Hlutapróf 2 Flashcards

Question

hver eru skref tjáningu mRNA

Answer 1

fyrst er upphaf umritunar myndum mRNA hetta sett á mRNA splæsing (innraðir fjarlægðar) Klipping (ekki losað bara klippa) og viðbót polyA hala Stöðvun umritunar Útflutningur fullmyndaðs mRNA úr kjarna

Answer 2

RNA polymerasi II Almennir umritunarþættir – TF2 prótein sem hefur áhrif á RNA pólýmerasa 2 Sértækir umritunarþættir – Bindast sérstökum röðum í stýrli eða efliröðum - hjálpa til við að laða að pólýmerasan - Virkja umritun þurfum Chromatin remodeling complexes og histón acetylasar til að opna DNAið – Opna chromatin og hleypa RNA pol. II að Elongation factors – Aðstoða RNA pol. II og hindra að hann detti af DNA

Answer 3

Öll prótein sem hafa áhrif á stjórn umritunar og eru ekki undireiningar RNAPII kallast umritunarþættir

Answer 4

Upphaf umritunar hefst á myndun preinitiation complex - Mest af stjórn umritunar fer fram hér

Answer 5

það beygir DNAið og bindist Tata svæðunum Merkir DNAið sem “virkt DNA” og auðveldar samsetningu hinna próteinanna í komplexinum

Answer 6

þegar um 25 núkleótíð hafa verð mynduð

Answer 7

Fosfórun á CTD RNA polymerasa II dregur að sér prótein sem eru nauðsynleg til að meðhöndla RNA, þar með talið prótein fyrir splæsingu, hetjumyndun (5' capping), og vinnslu 3' enda RNA. Aðeins fosfóraður polymerasi getur bundist DNA og framkvæmt umritun.

Answer 8

Enhancers geta verið staðsettar: Uppstreymis (upstream) fyrir framan promoter. Niðurstreymis (downstream) fyrir aftan genið. Þær geta verið mörg þúsund basa í burtu frá geninu sem þær stjórna.

Answer 9

Enhancers magna upp tjáningu gena með því að: Binda sérstaka umritunarþætti sem hjálpa við að virkja RNA-polymerasa II. Vekja DNA-beygjun, sem leyfir þeim að hafa bein samskipti við promoter og umritunarflóka. Þetta eykur skilvirkni umritunar og leiðir til meiri tjáningar á viðkomandi geni.

Answer 10

pause sites, þar sem verður hik á RNAPII Þáttum sem hafa jákvæð áhrif á lengingarferil umritunar (P-TEF) og neikvæð áhrif (N-TEF)

Answer 11

Hefst á því að RNAPII er stöðvaður og röðin sem er ábyrg fyrir því er AAUAAA

Answer 12

þau eru samfelld sem þýðir að allar DNA-raðir í geni kóða beint fyrir prótein engar innskotsraðir gera umritun og þýðingu mjög skilvirka

Answer 13

hafa bæði útraðir og innraðir útraðir kóða fyrir prótein innraðir eru ókóðandi raðir sem þarf að fjarlægja með splæsingu

Answer 14

tRNA, rRNA, og mRNA er breytt eftir umritun til að mynda virkt form

Answer 15

við notum RNA pólýmerasa I til að umrita ribosomal RNA genin og fáum þá pre-rRNA síðan tökum við RNAsa sem er Ribónúkleasi sem klippir pre-rRNA í réttar einingar þannig fáum við rRNA sameindir

Answer 16

rosalega mikil breyting á núkleótíðum - það eru til um 50 mismuandi breytingar – Breytingarnar hafa áhrif á byggingu og basapörun

Answer 17

það er notað pólýmerasa III í pre-tRNA eru alltaf einhver 16 núkleótíð á 5' endanum sem er klipt af á 3' endanum er 2 urasil sem eru breytt í C-C-A síðan geta verið basar sem breytast inn í röðinni

Answer 18

í þessari röð: 1. Hetta sett á 5’ endann 2. splæsing 3. polyA-hali settur á 3’ endann

Answer 19

hettan er á 5' endanum hettan er tengt með 5' - 5' þrífosfat tengi

Answer 20

þegar að 5' endin kemur úr umritun þá bætir Guanylyltransferase gunanin sameind við og tengir gunanin við 5' endan með þrífosfat tengi á eftir því kemur Guanine-7-methyltransferase og bætir við metýlhóp á sameindina svona er aukið stöðuleikan

Answer 21

því er bætt á með ensími sem kallast polyadenylation signl sequence þannig það er ekki umritað frá DNA heldur bara bætt við pólý-A hali eykur stöðugleika sameindar, hjálpar til við flutning út úr kjarna og hjálpar til við prótein nýmyndun

Answer 22

áður en að mRNA fer út úr kjarnanum hlutverk hans er að vernda mRNAið fyrir núkleösum og fosfatösum

Answer 23

af því að genin eru í bútum og það eru alltaf einhver gen sem eru ótjáð þannig að þegar genið er umritað í RNA að þá fjarlægjum við þessar innraðir (ótjáðu gen) með splæsingu þannig fáum við samfellda RNA sameind sem er tjáð

Answer 24

Uracil rich small nuclear RNAs eða “snurps” stjórna splæsingu

Answer 25

þau greina hvar innraðir byrja og enda og hvar útraðinar byrja og enda bera einnig kenns á 3' - 5' og á RNA helicasar

Answer 26

setjast á exon og merkja þau ásamt U1 snRNA og U2

Answer 27

þetta er ferli sem virkar þannig að ef það er tekin óvart innröð sem hefur stopkóða með eftir splæsingu og það er byrja að umrita hana að þá eru mekanismar sem setja af stað þetta ferli af því að þeir taka eftir því að það sé stoptákn á vitlausum stað eftir splæsingu og reynir þá að laga það

