GMO - Cours 3 Flashcards Preview

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1

Définir : Recombinaison méotique

un mélange du matériel génétique de son père et de sa mère en «échangeant» littéralement des portions de chromosomes paternels contre des segments équivalents des chromosomes maternels et vice versa.

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Quel est le résultat de la recombinaison méotique

chaque cellule germinale haploïde d'un individu contient un ensemble complet de 23 chromosomes qui sont une mosaïque de fragments de chromosomes paternels et de chromosomes maternels. Comme les événements de recombinaison sont indépendants les uns des autres, chaque cellule germinale contiendra un génome différent.

3

Expliquer pourquoi un génome diploïde contient des fragments de chromosomes provenant de ses quatre grands-parents

À la fécondation, une cellule germinale mâle (le spermatozoïde) - constitué d'une série de chromosomes issus de recombinaisons entre les chromosomes maternels et paternels du père - et une cellule germinale femelle (l'ovule) - constitué d'une seconde série de chromosomes issus de recombinaisons entre les chromosomes maternels et paternels de la mère - fusionneront pour former un génome diploïde contenant des fragments de chromosomes provenant de ses quatre grands-parents.


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Pourquoi est-ce que deux frères ne sont jamais identiques?

Car chaque gamète a un génome complètement réarrangé par rapport à celui du parent

5

La distance entre deux endroits (ou locus) dans le génome est basée sur quoi?

basée sur la fréquence de recombinaison méiotique entre deux points, on l'appelle la distance génétique et elle peut s'exprimer en % de recombinaison entre deux points.

6

Lorsque deux locus sont rapprochés, est-ce qu'il y aura plus ou moins de chance qu'une recombinaison survienne?

- moins il y aura de chance pour qu'une recombinaison survienne entre eux et plus on les verra toujours ségréger ensemble.

- génétiquement proche

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Lorsque deux locus sont éloignés, est-ce qu'il y aura plus ou moins de chance qu'une recombinaison survienne?

- plus il y aura de chance pour que survienne une recombinaison entre eux et qu'ils soient séparés lors d'une méiose.

- génétiquement éloignés.

8

Définir : polymorphisme

- Lorsque des différences de séquence sont sans effet néfaste

- peuvent être au niveau de la séquence d'ADN seulement ou bien aussi au niveau de la séquence de la protéine (s'ils sont survenus dans un exon traduit en polypeptide).

9

Définir : mutation iso-sémantique

modifient la séquence d'un codon sans en modifier la signification (voir code génétique) et elles sont en général silencieuses (i.e. n'entraînent pas de pathologie car la protéine est la même).

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Type de mutation qui n'affecte pas le cadre de lecture?

Variation du nombre de bases affecte un multiple de 3

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Effets d'une mutation au niveau du promoteur

1) Silencieuse
2) Diminution ou augmentation de la quantité de ARNm produit et donc de protéine

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Effet d'une mutation au niveau de la séquence 5' non traduite (portion B du schéma 9-23)

1) Silencieuse
2) Augmentation ou diminution de la capacité de traduire l'ARNm et demi-vie.

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Effet d'une mutation au niveau du codon d'initiation (portion C du schéma 9-23)

Absence d'initiation de la traduction

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Mutation au niveau du point d'épissage (intron) (portion D du schéma 9-23)

1) Silencieuse
2) Élimination d'un site d'excision (intron est conservé et traduit). Création d'un site alternatif d'excision (un partie de l'intron est conservé et traduite). La traduction d'un intron peut introduire : des acides aminés nouveaux, un arrêt de traduction si un codon de terminaison est rencontré, un déphasage de lecture des séquences exoniques subséquentes

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Mutation au niveau de l'Exon (portion E du schéma 9-23)

1) Silencieuse
2) Arrêt de la traduction (non-sens : terminaison)
3) Changement d'un aa pour un autre (faux sens)
4) Apparition d'un site alternatif d'excision (l'exon est écourté et possiblement épissé à l'exon suivant situé vers l'extrémité 3' du ARNm)

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Mutation au niveau du codon de terminaison (portion F du schéma 9-23)

1) Silencieuse
2) Absence d'arrêt de la traduction (le reste du ARNm est traduit jusqu'à ce qu'un nouveau codon de terminaison soit lu : il y a donc production d'une protéine plus longue)

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Définir : Diagnostic génotypique ou l'étude fine de l'ADN

Étude du bagage génétique (ou génotype) d'un individu à un locus donné dans le but de déterminer s'il est porteur d'une altération de son code génétique pouvant expliquer une maladie héréditaire (pathologie génétique) (chez lui ou chez un de ses proches) ou une maladie acquise (cancer, maladie infectieuse ou parasitaire).

