Module 3 : Biologie cellulaire et moléculaire Flashcards

1
Q

La biologie cellulaire et moléculaire c’est …

A

Déf : étude structure et fonctionnement des cellules

Donc concerne étude mécanismes de fonctionnement cellule au niveau cellulaire
- Expression gène à relation structure-fontion proétines

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2
Q

La relation strucure-fonction des cellules eucaryotes

A

Chaque cellule a fonctions particulières en fontion structure
- Dû composante spécialisé et spécialisation
composantes communes

Composantes communes : noyau, mitochondries, cytosquelette, sytoplasme, RE, complexe Golgi, memerbane plasmique, …
- Parfois certaines perdues lors spécialisation

Composante spécialisées : microvillosité, flagelles, cils, …

Spécialisation : nombre mitochondrie, proportion type RE, taille/forme/rigidité cytosquelette, …

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3
Q

Les mitochondries

A

Responsable chaine respiratoire (chaine transport électrons)
- Synthétise ATP grâce gradient H+ et complexes
- Complexe augmente gradient H+ et capture électrons
- Gradient fournit énergie cinétique ATP synthase

Aussi responsable regénération NAD

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4
Q

Les rôles de la membrane plasmique

A
  1. Barrière physique
    - Délimite cytosol/liquide interstitiel (contrôle milieu)
    - Permet créer milieu avec concentration différente
    - Permet séquestrer molécules
    - Permet maintien structure cellulaire (liaison
    cytosquelette et jonctions cellulaires)
  2. Perméabilité sélective
    - Régule passage ions/métabolites/nutriments
  3. Signalisation cellulaire
    - Reconnait signaux externe et réagit (initie cascade)

Plus possède ouverture/poreuse, moins contrôle milieu

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5
Q

La composition de la membrane plasmique

A

Composantes lipidiques :
- PL forme feuillet coeur hydrophobe/surface hydrophile
- AGI dans feuillet PL favorise fluidité
- Cholestérol favorise maintien flexibilité/intégrité ([]
varie)
- Glycolipides forment glycocalix sur surface externe

Composantes proétiques :
- Transmembranaires traverse membrane (domaine
hydrophobe)
- Périphériques/associées fixé surface externe/interne
via proétines transmembranaires ou liaison lipidique
- De surface forme intéraction transitoire

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6
Q

Les fonctions des proétines membranaires

A
  • Transporteurs
    ‐ Récepteurs de surface
    ‐ Marqueurs d’identité (CD)
    ‐ Enzymes
    ‐ Ancrages (via proétine autre cellules)
    ‐ Jonctions cellulaires (liaison cellules)
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7
Q

Les microvillosités

A

Plus petites, nombreuses et serrées que cils
- Soutenus par microfilaments immobiles

Augmente beaucoup surface exposée environnement

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8
Q

Les types de jonctions cellulaires

A

Jonctions serrées :
- Permettent étanchéité surface apicale
- Empêche passage bacéries/substance/toxine

Desmosomes/hémidesmosomes :
- Points jonction mécaniques -> inséparables
- Hémi : cellules + matrice extracellulaire
- Permettent passage petite quantité liquide interstitiel

Jonctions ouvertes
- Formé par protéines transmembranaires (connexine)
formant canaux (connexons)
- Permettent passage rapide/efficace petites molécules
- Permettent synchronisation cellules

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9
Q

Les modes de transport transmembranaires

A

Passifs (utilise gradient)
- Osmose
- Diffusion simple
- Diffusion facilitée

Actifs (nécessite énergie ATP ou autre)
- Transport actif primaire
- Transport actif secondaire (symport/antiport)
- Transport vésiculaire (exocytose/endocytose)

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10
Q

Osmose

A

Déf : déplacement passid eau milieu moins concentré vers plus concentré

Entre via :
- Diffusion à travers membrane
- Canuax aquaporines

Entré excessive eau cause éclatement cellule
- Si dans milieu hypertonique

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11
Q

Les diffusions

A

Diffusion simple
- Pour petites molécules non polaire
- Aucune régulation (peut poser problème)
- Ex : a.g., gaz, éthanol, urée, hormone stéroidienne np…

Diffusion facilité
- Via canaux passifs (ouvert) ou actifs (ouverture régulé)
- Pour petites molécules polaires

