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Microbiologie Médicale Et Infectiologie Pt1 Flashcards

(78 cards)

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1
Q

3 grandes étapes du traitement des échantillons

A
  1. Pré-analytique
  2. Analytique
  3. Post-analytique
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Q

Décrire l’étape pré-analytique du traitement des échantillons

A
  1. Collecte des specimens
  2. Identification des specimens
  3. Transport des specimens
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3
Q

Décrire l’étape analytique du traitement des échantillons

A

Procédures et analyses effectuées au laboratoire

  1. Étalement de l’échantillon sur une lame microscopique (coloration de Gram)
  2. Étalement de l’échantillon sur des géloses (milieux nutritifs pour les bactéries)
  3. Géloses sont mises dans des incubateurs à 37 degrès
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4
Q

3 types de gélose

A
  1. Gélose sang de mouton
  2. Gélose chocolat
  3. Gélose MacConkey

Le choix de la gélose va dépendre du type d’infection suspectée

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5
Q

Atmosphères d’incubation

A

Pous satisfaire les exigences des bactéries, certaines géloses seront incubées:
1. Dans une étuve à l’air ambiant (21% d’O2)
2. Dans une étuve à CO2
3. Dans une tente anaérobie (permet la survie et la croissance des bactéries anaérobies strictes)

Dépend encore une fois du type de bactérie suspectée

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6
Q

V ou F?
Les géloses sont incubées à 37 degrès et examinées le lendemain

A

Vrai

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7
Q

3 tests analytiques que l’on peut faire une fois que les géloses ont été incubées

A
  1. Hémolyse (aide à détecter les SGA bêta-hémolytique)
  2. Coagulase (ex: S.aureus)
  3. Catalase
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8
Q

Durant l’étape analyse, à quoi sert la machine de la diapo 17?

A
  1. On met des colonies de bactéries dans les trous de la lame et on met la lame dans la machine en question
  2. La machine va permettre de nous donner le spectre d’analyse de ce qui compose la bactérie
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9
Q

Décrire l’étape post-analytique du traitement des échantillons

A
  1. Rapporter les résultats
  2. Transmettre les résultats
  3. Interpréter les résultats
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10
Q

Quand le médecin doit-il prescrire des hémocultures?

A

1. Patient qui présente de la fièvre avec des signes d’atteinte systémique sévères
- atteinte de l’état général
- frissons solennels
- TA basse

2. Lorsque certains dx graves sont évoqués
- méningite
- endocardite

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11
Q

En général, cmb d’hémocultures va prescrire le md et cmb d’hémocultures va prélever l’infirmière?

A
  1. Le médecin prescrit 2 hémocultures
    - 1 hémoculture = 2 bouteilles
  2. L’infirmière prélève 4 bouteilles
    - correspond à 2 hémocultures
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12
Q

Comment procéder au prélèvement?

A

Voir les photos qui décrivent les étapes dans le powerpoint (slide 26 et 27)

Important de nettoyer 2 fois la peau avant de procéder au prélèvement

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13
Q

Hémoculture
Avant le prélèvement, il y a déjà des liquides dans les bouteilles d’hémoculture (p.ex: des anticoagulants)

A

Vrai

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14
Q

Quel est le volume de sang «idéal» par hémoculture?

A

20 mL

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15
Q

Quel est le ratio bouillon/sang par bouteille?

A

10 mL

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16
Q

Pourquoi prélever 2 hémocultures (aka 40 mL de sang)

A

La probabilité de trouver la bactérie dans le sang dépend du volume de sang cultivé
- plus le volume est grand, plus la probabilité est haute
- risque « coût-bénéfice» devient moins intéressant après 40 mL
- le volume de sang prélever est le facteur le plus important pour trouver des bactéries dans le sang (si elles sont présentes)

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17
Q

Dans quels cas devrait-on prescrire + que 2 hémocultures?

