Module 5 Flashcards
(125 cards)
Changement de configuration vs changement de conformation
Configuration: liaison covalente doit être brisé
Conformation: aucun lien covalent brisé, rotation autour d’un lien covalent simple
Définition conformation native
Conformation 3D spécifique qu’adopte une protéine dans des conditions physiologiques, c’est la forme ayant une activité biologique
Décrire structure primaire (1er niveau d’organisation)
Ce niveau fait intervenir quoi
Correspond à la séquence en acides aminés de la chaine polypeptidique spécifiée par l’information génétique (ADN/génome)
Fait intervenir uniquement des liens covalents
Qu’est-ce qui forment la structure 3D de la protéine
Structures secondaires, tertiaires et quaternaires
Décrire structure secondaire (2e niveau d’organisation)
Ce niveau fait intervenir quoi
Correspond à l’arrangement spatial des acides aminés adjacents dans une région donnée de la chaine polypeptidique
Sont stabilisées par des liens H (interactions non covalentes) entre les atomes du groupement peptidique (dépend de la nature de la chaine latérale)
Décrire structure tertiaire (3e niveau d’organisation)
Ce niveau fait intervenir quoi
Décrit l’arrangement 3D de tous les atomes formant une chaine polypeptidique
Stabiliséee par des interactions non covalentes et des ponts disulfures entre les chaines latérales de résidus éloignés dans la structure primaire
C’est interactions s’appellent liaisons intracaténaires
Qui possèdent une structure quaternaire
Les protéines constituées d’au moins 2 chaines polypeptidiques (protéines multimériques)
Décrire structure quaternaire (4e niveau d’organisation)
Ce niveau fait intervenir quoi
Décrit l’association et l’arrangement spatial des sous-unités dans l’espace
L’association de 2 ou plusieurs chaines polypeptidiques (sous-unités) pour former protéine multimérique
Stabilisées par les interactions non covalentes et les ponts disulfures entre les chaines latérales qui stabilisent la structure quaternaire
Nommer les 2 méthodes pour déterminer la structure 3D d’une protéine
Cristallographie à rayons X et spectroscopie par RMN
Points négatifs d’utiliser la cristallographie à rayons X au lieu de la spectroscopie par RMN
A besoin d’un cristal de qualité
RMN: on peut étudier les changements de conformation d’une protéine par cette méthode
Expliquer la cristallographie à rayons X
A une résolution élevée
Les cristaux de protéines diffractent les rayons X différemment selon la forme de la protéine cristallisée
Le patron est analysé pour déterminer la structure 3D
Expliquer la spectroscopie par RMN
Permet l’étude de la structure d’une protéine en solution
Permet d’étudier les changements de conformation
Très puissance pour petites protéines, moins efficaces pour les grosses
Pourquoi la géométrie des liens peptidiques est-elle importante pour la structure d’une protéine
L’arrangement spatial des acides aminés adjacents dans une section de la chaîne polypeptidique dépend de la géométrie des liens peptidiques et de la nature des chaînes latérales
Définir un hélice alpha
La structure secondaire la plus abondante et la plus connue
C=O d’un résidu n forme lien H avec N-H résidu n+1
Liens H // au grand axe de l’hélice (stabilisent la structure)
Chaines latérales sont perpendiculaires à l’axe de l’hélice et se dirigent vers l’extérieur de celle-ci
Style ruban
Décrire brin B
Élément constitutif d’un feuillet
C’est une portion de la chaine polypeptidique dans une conformation étendue en zigzag
Décrire feuillet B
Structure secondaire fréquente dans les protéines
Est composé de brin B
Stabilité brin B
Pas stable à cause de l’absence d’interactions non covalentes entre les résidus
Comment augmenter la stabilité des brins B
Les brins s’associent entre eux en formant des liens H entre groupements alpha-carbonyle d’un brin et les groupements alpha-amines d’un autre
C’est alors des feuillets
Nommer les 2 principaux types de feuillets
B parallèles et B antiparallèles
Différence entre hélice et feuillet
Pour le feuillet, les liens H se forment entre les brins voisins et non entre des résidus voisins pour les hélices
Combien de résidus dans un hélice alpha
Contiennent entre 4 et 40 résidus et la moyenne est de 12
Combien de résidus dans un brin B
6 en moyenne, mais peut en contenir plus de 15
Combien de brins a-t’il dans un feuillet B
Entre 2 et 22 brins, mais en moyenne 6
Décrire une boucle
Segments irréguliers qui changent brusquement de direction