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Flashcards in La Transcriptonique Deck (10):
1

Qu’est-ce que la transcriptomique?

C’est la discipline qui s’intéresse aux ARN , à l’expression de gènes et à leur régulation

2

Qu’est ce que le transcriptome( 2 définitions)

1) ensemble des transcrits dans une cellule

2) leur nombre pour un stade de développement ou des conditions physiologiques données

3

Quelles sont les méthodes développées pour étudier l’expression des gènes?

1) méthode de séquençage
2) méthode par hybridation

4

Quelles sont les méthodes de séquençage développées pour étudier l’expression des gènes?

1) séquençage Sanger d’ADNc ou de librairies d’ESTs
2) SAGE (serial analys of gene expression)
3) RNA-Seq: méthode pour quantifier et cartographier les transcriptomes

5

Quelles sont les méthodes par hybridation développées pour étudier l’expression des gènes?

Biopuces (microarray)

Whole genome tiling( WGT)

6

Qu’est ce qu’un pseudo gène ?

Un gène contenant une erreur de splicing.

7

Quelle est la différence entre Bowtie2et TopHat2?

TopHat utilise Bow tie mais prend les reads laissés non utilisées par Bow tie et essaient de leur trouver une place dans le génome.

8

Quels sont les differences entre les fichiers de format GTF et
GFF?

Le format GTF contient 2 champs de plus, soit gene-I’d,et transcript-I’d

9

Quel logiciel est utilisé pour détecter les isoformes d’ARN par RNA-Seq

Cufflinks

10

Comment obtient-on le RPK?

1 tag counts(nb reads sur le gène) /longueur en kB du gène(RPK)
2 somme de la valeur obtenue des RPK pour une étude/ 1 million (RPKM)
3 pour un gène donné,on divise le RPK/RPKM = nouveau facteur de normalisation