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Flashcards in Epigeno Ique Deck (14):
1

Définir l’épigénomique?

Les changements héritables qui influencent l’expression de gènes qui ne peuvent pas être décrits par des changement au niveau de la séquence nucléotidique.

2

Définir l’epigenomique?

Étude des changements épigénétiques à l’échelle génomique.

3

Donner 3 conséquences concrètes de l’épigénétique

1) méthilation de l’ADN
2) modification des histones

3)positionnement des nucléosomes

4

Définir l’immunoprécipitation de la chromatine(ChIP)

Processus d’enrichissement par immunoprécipitation des protéines d’intérêt lié à l’ADN

5

l’immunoprécipitation de la chromatine(ChIP)a été mis à profit lors de l’introduction de _________

Biopuces

6

Quelles sont les 4 étapes de la procédure expérimentale - ChIP

1) traitement des cellules à la formaldéhyde
2) fragmentation de la chromatine (sonification ou digestion à la MNase)
3) utilisation d’un anticorps spécifique pour purifier la protéine
4) retirer les protéines de l’A D N

7

Quels logiciels utilisent t’on pour faire un alignement standard sur le génome de référence ( 2)

BWA ou Bow tie

8

Comment calcule t’on le niveau d’enrichissement par rapport aux bruits de fonds?

On divise l’enrichissement par le bruit de fond

9

Si le niveau d’enrichissement est élevé, qu’est ce que cela veut dire?

Que la chromatine est moins dense donc les niveaux de transcription sont normaux

10

Les formats de fichier peuvent être 0-based ou 1-based, qu’est ce que cela veut dire?

Cela veut dire que le 1er nucléotide a le numéro 0 ou 1

11

Quel est la signification de chacune des colonnes d’un fichier bed?

Le numero du chromosone

le numéro du premier nucléotide
Le numéro du dernier nucléotide
Le nom
Le score
Brin (+ou-)

12

Quels sont les 4 colonnes à ajouter au fichier bed pour obtenir des fichiers broadPeak et NarrowPeak?

Ligne:
7 . signal moyen
8. P-value
9. Q-value
10. peak (narrowPeak)

13

Quels sont les 2 types de motifs?

1). Recherche de motifs connus

2). Recherche de novo

14

Donnez les 3 définitions opérationnelles de l’épigénétique?

1) méthylation de l’ADN

2) modifications des histones

3) positionnement des nucléosomes