Toujours selon gradient

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12
Q

Le transport actif primaire

A

Nécessite énergie sous forme ATP
- Permet transport molécuel contre gradient
- Permet entretien/formation gradient
- Nécessite transporteur

Ex : pompe à sodium

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13
Q

Le transport actif secondaire

A

Nécessite énergie sous forme énergie cinétique
- Utilise gradient une molécule pour transport autre
- Souvent Na+
- Permet économiser ATP

2 types transport :
- Symport : molécule déplacent dans même sens
- Antiport : molécule déplacent sens inverse

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14
Q

Le transport vésiculaire

A

Exocytose : pour libération grosses molécules ou grande quantité molécules dans milieu externe
- Permet stocker molécule avant libération
- Parfois utilisé transport substance toxiques

Endocytose : pour capture macromolécules et régulation composition protéique membrane
- 3 types : phagocytose, pinocytose, endocytose à
récepteur

Nécessite ATP pour formation/déplacement/fusion

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15
Q

Les lysosomes et les peroxysomes

A

Lysosomes : contiennent enzymes digestives puissantes
- Formés par complexe golgien
- Permettent destruction molécules organiques (ex:
phagocytose, autophagie, autolyse)
- Nombreuses maladies associées disfonction dû
accumulation produits indégradable

Peroysomes : contiennent enzyme oxidative (ex : H2O2)
- Formé par REL (plus petits)
- Permettent détoxification alcool/autre molécules
- Responsable β-oxydation a.g.

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16
Q

La mucoviscidose (fibrose kystique)

A

Affectent tous tissus épithéliaux des glandes exocrines
- Augmente viscosité mucus
- Touche nombreux organes

Étiologie : mutation CFTR
- Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
- Cause disfonction canal ionique perméable Cl-

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17
Q

L’ADN c’est

A

Déf : macromolécule trouve dans toutes cellules
- Rassemble infromation génétique organisme
- Encode toutes fonction biologique (via ARN)
- Permet transmission patrimoine génétique

Propriétés importantes :
- Stable
- Compactable/décompactable
- Malléable
- Reproductible (avec peu/correction erreurs)

Formé de : désoxyribose + base azoté + phosphate
- Base azoté : guanine, cytosine, adénine, thymine

Double brins en hélices anti-parallèle

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18
Q

Le caryotype c’est …

A

Déf : arrangement standardisé chromosome cellules
- 23 paires homologuqe (22 autosomes + 1 sexuel)
- Paire possède essentiel même matériel génétique
- Chromosomes 1 identiques

Distingue paires par :
- Longueur bras
- Empalcemtn centromère
- Made transverslae
- Différence matériel génétique (gène)

Utilise pour :
- Détecter abération chromosomique (# ou structure)
- Identifier sexe (XY)

Permet pas distinguer anomalies gènes (mutations)

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19
Q

L’orientation des brins d’ADN

A

2 types extrémités :
- 5’ -> phosphate sur carbone 5’ du sucre
- 3’ -> OH sur carbone 3’ du sucre

Sens de lecture : 5’ -> 3’ (du brin utilisé)

ADN : 2 brins antiparallèles (bicaténaire)
ARN : 1 brin (monocaténaire)

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20
Q

La brève histoire de l’ADN

A

1863 : Mendel découvre allèle et transmission gène
1940-50 : découvre composition ADN, pas structure
1952-53 : photo diffraction -> découverte structure
1977 : début séquençage
1983 : début PCR
1984 : création projet séquençage ADN humain
1990 : début séquençage ADN humian (dure 13 ans)
2003 : publication séquençage (pas complet/erreurs)

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21
Q

Le projet génome humain

A

Objectif : déterminer séquence nuclétidique génome nucléaire humain en moins 15 ans
- Conçu 84 -> commencé 90 -> fini 03
- Nécessite collaboration internationale multiples labos

Permis améliorer méthodes séquençage
- Aujourd’hui : moins cher/plus vite

Conclusion
- ~20 000 gènes (au début pensait 6 700 000 gènes)
- Beaucoup duplication
- 7% gènes spécifiques vertébrés

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22
Q

La définition structurelle d’un gènes

A

Déf : petite portion (locus) déterminée ADN inclue information génétique individu
- Même position chromosome individus même espèce
- Ensemblage gènes = génome

