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Bio intégrative 2 > Module 6 > Flashcards

Module 6 Flashcards

(71 cards)

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1
Q

Quelle est la définition d’une population

A

Groupe d’individus vivant en proximité suffisante pour que tous les individus au sein de tels groupes aient une égale probabilité de rencontre pour se reproduire (reproduction aléatoire)

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2
Q

Qu’est ce que la structure génétique des populations

A

Facon dont la variation génétique est distribuée au sein d’une espèce. Selon intesnité des différentes forces évo agisaant sur les individus composant cette dernière

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3
Q

Qu’est ce que le panmixia
donne un
exemple

A

Ensemble espèce = 1 popu

Exemple : les anguilles d’Amériques.

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4
Q

Est il possible qu’il n’y est pas de sreuctuation génétique dans une espèce ?

A

Oui, les espèces panmixia. (anguille d’amérique)

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5
Q

Complique un potentiel de dispersion faibel sur la structure génétique d’une espèce ?

A

Structre génétique très marquée, population très différencié

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6
Q

Sur uqoi focus on dans l’étude de structure génétique de population

A

Enteraction entre dérive et migration

Moins mutation car long terme

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7
Q

Que sont les facteurs démographiques ayan tun lien avec l’écologie et l’évolution

A 
Population Size
Population Density
Populaiton connectivity
Fiteness moyen 
Variation Génétique
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8
Q

Quel est l’effet de la dérive génétique sur la consanguinité et la différence entre populaiton

A

Augmente consanguinité et différence entre populations

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9
Q

Vrai ou faux ;

Les mutations réduisent les consanguinité dans les mutations

A

vrai

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10
Q

Quel es tl’effet de la migration

A

Homogénéise les fréquences alléliques entre populations (maintient diversité génétique)

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11
Q

Qu’est ce qui infleunce l’homogénisation

A

Taux migration

Plus faible, prend plus de temps

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12
Q

Que sont les modlèes de structuration de populations pour expliquer les processus génétiques

A
  • Iles-continent
  • île
  • Pas à pas
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13
Q

Quelle modele de structuration on utilise pour comprendre comment le rapport de force entre dérive géné est associées à Ne et migration

expliquez ce modèle

A

Modele Ile

Modele en ile ;
toute popu on meme Ne, taille efficace

Toute popu echangent entre elles migrant avec taux m
chacune popu dérive avec la meme intensité

  • Ensemble de population de taille effective identiques et stables
  • Échange d’alléles (taux migration) est identiques et stable entre chaque popu
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14
Q

Expliquez le modele ile continent

A

1 popu continent qui a une proportion de migrants qui vont s’en aller
vers des population + petite que la popu continent. TAUX de mutaiton de iles vers
continent bcp plus négligable

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15
Q

Expliquez le modele pas à pas

A

Dif du modele en Ile;
En terme de structure spatiale; popu aquatique le long d,une cote
Meme Ne mais echnage gene, migrant avec popu adjacente
Cettte popu aura migrant n qui ira avec la voisine

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16
Q

Quelle est la formule du Fst:

A

1/4Nem+1

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17
Q

Qu,est ce que le Fst

A

Ampleur de différenciation génétique (entre 0 et 1 )

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18
Q

Comment le fst varie avec la génération

A

Augmente, d’autant plus si Ne bas

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19
Q

Quelle est l’effet du fst dans une popu avec Ne bas

A

F st élevé

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20
Q

Comment varie le fst avec nombre de migrant

A

Peu de migran efficace par génération : valeur de fst génétique très grande
Si 1 on chute

+ de migrant = fst + bas

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21
Q

Que signifie un M de 0.1

A

10% des individus qui migrent par GÉNÉRATION

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22
Q

Que signifie un Fst de 0.