Answer 28

Stjórnað af nuclear pore complex – Virkur flutningur Einungis rétt meðhöndluð mRNA eru flutt út - sem hafa þá Cap complex, polyA binding prótein, hettu, hala og SR prótein mRNA þýtt yfir í prótein í umfrymi Innraðir merktar með hnRNP – Haldið eftir í kjarna og eytt

Answer 29

flest bindast við innraðir en ekki útraðir

Answer 30

er umritun þegar upplýsingum DNA er breytt í RNA

Answer 31

Þar sem pólýmerasarnir og almennu umritunarþættirnir bindast Skiptist í core (core er alveg við TSS þar sem umritun hefst) og proximal promoter

Answer 32

- Sum gen hafa stjórnraðir langt frá stýrilsvæðinu - Umritunar þættir (transcription factors) bindast þessum röðum - Kallast líka Response elements Ef umritunarþáttur eykur tjáninguna við bindingu er röðin skilgreind sem efliröð Ef umritunarþáttur minnkar tjáningu við bindingu er röðin skilgreind sem silencer

Answer 33

öll prótein sem bindast DNA röðum og hafa áhrif á umritun NEMA RNA-pólýmerasa II sum prótein Örva eða letja umritun

Answer 34

Cis-acting elements: - þetta eru DNA raðir sem stjórna gena tjáningu og eru staðsettar nálægt geninu sem þær stjórna Trans-acting elements: - þetta eru prótein sem eru mynduð af öðrum genum en þeim sem þau stjórna Trans þarf að bindast cis til að geta haft áhrif á genið

Answer 35

DNA-bindi hneppi transcription-activation hneppi

Answer 36

bindinheppar virka svona: Annar endinn af bindihneppurinn bindist við stjórnröðina og hinn hefur áhrif á pólýmerasa II Helix-Turn-Helix (HTH) Zinc fingers Basic-region leucine zipper

Answer 37

Stýra hvaða gen eru tjáð með því að mynda mismunandi sigma-undireiningar sem stýra RNA polymerasa að mismunandi genum

Answer 38

það er hópur gena sem er undir stjórn eins og sama stýrilsvæðis þessi gen eru tjáð saman sem eitt mRNA og kóða venjulega fyrir prótein sem taka þátt í sama ferli

Answer 39

svæði sem bindur bælir og hindrar RNA polýmerasa ef að ákveðin efni (inducer) bindast við bæli (repressor) þá veður beytt um lögun og getur ekki lengur bundist operator og nær þá ekki að hindrar RNA polýmerasa og þá fer umritun af stað

Answer 40

notum permeasa til að taka laktósa inn í frumuna síðan notum við beta-galactosidase og permeasi til að brjóta laktósa í galaktósa og glúkósa og bakterían getur þannig notað glúkósa sem næringu Venjulega tjáð í litlu magni en við tjáningu þúsundfaldast við viðbót laktósa í ætið

Answer 41

Bæliprótein sem myndað er af lacI geninu myndar tetramer og lokar geninu Bælipróteinið binst síðan við operator hluta operons þannig slökkvum við á tjáninug EN ef að laktósi kemur inn bindist hann við repressor og getur þa umritun átt sér stað Operator og promoter mynda saman stjórnsvæðin (control sites

Answer 42

ef það er mikið af glúkósa í ætinu að þá er er prótein sem heitir adenylate cyclasi sem breytir ATP í cAMP ef það er mikið af glúkósa þá er hann óvirkur og þá myndast ekki cAMP cAMP bindist CAP próteininu og setjast á P-set og það er nauðsynlegt til að hjálpa pólýmerasanum að komast áfram og umritun hefst

Answer 43

þetta er amínósýru svelt tRNA sameindir koma þá óhlaðnar að ríbósóm sameindum og þá er búið til ppCpp sem stoppar þá alla umritun tilgangslaust af umrita ef þða eru ekki til amínósýrur til að búa til prótein

Answer 44

við búum til rRNA sameindir en þurfum líka að búa til mRNA sameindir til að mynda ríbósómal prótein ef að rRNA er ekki til staðar að þá byjrja ríbósómal prótein að bindast eigin mRNA sameind og hindra þá að þetta sé þýtt yfir í prótein

Answer 45

eins og í dreifkjörnungum notum: - Enhancers og silencers- stjórnraðir sem örva eða letja umritun - DNA looping kemur efliröðum í beint samband við umritunarþætti og polymerasa -notum trans-aktín sameindir sem sitjast á Cis-aktín elements og hjálpa til við að kveikja eða slökkva á tjáningu gena -Cis-aktín eru DNA raðir sem eru staðsettar nálægt geninu sem þarf að tjá

Answer 46

þetta eru DNA raðir sem binda trans-acting prótein og þá getur trans-acting próteinið svarað hormónum og hafa áhrif á genatjáningu

Answer 47

1. erum með sterahormón sem binst við viðtakan. þegar að kortisol binst við viðtakan þá breytir hann um lögun og opnar upp DNA-binding domain - þetta þýðir að próteinið er sértækt fyrir þessar ákveðnu raðir í Glucocorticoid-Response Element 2. DNA-binding domain bindst við DNA röðina, síðan kemur trans-actinvation domain sem virkar í gegnum co-activator. Síðan kemur hann að basal transcription complexa og RNA pólýmerasanum og örvar umritun - með þessu er verið að seyta einhverju hormóni