A

1. Endocardite aiguë
- Nécessité d’obtenir 3 hémocultures en < 2h, avant de débuter le traitement

2. Endocardite subaiguë (germe en général peu virulent, patient non instable)
- obtenir 3 hémocultures < 24h, avant de débuter le traitement
- prélever 2 autres hémocultures si la première série est négative après 24 heures.

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18
Q

Pourquoi prélever en 2 temps?

A
  1. Évaluer la contamination cutanée
  2. Évaluer le caractère continu de la bactériémieù
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19
Q

Traitement des hémocultures au laboratoire

A
  1. Dès la réception au labo, les bouteilles d’hémoculture sont déposées dans un appareil qui maintient la température à 37 degrès et qui brasse les bouteilles de façon continue
  2. L’appareil détecte la présence de croissance bactérienne grâce aux métabolites générées par les bactéries dans la bouteille (lorsque les bactéries croissent, elle libèrent du gaz)
  3. Une fois que la machine sonne, la technicienne effectue une coloration de Gram sur le liquide de la bouteille d’hémoculture « positive» (sur lame) et ensemence des milieux de culture (géloses) ce qui permettra d’identifier la bactérie impliquée et de procéder à un antibiogramme
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20
Q

V ou F?
Il est important de savoir quelle bouteille est (sont) positives?

A

Faux.

Un S.epidermis dans les 2 bouteilles d’une hémoculture n’est pas plus significatif que s’il était retrouvé dans une seule bouteille (contaminant probable).

Même si on trouve des bacilles Gram négatif seulement dans la bouteille anaérobie, il peut s’agir d’une bactérie aérobie (anaérobie facultative).

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21
Q

Interprétation des résultats d’hémoculture (bactériémie ou contaminant)

A

Le md doit analyser les indices
La bactérie rapportée est-elle reconnue comme un pathogène ou un colonisant de la peau?

Nombre d’hémoculture positive (pas le nombre de bouteilles)?
1/2 vs 2/2

Après combien d’heures d’incubation l’appareil a-t-il détecté la croissance bactérienne?
- en présence d’une bactériémie, la majorité des hémocultures seront + en moins de 24h (agents infectieux significatifs qui pourraient croître après 24h: bactéries anaérobies, levures, certaines bactéries aérobies fastidieuses)
- les bouteilles d’hémoculture sont incubées un maximum de 5 jours avant de conclure qu’elles sont négatives

Le lien entre le site de l’infection et le germe identifié est-il plausible?
- exemple de lien plausible: présence de Neisseria meningitidis dans l’hémoculture d’un patient hospitalisé pour une méningite
- exemple de lien peu plausible: présence de Streptococcus viridans dans l’hémoculture d’un enfant hospitalisé pour une méningite. Les Streptococcus viridans ne caise pas de méningite.

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22
Q

Est-ce un contaminant?

A

Voir tableau diapo 37.

Note: différence entre pathogène et contaminant:
1. Pathogène: organisme capable de causer une maladie spécifique chez un hôte
2. Contaminant: organisme ou substance étrangère indésirable présente dans un milieu où il n’est pas censé être trouvé, sans nécessairement causer de maladie spécifique

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23
Q

Interprétation des résultats des Gram d’hémoculture

A

Voir diapo 38

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24
Q

Hémoculture et infection de cathéter

A

Les infections de cathéter (veineux ou artériel) peuvent être attribuables à des bactéries de la flore normale de la peau.

La présence de 2/2 hémocultures positives à un germe de la flore normale de la peau (staphylocoque à coagulase négative, Corynebacterium sp., Bacillus sp) devrait évoquer une infection de cathéter vasculaire.

