hfs 19 bioch: vanaf slide 84 Flashcards
(22 cards)
wat is nonsense mutatie ?
vorming van een stopcocon
van welke type mutatie is sikkelcelanemie
verandering van 1 nucleotide: GAA-> GUA
wat is stille mutatie
verandering van een base zonder effect op de AZ sequentie
types van mutaties waarbij 1 of meerdere nucleotiden of grote stukken DNA zijn toegevoegd of verwijderd
insertie en deletie= indels
gevolg van deletie of insertie + naam van effect
het leesraam/ volgorde van 3 nucleotiden/tripletten gaat verschuiven waardoor je andere AZ maakt
= frameshift=leesraamverschuiving
wat is inversie ?
stuk DNA wordt uitgeknipt en dan op oorspronkelijke plaats omgekeerd gere-insereerd
geef 3 voorbeelden van omgaan met nonsense/ nonstop mutaties
-suppresor tRNAs
Nonsense gemediteerd -mRNA afbraak
-nonstop mRNA decay
hoe werken nonsense suppresor tRNAs
bvb wanneer mutatie in het genoom een base heeft veranderd tot vorming van stopcodon -> proteïne zal te kort zijn om functioneel eiwit te zijn
=> mutatie van een tRNA (= nonsense-suppresor tRNA) in het stopcodon, is dan in staat is het stopcodon te lezen als een thyrosine ipv stop-codon
=> vorming van een gemuteerd maar toch functioneel eiwit
wat is NMD
nonsense mediated mRNA decay= process voor afbraak van transcripten met prematuur stopcodon
-> manier om te korte/ niet functionele AZ-ketens te vermijden zoals suppresors tRNAs
wat is EJC en functie
exon-junction complex ->ribosoom in staat EJC te meten down afwaarts van het prematuur stopcodon (normaal is stopcodon het laatste exon) en gaat het ribosoom NMD factoren rekruteren om het RNA te markeren voor afbraak en zo niet functionele AZ-keten te vermijden
= qualiteitscontrole
wat is een truncated eiwit ?
= verkort eiwit -> waneer er geen NMD en geen nonsense tRNA suppresors in de cel aanwezig zijn
wat is reciprocale translocatie ?
twee stukken DNA uit niet homologe chromosomen worden verwisseld
translocatie is niet altijd reciprocaal
wat is intron retentie
een intron wordt bijgehouden in het RNA ipv van verwijdert te worden
nonstop mRNA decay
eukaryoten: bij transcripten zonder stopcodon want het is gemuteerd, ribosoom gaat blijven verder coderen tot het einde van de keten en zelfs de polia-staart overschrijven
-> op het einde van de keten gaat het ribosomen een eiwitcomplex rekruteren met ribonuclease activiteit dat het transcript zonder stopcodon gaat afbreken
prokaryoten: toevoeging van tmRNA dat een sequentie van 12 AZ codeert dat werkt als afbraak-tag
wat is translocatie ?
DNA fragment van een chromosoom naar andere chromosoom verplaatst
wat is GFP en functie
green fluorescent protein
-> eiwit dat waneer bestraald licht gaat reflecteren; aanwezig in een kwal
=> gebruikt voor lokalisatie van eiwitten te bepalen door het DNA dat codeert voor GFP in te voegen in genoom van anderen te vorming van GFP-gelabelde eiwitten/ fusie-eiwitten die GFP hebben aan N-terminus
wat is cDNA en specificiteit en functie
complementait DNA
-kopie van DNA met mRNA als matrijs en gebruik van reverse transcriptase, dus heeft cDNA geen intronen
-> gaat de actieve genen van DNA tonen
geef de stappen van vorming van dubbelstrengig cDNA
1) mRNA isoleren
2) oligodT primers toevoegen (bepalen dat alle mRNAs met polyA staart gekoppieerd zullen worden)
3) kopie van het mRNA door cDNA reverse transcriptase
4) afbraak van mRNA door RNase H
5) kopie van cDNA door DNA-polymerase en gebruik van overblijvend RNA als primers
wat als je rRNA wilt of random RNA omzetten naar cDNA ?
ga je random hexameren gebruiken om alle RNA’s te kunnen koppieren en niet enkel die met polyA-staart
leg de post translationele processing van insuline uit
2) vorming van zwavelbruggen tussen A en B ketens
3) verwijdering van AZ tussen A en B ketens= Pro-AZ
welke chemische modificaties zijn er als modificaties ?
-fosforylering op Ser/ Tur/ Tyr
-acetylering op lys
-methylering op Lys/Arg
-glycolysering op Ser/ Thr/ Asn
wat is een truncated eiwit ?
= verkort eiwit -> waneer er geen NMD en geen nonsense tRNA suppresors in de cel aanwezig zijn
