Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

III & IV > Molekylärbiologiska metoder > Flashcards

Molekylärbiologiska metoder Flashcards

1
Q

Viktigaste verktygen i bioteknik

A
  • Restriktionsenzymer
  • Blotting-tekniker
  • DNA-sekvensering
  • PCR
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Vad är restriktionsenzymer?

A

Grupp av enzymer som agerar försvar mot främmande DNA i prokaryoter. Har förmåga att klyva bindningar i DNA.
En typ av endonukleaser (klyver i mitten) och känner igen plats i DNA som ska klyvas genom längd (ofta palindromsekvens)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Vad genererar klyvning med restriktionsenzymer?

A

Blunt-ends = inget överhäng, båda kedjor blir längre

Sticky-ends = överhäng, ena kedjan blir längre

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Nämn restriktionsenzymers användningsområden i labb

A
  • Analys av kromosomstruktur
  • Sekvensering av långa DNA-kedjor
  • Isolering av gener
  • Skapa nya DNA-molekyler som kan klonas
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Vad är agarosgelelektrofores?

A
  • Typ av elektrofores-metod som används för att visualisera specifikt DNA som separerats med restriktionsenzymer
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Beskriv metoden agarosgelelektrofores

A
  • DNA är negativt laddat och kommer röra sig mot den positivt laddade anoden
  • Kortare DNA-fragment rör sig längre i gelen
  • PAGE används för fragment mindre än 100 bp
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad är DNA-ligas?

A

Grupp enzymer som sammanfogar olika beroende på om det är blunt- eller sticky-ends (sticky-ends kan baspara innan de blir sammanfogade av ligaser)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Vad är vektorer?

A
  • “Fordon” som överför genetiskt material till en värdcell

- Främmande DNA limmas mha DNA-ligas för att kunna överföras på ett för värdcellen informativt sätt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Ge exempel på vektorer

A

Bakteriofager = virus som angriper bakterier

Plasmider = liten cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyle som kan replikeras oberoende inuti en bakteriecell

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vilka egenskaper krävs för att plasmider ska vara lämpliga för kloning?

A
  1. Måste finnas en plats där önskat DNA kan ligeras = klonings-site
  2. Måste finnas genetic marker (t.ex. specifik gen mot antibiotikaresistens)
  3. Måste kunna replikeras på specifik plats i värdcellen = Ori (origin of replication)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vad är transformering?

A
  • Bakterieceller tar upp plasmider som finns i den omgivande lösningen
  • Lättare att ta upp plasmiderna om bakterierna befinner sig i tillväxtfas
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hur sker transformering?

A
  • Celler behandlas med iskall kalciumklorid-lösning och placeras sedan varmt under några minuter (heat-shock). Plasmider kan nu ta sig in i bakteriecellerna
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad är AmpR-gen?

A

Används för att se vilka bakterieceller som genomgått transformering, dvs i de plasmider gått in.

Bakteriekultur placeras i en agarplatta med antibiotika. Celler med plasmiden tas upp medan resten dör. AmpR-gen ger en selektion.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad är blue-white screening?

A
  • Selektion baserat på LacZ-gen som kodar för proteinet β-galaktosidas.
  • Istället för laktos används IPTG i labb som är en laktosanalog ej nedbrytbart av β-galaktosidas
  • X-gal tillsätt också, den bryts ned av β-galaktosidas och blir ett blått färgämne
  • Metoden används för att identifera vilka plasmider som ‘r “tomma” och de rekombinanta
  • Blå koloni = “tomma” plasmider, fungerande lacZ-gen
  • Vit koloni = rekombinanta plasmider, inaktiverad lacZ-gen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Vad är cDNA?

A

Complementary DNA, bildas när enzymet omvänt transkriptas bildar en DNA-kedja utifrån en mRNA-molekyl som mall

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Vad är PCR?

A

Polymerase Chain Reaction

- Metod för att amplifiera en enda DNA-molekyl

17
Q

Vad finns i en master solution (PCR)?