Chaque cellule possède 2 versions chaque gène
- Gènes “identiques” dans toutes cellules -> allèle
- Pas toujours tous exprimé -> varie selon cellules

Gène inclu : intron, exon, promoteur, …

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23
Q

La définition structurelle d’un gène

A

Déf : petite portion (locus) déterminée ADN inclue information génétique individu
- Même position chromosome individus même espèce
- Ensemblage gènes = génome

Chaque cellule possède 2 versions chaque gène
- Gènes “identiques” dans toutes cellules -> allèle
- Pas toujours tous exprimé -> varie selon cellules

24
Q

La définition fonctionnel d’un gène

A

Déf : unité fonctionnelle ADN transcrite en ARN fonctionnel
- Pas tous ARN fonctionnels -> difficile définir fonction
- Connait fonction majorité gènes

Majorité gènes code pour protéines -> certains ARN
- Contient toute information expression ARN/fonction

Donc, gène :
- Séquences bases nuclétidique
- Exprimé différement selon cellule/tissu/organe
- Expression régulé par contexte milieu interne/externe
- G^race différent mécanisme (ex : épissage alternatif)

25
Q

L’organisation des gènes

A

Gènes disposé sur un/autre brins ADN
- Transcription : 5’ -> 3’
- Brin matrive complémentaire transcrit ARN

Décodage/lecture très complexe :
- Connait pas début/fin
- Pas séparation entre gènes
- Connait pas d’avance brin matrice
- Beaucoup ADN non-condant

26
Q

La partie codante de ADN

A

Reprèsente ~2% toute séquence ADN
- Longue séquences intergéniques/régions
fonctionnelles (ex : télomère, centromère)
- Plusieurs séquences intergéniques répétées

Proportion ADN
- 45% : ADN répétitif long
- 15% : ADN non-codan tunique
- 15% : ADN répétitif tandem
- 23% : introns
- 2% exons

27
Q

Les régions intergéniques

A

Autres fonctions que codage gènes
- Importantes régulation expression gènes (aval/amont)

Taille/nombre associé évolution génome
- Plus évolué = plus ADNinterégnique/intron
- Permet régulation plus grande/fine

28
Q

Les principaux éléments d’un gènes

A
  1. Promoteur (5’)
    - Région régulation permet initier transciption controlée
    - Séquence nucléotidique permet liaison protéines
    - Ex : polymérase, facteurs transcription
  2. Terminateur (3’)
  3. Exons (région codante)
  4. Introns (région non-codante)
29
Q

La transcription et la traduction

A

Essentielles fonctionnement cellules

Dogme central : gène codent pour protéines
- Pas tous gènes

2 grands processus (similaires)
1. Transcription : ADN -> ARN
2. Traduction : ARN -> protéines

30
Q

Les grande étapes de la transcription/traduction

A
  1. Initiation
    - Rend matrice disponible
    - Fixation polymérase/ribosome
    - Ajout 1ère unité polymère
  2. Élongation
    - Progression par polymérase/ribosome
    - Ajout unité
  3. Terminaison
    - Arrêt synthèse polymère
    - Libération polymèreL
30
Q

Les grande étapes de la transcription/traduction

A
  1. Initiation
    - Rend matrice disponible
    - Fixation polymérase/ribosome
    - Ajout 1ère unité polymère
  2. Élongation
    - Progression par polymérase/ribosome
    - Ajout unité
  3. Terminaison
    - Arrêt synthèse polymère
    - Libération polymèreL
31
Q

La transcription

A

Déroule dans noyau
- ADN reste toujours dans noyau

Formation multiples transcrits ARN en même temps
- Processus dynamique -> vitesse variable

Ajout ribonucléotide complémentaire: ATP/TTP/GTP/CTP

32
Q

La traduction

A

Déroule dans cytoplasme
- ARN exporté hors noyau

Formation multiples protéines en même temps
- Plusieurs ribosomes sur même transcrit ARN

Ajout aa selon codons ARN

33
Q

Les codons

A

Permet identifier aa
- ARN contient toute information production protéine

Codon initiation : AUG
- Code pour méthionine (parfois éliminé après synthèse)

Codon arrêt : UAG, UAA, UGA
- Indique fin traduction

Codons internes correspondent séquence aa
- 3 bases = 1 codon = 1 protéine
- Redondance dans codond

34
Q

Le lieu de synthèse des protéines

A

Ribosome toujours dans cytoplasme mais production faite dans compartiment différent
1. Cytoplasme : protéine hydrophile/intercellulaire
2. RER : protéine sécrétée/hydrophobe/besoins modif.

