Réplication de l'ADN Flashcards
La réplication de l’ADN nécessite 2 choses, lesquelles?
dNTPs : desoxyribonucléotides triphosphates
Jonction amorce : matrice
Quelle est la direction de la réplication?
5’ vers 3’
Souvent on compare l’ADN polymérase à une … ?
Main
L’ADN polymérase :
Que retrouve-t-on dans la “paume” de la main ?
2 ions métalliques divalents
Exonucléases
L’ADN polymérase :
Rôle des 2 ions métalliques divalents (Mg2+) ?
Modifient l’environnement chimique du 3’ OH et du dNTP : un des ions réduit de 3’ OH en 3’ O - et l’autre stabilise les phosphates beta et gamma.
L’ADN polymérase :
Rôle des exonucléases ?
Diminue grandement les erreurs.
Les mésappariements ralentissent la catalyse et vont diminuer l’affinité de l’ADN pol pour la jonction amorce : matrice. L’amorce sort du site actif et se lit à l’exonucléase qui “mange” les mauvais nucléotides et expose les bons.
L’ADN polymérase :
Que ce passe-t-il aux “doigts” de la main lorsque l’appariement est correct ?
Les nucléotides sont rapprochés des ions métalliques ce qui augmente la vitesse de catalyse.
(Rotation de l’hélice-O, ce qui rapproche le brin 5’ du brin 3’ et cataluyse la réaction)
L’ADN polymérase :
Les doigts peuvent induire une rotation de 90° entre la 1ère et la 2ème base de la matrice, conséquence?
Cela empêche tout appariement d’un dNTP avec la 2ème base.
L’ADN polymérase :
Quelle est le rôle du “pouce” ?
Il maintient l’amorce et le site actif de la paume en position optimale.
Il permet aussi de maintenir une association forte entre l’ADN pol et son substrat.
(Facteur stabilisateur, ne participe PAS à la catalyse)
Résumé de la réaction d’hydrolyse ?
- dNTP s’apparie à la 1ère base
- Provoque fermeture des doigts autour du dNTP
- Place les ions métalliques en position qui favorise la nouvelles liaison phosphodiester
- Attachement du nucléotide à l’amorce = ouverture des doigts et la jonction amorce matrice avance d’une paire de base
- L’ADN pol est prète pour un nouveau cycle.
Dans un tube, on veut répliquer un fragment d’ADN. Qu’a-t-on besoin?
dNTPs, ADN polymérase, amorce
L’ADN polymérase est dite “processive”, pourquoi ?
À chaque liaison à son substrat, elle catalyse plusieurs ajout de nucléotides.
Quelle est l’étape limitante à la réaction d’hydrolyse?
La liaison de la polymérase à sa jonction amorce : matrice.
Qu’est-ce que la fourche de réplication ?
L’endroit où l’ADN passe de 1 ADN bicaténaire à 2 ADN bicaténaire. (2 brins deviennent 4 brins)
Que retrouve-t-on sur le brin discontinu d’ADN en cours de réplication?
Des fragments d’Okazaki
Rôle de la primase?
ARN pol consacrée à la fabrication d’amorces courtes sur la matrice monocaténaire : génère une jonction amorce : matrice.
Comment ces amorces d’ARN sont elles éliminées?
- RNase H dégrade spécifiquement les ARN appariés à l’ADN, enlève tout sauf le dernier nucléotide.
- Exonucléase enlève le dernier nucléotide.
- ADN pol remplie la brèche créée.
- La césure est réparée par une ADN ligase.
Caractéristiques des hélicases ?
Hexamère sous forme d’anneau
Processives
Polarité 5’ vers 3’ ou inverse selon l’hélicase.
Rôle de l’hélicase ?
Séparer les brins d’ADNdb.
Rôle des SSB ?
Protéines liant l’ADNsb pour la stabiliser.
Empêche le réappariement, la dégradation et la formation de boucles.
La liason des SSBs est coopérative, pourquoi ?
La liaison d’une SSB facilite la liaison d’une autre SSB.
Rôle des topoisomérases ?
Couper l’ADN et faire passer les brins dans la coupure. Enlève surenroulement positif en créant un surenroulement négatif.
Quelles sont les protéines de la fourche?
Hélicase, SSB, primase, ADN polymérase, topoisomérase
Les ADN pols des procaryotes sont nommer avec des … ?
Chiffres romains.