A

Mall = DNA-molekyl
Primers (kort nukleinsyrasekvens där replikation kan starta)
DNA-polymeras som är värmestabilt
dNTP:s

18
Q

Beskriv PCR steg för steg (viktigt med temp)

A
  1. Blandning värms upp till ca 95°C. Komplementära strängar i DNA-molekyl separeras, molekylen denatureras
  2. Temperatur sänks till ca 40°C och primers 1 & 2 binder in
  3. Temperaturen högs till 72°C, DNA-polymeras binder till DNA-strängarna och startar kopiering genom att utgå från primern och foga ihop fria nukleotider
  4. Temperaturcykel upprepas tills tillräckligt mycket DNA-material har bildats. För varje gång bildas kopior av DNA-molekylerna
19
Q

Användningsområden för PCR

A
  • Diagnostisering av genetiska sjukdomar
  • Diagnostisering av smittsamma sjukdomar, t.ex. HIV
  • Arkeologisk analys
20
Q

Vad är Sangers metod för sekvensering?

A

Metod som kan användas för att exakt sekvensbestämma en DNA-kedja

21
Q

Beskriv Sangers metod för sekvensering

A

Lösning innehåller:

  • DNA som skall sekvensbestämmas
  • DNA-polymeras
  • ddNTPs märkta med olika “färger”
  • dNTPs
  • Primer
  • Lösning får genomgå PCR → replikation av nya DNA-strängar kommer sluta där ddNTPs fäster, dvs DNA-strängar blir olika långa
  • DNA strängar med samma färg, dvs märkta med samma ddNTP, får gå igenom samma brunn i gelelektrofores
  • Långa DNA-strängar vandrar kortast i gelen
  • Korta vandrar längst
  • Exakt ordning av kvävebaser i DNA-strängen kan avläsas
22
Q

Vad är Blotting-tekniker?

A

Det är metoder för att identifiera specifika sekvenser av DNA/RNA.

DNA/RNA-band på geler kan överföras till nitrocellulosafilter och identifieras mha hybridisering (basparning) med en specifik 􏰁probe􏰀.

Southern blotting = identifiera specifika sekvenser DNA
Northern blotting = identifiera specifika sekvenser RNA

23
Q

Beskriv blotting steg för steg

A
  1. Gelelektrofores av en lösning med DNA-fragment som har klippts av restriktionsenzymer
  2. DNA-fragment överförs till ett membran (blotting-stage). Även en DNA-sekvens komplementär mot den sekvens man vill identifiera placeras på membran (=DNA-probe). DNA-probe är märkt med något som går att identifiera (flourscently tagged)
  3. Överskottet av DNA probe tvättas bort från membranet
  4. Autoradiografi, dvs röntgen av membranet → om gen man var ute efter finns i provet kommer streck synas på membranet
24
Q

Vad är VNTR?

A
  • Variable Number of Tandem Repeats, icke-kodande sekvenser (introner) i DNA som upprepas ett stor antal gånger.
  • Utgör ca 30% av genomet
  • Antalet upprepningar av VNTR är unikt för varje individ
25
Q

Vad är DNA-fingerprinting?

A

Kan involvera flera olika metoder (bl a Southern blotting).

Används vid brottsutredning. Blod från gärningsman och offer kan jämföras för att se om en person är skyldig. Avgörs med gelelektrofores. Sannolikhet att det blir fel är 1 på 33 miljarder

26
Q

Vad är RNA interference?

A

Metod för att inaktivera genuttryck

  • Dubbelsträngat RNA införs i cell → klyvs i små framgent av enzymerna dicers
  • Små fragment kallas siRNA (small interfering RNA)
  • siRNA kommer binda till mRNA inne i cellen → translation kan ej ske
  • Kommer inte påverka DNA, utan endast tillfälliga uttrycket av specifika proteiner

III & IV (19 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions