewonden DNA en is transcriptioneel niet actief. Euchromatine is het tegenovergestelde.
Een kern is zo georganiseerd dat geproduceerd RNA makkelijk de kern kan verlaten, op welke manier wordt dit vergemakkelijkt?
De plekken waar euchromatine aanwezig is, zijn ook de plekken die in contact staan met kernporieën.
Hoe wordt DNA genoemd dat constant in heterochromatine is?
Constitutieve heterochromatine
Noem van klein naar groot de verschillende structuren waar je DNA in kan aantreffen:
Dubbele helix DNA –> spiraliseert tot nucleosoom –> nog compactere nucleosoom wordt chromatine –> vormen chromatine coil –> nog compacter vormen ze een chromatine coiled coil –> chromatide
Welke histonen komen samen met DNA tot een corecomplex en hoeveel kopieën zijn er van de histonen?
Er is een kopie van H2A, H2B, H3 en H4. Ze vormen samen met DNA een octamerisch complex.
Wat maakt dat histonen kunnen binden met DNA?
Histonen zijn positief geladen door de aanwezigheid van lysine op de N-terminus, DNA negatief door de fosfaatgroepen.
Wat is core DNA en linker DNA?
Core DNA is het DNA dat om de histonen is gewikkeld, linker DNA is het stukje DNA tussen histonen.
Wat gebeurd er als je H1 uit het chromatine complex haalt?
De chromatine kan zich niet vormen doordat condensatie niet meer mogelijk is.
Waarom is de N-terminus van histonen belangrijk?
Die is belangrijk voor de regulatie van de toegankelijkheid van het DNA.
Wat gebeurd er als lysine wordt gemodificeerd door acetylatie?
De lading van lysine wordt neutraal, de histonen binden niet meer met het DNA en DNA wordt toegankelijk.
Waar zorgt acetylatie meestal voor?
Activatie gentranscriptie
Waar zorgt methylatie meestal voor?
Onderdrukking gentranscriptie.
Van welke soort draaiing is er bij supercoiling sprake en m.b.v. welke enzymen wordt dit gedaan?
Van een plectonemic en solenoidale draaiing, dit gaat m.b.v. topoisomerases.
Waar is de concentratie topoisomerases het hoogst?
Rondom het centromeer van de chromosoom
Wat blijft er over als je alle histonen in de metafase weghaalt?
De protein scaffold.
Hoe worden de DNA-loops genoemd die vastzitten aan de scaffold? Welke eigenschap hebben ze en hoe worden ze ook wel genoemd?
Scaffold (of matrix) attachment regions (SARs of MARs). Ze zijn AT-rijk en worden daarom ook wel AT-queue genoemd.
Op welke twee manieren kunnen MARs/SARs de genregulatie beïvloeden?
Enhancer eiwitten scannen DNA, maar kunnen niet voorbij MARs/SARs. De afstand van een enhancer kan dus beperkt worden door MARs/SARs.
SARs kunnnen ook voor rearrangement van de DNA-loops zorgen. Waarbij de loop eerst 2 genen bevat, maar door verplaatsing van MARs/SARs bevat een loop opeens maar 1 gen.
Wanneer wordt SAR een insulator genoemd?
Als SAR een gen in een DNA-loop isoleert, waardoor de hoeveelheid genen die een enhancer activeert beperkt wordt.
Wat is het principe van karyotypering?
Je zorgt dat cellen mitotisch worden en in de metafase terecht komen. Chromosomen zijn dan sterk gecondenseert wat je met een lichtmicroscoop zichtbaar kan maken.
Wat is het principe van spectral karyotypering (wat wil je onderzoeken)?
Je wilt weten waar de chromosomen qua locatie in de cel liggen, dit zie je het best in de interfase. Je zorgt dat cellen in de interfase komen en behandelt ze dan met probes die specifiek zijn voor de verschillende chromosomen.
