Proteomik 4. Slayt Flashcards
(45 cards)
Soru
Cevap
Deskriptif ve kantitatif proteomik analiz arasındaki fark nedir?
Deskriptif analiz, belirli örneklerdeki proteinlerin listesini çıkarırken; kantitatif analiz, proteinlerin miktarlarını karşılaştırarak ifade düzeylerindeki farklılıkları belirler.
Protein miktar tayininde antikor kullanımı neden sınırlıdır?
Antikorun hedefe bağlanma afinitesi sinyal yoğunluğunu etkiler; her proteine uygun antikor bulmak ve sonuçları güvenilir kılmak zordur.
2DGE yönteminde protein bolluğu nasıl belirlenir?
Protein bolluğu, jel üzerindeki leke yoğunluğu, şekli ve büyüklüğüne göre belirlenir.
Watershed algoritması ne için kullanılır?
Jel görüntülerindeki lekeleri birbirinden ayırmak için görüntüyü topografik bir yüzey gibi değerlendirerek segmentasyon yapar.
DIGE yönteminin avantajı nedir?
Farklı floroforlarla etiketlenen örnekler aynı jelde analiz edilir, bu sayede jel kaynaklı farklılıklar ortadan kalkar.
Spektral sayım nedir?
Belirli bir peptit için kaydedilen spektrum sayısına dayanarak o peptidin örnekteki bolluğunu tahmin etme yöntemidir.
Extracted ion chromatogram (XIC) nedir?
Önceden belirlenmiş m/z aralığındaki sinyal yoğunluklarının kromatogramdan izole edilmesidir.
İzobarik etiketleme nedir?
Peptitlerin aynı kütledeki kimyasal gruplarla etiketlenmesi; MS/MS aşamasında raporlayıcı iyonlarla miktar belirlenir.
TMT ve iTRAQ farkı nedir?
Her ikisi de izobarik etiketleme yapar; TMT sisteminde 2 ve 6 örnekli versiyonlar varken, iTRAQ 4 ve 8 örnekli varyantlar sunar.
SILAC yöntemi nedir?
İzotopla işaretli amino asitler içeren ortamda hücreleri büyüterek proteinleri metabolik olarak etiketleme yöntemidir.
SILAC yöntemi hangi örneklerle sınırlıdır?
Sadece basit organizmalar ve kültürlenmiş hücrelerle uygulanabilir, doku veya vücut sıvılarında kullanılamaz.
Soru
Cevap
Deskriptif proteomik analiz nedir?
Sadece belirli bir örnekte bulunan proteinlerin tanımlanmasıdır; miktar tayini yapılmaz.
Kantitatif proteomik analiz nedir?
Farklı örneklerdeki protein bolluklarının karşılaştırılarak ifade düzeylerindeki değişikliklerin belirlenmesidir.
Protein miktar tayini neden önemlidir?
Proteinlerin ifade düzeylerindeki derecesel değişiklikleri belirlemek, biyolojik süreçlerin ve hastalıkların anlaşılması için kritiktir.
Hastalığa bağlı proteomik değişiklikler ne işe yarar?
Hastalık belirteci tespiti ve potansiyel yeni tedavi hedeflerinin belirlenmesinde kullanılır.
Antikor temelli miktar tayini yöntemlerinin sınırlamaları nelerdir?
Her proteine uygun antikor bulunması zordur, sinyal yoğunluğu sadece protein bolluğuna değil, antikorun bağlanma afinitesine de bağlıdır.
Protein mikrodizileri (microarray) nedir?
Çok sayıda antikor içeren dizilerdir; belirli proteinlerin tespiti için kullanılır, ancak karmaşık cihazlarda duyarlılık ve özgüllük sorunları yaşanabilir.
Genel stratejik zorluklar nelerdir?
Her protein için antikor temin edilememesi, antijen-antikor etkileşimlerinin sinyal doğruluğunu etkilemesi ve sistematik hatalar.
Soru
Cevap
Kantitatif kütle spektrometrisi nedir?
Protein bolluğunu belirlemek için kütle spektrometresi verilerine dayalı ölçüm yöntemidir.
Spektral sayım (spectral counting) nedir?
Bir peptitle ilişkili spektrum sayısına göre örnekteki bolluğun tahmin edilmesidir.
Extracted ion chromatogram (XIC) nedir?
İlgili m/z aralığındaki sinyallerin kromatogramdan izole edilerek bolluk analizinin yapılmasıdır.