Answer 48

gætum verið með insúlín eða glúkagon, í þessu dæmi erum við með glúkagon í svelti 1. ef glúkágon binst viðtaka þá virkjum við adenýlsýklasa sem breytir ATP í cAMP 2. þá virkjast kínasi-A og hann fosfarir CREB prótein, CREB binst við CAMP respones element þá fer RNA pólýmerasi 2 að tjá gen sem eru mikilvæg í svelti

Answer 49

90% geta verið mismunandi splæsingar getur verið mismuandi hvar það er klippt í koj umritun og polý-A hali settur á (fleiri en eitt merki) mRNA editing, þegar við breytum einhverjum bösum Stöðugleiki mRNA, er bara eftir þ´vi hversu lengi mRNA er til staðar Þýðing mRNA

Answer 50

Mikilvægt í : - Frumuvexti - Frumusérhæfingu - Stýrðum frumudauða

Answer 51

- það er tjáð DNA með RNA-polýmerasa II - og við búim til pri-microRNA - og notum drosha til að breyta pri-microRNA í pre-microRNA - sem er svo flutt út úr kjarna og þá kemur dicer og klippir kúlu á endanum af og myndar microRNA - microRNA tengist síðan prótein complex sem heitir RISC - annaðhvort er hindrað þýðingu eða það er brotið niður

Answer 52

1. Stigs – Amínósýruröð próteinsins 2. Stigs – Staðbundin þrívíddarbygging afla-helix, beta-pleated sheet 3. Stigs – Þrívíddarbygging alls próteinsins 4. Stigs – Tenging prótein-eininga í komplex

Answer 53

hann hefur 3 núkleótíð (A,G,C,U) í röð í mRNA = tákni hver tákni þýðir ein amínósýra eða stpp sumar amínósýrur hafa fleiri en einn tákna (Þetta þýðir að fleiri en eitt tákn getur kóða fyrir sömu amínósýru) það eru þrír lesramman í hverju mRNA höfum 64 möguleka á 3 núkleótíða samsetningu

Answer 54

UAA UGA UAG

Answer 55

AUG sem kallast met

Answer 56

mikil sértækni Mjög vel varðveitt Hver tákni táknar alltaf eina amínósýru en hver amínósýra getur haft marga tákna Skarast ekki og hefur ekki “kommur” - Einn lesrammi réttur fyrir hvert mRNA

Answer 57

þegar að það er breytt einum basa eins og UCA yfir í UCU en það skiptir ekki máli af því það breytir ekki amínósýrunni af því Ser hefur marga tákna og þá tekur annar tákni við og kóðar fyrir amínósýrunni

Answer 58

þegar að basi breytist og það hefur áhrif á amínósýruna af því að táknin kóðar ekki lengur fyrir amínósýrunni verður stoptákn alvarleg

Answer 59

þá verður basabreying og fáum nýja amínósýru

Answer 60

innskot og úrfellingar innskot: myndast alltaf stopptákni í úrfellingum: það er í lagi að missa heila amínósýru af því þá er bara sleppt henni en ekki gott að missa einn basa af þ´vi þá hliðrast allt og mynfast stopptákn

Answer 61

þurfum alltaf að hafa amínósýrur Transfer RNA (tRNA) -A.m.k. eitt fyrir hverja amínósýru - set fyrir amínósýrur - hafa andtákn sem basaparast við mRNA sameindina Aminoacyl-tRNA synthetases – Ensím sem hengja amínósýrur á tRNA sameindir – Hvert ensím þekkir ákveðna amínósýru og þau tRNA sem þeim tengjast Messenger RNA (mRNA) Ribosomes – Stórir prótein-rRNA complexar – hafa A, P og E set – Bæði í umfrymi og einnig tengd Endoplasmic Reticulum (ER) Prótein þættir – Upphaf, lengingarferil og lok próteinmyndunar Orku (ATP og GTP)

Answer 62

Ef tRNA er tengt amínósýru er sameindin hlaðin (charged) og amínósýran virkjuð (activated) Ef tRNA er ekki tengt amínósýru er sameindin óhlaðin (uncharged) andtákni sem basaparar mRNA við tRNA

Answer 63

RNA polýmerasi III

Answer 64

hengja réttar amínósýrur á tRNA sameindirnar ATP-háð hvarf

Answer 65

tRNA synthetase verður að velja rétta amínósýru – Rétta amínósýran hefur mesta sækni í hvarfstöð – Eftir að tRNA hefur bundist amínósýrunni er henni troðið í “vasa” tRNA synthetasans - ef hún passar ekki þá er það Röng amínósýra og hún er fjarlægð tRNA synthetase verður að velja rétt tRNA – Oftast ber hann kennsl á and-táknann

Answer 66

við erum með amínósýrur röð tengda tRNA sameind síðan kemur ný amínósýrur röð sem er tend tRNA það myndtast peptíð tengi á milli þessara amínósýra og þá losnar gamla tRNA sameindin af og þá erum við búin að lengja próteinkeðjuna um 1 Amínósýrum bætt á karboxyl enda keðjunnar peptíðtengis hvatað af Peptidyltransferase "N" endinn er alltaf fyrsta amínósýra Peptíð flyst frá P seti í A set

Answer 67

ríbósóm eru alltaf 2 einingar (stærri og minni eining) og í bakteríum þá er talað um 50s og 30s og saman mynda þau 70s 50s hefur tvær RNA sameindir (5s og 23s) 30s hefur eina RNA sameind (16s) síðan er fulllt af próteinum í okkur eru líka tvær einingar 60s er stærri og 40s er minni sameindin og mynda saman 80s 60s hefur 3 RNA sameindir (5s, 28s og 5,8s) 40s hefur eina RNA sameind (18s) síðan er fullt af próteinum minni einingin binst við mRNA samiendina þegar það er að fara í prótein þýðinguna. hún sé rtil þess að basapörun á milli tákna og andtákna sé rétt Stærri einingin hvatar myndun peptíð-tengja