A

Population se ressemblent

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23
Q

Qu’est ce que le Nem

A

Nem = mesure de flex génique et s’exprime en nombre de migrants effects par génération

= nombre de migrant efficace par gene

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24
Q

Avec un Nem de 0.25, quel est le fst &

A

0.5

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25
Pour des individus où il y apeu de barière de migration et dispersion élevé, à quel Nem on devrait s"attendre et à quel Fest
Nem grand | et Fst très petit
26
Pour des individus anadrome à quel Nem on devrait s"attendre et à quel Fest
Intermediaire ( fst = 0.10, 0,20)
27
Pour des individu où dispersion restreinte , à quel Nem on devrait s"attendre et à quel Fest
fest + que 0.50
28
Comment peut on mesurer le Fst ( sans la formule)
avec marqueur
29
De quoi résulte le type de migration pas à pas
Résultent en isolement par la distance, le degré de divergence entre population augmente de façon linéaire en fonction de leur éloignement géographique
30
Quelle est la formule du Fst si on prend la mutation n en compte ? QUe sont les trois points qu'on assume
1/4Nem+4Neu+1 1-on assume que le modèle en Ile s'applique 2-On assume un taux de migration constant et égal entre population s 3- On assume que l'état d'équilibre "migration-mutation-Dérive" est atteint.
31
Le ne représente le Ne total des populations ou la moyenne
Moyenne
32
Dans le moyenne en iles les ne sont ils pareils
Oui. Mais on ne sait que c'est pas le cas, ce pourquoi on fait la moyenne
33
Dans quel modèle on parle d,un équilibre
Le modèle en ile Fst en fctn du nombre de migrants (Nem)
34
Dans le calcul du fst , pourquoi on fait sauter le taux de mutation souvent
Il est négligeable par rapport au taux de migration
35
Dans quelle situation le taux de mutation n'est pas négligeable
Si microsatellite, car taux de mutation très élevé
36
Qu'est ce que structure génétique des populations
Façon dont la variation génétique est répartie au sein d'une espèce, selon l'intensité des forces évolutives agissant sur les individus composant les populations
37
Que sont les 4 objectifs de l'étude de la structure génétique
1- Définir combien de populations génétiquement distinctes composent une espèce 2-Établir la répartition géographique de ces populations 3- Quantifier le degré de variation génétique au sein de chaque population 4-Quantifier l'ampleur de la différenciation entre les populations, de même que leur degré de connectivité
38
Que sont les étapes d'anlayse de la population génétique
1-Diversité génétique intra-population 2) Hypothèse nulle de non différenciaiton On compare statistiquement les fréquences alléliques entre population deux à deux (khi2 ) 3- Ampleur de la différenciation
39
Que sont les 3 types de marqueurs utilisés pour voir les différences de dfversité intra popu
SNP, microstal, ADN mt
40
Quand on fait les étdes inter popu, qu ereprésente Ho ? | He ?
Ho: hétérozygoyie observé | He : hété attendue
41
Peut ont étudier l'hétérozygotie pour un ADNmt
Non, ce sera la diversité de l'Haplotype
42
Dans l'étude intra popu ; quelle variabel on retrouve
``` Pour SNp et microstal : Nombre allèles par loces hetero observée (Ho) Hetero attendue (He) ( 2pq ```
43
Qu'est ce qu'un allèle rare | allèle privé
frequence inférieur à 0.05 | 1 seule popu
44
Quelle est l'Évidence première de L'existence de population distinctes
Hétérogénité dans la distribution des fréquences alléliques entre échantillons
45
Quel est le point de départ pour conclure quelle échantillon correspond aux popu distinctes
hypothèse nulle de non différenciation : population simulaire donc panmictique
46
Comme appe;;es ont des populations pareilles
Panmictiques
47
Quand on veut conclure quelle échantillon correspond aux popu distinctes, quel test on fait Qu'est il important à prendre en compte
Analyse chi1 ou test exact de Fisher Si pb que fréquence alléliques observées entre échantillons est homogène et <0.05 Quand on fait observation multiple, il faut faire une correction Comme comparaison de plusieur sloci il faut corigger baisse valeur de probabilité à laquelle on rejette Ho, pour garder seuil
48
Quelle est l'une des conséquences importante de la sutrcutre de populations
Réduire la proportion des génotypes hétérozygotes dans l'ensemble des systemes structurés relativement à la proportion attendue
49
Comment on calcule le He global | he moyen
Pour deux popu: moyenne de A et moyenne de a 2pq avec ces données Moyenne des 2^pq des population
50