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Les indications du diagnostic génotypique sont de trois ordres:

1) confirmation d'un diagnostic
2) diagnostic de porteur (porteuse) --> pour conseil génétique ou comme indicateur pronostic
3) diagnostic prénatal avec conseil génétique

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Le diagnostic génotypique peut être classifié en trois grands groupes:

indirect, semi-direct et direct en fonction de la stratégie utilisée.

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Définir : Marqueur génétique

- toute variation de séquence de l'ADN (polymorphisme ou mutation) créant des allèles différents à un même locus.

- tout trait que l'on peut mettre en évidence (soit morphologique : phénotype d'une maladie; soit par une analyse biochimique : groupe sanguin ; soit au niveau de l'ADN : RFLP, mutation, etc... ) et qui permet de différencier deux allèles (ou plus) à un locus donné

21

Localisation d'un marqueur génétique

toujours, par définition localisé à un endroit bien précis sur le génome et les allèles qu'il décrit ne sont que des variations de la séquence à cet endroit.

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Types de marqueurs génétiques

- extra-géniques (en dehors des gènes), -
juxta-géniques (adjacents à un gène)
- intra-géniques (dans un gène : marqueurs exoniques ou introniques).

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Définir : Diagnostic génotypique indirect

- Lorsque le gène n'est que localisé mais non-encore identifié, les mutations ne sont évidemment pas connues non-plus et on doit se contenter d'identifier et de pister le chromosome porteur du gène muté à l'aide de marqueurs génétiques polymorphiques. On appelle ce type de diagnostic le diagnostic génotypique INDIRECT car il n'étudie pas directement les mutations causant la maladie.

- des techniques indirectes qui mettent en évidence la réponse de l’hôte à l’infection

- l'étude de la ségrégation de marqueurs flanquants plus ou moins éloignés du locus morbide dans la famill.

- Étude d'un cas index obligatoire.

- Incertitude des résultats en fonction de la distance des marqueurs et des résultats obtenus.

- Diagnostique parfois impossible a effectuer dans certaines familles.

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Risque de quoi lorsqu'on fait un diagnostique génotypique indirect

les marqueurs utilisés sont relativement éloignés du gène d'intérêt, il y a toujours le risque qu'une recombinaison ait lieu entre l'un des marqueurs et le gène que l'on tente de pister dans la famille. Ceci peut compromettre la capacité à effectuer un diagnostic précis car on ne peut pas savoir, à ce moment, si le gène affecté a "suivi" le marqueur #1 ou le marqueur #2.

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Comment augmenter la fiabilité d'un diagnostique génotypique indirect?

Si les marqueurs génétiques sont plus près du gène

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Pour le diagnostique génotypique indirect, pourquoi est-ce que la famille doit être «informative»?

il faut que les parents aient des allèles différents de chaque marqueur, sinon, on ne pourra pas différencier le chromosome normal du chromosome muté.

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Définir : diagnostique génotypique semi-direct

À partir du moment où le gène est identifié et que des marqueurs polymorphiques sont disponibles tout près (juxta-géniques) ou, mieux, à l'intérieur même du gène (intra-géniques), alors la probabilité de recombinaison devient tellement basse qu'on parle de diagnostic génotypique SEMI-DIRECT.

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Prérequis diagnostique génotypique semi-direct

mêmes prérequis que la méthode indirecte. Il faut analyser un cas index dans la famille, il faut analyser la famille, il faut que la famille soit informative pour les marqueurs.

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Le risque de recombinaison et de double recombinaison est-elle toujours présent dans le diagnostique génotypique semi-direct

Oui, mais ce genre d'événement ne surviendra que très rarement car les marqueurs sont si rapprochés du gène morbide.


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Qu'est-ce qui arrive avec le diagnostique génotypique semi-direct si la familly n'est pas «informative»?

on devra utiliser d'autres marqueurs plus éloignés du gène et donc avoir recours au diagnostic indirect.