Answer 68

bindiset fyrir tRNA sem er að koma inn hvert þeirra nær yfir 3 tákna

Answer 69

Auka stöðugleika ríbósómanna – Leyfa breytingar á byggingu) í rRNA

Answer 70

Myndar kjarna ríbósómanna Mynda bindiset fyrir tRNA og mRNA - Mynda E, A og P setin – Virka sem peptidyl transferasi = ribozyme (ríbósóm með hvötunarvirkni) - 23S rRNAið - 28S rRNAið

Answer 71

þegar tRNA sameindir að fleiri en einn tákna fyrir hverja amínósýru virkar þannig að basi 5 í andtáknanum hefur ekki eins mikla þörf fyrir rétta pörun og hinir og þess vegna þarf ekki 61 tRNA sameindir til að þekkja allar amínósýrur

Answer 72

Ríbósom einingar, mRNA, aminoacyl-tRNA, GTP og upphafsþætti (IF-1, IF-2 og IF-3 í dreifkjörnungum en fleiri en 10 eIF í heilkjörnungum)

Answer 73

– Shine Delgarno röð í bakteríum – Upphafs tákni

Answer 74

þýðir að þar búum við til eina langa mRNA sameind síðan fara bara ríbósómin inn og bindast með ribosome-binding sites og búa til prótein - búa til prótein afla, prótein beta og prótein gamma

Answer 75

það sem skiptir máli er röðinn UAAGGAGG og upphafsþátturinn AUG AUG og upphafs tRNA binst P-setinu á 30S ríbósómal einingunni þetta er bara Purine rík röð fyrir framan gen í E.coli 16S rRNA eining í 30S ríbósóms binst (basaparast) við Shine-Delgarno röðina þegar 16s basaparast við mRNA þa segir hún nákvæmlega hvar á að byrja - þannig að 30S er komið að upphafstákna (þessi tenging tryggir að ríbósómið bindist mRNA á réttum stað) (Heilkjarna frumur hafa ekki Shine-Delgarno röð)

Answer 76

þetta eru upphafsþættir IF-2 er í dreifkjörnungum hún hjálpar til við að tengja upphafs tRNA með fyrsu amínósýrunni við p-setrið í ríbósóminu elF-2 er í heilkjörnungum það hjálpar til við að flytja upphafs tRNA að ríbósóminu og tryggir að fyrsta amínósýran setjist í P-setrið

Answer 77

Í heilkjörnungum: Consensus röð: GCCRCCAUGG – Kallast Kozak röð Ef röðin er ólík consensus þá kallast það “Leaky scanning” Upphaf þýðingar ekki alltaf það sama Nokkur mismunandi prótein verða til það er mismunir á N-enda Í bakteríum: Shine-Delgarno-röð (AGGAGGU) fyrir framan AUG Ribosomal entry site, 16S rRNA binst mRNA baktería hafa ekki cap eða polyA

Answer 78

Alltaf AUG – Alltaf lesið af initiator tRNA sem er tengt Methionine * Annað tRNA les Met inní próteinum Initiator tRNA tengist fyrst “small subunit” - ríbósóms ásamt initiator próteinum (eIF) Næst binst “small subunit” við 5’ enda mRNA - Ber kennsl á 5’ cap og eIF4E og eIF4G Small subunit færist fram og leitar að AUG - eIF þættir hjálpa til við þessa færslu - nota ATP

Answer 79

EF-Tu og EF-T (háð GTP vatnsrofi) Auðvelda og hraða þýðingu – Þýðing getur farið fram án EF, en er hæg og villugjörn GTP hydrolysis kallar fram byggingar breytingar í EF – Hefur áhrif á byggingu ríbósóma Gegna einnig hlutverki við villuleit

Answer 80

Verður þegar stopp táknar eru í A seti Ekkert tRNA með samsvarandi andtákna Release Factors (RF) þekkja þessa tákna RF-1 þekkir UAA og UAG * RF-2 þekkir UAA og UGA Þegar RF þættir bindast rofnar tengið milli peptíðkeðju og tRNA í P seti Í heilkjörnungum er aðeins einn þáttur sem þekkir táknana þrjá - eRF

Answer 81

samansafn af mörgum ríbósómum sem eru tengd einni mRNA-sameind

Answer 82

Nýmyndun próteina hefst í umfrymi Prótein sem hafa virkni á ákveðnum stað hafa stutta amínósýruröð sem ákvarðar hvert þau fara T.d. þau sem á að seyta út úr frumunni fara til RER (Rough Endoplasmic Reticulum). Vatnsfælin röð á N-enda Þau sem hafa hlutverk í kjarna hafa NLS (Nuclear Localization Signal) - PKKKRKV - til dæmis DNApol Mitochondrial entry sequence - fara í hvatbera

Answer 83

ríbósómið myndar próteinkeðju SRP (signal reputasion particles) sest á ríbósómið og stoppar próteintjáningu tímabundið SRP tengist svo SRP viðtaka sem opnar Translocon göng Próteinið sem er enn í nýmyndun er þrætt í gegn og SRP hlutinn klippt af með signal peptídösum þannig við endum bara með prótein keðjuna í RER

Answer 84

Folding - hvernig þau mynda 3D strúktúra Co-factors Post-translational modifications (mikilvægast) - bætt við ýmusm hópum eftir þýðingu Samsetning í komplexa Stöðugleiki Útflutningur flutningur í innri frumulíffæri og himnu

Answer 85

co - translational - ef prótein eru enn föst við ríbósm þegar að breytingin á sér stað post-translational (lang algengast) - ef breyting verður eftir að nýmyndun líkur klipping forverasameinda eða hópar hengdir á peptíðkepjuna

