hfs 19 bioch: vanaf slide 84

Question 1

wat is nonsense mutatie ?

Answer 1

vorming van een stopcocon

Question 2

van welke type mutatie is sikkelcelanemie

Answer 2

verandering van 1 nucleotide: GAA-> GUA

Question 3

wat is stille mutatie

Answer 3

verandering van een base zonder effect op de AZ sequentie

Question 4

types van mutaties waarbij 1 of meerdere nucleotiden of grote stukken DNA zijn toegevoegd of verwijderd

Answer 4

insertie en deletie= indels

Question 5

gevolg van deletie of insertie + naam van effect

Answer 5

het leesraam/ volgorde van 3 nucleotiden/tripletten gaat verschuiven waardoor je andere AZ maakt

= frameshift=leesraamverschuiving

Question 6

wat is inversie ?

Answer 6

stuk DNA wordt uitgeknipt en dan op oorspronkelijke plaats omgekeerd gere-insereerd

Question 7

geef 3 voorbeelden van omgaan met nonsense/ nonstop mutaties

Answer 7

-suppresor tRNAs

Nonsense gemediteerd -mRNA afbraak

-nonstop mRNA decay

Question 8

hoe werken nonsense suppresor tRNAs

Answer 8

bvb wanneer mutatie in het genoom een base heeft veranderd tot vorming van stopcodon -> proteïne zal te kort zijn om functioneel eiwit te zijn

=> mutatie van een tRNA (= nonsense-suppresor tRNA) in het stopcodon, is dan in staat is het stopcodon te lezen als een thyrosine ipv stop-codon

=> vorming van een gemuteerd maar toch functioneel eiwit

Question 9

wat is NMD

Answer 9

nonsense mediated mRNA decay= process voor afbraak van transcripten met prematuur stopcodon

-> manier om te korte/ niet functionele AZ-ketens te vermijden zoals suppresors tRNAs

Question 10

wat is EJC en functie

Answer 10

exon-junction complex ->ribosoom in staat EJC te meten down afwaarts van het prematuur stopcodon (normaal is stopcodon het laatste exon) en gaat het ribosoom NMD factoren rekruteren om het RNA te markeren voor afbraak en zo niet functionele AZ-keten te vermijden

= qualiteitscontrole

Question 11

wat is een truncated eiwit ?

Answer 11

= verkort eiwit -> waneer er geen NMD en geen nonsense tRNA suppresors in de cel aanwezig zijn

Question 11

wat is reciprocale translocatie ?

Answer 11

twee stukken DNA uit niet homologe chromosomen worden verwisseld

translocatie is niet altijd reciprocaal

Question 12

wat is intron retentie

Answer 12

een intron wordt bijgehouden in het RNA ipv van verwijdert te worden

Question 13

nonstop mRNA decay

Answer 13

eukaryoten: bij transcripten zonder stopcodon want het is gemuteerd, ribosoom gaat blijven verder coderen tot het einde van de keten en zelfs de polia-staart overschrijven

-> op het einde van de keten gaat het ribosomen een eiwitcomplex rekruteren met ribonuclease activiteit dat het transcript zonder stopcodon gaat afbreken

prokaryoten: toevoeging van tmRNA dat een sequentie van 12 AZ codeert dat werkt als afbraak-tag

Question 14

wat is translocatie ?

Answer 14

DNA fragment van een chromosoom naar andere chromosoom verplaatst

Question 14

wat is GFP en functie

Answer 14

green fluorescent protein

-> eiwit dat waneer bestraald licht gaat reflecteren; aanwezig in een kwal

=> gebruikt voor lokalisatie van eiwitten te bepalen door het DNA dat codeert voor GFP in te voegen in genoom van anderen te vorming van GFP-gelabelde eiwitten/ fusie-eiwitten die GFP hebben aan N-terminus

Question 15

wat is cDNA en specificiteit en functie

Answer 15

complementait DNA

-kopie van DNA met mRNA als matrijs en gebruik van reverse transcriptase, dus heeft cDNA geen intronen

-> gaat de actieve genen van DNA tonen

Question 16

geef de stappen van vorming van dubbelstrengig cDNA

Answer 16

1) mRNA isoleren

2) oligodT primers toevoegen (bepalen dat alle mRNAs met polyA staart gekoppieerd zullen worden)

3) kopie van het mRNA door cDNA reverse transcriptase

4) afbraak van mRNA door RNase H

5) kopie van cDNA door DNA-polymerase en gebruik van overblijvend RNA als primers

Question 17

wat als je rRNA wilt of random RNA omzetten naar cDNA ?

Answer 17

ga je random hexameren gebruiken om alle RNA’s te kunnen koppieren en niet enkel die met polyA-staart

Question 18

leg de post translationele processing van insuline uit

Answer 18

2) vorming van zwavelbruggen tussen A en B ketens

3) verwijdering van AZ tussen A en B ketens= Pro-AZ

Question 19

welke chemische modificaties zijn er als modificaties ?

Answer 19

-fosforylering op Ser/ Tur/ Tyr

-acetylering op lys

-methylering op Lys/Arg

-glycolysering op Ser/ Thr/ Asn

Question 20

wat is een truncated eiwit ?

Answer 20

= verkort eiwit -> waneer er geen NMD en geen nonsense tRNA suppresors in de cel aanwezig zijn