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Biologie moléculaire & médicale > miRNA, DMLA, LCM & ddPCR > Flashcards

miRNA, DMLA, LCM & ddPCR Flashcards

1
Q

Longueur moyenne d’un miRNA?
Fonction principale?
Comment? (2)

A

21-23 nt
Régule l’expression des gènes
1. Inhibent la traduction
2. Induisent la dégradation d’un mRNA en se liant au 3’UTR.

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2
Q

Combien de miRNA humain identifiés à ce jour?

A

Plus de 2000 miARN ont été identifiés chez l’humain et ils sont
conservés à travers toutes les espèces.

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3
Q

Biosynthèse de miRNA
pri-miRNA = ?
pre-miRNA = ?
miRNA = ?

A

pri-miRNA = miRNA avec queue poly et 5’CAP in hairpin loop
pre-miRNA = les deux queue sont coupés, toujours en hairpin
miRNA = protéine Dicer coupe le hairpin et un brin (miRNA) est libéré et mature

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4
Q

Quel est le principe multi cible des miRNA?
Quel nt, quel extrémité?

A

Les miARN reconnaissent leurs cibles principalement à l’aide des nucléotides 2 à 8 dans l’extrémité 5’.
Ce mode de reconnaissance permet le multi-cible: un miARN peut inhiber simultanément l’expression de dizaines voir de centaines d’ARN messagers différents.

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5
Q

Est-ce que les miRNA promouvoient on inhibe les cancers?

A

Certains miARN sont des oncogènes et d’autres des suppresseurs tumoraux

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6
Q

Quel lien avec la localisation de séquence des miRNA et le cancers?

A

50% des miRNA sont localisés dans des régions amplifiées ou délétées dans les différents types de cancer

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7
Q

Les miRNA vs mRNA stabilité?

Qu’est-ce qui augmente leur stabilité?

A

miRNA sont très résistants à la dégradation comparativement aux ARNm.

Leur formes circulantes sont stabilisé par leur transporteurs.

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8
Q

Formes circulantes des miARN dans le sang (et le secret de leur stabilité) sont subdivisé en deux… ?

A

La fraction cellulaire
Les formes libres

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9
Q

Formes circulantes des miARN dans le sang (et le secret de leur stabilité) sont subdivisé en deux soit:

  1. La fraction cellulaire
  2. Les formes libres

Composé de quel transporteurs/stabilisateur?

A
  1. Fraction cellulaire: Globules rouges, G blanc & plaquettes
  2. Formes libres: Endosomes, exosomes, lipoprotéines, protéines (Ago2)
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10
Q

En quoi les miRNA sont similaires à des hormones?

A

Ils sont sécrétés spécifiquement par une cellule, circulent dans les liquides biologiques, pénètrent dans une cellule cible et y régulent l’expression génique.

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11
Q

Qu’est-ce que la DMLA?

A

La dégénérescence maculaire liée à l’âge

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12
Q

La DMLA se caractérise par?

Qu’est-ce qui aide à développer la DMLA? (4)

A

La perte de la vision centrale

Facteurs génétiques
Âge avancé
Cigarette
Obésité

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13
Q

Identification de 3 miRNA dans le DMLA
dans quel matrice? et lesquels?

A

miR146a↑, miR106b↓ & miR152↓
vitré et sang

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14
Q

Quel ratio est prédictif de DMLA?
miR146a↑, miR106b↓ & miR152↓

A

miR-146a/miR-106b

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15
Q

Quel sont les cibles de ces miRNA ayant un lien direct avec la dégénerescence maculaire?

miR146a (2)
miR106b (1)

A

miR146a = Régulation du vieillisement des macrophages & réprime Human Complement Factor (CFH)
miR106b = réprime VEGF A

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16
Q

DMLA perfect storm, 3 éléments/signatures qui vont ensemble pour engendrer du DMLA au niveau génétique?

A
  1. SNP related AMD signature (gene or miRNA)
  2. Retinal miRNA signature (elevated/underexpressed)
  3. AMD transcriptome signature (reduced transcript)
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17
Q

Qu’est-ce que la Leucémie myéloïde chronique (LMC) ?

Quel % des leucémies?

Incidence?

A

Néoplasie myéloproliférative caractérisée par une prolifération accrue d’éléments myéloïdes. Plus particulièrement les granulocytes matures et immatures.
Est un désordre clonal des cellules souches pluripotentes.

15%

1-2/100 000 par année

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18
Q

Qu’est-ce que la néoplasie/népolasme?