Answer 86

Stórar óvirkar forverasameindir myndaðar Klipptar af endoproteases og verða virkar Mjög breytilegt hvar klippt er

Answer 87

Serine, threonine og tyrosine (-OH hópur) þegar við bætum við fosfat hóp Hvatað af kínösum (kinases) – Viðsnúanlegt, fosfór hópur fjarlægður með fosfatösum

Answer 88

þegar að við bætum sykrum á peptíðin Prótein sem eru hluti af frumuhimnu eða seytt út úr frumum – Hengt á Asparagine (N-tengt) – Hengt á Serine, Threonine (O-tengt)

Answer 89

þegar OH hóp er bætt við peptíðið Proline og Lysine í kollageni

Answer 90

nýmyndað prótein þarf að komast í rétta 3D byggingu oft í kringum einhverja co-factora síðan eru það líka post transitonal breytingar þar sem eru hengdir hópar á með samgildum tengjum svo þarf líka að mynda prótein strúktúra til að mynda fúnkerað prótein eða prótein complexa getur gerst spontant um leið og það kemur úr ríbósóminu getur líka þurft að gerast með hjálp einhverja co-factora

Answer 91

prótein sem hjálpa öðrum próteinu að ná réttri 3D byggingu dæmi um svona prótein eru heat shock prótein

Answer 92

ef þeim er ekki eytt getur verið að við förum að safna upp prótein klumpum sem er mjög alvarlegt (Kallast Amyloid) og er einkenni taugasjkúkdóma kemur við sögu í mörgum hrörnunarsjúkdómum – Alzheimer - Amyloid beta 40-42 amínósýrur – Skemmir taugar (neurotoxic)

Answer 93

þeir virka eins og ruslatunna ef við fáum vitlausa lögun er ubiquitin hengt á endann þá er það dauða signal ef það hengt á K48 prótein er þrætt inn í próteasa og það klippir próteinið í spað

Answer 94

76 amínósýru langt prótein endinn er hengdur á lysins amínósýrum í próteininu sem þarf að eypa ef þú færð svona á enda próteina þá er það svona "dauðadæmi " dauðasignal ef það er hengt á amínósýru K48 !!!! ef við hengjum á K63 þá er það ekki lengur dauðasignal heldur signal um viðgerð

Answer 95

Tetracyclin Hindrar tengingu aminoacyl-tRNA við A-setið Streptomycin Hindrar að lenging peptíðs geti hafist Chloramphenicol Hindrar peptidyl transferasa virkni ríbósoms Puromycin Er bætt á enda peptíðs og losar því peptíðið af Actinomycin D Binst DNA og hindrar RNA polymerasa Cycloheximide Hindrar að ríbósóm geti fært sig úr stað

Answer 96

Nauðsynleg til að skilja efri byggingarstig, tengsl próteinmyndbyggingar og líffræðilegs hlutverks Samanburður á röðinni sýnir skyldleika - Skyldleikatengsl innan og milli tegunda – Veitir upplýsingar um mikilvægi amínósýra * Invariant vs non-conservative – Má nota til að spá fyrir um 3-D byggingu * Líkindi á alpha-helix og beta-sheet – Getur veitt upplýsingar um hlutverk óþekkts próteins – Upplýsingar um sjúkdómsvaldandi stökkbreytingar

Answer 97

myndast þegar Alpha-carboxyl hópur amínósýru tengist við alpha-amínó hóp þeirra næstu lesum prótein alltaf N-C (frá fría amínó-endanum að fría carboxyl- endanum) Mjög stöðug tengi * Ekki hægt að snúa um tengið milli carbonyl kolvetnis og niturs - hægt að snúa hinum tveimur tengjunum * Lang oftast í trans lögun vegna R- hópa (því hóparnir geta verið svo stórir) * Óhlaðið en skautað þarf mjög háan hita eða sýrur til að brjóta peptíð tengin

Answer 98

Peptíðtengi rofin í sterkri sýru við 110oC * Amínósýrur aðskildar á jónaskiptasúlu * Magngreindar með spectrophotometriu segir okkur bara hversu mikið er af hverri amínósýru ekki í hvaða röð þær eru í

Answer 99

byggir á því að við erum með peptíð við merkjum það með phenyl-isothyosyant sem tengist N-enda á amínósýrunni þetta er meðhöndlað með mikillri sýru þá minnkar stöðugleikin á peptíð tenginu og alaninið með PTH dettur af og við getum skoðað hvaða amínósýrur eru í peptíðinu hér gætum við séð post - transistional breytingar

Answer 100

Fjölpeptíð mynda ekki tilviljanakennda þrívíddarbyggingu Reglulegir strúktúrar sem eru samsettir af amínósýrum sem eru nálægt hver annarri í 1. stigs byggingunni. Dæmi eru alfa-helix, beta sheet og beta bend (turn)

Answer 101

mjögggg algengtttt Hliðarhóparnir standa út til hliðar Hver amínósýra myndar tvö vetnistengi – Við fjórðu aminósýru ofar í helix – Við fjórðu amínósýru neðar í helix 3.6 amínósýrur í hverjum hring Prólín rýfur byggingu -helixa

Answer 102

Vetnistengi á milli Hliðarhóparnir vísa til sitthvorrar hliðar Alltaf fleiri en ein peptíð- keðja eða hlutar af peptíðkeðju geta verið antiparallel - þegar peptíðkeðjurnar liggja í sitt hvora áttina paralelle - þegar að peptíðkeðjurnar liggja í sömu átt

Answer 103

Oft í globular próteinum, á yfirborði (myglobini og hemoglobini) Oftast 4 amínósýrur í beygjunni (Proline og glycine oft til staðar) Oft vetnistengi milli amínósýru 1 og 4