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25
Bactériémie: communautaire ou nosocomiale
**une bactériémie communautaire est attribuable à une infection _acquise dans la communauté_ si:** - elle survient moins de 48h après l’arrivée à l’hôpital - ex: patient admis il y a 48h pour une pneumonie. Les hémocultures prélevées à l’arrivée à l’hôpital montrent la présence de *Streptococcus pneumoniae* **une bactériémie est qualifiée de _nosocomiale_ si:** - elle survient + de 48h après l’arrivée à l’hôpital ET elle est attribuable à une condition infectieuse qui n’était pas présente à l’arrivée à l’hôpital - ex: accidenté de la route intubé aux soins intensifs depuis 5 jours qui développe une pneumonie. Les hémocultures et les sécrétions trachéales prélevées il y a 48h montrent du *S.aureus*.
26
Nommer les 2 types d’examen de labo qui peuvent être réalisés sur un échantillon urinaire.
1. Analyse d’urine (labo de biochimie) 2. Culture d’urine (labo de microbiologie)
27
V ou F? L’urètre distale n’est pas stérile. L’urine est normalement stérile.
Vrai
28
Comment faire la différence entre la croissance de bactéries qui proviennent de l’urètre (et donc qui ne sont pas stérile) et celles qui proviennent de la vessie (qui est donc techniquement stérile)
1. Technique de prélèvement par mi-jet 2. Culture quantitative de bactéries
29
Culture de spécimens urinaires (pré-analytique)
L’indication de la culture d’urine est une étape cruciale. Le clinicien doit questionner le pt pour savoir s’il a des sx ou non. La présence de bactéries dans les urines sans sx associés (bactériurie asx) nécessite très rarement un tx.
30
Décrire la technique de prélèvement d’urine par mi-jet chez la femme
1. Écarter le + possible les genoux lorsqu’assis sur la toilette 2. Avec les mains préalablement lavées, dégager le méat urinaire 3. Nettoyer la région vulvaire en commençant au-dessus du méat urinaire 4. Débuter la miction dans la toilette 5. Par la suite, transférer le pot stérile sous le jet urinaire 6. Terminer la miction dans la toilette
31
Décrire la technique de prélèvement d’urine par mi-jet pour l’homme
1. Rétracter le prépuce (si non circoncis) 2. Avec les mains préalablement lavées, nettoyer la région du méat urinaire 3. Débuter la miction dans la toilette 4. Par la suite, transférer le pot stérile sous le jet urinaire 5. Terminer la miction dans la toilette
32
ATTENTION: ne pas confondre le prélèvement requis pour les TAAN NG et CT avec le prélèvement requis pour culture d’urine
1. Pour gonorrhée/chlamydia: besoin du **début de jet** pour TAAN 2. Pour culture d’urine: besoin du **mi-jet**
33
Quelle quantité de bactérie est jugée significative lorsqu’on fait une culture d’urine?
Décompte bactérien de > 10^8 UFC/L (ou > 10^5 UFC/mL) est traditionnellement jugé significatif
34
V ou F? Des infections des voies urinaires sont parfois associées à un décompte plus faible (jusqu’à 10^5 UFC/L)
Vrai
35
Une culture d’urine mi-jet avec un faible décompte urinaire peut être rapporté comme…
…une absence de croissance significative
36
V ou F? Une culture d’urine positive indique automatiquement un épisode d’infection urinaire
Faux
37
Quel est le temps de réponse d’un antibiogramme?
48-72h
38
Comment expliquer l’inflammation chez un patient, mais avec une culture d’urine négative?
1. Culture faite après le début des ATB 2. L’inflammation vient d’ailleurs que l’urine (urètre? Prostate?) 3. L’inflammation est causée par un moo non cultivable (p.ex: NG n’est pas cultivable sur gélose; on fera PCR à la place)
39
Principaux agents responsables des infections urinaires
1. **E. Coli** (= principal responsable) 2. Proteus mirabillis 3. Klebsiella pneumoniae 4. Enterococcus spp 5. Staphylococcus saprophyticus
40