A

La néoplasie désigne une nouvelle formation de cellules sur un tissu (un néoplasme) qui présente une organisation structurale et une coordination fonctionnelle faible, voire nulle, avec le tissu environnant. Par néoplasme en médecine on entend tumeur ou cancer.
Celle-ci peut être bénigne ou maligne.

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19
Q

Quel sont les trois types de granulocyte les plus communs?

Quel type de granulocyte est le plus augmenté par le réarrangement BCR-ABL1?

A

Les neutrophiles
Les éosinophiles
Les basophiles

Les neutrophiles

20
Q

Quel sont les trois phases du LMC et combien de temps durent-elles?

A
  1. Phase chronique 5-6 ans
  2. Phase accélérée 6-9 mois
  3. Phase blastique 3-6 mois
21
Q

Quel sont les trois phases du LMC et combien de temps durent-elles?

A
  1. Phase chronique 5-6 ans
  2. Phase accélérée 6-9 mois
  3. Phase blastique 3-6 mois
22
Q

Qu’est-ce qui se passe aux trois phases du LMC?

  1. Phase chronique
  2. Phase accélérée
  3. Phase blastique
A
  1. Phase chronique (85% Dx)
    Moelle hypercellulaire
    Leucocytose (leukocytes ↑)
    Granulocytes↑↑
    Blastes (˂5%)
    Stade indolent traité par thérapie orale
  2. Phase accélérée:
    Différentiation dysfonctionnelle des neutrophiles
    Leucocyte ↓↓
  3. Phase blastique: Similaire à une leucémie aigue dans laquelle les blastes prolifèrent de façon incontrôlée.
    % des blastes ↑↑
    Splénomégalie ↑↑
    Cytopénie
    Instabilité génétique
    Symptômes importants
23
Q

Manifestations cliniques du LMC (dépend du stade de la maladie) (7)

A
  1. 20-50% sont asymptomatiques. Maladie suspectée en raison d’une FSC.
  2. Fatigue (34%)
  3. Malaise (3%)
  4. Perte de poids (20%)
  5. Transpiration excessive (15%)
  6. Saignement en raison de dysfonction plaquettaire.
  7. Inconfort abdominal (Splénomégalie)
24
Q

La LMC est caractérisée par la fusion de 2 gènes, lesquels?

Se fait par quel mécanisme?

Le nom du nouveaux chr?

A

BCR (chromosome 22)
ABL1 (chromosome 9)

Translocation

Chromosome de Philadelphie

25
Q

LMC: Points de cassures
ABL1/BCR se joignent comment en 5’ et 3’?

Quel point de cassure pour ABL1?

Quel points de cassure pour BCR?

A

5’ BCR::ABL1 3’

a2 pour ABL1

b2 (M-bcr)
b3 (M-bcr)

e1 (m-bcr)

e19 (μ-bcr)

26
Q

e1a2 ou m-bcr donne ?
e19a2 μ-bcr donne?

A

Monocytose
Neutrophilie

27
Q

Quel enzyme est la protéine de fusion BCR::ABL1?

Quel effet sur l’activité de la protéine de fusion BCR::ABL1 versus ABL1 normale?

Quel sont les trois effets de l’activité tyrosine kinase?

A

Tyrosine kinase

ABL1 à une activité kinase bien réguler mais la fusion avec BCL la rend constitutive donc plus élevée

  1. Augmentation de la prolifération
  2. Diminution de l’apoptose
  3. Instabilité génomique
28
Q

Détection par FISH de Leucémie myéloïde chronique
Avantages
Inconvénients

A

Rapide
Éch sang

Éch moelle
Peut pas discriminer les points de rupture
Sensibilité basse à 2-3%

29
Q

Comment détecter LCM par PCR?
Pourquoi?

Avantages?

A

En utilisant l’ARNm comme matériel de départ
RT et nested PCR

Point de cassure trop grand pour PCR sur ADN

Sensible, spécifique, peu couteux, rapide
Peut détecter les différentes translocations

30
Q

Quel tube spécial peut-on utiliser pour favoriser la stabilité de l’ARN?

Conditions de conservation (T)?

A

tube PaxGene

-80C

31
Q

Qu’est-ce que l’approche multiplex (ex pour BCR::ABL)?

A

La PCR multiplex est la détection simultanée de plusieurs cibles dans un seul puits de réaction, avec une paire d’amorces différente pour chaque cible. Cette technique nécessite deux sondes ou plus qui peuvent être distinguées les unes des autres et détectées simultanément.