Answer 104

Amínósýruröðin (1. stigs bygging) ákvarðar 3. stigs byggingu Lýsir staðsetningu allra atóma próteins í rúmi (erum komin með fullkomna byggingu) Lýsir afstöðu allra hliðarhópa til hvors annars Prótein sem er 200 amínósýrur hefur oftast tvö eða fleiri hneppi – Sem samanstendur af supersecondary structural elements (motifs) Hneppi oftar en ekki óháð hvert öðru

Answer 105

Disúlfíð tengi vatnsfælin tengi vetnistengi jónatengi

Answer 106

– Sulfhydryl hópar (-SH) – Cysteine – Cys – C * Innan sama próteins * Milli mismunandi próteina – Stöðugleiki, varnar afmyndun utan frumunnar

Answer 107

Óskautaðar amínósýrur Innan próteina * Geta verið á yfirborði próteina sbr. himnuprótein isoleucine og leucine

Answer 108

R hópar með súrefnis eða niturtengdu vetni dæmi tengi á milli serine og glutamate

Answer 109

Neikvætt hlaðnir hópar (-COO- hjá Aspartate eða Glutamate) geta tengst jákvætt hlöðnum hópum (-NH3+ hjá Lysine)

Answer 110

Ákvarðað af hliðarhópum + og – hlaðnir R hópar dragast saman Til verður prótein strúktúr sem hefur lágt orkustig Prótein geta myndað 2. og 3. stigs byggingu sína án utanaðkomandi aðstoðar

Answer 111

Virkur ríbónúcleasi meðhöndlaður með 8M urea og beta- mercaptoethanóli - hann rauf öll tengin og gerði hana línulega Ensímvirknin óvirkjuð Urea og beta-mercaptoethanól fjarlægð með dialýsu, súlfhýdrýlhópar oxaðir Ensímið virkjað aftur í stuttu máli hann afmyndaði próteinið þannig að hún varð óvirk með urea fjarlægði síðan urea og próteinið fékk bygginguna sína aftur án einhverjar hjálpa

Answer 112

Cis-trans-prolyl isomerasar – Breyta cis-trans stöðu prólín amínósýra Prótein dísúlfíð ísómerasar – Byggja og rjúfa dísúlfíð tengin Chaperón prótein – Heat shock prótein * Bindast próteinum þar sem þau eru að myndast á ríbósomum * Hindra “aggregation” próteina – Chaperónín * ATP-háð ferli

Answer 113

2. og 3. stigs bygging próteina hverfur Peptíðtengi rofna ekki Getur orðið vegna Hita, leysiefna, sýru, basa, sápuefna, þungmálmar Getur verið viðsnúanleg (refolding) Afmynduð prótein eru oft ekki leysanleg og falla út (precipitate)

Answer 114

Nokkur prótein saman mynda próteinflóka – Engin samgild tengi – Einingum haldið saman af ósamgildum tengjum * Vetnistengjum * Jónatengjum * Vatnsfælnum tengjum

Answer 115

Uppsöfnun prótein klumpa (aggregates) í svökölluð amýlóíð í líffærum Afmyndun/hlut-afmyndun próteina (stundum stökkbreyttra) sem safnast fyrir sem óleysanleg prótein

Answer 116

beta-amyloid peptide, Príon prótein, cystatinC

Answer 117

Prion Protein (PrP) Veldur TSE (Transmissible Spongiform Encephalopathies) – Creutzfeldt-Jakob í mönnum – Scrapie í kindum – Mad cow disease í nautgripum PrPSc (Sc=scrapie) er sýkillin Mjög stöðugt prótein sem myndar úrfellingar sem eru svipaðar amyloids í öðrum sjúkómum PrPC (C=cellular) hefur ekki sýkingarmátt, finnst á yfirborði taugafrumna í heila spendýra Engin munur hefur fundist á PrPSc eða PrPc hvað röð varðar eða breytingar (post translational) Þrívíddarbygging önnur eina dæmið þar sem að prótein lögun veldur sjúkdómi

Answer 118

Hemeprótein hafa heme sem prosthetic hóp (strúktúr sem ekki er fjölpeptíð en er nauðsynlegt fyrir virkni próteinsins) Heme – complex protoporphyrin IX og járns Járni haldið í miðju hringsins með 4 nitursameindum

Answer 119

Hemeprótein í hjarta- og beinagrindarvöðvum hefur hemeprótein hóp Geymir og ber súrefni innan vöðvafrumunna Eitt fjölpeptíð sem líkist undireiningum hemoglobins Þétt pakkað, 80% sem 8 -helixar (A-H) Proline á milli helixa eða –bends og loops Óskautaðar amínósýrur inn í sameind. Vatnsfælin tengi Hlaðnar amínósýrur á yfirborði Heme hópur bundin á óskautuðum amínósýrum (nema 2 His) F8 bindur járnið E7 tengist heme hópnum ekki beint en eykur stöðugleika súrefnisbindingar Samanburður 1. stigs byggingar 23 tegunda * Af 153 aminósýrum eru 83 eins * 2. og 3. stigs bygging eru algerlega varðveit

Answer 120

Í rauðum blóðkornum Flytur súrefni frá lungum til vefja Hemoglobin A er samsett af 4 fjölpeptíðum (2  keðjum og 2  keðjum) sem haldið er saman af ósamgildum tengjum Einingarnar líkar því sem sést hjá myoglobin Getur borið H+ og CO2 frá vefjum til lungna Getur borið 4 súrefnissameindir frá lungum til vefja Hægt að hafa áhrif á súrefnis-binding með allosterískum þáttum