Destination finale déterminée présence peptide signal
- Au début protéine
- Bloque élongation jusqu’à arrimage RER
- Libération protéine dans RER
- Éliminé après synthèse

35
Q

L’ARN

A

Synthétisé pas transcription ADN dans noyau

2 groupes :
- Codant (ARNm)
- Non-codant (pas info génétique, mais essentiel)

36
Q

Les ARN non-codants

A
  1. ARNt
  2. ARNr
  3. Petit ARN nucléolaire (snoRNA/pARNnu)
  4. Petit ARN nucléaire (snRNApARNn)
  5. Petit ARN interférent (siRNA/pARNi)/micro ARN (miARN)
37
Q

Les ARN de transferts (ARNt)

A

Rôle : transport aa aux ribosome pour protéines
Composé : 70-100 nucléotide

Possède domain anticodon -> lie codon ARNm
- Aminoacyl-ARNt transférase lie ARNt + protéines

Existe >500 gènes code ARNt

38
Q

Les ARN ribosomiques (ARNr)

A

Principaux composants ribosomes, essentiel fonction
- 2 ARNr majeur (5070/1969nt) + 2 ARNr mineur (<200nt)
- Protéines <40% masse (>70aa)

Très conservé (ex : ARNr 16S)

39
Q

Les petit ARN nucléolaire (snoRNA/pARNnu) et nucléaire (snRAN/pARNn)

A

ARN nucléolaire : dans nucléole
- POur maturation ARNr

ARN nucléaire : dans noyau
- Forme spliceosome avec protéines
- Permet reconnaissance intron ARNprém pour épissage

« House-keeping » ARN
- Toujours même fonction toutes espèces

40
Q

Les petits ARN interférents (siRNA/pARNi) et micro ARN (miARN)

A

Permettent extinction expression gènes
- « Interférence ARN »

2 types (rôle similaire, origine différente)
- miARN : origine génomique
- pARNi : origine externe (microbe/artificiel)

41
Q

L’interférence à l’ARN

A

miARN permet inhibation très précise expression gène/s
- > 1800 gène miARN
- Hautement conservée

Différents mécanismes possibles :
1. Favorise dégradation ARNm
2. Bloquage initiation/élongation
3. Inhiber transcription (plus rare)

Maturation/assemblage miARN au complexe RISC nécessaire (machinerie très complexe/conservée)
1. Clivage par complexe Dorsch et Dicer
2. Assemblage complexe RISC
3. Appariement ARNm cible

pARNi utilise machinerie miARN
- Outil puissant biologie cellulaire
- Utilisé developpemnt thérapies

42
Q

La réaction de polymérisation en chaine (PCR)

A

Permet copier séquence ADN manière spécifique
- Utilise ADN purifié ou complémentaire
- Polymérase produit in vitro
- Utilise amorce délimite région à amplifier

Permet :
- Détection ARN rare
- Quantification/détection ARN (viral/bactérien/humain)
- Quantification expression génique (avec ARNm)

Avantages :
- Méthode exponentiele (double ADN à chque cycle)

43
Q

Le fonctionnement de la PCR

A
  1. Dénaturation ARN -> simple brin
  2. Appariement amorces (hydrobation) et polymérase
  3. Élongation jusqu’à fin séquence
  4. Lecture fluorescence -> bases fluorescentes

Fait plusieurs cycles, controle par variation T°

44
Q

Le séquençage

A

Permet obtenir séquence nucléotidique complète fragment ADN
- Vs PCR (amplifie/détecte/quantifie région ciblée)

Méthode de Sanger
- Cycles répétés
- Base par base
- ADNc défectueux/fluorescent -> pour identifie base

Méthode haut débit/NGS
- Séquençage en parallèle échantilons ARN/ADN
hétérogènes

45
Q

Les protéines se sont …

A

Grands polymères constitués 1ou+ chaines résidus aa
- Remplissent fonctions diverses