Nommer des sx d’infection urinaire basse (cystite)
1. Brûlements mictionnels 2. Hématurie macroscopique 3. Urgence mictionnelle
41
Nommer des sx d’infection urinaire haute (pyélonéphrite)
1. Sx de cystite 2. Fièvre 3. Punch rénal + (douleur loge lombaire) 4. Leucocytose
42
Nommer les différents tests possibles lorsqu’on suspecte une pharyngite à Streptococcus pyogenes
1. Culture de gorge 2. Dépistage de SGA par test rapide 3. TAAN 4. Sérologie ASO
43
La culture de gorge permet la recherche de quels moo?
Streptocoque B-hémolytique du groupe A, C et G
44
Étapes de culture de gorge
1. Examiner la gorge - rechercher une inflammation des amygdales - rechercher des pétéchies - rechercher des sécrétions purulentes/exsudat 2. À l’aide d’un bâtonnet, abaisser la langue 3. Frotter les amygdales avec une culturette 4. Identifier l’échantillon 5. Compléter la requête de labo - sur la requête de labo, spécifier que je recherche un SGA, car tu ne veux pas cultiver TOUS les moo de la gorge (il y en a bcp, certains non patho)
45
Culture de gorge: rôle du labo
1. Enregistrement de la demande d’analyse 2. Ensemencement de la **gélose au sang de mouton** 3. Incubation 24h 4. Examen de la gélose 5. Absence de colonies B-hémo : négatif 6. Présence de colonies B-hémo —> nécessité de faire un typage de Lancefield: groupe A? C? G?
46
V ou F? Lorsque le md prescrit une culture de gorge sans autre précision, les agents infectieux recherchés sont : - Strepto B hémo du groupe A - Strepto B hémo du groupe C - Strepto B hémo du groupe G
Vrai
47
Pourquoi indiquer si le pt est allergique à la pénicilline sur la requête?
_Si le patient n’est pas allergique à la pénicilline_ Si le SGA n’a pas montré de résistance significative à la pénicilline, le tx de première intention sera la pénicilline (ou un ATB de la même classe). Pas besoin de faire d’antibiogramme dans ce cas, car on utilisera la pénicilline (vu l’absence d’allergie chez notre pt) _Si le patient présente une allergie non sévère à la pénicilline_ Possibilité de céphalexine/cefadroxil si allergie à la pénicilline non sévère _Si le patient présente une allergie sévère à la pénicilline_ ATB comme l’azithromycine/clindamycine pourraient être envisagés, MAIS un antibiogramme sera nécessaire pour déterminer leur efficacité avant l’administration. Antibiogramme sera seulement fait si le patient est allergique à la pénicilline (pas fait systématiquement).
48
Dépistage de SGA par test rapide
Mêmes étapes que pour un test covid. 1. Dilution/extraction - mettre quelques petites gouttes de produit dans éprouvette - faire le prélèvement et tremper l’écouvillon dans le produit de l’éprouvette - laisser l’écouvillon dans l’éprouvette pendant 1 minute 2. Test - tremper la bandelette dans la solution de l’éprouvette 3. Résultats - après 5 min, regarder les lignes qui auront apparues
49
TAAN vs test rapide vs culture
_TAAN_ **Le + sensible** Détecte uniquement **SGA** Résultats **rapides** Pas d’antibiogramme possible $ à $$$ (dépend du TAAN utilisé) _Test rapide_ Moins sensible que la culture Détecte uniquement **SGA** Résultat en 1 heure si fait sur place Pas d’antibiogramme possible $$ _Culture de gorge_ **+ sensible que test rapide** Permet de **détecter SGA, SGC, SGG** Résultats après **24h-48h** Antibiogramme possible si pt allergique à la pénicilline $
50
Détection de SGA dans le cas d’une infection pharyngée via _sérologie ASO_ (anticorps antistreptolysine)
Suite à une infection pharyngée par le SGA, il y aura production d’Ac. - Ac détectables **7-14 jours après le début des sx** Sérologie ASO est utile pour **supporter un dx de RAA** (une complication immunologique de la pharyngite à Streptococcus pyogenes). NE PAS FAIRE SI SUSPICION D’INFECTION AUGUË (donc récente) À Streptococcus pyogenes (car les Ac ne seront pas encore présents)
51
Étapes pour la culture de plaie de surface
1. Nettoyer la plaie 2. Peser sur les tissus au pourtour 3. Prélever des sécrétions purulentes (par écouvillon, donc sur la requête, tu sélection Nature: écouvillonnage; site: plaie; culture aérobie seulement)
52
Culture de plaie de surface (pus superficiel)
1. Coloration de Gram: on recherche/analyse la présence de: - **polynucléaires** (témoigne de la présence d’inflammation et d’infection) - **cellules squameuses** (témoigne d’un échantillon de moins bonne qualité) - **bactéries** **La qualité d’un prélèvement de plaie se mesure par: la présence de polynucléaires + l’absence de cellules squameuses** 2. Culture aérobie seulement, car c’est du pus de surface exposé à l’oxygène, donc on recherche seulement les bactéries qui poussent en présence d’oxygène (aérobie) (!!!!!!!) _Note_ Souvent contaminée par les bactéries de la flore normale cutanée (ex: staphylocoque coagulase négative, Bacillus spp, Corynebacterium spp). Choix éditorial des laboratoires sur ce qui est rapporté ou non rapporté.
53
Culture de pus profond
1. Exemples: - prélèvement fait en salle d’opération ou par un chirurgien - prélèvement fait en radiologie d’intervention 2. Idéalement, une seringue contenant du pus ou un morceau de tissu prélevé **en profondeur** (pour éviter contamination)
54
Coloration et type de culture faits sur prélèvement de pus profond
1. Coloration de Gram, on recherche: A) polynucléaires B) bactéries C) PAS de cellules squameuses, car échantillon prélevé en profondeur, loin de la surface de la peau 2. Culture **aérobie et anaérobie** **Risque de contamination théoriquement moindre que pour une plaie superficielle**
55
Nommer les principaux liquides biologiques normalement stériles
1. Liquide articulaire 2. Liquide péricardique 3. Liquide péritonéal 4. Liquide pleural 5. Liquide céphalo-rachidien
56
Puisqu’ils sont normalement stériles, on va porter une grande attention…
1. À la coloration de Gram, vérifier/porter une attention particulière: - présence de neutrophiles - quantité abondante de bactéries (rép rapide) - sensibilité faible à modérée (donc même si le labo dit qu’il n’y a pas de bactérie au Gram, ca ne veut pas nécessairement dire qu’il n’y a pas d’infection 2. Avec la culture: - aérobie - anaérobie - même dans des bouteilles d’hémoculture (pour augmenter la sensibilité, optimise la croissance bactérienne) - on rapporte tout (car sont des liquides normalement stériles)
57
Dx de diarrhée à C.diff
Basée sur la recherche de **toxines** - test rapide EIA - recherche du **gène de la toxine** par TAAN
58
Technique EIA: GDH et toxine (tests rapides)
On met le specimen dans le petit trou et on observe le résultat: 1. Ag GDH: positif et Toxine : positif —> positif 2. Ag GDH: positif et Toxine : négatif —> indéterminé (TAAN nécessaire pour plus de sensibilité) 3. Ag GDH: négatif et Toxine: négatif —> négatif
59
Recherche du gène des toxines de C.diff (TAAN)
1. TAAN + sensible que les tests rapides EIA 2. Ce test détecte le gène de la toxine et non la toxine libre 3. Trop sensible? —> risque de traiter des porteurs sains de souches toxinogènes
60
Comparer GDH vs EIA vs TAAN
_GDH_ Sensibilité: élevé Spécificité: faible Substance détectée: Ag commun pour C.diff (toxigénique ou non) _EIA toxine A/B_ Sensibilité: faible à modéré Spécificité: modéré à élevé Substance détectée: toxine libre de C.diff _TAAN_ Sensibilité: élevée Spécificité: faible à modéré Substance : gène de la toxine C.diff
61
La recherche de pseudomembranes dans le dx de C.diff
Examen **assez rapide**: la gastro-entérologue va voir avec un colonoscope Examen **très spécifique**: le dx différentiel est très limité Examen **peu sensible**: la plupart des patients n’auront pas de pseudomembranes; associés à des formes + sévères de C.diff