Answer 121

myo ein sameind, vatnfælin tengsl inn, vatnssæknar amínósýru út Hemo vatnsfælnar amínósýrur svo að sameindirnar tengist sjálfar Mýóglóbin er monomer en hemoglobin tetramer Munur á hleðslu yfirborðs Mýóglóbin er í sambandi við vatn Hemóglóbín einingar eru í sambandi við hvor aðra

Answer 122

Tvær tvenndir * Hvorri tvennd haldið saman með vatnsfælnum tengjum (sem eru því á yfirborði) * Tvenndum haldið saman með vetnis- og jónatengjum það eru veikari tengsl og getur þannig verið Hreyfing á milli tvenndanna þegar súrefni tengist (R - relaxed ) þá verða tengin á milli tvenndanna lausari Binding við súrefni rýfur hluta af jóna- og vetnistengjum milli tvennda Hreyfanleiki meiri High oxygen affinity form hemoglobins þegar súrefni er ekki bundið (T-taut) þá eru tvenndirnar stífar Low oxygen affinity form hemoglobins Deoxy (án súrefnis) Tvenndir tengjast með jónatengjum og vetnistengjum sem takmarka hreyfingu á fjölpeptíðum

Answer 123

Myoglobin bindur eina súrefnissameind (monomer) - hefur alltaf meiri sækni í súrefni - meiri mettun við hvaða hlutþrýstin sem er - bindur súrefni sem hemoglobin losar í vöðvum við mjög lágan hlutþrýstin súrefnis í vöðvum Hemoglobin bindur fjórar súrefnissameindi (tetramer) Cooperative binding * Þegar ein hemoglobin eining hefur bundið O2 sameind eykst sækni hinna í O2 * Þegar ein hemoglobin eining hefur losað O2 sameind losna hinar einnig auðveldar af Fyrsta O2 sameindin hefur litla sækni Þegar hún binst verður formbreyting á flókanum sem eykur sækni hinna heme hópanna í súrefni

Answer 124

pO2 pH gildi - Lágt pH gildi og hár CO2 þrýstingur hjálpa til við losun súrefnis frá hemoglobini pCO2 - CO2 er ekki öllu breytt í bicarbonate - Sumt tengist N-enda amínósýrum á hemoglobini og myndar carbaminohemoglobin - Þetta eykur stöðugleika T forms og því er minni sækni í súrefni 2,3 bisphosphoglycerate - sameind sem myndast þegar að við breytum glúkósa í laktat - Binst við deoxyhemoglobin (T formið) eykur stöðugleika þess og minnkar sækni í súrefni - Við súrefnisskort eykst styrkur 2,3- BPG - Er í háum styrk í rauðum blóðfrumum

Answer 125

pH gildið er lægra í vefjum því við tökum CO2 burt og það verður efnahvarf (myndast bicarbonat) sem gerir það að verkum að við missum prótónur Lægra pH í vefjum heldur en lungum því er súrefnið losað í vefjum en tekið upp í lungum HCO3- ferðast til lungna með plasma H+ hjálpar til við að breyta Hb úr R (oxy) í T (deoxy) í vefjum

Answer 126

2,3-BPG styrkur fellur í því blóði sem er tekið Blóð (hemoglobin) sem hefur verið geymt hefur mjög mikla sækni í súrefni og losar það því ekki þegar til vefja er komið Virkar sem “oxygen trap” í stað flutnings kerfis RBC endurmynda 2,3-BPG á 6-24 klst en þetta getur valdið vandamálum það er bætt glúkósa? í blóðið til að þetta gerist ekki þ.e.a.s. að það losar ekki súrefni í vefi

Answer 127

CO eða kolmonoxíð binst með mikilli sækni í hemoglobin Myndar carbon monoxyhemoglobin Þegar CO binst fer hemoglobin í R form og súrefni binst í hin heme setin Hemoglobin getur ekki lengur losað súrefni til vefja CO eitrun – Hemoglobin hefur 220 sinnum meiri sækni í CO samanborið við súrefni. Þarf því lítið magn til að vera eitrað

Answer 128

Allt að 60% af hemoglobinum í fóstum Hb A myndun hefst ekki fyrr en á 8. mánuði meðgöngu Hefur hærri sækni í súrefni en Hb A Veik binding við 2,3-BPG Sér til þess að það sé nægjanlegt súrefni fyrir fóstrið

Answer 129

Hb A er glycosylerað (gerist ekki hratt) Glúkósi hengdur á Valine sem eru við N-enda beta globin keðjanna Hækkaður styrkur finnst í sykursjúkum

Answer 130

Á 2 litningum, 11 (beta glóbín-lík gen) og 16 (bara alfa gen)

Answer 131

erfðasjúkdómar sem einkennast af annað hvort: - Hemoglobin með afbrigðilega lögun (punktbreyting í stöðu 6 í beta-glóbin geni, mikil áhrif á svipgerð) DÆMI: Sickle cell anemia (Hb S) Hemoglobin C disease (Hb C) Hemoglobin SC disease (Hb S + Hb C) – Ekki nægjanleg framleiðsla af hemoglobini DÆMI: Thalassemia

Answer 132

sigfrumublóðleysi Breyting á einu nucleotíði í beta–globin geni Algengara í svörtu fólk (1:500) Víkjandi erfðir (homozygous recessive) - báðar samsætur á geninu þurfa að vera stökkbreyttar Táknað sem betaS Sjúkdómseinkenni koma ekki í ljós fyrr en Hb F minnkar getur Krónísk hemolytic anemia, hyperbilirubinemia, aukin sýkingarhætta, stroke, vanstarfsemi nýrna Glutamate verður að valine (Glu6->Val6) - fer frá því að vera neikvæð í jákvæða Stökkbreytta próteinið hefur minni neikvæða hleðslu heldur en villigerðin. Hægt að greina stökkbreytinguna með rafdrætti myndar polymer og fer að falla út gerir það að verkum að rauðu blóðkornin fær einkennilega lögun venjuleg RB eru sveigjanleg og geta farið inn í háræðar Hb S er mjög stíft og veldur sársauka því hann fer að stífla háræðar út um allt

