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Genomica y Proteomica > Metagenoma > Flashcards

Metagenoma Flashcards

1
Q

Es el proceso de determinar la secuencia de bases de nucleotidos (As, Ts, Cs y Gs)

A

secuencias de ADN

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2
Q

tecnologia muy precisa para secuencia largas 900pb, plasmidos y amplicones

A

SANGER

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3
Q

desventaja de SANGER

2

A
  • costoso
  • ineficinete para secuencias genomas completos y metagenomas
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4
Q

cuales son las next sequencing gneration tecnologies

A
  • ilumina
  • ion torrent
  • pac bio
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Q

funciones plataformas NGS

A
  • sintesis
  • molecula unica
  • nanoporos
  • hibridacion
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6
Q

detecta la incroporacion de nucleotidos marcados con fluorescencia durante sintesis de DNA

A

ilumina

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7
Q

ventaja de ilumina

A
  • alto rendimiento
  • bajo costo
  • ideasl para resecuenciacion y analisis de variantes
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8
Q

desventajas de ilumina

A
  • longitud de lectura limitada
  • errores de homopolimeros
  • sesgo de amplificacion
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9
Q

pasos para el estudio con ilumina

A
  • preparacion de bibliotecas
  • generacion de clusters
  • secuenciacion
  • analisis de datos (bioinformatica)
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10
Q

procedimientos para la secuenciacion con ion torrent

A
  • preparar la libreria genomica
  • preparar el templete
  • secuenciacion con el ion chip
  • procesamiento de señal
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11
Q

secuenciacion con Pac Bio

SMRT

A
  • secuenciacion en tiempo real
  • mayor preciscion
  • util para secuenciar cadenas largas 2 a 50 kb
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12
Q

procedimiento para realizar estudios con pac bio

A
  1. fragmento de DNA
  2. reparar DNA
  3. reparar extremos
  4. ligar adaptadores
  5. colocar primers
  6. unir polimerasa
  7. secuenciar
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13
Q

detecta el paso de moleculas de DNA a tarves de nanoporos

A

secuenciacion con nanoporos

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14
Q

ventajas de secuenciacion con nanoporos

A
  • lecturas largas
  • ideal para ensamblaje de genomas
  • estudia variantes estructurales
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15
Q

desventaja de la secuenciacion con nanoporos

A
  • menor precision
  • mayor costo por base
  • tecnologia en desarrollo
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16
Q

quien proporciona acetil Coa

A

el butirato obtenido de la fibra

17
Q

quien dona grupos de acetilos

A

el acetil coa
sirve para acetilar histonas y modificar la expresion de genes

18
Q

funcion del acido folico o folato

A
  • participa en la S- adenosilmetionina, brindando gurpo metilos a las histonas
19
Q

cual es la unica base nitrogenada que se metila

A

la citosina

20
Q

efectos de la metilacion y acetilacion en el ADN

A
  • metilacion: inhibe expresion de DNA,
  • acetilacion: primueve la expresion del DNA
21
Q

el triptofano ayuda a:

A

la produccion de serotonina

22
Q

con que tecnologia se secuencio todo el genoma

A

con SHOT GUN

23
Q

uso de los biomarcadores

A
  • estratificacion
  • eleccion de tratamientos
24
Q

marcador filogenetico implementado por shot gun

A
  • 16s RNA
  1. 9 regiones hipervariables
  2. economico
  3. sencillo y eficiente
25
Q

desventajas de SHOT GUN en la clasificacion de bacterias

A
  • poco util para caracterizar esecies y cepas
  • no puedes ver mutaciones
26
Q

FAST q significa

A

que es de calidad

27
Q

funcion de las regiones conservadas e hipervaribales en los genomas

A
  • ayudan a diferenciar hasta el nivel de generos entre microorganismos
28
Q

amplicon usado en estudio de zonas hipervariables en la microbiota humana

A
  • V3
  • V4
29
Q

ventajas del uso de amplicones en el estudio de la microbiota humana

A
  • regiones hipervariables conservadas
  • la region conservada indica el putno de partida
30
Q

que son las etiquetas genomicas y para que sirven

A
  • son indices y adaptadores
  • ayudan a la generacion de bibliotecas genomicas
31
Q

ilumina es de que generacion

A

de 2da generacion

32
Q

sognificado de OUT

A
  • abreviatura para unidad opreracional taxonomica
33
Q

caracteristicas de OUT

A
  • secuencias en formato fasta
  • confroma muestras de la microbiota
  • cada OUR es un. microorganismo diferente
34
Q

tecnologia usada en OUT

A
  • fluorometro y espectrofotometro
  • cuantifica DNA
  • ayuda a que haya la misma cantidad de DNA en cada pocillo
35
Q

que significa N en la secuenciacion

A
  • secuencias no especificas o que no se lograron especificar

Genomica y Proteomica (13 decks)

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