Prıteinler Post Translasyon Modifikasyon Flashcards
(21 cards)
Proteinlerin katlanması nasıl olur
Katlanma özelleşmiş proteinler aracılığıyla başarılan bir işlemdir
Katlanmayı kolaylaştıran 3 tip protein vardır bunlar
Protein disülfid izomeraz
Peptidil prolil cis trans izomeraz
Moleküler şaperonlar
Posttranslasyonel modifikasyonlar neden nerde
Bazı proteinler biyolojik olarak aktif oldukları son konformasyonu post translasyonel modifikasyonlar olmadan kazanamazlar
Birçok proteinin modifikasyonu ER’de başlar ve oraya N ucuna bağlı sinyal peptidi götürür
Posttranslasyonel modifikasyonların adımları
- Sinyal dizisinin kaybı (bizi ER’ye getiren dizi özgül peptidazlar trf parçalanır)
- Amino ve karboksil ucu modifikasyonları (bakterilerde formil grupların enzimatik olarak çıkarılması ökaryotiklerde asitlenme ve bazen de modifiyeler)
- Bireysel aa modifikasyonları (serin treonin ve tirozinin hidroksil grupları fosforillenir böylece proteinlere ek negatif yük
Aspartat ve glutamat fazladan karboksil grupları eklenmesi
Glutamat metilasyona uğrar negatif yük azaltılır) - Karbonhidrat yan zincirinin eklenmesi( bu bağlanma asn ( çoğunlukla bu) yan gruplarına n glikozidik bağı ile ya da ser veya the yan gruplarına o glikozidik bağı ile
- İzoprenil grupların eklenmesi( izoprenil sayesinde zara bağlanabilme bu yolla modifiye edilen proteinlere örnek Ras, G proteinleri ve laminler)
- Prostetik grupların eklenmesi (birçok prokaryotik ve ökaryotik protein aktiviteleri için prostetik grupların kovalent olarak bağlanması gerekir bu bağlanma ribozomdan ayrıldıktan sonra olur. Örnek asetil CoA karboksilazdaki biyotin ve sitokrom cdeki hem grubu)
- Proteolitik işlenme ( son aktif formlarına dönüşmek için proteolitik olarak kısaltılırlar
- Disülfid çapraz bağlarının oluşumu(( stabilite ve katlanmada önemli rol disülfid bağları genelde enzim kullanılmadan takasla olur PDI şaperondur
Yeni sentezlenmiş bütün polipeptidlerde N ucunda
Prokaryotta N formilmetiyonin
Ökaryotlarda metiyonin
Bireysel aa modifikasyonlarında karboksillenme örnekleri
Protrombin ( kan pıhtılaşması) ve osteokalsin
Bu karboksillenme olayını kataliz eden glutamil karboksilaz aktivitesi için K vitamini
Karbonhidrat yan zincirinin eklenmesinde glikolizasyon
Protein hedeflemesinde anahtar rol oynar
Serum proteinleri, immünoglobülinler, kollajen, zar proteinleri gibi
Çeşitli antibiyotikler en iyi örnek tunikamisin glikozilasyonu inhibe eder
Asn üzerinden N glikolizid bağlanma
Çeşitlidir fakat ortak ilk adı. 14 birimlik bir çekirdek oligosakkarid dolikol üzerinde sentezlenmesi ve alıcı proteinin belirli Asn yan grubuna sunulması
N ucundaki sinyal dizisi proteini nerelere götürebilir
Mitokondri, kloroplast ve ER
Protein nerelere yönlendirilebilir
Salgılama, plazma zarıyla bütünleşme ya da lizozoma yerleşme şeklinde geleceği planlanmış proteinler ER’de başlayan
Mitokondri, peroksizom ya da çekirdekte yer alacak proteinler farklı mekanizlamalrı kullanır
Sitozolde kalacak proteinler sentezlendikleri ortamda kalır
Sinyal peptidlerine örnekler
Sinyal yamaları mitokondride üçüncül yapı katlanmaları sonucu oluşur
Olisakkaridler lizozimde
Lizozoma hedeflenme
N bağlı oligo sakkarid üzerinde bir ya da daha fazla mannoz 6 fosfat varlığı bir sinyaldir
Tunikamisin
Mitokondri ve kloroplasta yönlendirme
Bu proteinlerin çoğu nükleer DNA trf kodlanmıltır şaperon götürür
Burda sinyal yamaları kullanılır
Çekirdeğe yönlendirme
Nükleer yerleşme sinyali lizin ve arginin bulundurur
Bir heterodimer olan importin proteinleri nükleusa taşımakla sorumlu
Nükleer pordan girmesi için Ran GTPaz
Reseptör aracılı endositozla içe alım
Plazma zarındaki kapalı çukurcuklar adı verilen reseptöre yerlerinde proteinler birikir bu çukurcukların sitozolik yüzü klatrin ile kaplı en son çok birikir ve sitoplazmanın içine ktopçuk girer (klatrin kafesi) ve lizozomla birleşir
Çoğu protein yenilenir ancak hücre yaşadığı sürece
kalan proteinler de vardır
Hemoglobin
Daha hızlı yenilenenler
Düzenleyici (allosterik) enzimler
Protein yıkımı için iki mekanizma vardır
Kısa yarı ömürlü proteinler genellikle ATP bağımlı sitozolik sistemler trf yıklır
Uzun yarı ömürlü proteinler zar proteinleri ve ekstraselüler proteinler lizozomlarda yıkılır
ATP bağımlı yıkım yolu
Ubiquitin rol alır
Ubiqitin parçalanacak proteinlere kovalan olarak bağlanır. Bu işlem için ATP ve üç enzim (E1, E2 ve E3) gerekir
Ubiquitinlenmiş proteinler 26S proteazom olarak bilinen büyük bir protein kompleksi trf yıkılır
Ubiquitinlenmeyi tetikleyen sinyaller
N ucundaki aa
Bazı proteinler yıkım kutusu adı verilen bir dizi içeririler. Yıkım kutusunu tanıyan protein ve ubiquitin ligaz proteine ubiquitin ekler