Answer 133

þar sem er mikið af HbS að þá er minna af malaríu talið vegna þess að sýkilinn sýkir rauð blóðkorn og þau sem eru með HbS að þau hafa bara rauð blóðkorn sem lifa í 20 daga og það er ekki nóg fyrir sýkilinn

Answer 134

Mildari en Hb S Sama amínósýra er stökkbreytt – Glu6->Lys6 Prótein sem inniheldur stökkbreytinguna ferðast enn hægar í geli heldur en Hb A eða Hb S

Answer 135

Compound heterozygote Arfblendnir einstaklingar (double heterozygous) Bæði beta-globin genin eru stökkbreytt Einkenni ofast mildari heldur en hjá Hb S

Answer 136

Algengasti eingena erfðasjúkdómur í mönnum Galli í framleiðslu á alfa eða beta globini Margar gerðir stökkbreytinga oftast Tap á öllu geninu eða minni úrfellingar (deletions),Einnig skiptibreytingar alfa0 eða beta0 = ekkert myndast alfa+ eða beta+ = minna myndað

Answer 137

– beta thalassemia minor * Annað genið tapað – beta thalassemia major * Bæði gen töpuð þá verður uppsöfnun á alfa og það getur byrjað að falla út

Answer 138

Minna framleitt af alfa-globin en eðlilegt er (eða ekkert) Oftast úrfellingar 4 gen – 1:4 þögull beri (silent carrier) – 2:4 alfa-thalassemia trait – 3:4 Hb H (beta4) – 4:4 Hb Bart (gamma4)

Answer 139

Oftast regluleg annars stigs bygging Þráðlaga Ill-leysanleg í vatni Byggingarhlutverk Dæmi: collagen, elastin, keratín, tropomýósín

Answer 140

Fjölskylda próteina sem finnst í öllum vefjum og líffærum Byggingarhlutverk fyrst og fremst – Extracellular prótein Löng sameind sem er samsett úr 3 próteinum (sem kallast kollegen alfa keðja) - vefjast kringum hvort annað - geta haft mismunandi hlutverk eftir því hvar þau eru staðsett Mikið af breyttum sameindum eins og glycín, prólín, hýdroxýprólín og hýdróxýlýsin Meira en 25 gerðir Keðjum haldið saman með vetnistengjum Hægt að flokka í þrjár megingerðir - eftir því hvar þau finnast byggingin er Mikið af Proline og Glycine - vegna þess að glycine er minnsta amínósýran - prólín hefur örg áhrif á hvernig henni er vafið saman því hún er oft í beygjum Gly – X – Y – X oft proline – Y oft hydroxyproline (hydroxylysine) Langar sameindir þar sem R hópar snúa út og geta tengst öðrum sameindum

Answer 141

forvera af collageni Helix með 3 amínósýrur per snúning Prólín gegnir lykilhlutverki Ólíkt alfa-helix Glycín mynda óskautaða snertibrún sem eykur stöðugleika complexins Sumar lýsín-amínósýrurnar umbreyttar í allýsín. Myndar samgild tengi við aðrar allýsín og lýsín amínósýrur innan og milli collagen sameinda sem eykur styrk sameindarinar

Answer 142

Proline og lysine hydroxyleraðar eftir að þær eru settar í próteinkeðjur Eykur stöðugleika próteinþáttana þriggja sem mynda collagen þar sem hægt er að mynda fleiri vetnistengi

Answer 143

Járn og afoxarinn C-vítamín eru nauðsynleg fyrir virkni prolyl hydroxylase og lysyl hydroxylase C-vítamín skortur – færri vetnistengi og stöðugleiki helixa minni veldur scurvy - Skyrbjúgu sítrónu safi lagar þetta talið að skarvakál minnkaði alvarleikan hér á íslandi áður fyrr

Answer 144

gert krosstengsl með Lysyl oxidase hann Deaminerar lysine og hydroxylysine í collageni það verður til allysine og hydroxyallysine sem geta tengst lysyl eða hydroxylysyl í næstu sameind

Answer 145

Ehlers-Danslo orsakast af göllum í ensímum sem taka þátt í myndun collagens (t.d. lysyl hydroxylase, procollagen peptidase eða í collageninu sjálfu)

Answer 146

sjúkdómar sem tengjast göllum í kollageni eða í myndun þess Yfir 1000 stökkbreytingar þekktar í 23 genum sem mynda collagen

Answer 147

Collagenopathies sjúkdómur Bein bogna og brotna auðveldlega Stökkbreytingar í alpha 1 og 2 keðjum (type I) Glycine oft stökkbreytt

Answer 148

Hefur einkenni gúmmís Er t.d. til staðar í lungum og stórum æðum Hægt að teygja margfalda lengd en skreppur síðan aftur til baka í upprunarlega lögun Illeysanlegt í vatni Myndað af 700 amínósýra forvera sameind -tropoelastin Mikið um Glycine, Alanine og Valine (litlar óskautaðar) Einnig Proline og Lysine (ekki hydroxy-) einkennandi fyrir elastin eru krosstengin Sumar lysyl hliðarkeðjur eru deamineraðar með lysyl oxidase Þrjár slíkar ásamt einni óbreyttri mynda desmosine kross tengsl Desmosine tengslin valda því að elastin er mjög teygjanlegt

Hlutapróf 2 Flashcards

(187 cards)