Diffère principaleemnt dû chaine aa
- Dicte forme 3D et fonctions spécifiques
- Lien structure-fonction très important

46
Q

La classification des aa

A
  1. Non polaire (H ou CH)
  2. Polaire (O, N ou S)
    - Intéragissent avec autres aa polaires et eau
  3. Chargée (chaine R chargée + ou -)
    - Liaisons ioniques avec autre aa chargées (hydrophile)
  4. Fonction spéciale (ex : cycle, pont disulfure)

Certains aa sont :
- Essentiel (pas enzyme pour synthèse)/non-essentiel
- Protéinogène (20/500 aa)

Association mèse fonction

47
Q

La structure des protéines

A

Structure primaire : séquence aa

Structure secondaire : 1er repliment
- Intéraction aa proche

Structure tertiaire : 2e repliment
- Intéractions aa loins

Structure quaternaire : assemblage polypeptides
- Intéractions entre polypeptides

48
Q

L’épissage et l’épissage différentiel

A

Épissage : élimination introns pré-ARNm
- Replace exons bout à bou tpour former ARNm

Épissage alternatif : élimination alternative exons
- Permet avoir différentes versions proétines/gène
- Augmente diversité protéique
- Réguler et précise, pas aléatoire

49
Q

Les intéractions moléculaires

A

Définissent forme 3D/stabilité proétines
- Entre aa ou protéines
- Ex : régions hydrophobes replient sur elles-même

+ Convalente/permanente -> - Non-covalente/transitiore
- Pont S (-SH)
- Liens/ponts H (polaire)
- Liaison ionique (chargé)
- Interactions hydrophobes (n-p)

50
Q

Les groupement prosthétique

A

Déf : structure non protéqiue lie covalente protéine
- Pas échangeable/dégradable
- Ajouté lors synthèse

Plusieurs familles, ex :
- ADN/ARN
- FAD (riboflavine)
- TPP (thiamine)
- Hème (Fe)
- Métaux/sels/

51
Q

Les groupement prosthétique

A

Déf : structure non protéqiue lie covalente protéine
- Pas échangeable/dégradable
- Ajouté lors synthèse

Plusieurs familles, ex :
- ADN/ARN
- FAD (riboflavine)
- TPP (thiamine)
- Hème (Fe)
- Métaux/sels/

52
Q

La dénaturation de protéines

A

Déf : altération conformarion 3D dû destruction interactions moléculaires
- Dû T°, pH, détergent/solvant, agent réducteur, ions

Perturbe activité protéines -> brise lien forme-fonction
- Peut être résersible
- Pas toujours totale -> modification fonction

53
Q

Les modifications post-traductionnelles

A

Déf : ensemble de mécanisme de régulation de la structure des proétines après traduaction
- Essentielles fonctions

Ex : phosphorylation, glycosylation, acétylation, méthylation, lipidation, ubiquitination, …
- Existe au moins 40-50

54
Q

Le rôle de protéines

A

Protéines principaux effecteurs cellule
- Assure fonctions cellules/tissus/circulation
- Propriétés intrinsèques structure
- Dépendante aussi modifications

Propriété possible :
- Enzymatique
- Liaison
- Structurelle

Fonction :
- Soutien/structure (ex : collagène, cytosquelette, …)
- Mouvement (ex : contraction, déplacement cellulaire)
- Défense/identité (ex : anticorps, antigène de surface)
- Transport/entreposage (ex : protéine transport sang)
- Régulation/homéostasie (ex : prot osmotique, horm.)
- Catalyse (ex : lactase, kinases, …)

55
Q

Un cofacteur c’est …

A

Déf : une molécule/ion facilite réactions
- Transitoire/intéractions faibles

Nature :
- Inorganiques
- Organiques (coenzyme)

56
Q

La nomenclature EC c’est …

A

Déf : organisation hiérarchique principaux réactions chimiques catalysées par enzymes
- Permet classidier enzymes

1 reaction/#EC ≠ 1 substrat ≠ 1 enzyme

Nom commun : sustrat + ine/ase + adj. pour isoenzyme
Nom systématique : nomenclature EC
- Utilisé par chimiste

Enzyme avec même activité : isoenzyme/isozyme