Replikace DNA

Question 1

Makroergní vazba

Question 2

Fosfatáza

Question 3

DNA polymerázy - exonukleázové aktivity

Question 4

Iniciátory replikace

Answer 4

• Bakterie = DNA A
• Eukaryota = Protein ORC komplexu, Cdc6
• Archea = 1 molekula s funkcí Cdc6 i ORC
  = AAA+ proteiny (spotřeba ATP)
• pozitivní regulace (je-li přítomen -> iniciace replikace)

Question 5

Inhibitory iniciace replikace

Answer 5

= Negativní regulace
- Bakterie = Seq A (DAM methyltransferáza methyluje A v sekvenci GATC v OriC -> to najde Seq A -> vtažení ORC fyzicky do membrány)

Question 6

Replikace u bakterií

Answer 6

• Iniciátor - DNA A
• Inhibitor - Seq A
• Helicase loader - DNA C
• Helikase - DNA B
• SSB protein - SSB (vazba na ssDNA)
• Primáza - DNA G
• sliding clamp protein - Beta-clamp (výrazně zvyšuje procesivitu)
• DNA pol. I - konkuruje si s DNA ligázou
• DNA pol. III - specifická pro ssDNA. obrovská rychlost
• Elongační komplex - svorkové clamp proteiny, clamp loaders, DNA polymeráza
• Terminace replikace - E. Coli = TUS protein

Question 7

Replikace u eukaryota

Answer 7

• Iniciátor - ORC komplex
• Helicase loader - Cdc6 (aktivní od M do konce G1)
• Helikáza - CMG komplex (Cdc6, MCM, komplex GINS)
• na OriC vazba ORC -> rozezná Cdc6 -> nasednutí MCM -> tvorba helikázy
• Topoizomerázy
• DNA pol. epsilon = syntéza leading strand
• DNA pol. delta = syntéza lagging strand
• DNA pol. alpha = primáza + DNA pol.
• DNA pol. beta = účast při BER
• Telomeráza - reverzní transkriptáza
• PCNA = Proliferating cell nuclear antigen, analog beta svorky, je to clamp protein
• RFC = clamp loader (replication factor C)
• RPA = replication protein A, analog SSB
  Odstranění Okazakiho fragmentů - RNáza H1, endonukleázy fen1, dna2
• nejsou terminátory
• terminace pomocí proteinového primeru (hl. adenoviry). zakončení vlásenkou (někteří prvoci), telomery
• jen 1 replikace najednou, kontrolní body

Question 8

FtsZ protein

Answer 8

• Bakterie + Archea
• homolog tubulinu
• ,,prstýnek”, zaškrcuje buňku