32
Q

Qu’est-ce qui arrive à ton ratio BCR/ABL si tu attend trop longtemps en préanalytique?

A

Le ratio n’est plus de 100%

33
Q

Vue que les laboratoires ne sont pas comparables même avec les même protocoles, il faut que les laboratoires «ajustent» leur résultats pour être superposable à ceux des laboratoires IRIS, comment?

A

Facteur de conversion suite à un échange de spécimens
Réactifs alignés sur labos IRIS se compare en utilisant une trousse commerciale comme référence.

34
Q

Évaluation pré-tx de LCM se fait par quel tests?

Évaluation clinique:
Hématologie:
Biochimie:
Cytogénétique:
PCR:

Électrocardiogramme:
Radiog

A

Évaluation clinique:
Cardiovasculaire, pulmonaire, rein

Hématologie: FSC avec frottis

Biochimie:
Électrolytes
Glucose
Enzymes hépatiques
Fonction rénale

Cytogénétique: (moelle ou sang) confirmation du chromosome de Ph et anormalités additionnelles

PCR:
Qualitatif → Confirmer la détection du réarrangement BCR::ABL1
Quantitatif → Déterminer le baseline pour le tx

Électrocardiogramme:
Arythmie
Radiographie du Thorax pour effusion pleural

35
Q

Quel était l’ancien tx des LMC?

Quel est le nouveau tx qui le remplace?

Effets secondaires des ITK? (oui/non) à quoi sont-ils liées?

A

Greffes de cellules souche

Inhibiteur de tyrosine kinase
Imatinib, Dasatinib, Nilotinib, Bosutinib & Ponatinib

Oui, les effets secondaires sont liés aux inhibitions non-ciblées (off-target) et varie d’un ITK à l’autre

36
Q

Effets secondaires communs des ITK? (3)

A
  1. Dépression médullaire
  2. ↑↑ des transaminases
  3. Variations des taux d’électrolytres
37
Q

Dans le LMC quel mutation est résistantes à presque tout les médicaments?
Quel médicament est sur la coche?

A

T315I
Ponatinib

38
Q

Résistance aux ITK en raison de mutations : Stratégie de détection PCR
Avantages (2)
Inconvénients (2)

A

Avantages:
Très spécifique
Permet de détecter plusieurs mutations

Désavantages:
Faible sensibilité.
15-25% des cellules doivent-être mutées pour détection

39
Q

Tests pour Dx, thérapie & suivie

A

Additional Cytogenetic Abnormalities (ACA)

40
Q

RT-qPCR vs dPCR
Avantages de chacuns

A

RT-qPCR
Disponible partout
Standardizé

dPCR
Plus sensible et précis
Permet la détection jusqu’à 1 seule copie de BCR-ABL1
Pas besoin de courbe standard

Désavantage (le contraires des autres) + pas assez robuste pour RT-qPCR

41
Q

Avantages du ddPCR (4)

A
  1. Grande précision:
    Fractionnement massif de l’échantillon permet de détecter de très petite variation dans les séquences d’ADN cibles.
  2. Augmente le ratio signal/bruit de fond:
    Enrichissement des cibles rares en réduisant la compétition avec les templates avec beaucoup de copies.
  3. Élimine le biais associé à l’efficacité de la réaction PCR:
    Élimine le principe d’efficacité d’amplification de la réaction PCR
  4. Simplifie la quantification:
    Une courbe standard n’est pas nécessaire pour une quantification absolue.
42
Q

DDPCR fractionnée en combien de goutelettes?

A

20 000

43
Q

DDPCR les goutelettes positive se retrouvent en haut ou en bas du seuil établie?
Détection du DDPCR se fait par?
Analyse 1D vs 2D

A

En haut
Sondes Taqman couplées au FAM ou HEX
1 fluorochome ou 2 fluorochrome

44
Q

Étapes DDPCR

A
  1. Préparation master mix pour le PCR
  2. Distribution du mix dans plaque 96 puits
  3. Émulsion avec huile pour former goutelettes (20 000)
  4. Thermocycleur
  5. Lecteur analyse chaque gouttelette individuellement à l’aide des 2 fluorochromes Fam et Hex.
45
Q

DDPCR, au-dessus de combien de goutelettes doit-on être pour que ce soit acceptable de continuer?

A

10-12 000 goutelettes

Biologie moléculaire & médicale (2 decks)

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