Selon wright, à quoi est lié la rduction d'hétérozygotie due à la structure des population
lié à la réduction en hétérozygotes causées par la consanguinité
51
Quel est l'effet de la taille des populations sur l'effet de la structuration génétique
Grand= moins isolé des autres popu ( nem) = moins effet consangui = - effet dif
52
Que sont les différents niveau hiérachiques de structuration
1-Intérieur de la population | 2- Subpopulation sur totalité
53
Dans un systeme ou la structure des population est hierachrqiue, que retrouvons nous
Effet apparent de la consanguinité à chaque niveau hiérarchique comme mesure du degré de structuration génétique.
54
QU'est ce que l'indice de fixation ? à quoi est il égale
Mesure du degré de structuration génétique à chaque niveau hiérachique He-Ho/He
55
Qu'est ce que le Fis Comment le calculer Comment interpéter
1 er niveau hierachriche ( dans la popu) Mesure ampleur de de l'écart équilibre de Hardy weinburf On test sur chaque locus et sur ensemble de locus. Si Ho dif que attend = pas à l'équilibre Fis = 0 alors He=H0 et donc conformité HW Fis =1 si H0=0
56
Quelle est la formule de L,équilibre de hardy weinberg
p2+2pq+ q2
57
Que signifie un Fis de 0
Alors He=Ho = conformité Hardy
58
Pourquoi un Fis serait non nulle ? et donc non conforme à HW
-Auto fécondation (Ho plus petit que He= déficit hétéro) - reproduction entre population plus ou moins apparentés qu'attendus par le hasard -PLUS COMMUNE Échantillon récolté appartient à popu génétiquement disctintes = déficit hétéro
59
Dans les statistique de Wright comment calculer le fst
Ht-Moyenne de HS /Ht où et 1 /4Nem+1 Ht : hétérozygotie attendu e sous la prémisse de reproduction aléatoire dan sun système On ne considère pas structure de différentes populations. Moyenne de Hs : Hs = hetero attendue dans chaque population individuelleent et on fait moyenne = He
60
Que mesure le FST
Ampleur de l,effet de consanguinité sur la totalité du systeme causé par la structuration en population quantifie ampleur divergence populationelle sous l'action des différentes forces évolutives
61
Comment calculer le nombre de migrant par génération
Nm = (1-Fst)/4 Fst On calcule le FST avec Ht-Hs/Ht
62
Comment on calcule Ht et Hs
Ht : 2pq globale 2xmoyenne locus1 x moyenne locus 2 Hs : 2pq pour chaque population, puis moyenne Donc on fait deux Pq pour chaque popu
63
Qu'est ce que la génétique du paysage Que sont les deux cadres théoriques réunis
Science qui analyse les intéractions entre la génétique des populations et les caractéristiques du paysage Génétique des populations Ecologie du paysage
64
Quel est l'intéret principal de la génétique du paysage Quel est l'intéret en gestion et conservation
Identifier les paramètres du Paysage responsable de la structure génétique, effets de ces paramètres sur les forces évolutives limite ou favoriser dispersion
65
Que sont les différentes méthodes pour associer paysage à la génétique
1- Isolement par la résistance un type de patch ou variable enviro va affecter variation génétique ? 2- Statistiques spatiale Quel type de patron spatial au sein du paysage EXPLIQUE la variation
66
Quelle est la différence de l'isolement par la distance vs isolement par la résistance
Isolement distance : Modèle prédit que chaque élément du paysage est équivalent dans leur resistance Isolement par la résistance Modèle prédit que certain élément du paysage produisent une plus grande resistance au flux gébique
67
A quoi est due l'atteinte de l'équilibre du coef de consanguinité Rappelez la formule du fst
interaction derive - migra 1/4nem+1
68
Pour l'hypoth;se de panctimie, dans quel cas on rejete l'hypothèse nulle
si la probabilité que les fréquences alléliques observées entre échantillon soit homogène est inférieure à p< 0.05
69
Quand on compare l"ampleur de la différenciation, que signifie un Hmoyen en dessous de Hglobal? Comment calculer
H moyen plus petit que Hglobal : ecart. + PETIT QUE SI PAS DE STRUCTURE DE POPULATON H MOYEN : on fait la moyenne des 2 pq des allèles global on utilise le pq moyen des allèles
70
Quellle est la conclusion de Wright
La réduction en hétérozygote résultant de la structure de population est intimement liée à la réduction en hetero causée par la consanguinité
71
Qu'est ceuq le Fsr et Frt
Fsr réduction hetero due à la structure de population relativement à celle attenude dans une région (fid région( Frt : réduction hétéro due à la structure enrégions relativemen tà celle attendue sur l'ensemble d'un système

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