62
Prévention des infections - Pratiques de base
Hygiène des mains Hygiène respiratoire - tousser dans coude - porter masque si sx respiratoires EPI lors de situations particulières (gants, blouse, protection du visage) Utilisation et disposition adéquate des objets tranchants
63
quand devrait-on pratiquer l’hygiène des mains?
1. Avant de toucher au pt 2. Avant une intervention aseptique 3. Après un risque de contact avec liquide biologique 4. Après tout contact avec un pt ou son environnement
64
Lequel choisir: solution hydroalcoolique vs eau et savon
Solution hydroalcoolique: ne tue pas les spores Eau + savon : tue les spores
65
De quoi est constituer l’EPI?
1. Gants 2. Jaquette 3. Masque de procédure 4. Protection oculaire (lunettes ou visière) 5. Masque N95
66
Nommer les 3 modes de transmission?
1. Contact direct ou indirect 2. Gouttelettes 3. Voie aérienne (aérosol)
67
Colonisation SARM
1. Narine 2. Aisselle 3. Aine **Risque de transmission par contact direct et indirect**
68
Procédure - Transmission par **contact**
Pratiques de base + Précautions additionnelles nécessaires (gants et jaquette) Ex: SARM, ERV (entérocoque résistant à la vanco), C.diff
69
Procédure - Transmission par **gouttelettes**
Précautions de base + 2 mètres de distance + Précautions additionnelles (blouse, gants, masque, protection oculaire) Ex: influenza (se transmet aussi par contact)
70
Procédure - Transmission aérienne
Précautions de base + 2 mètres + Masque N95 Protections additionnelles contacts (gants +blouse) sont aussi souvent nécessaires Ex: rougeole, COVID, TB, VZV
71
Protection oculaire nécessaire quand…
Risque de toux, d’éclaboussures, de projection de gouttelettes de sang
72
Chambre à pression négative
Si risque de **transmission aérienne** Mécanisme qui retient l’air dans la chambre pour l’empêcher de sortir dans le corridor (et de contaminer les autres). Filtre HEPA filtre l’air qui sort vers l’extérieur
73
B-lactamine vs B-lactamase vs PBP
_1. B-lactamine_ Ou ATB B-lactame Large classe d’ATB: pénicilline, amoxicilline, céphalosporine _2. B-lactamase_ Famille d’enzyme responsable de la résistance de certaines bactéries vis-à-vis certains ATB B-lactamine. Les B-lactamase des bactéries désactivent l’anneau lactame présent chez tous les ATB B-lactamine _3. PBP_ Penicillin Binding Protein Protéine qui permet de stabiliser et solidifier les couches de peptidoglycan de la paroi cellulaire bactérienne (en faisant de la **transpeptidation**) PBP maintient et relie fermement les couches de peptidoglycan à la membrane cytoplasmique ATB B-lactamine empêche la transpeptidation en inactivant la PBP : crée une paroi cellulaire instable (= mort de la bactérie)
74
Mécanisme d’action des B-lactames
Inactive les PBP des bactéries Conséquence: empêche la transpeptidation
75
Pénicilline
Classe: B-lactamines Catégorie: pénicilline Voie d’admin: Oral (V) IV (G) IM (benzathine)
76
Bactéries productrices de B-lactamases
S.aureus (non SARM) 35% des Haemophilus influenzae La plupart des moraxella catharalis Tous les Klebsiella pneumoniae 30% des E.coli
77
Deux solutions pour contrer la résistance dû aux B-lactamases
1. Des ATB qui résistent aux B-lactamases - cloxacilline/oxacilline/méthicilline - céfazoline 2. Les inhibiteurs de B-lactamases - acide clavulanique - tazobactam **vont être combinés à un ATB (une pénicilline); ainsi, l’acide clavulanique ou le tazobactam va inhiber la B-lactamase pendant que l’ATB fait son travail**
78
Effets secondaires des B-lactamines
Allergie Néphrite interstitielle GI (diarrhée, nausée, colite à C.diff) Surinfection à Candida

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