SINAV (Blok2 sınavında çıkacaklar/çıkabilecekler) Flashcards
(106 cards)
1
Q
RNA bazları
A
Adenin, Urasil, Guanin, Sitozin
2
Q
RNA transkripsiyon sırasında Genomik DNA ipliklerinden birinin dizisini kalıp olarak kullandığından diğer iplik ile aynı içeriğe sahip oluyor
A
Antisense (non-coding strand), RNA’nın “komplementer iplik”i oluyor
RNA, DNA ipliklerinden biriyle aynı diziye sahip
(bilgi aktarılmış oldu)
(mRNA, Antisense DNA ipliğine komplementer)
3
Q
DNA’da Antisense ve Sense strand var.
RNA sentezi (transkripsiyon sırasında) hangi iplik RNA ile aynı bilgiyi taşır?
A
RNA transkripti, DNA’nın Antisense ipliğini kalıp olarak kullanarak sentezlendi
RNA transkripti, Sense ipliği (coding strand) ile aynı dizilimi içerir
Translasyona uğrayan iplik Sense ipliği ile aynı bilgiyi taşır
RNA, Sense ipliğin komplementerinden sentezlenerek Sense iplik ile aynı içeriğe sahip oldu.
4
Q
Ökaryotik transkripsiyonda rolü olan
korunmuş (konsensus) diziler
A
Başlama - TATA, CAAT, GC box
Sonlandırma - AAUAAA
Sentez sonrası işlem (korunmuş splice dizileri) - 5’ GT, 3’ AG
5
Q
RNA Polimeraz 2 ve Transkripsiyon Faktörleri
Bazal başlama kompleksi (pre-inisiasyon kompleksi) oluştu, transkripsiyonun başlaması için _______ gerek
A
Transkripsiyonun başlaması için C ucun (CTD, C terminal domain) fosforillenmesi gerek.
(ATP,GTP enerjisi kullanılır)
6
Q
Ökaryotlarda transkripsiyonel düzeyde genetik regülasyon
A
Cis-acting diziler (promotor, enhancer, insulator, silencer)
Trans-acting proteinler (Aktivatör ve Repressör)
Kodlanmayan RNA- miRNA (transkripsiyon sonrası sitoplazmada)
Metilasyon ile (GC zengin Promotor metillenerek TF bağlanması kontrol edilir)
Non enzimatik regülasyon:
HMG N (high mobility group) proteinleri H1 ile yarışır nükleozom-H1 etkileşimini bozup transkripsiyonu uyarır
Histon modifikasyonları (metilasyon, asetilasyon, fosforilasyon)
“enhancer, silencer; TATA, CAAT, GC box; translasyon inisiasyon bölgesi (5’ upstream); 5’ (GT) ve 3’ (AG) splice site (intron-exon); translasyon terminasyon bölgesi; PolyA bölgesi”
7
Q
Kök hücre öz.?
DNA’daki bütün CpG’ler metillenmek zorunda/değil
Diferansiye hücre totipotent hale gelebilir?
DNA metillenmesi nereye
A
- Self-renewal (kendini kopyalama)
- Differansiyasyon
(asimetrik bölünür, quiescent kalabilir)
DNA’daki bütün CpG’ler metillenmek zorunda değil
Diferansiye hücre totipotent hale gelebilir
5’CpG3’
3’GpC5’ DNMT ile 5’ C metillenir
8
Q
Hekimlik Andı Başlıca Konular
A
- Klinik Tıp
- Yaşamın kutsallığı
- İnsan kişiliğine saygı
- Öğretmenler, hekimler
- Hekim-hekim ilişkisi
- Hekim ve hekim yakınları
- Hasta sırrı
- Kutsal değerler
- Kötülükten kaçınma
9
Q
Hekim Andında Yer Almayan Konular
A
- Tıp eğitimi
- Hekimin kendini geliştirmesi, bilimsel değerler
- Hasta hakları
- Hastalara eşit davranmak
- Sağlık çalışanı / Ekip çalışması
- Tıbbi teknoloji
10
Q
Biyotıp etiği ilkeleri
Temel (Birincil) ilkeler
A
Yarar sağlama
Zarar vermeme
Özerkliğe Saygı
Adalet
11
Q
Yeni bilgi üretmek/ toplumun yararı insanların bireysel haklarından ve yararlarından üstün/değildir
nerede geçiyor?
A
Kişi (hasta) yararı toplumun yararından öte
Yeni bilgi üretmek/ toplumun yararı insanların bireysel haklarından ve yararlarından üstün değildir
Tıbbi araştırmanın birincil amacı yeni bilgi üretmek iken, bu amaç hiçbir zaman araştırmaya katılan insanların bireysel haklarından ve yararlarından üstün tutulamaz.
DTB Helsinki Bildirgesi
Cenevrede de hekim hasta için en iyiyi gözetir diyor
12
Q
Sağlıkla ilgili yasalarının temel ilkeleri, kavramlar…
A
-Sağlık güvencesi
-Sağlık hizmetlerinin hazır olması
-Erişilebilirlik
•Ayrımcılık yapmama
•Fiziksel erişilebilirlik
•Ekonomik erişilebilirlik (uygun fiyat)
•Bilgiye erişilebilirlik
-Uygunluk
-Nitelik
13
Q
Tıpta Adalet Yaklaşımları
A
- Düzenleme Karşıtı/Özgürlükçü (Liberteryen)
- Yararcı (Utiliteryen)
- Eşitlikçi (Egaliteryen)
- Onarıcı (Restoratif)
—…—…—…—
ÖZGÜRLÜKÇÜ (=Düzenleme karşıtı)
Kaynaklar serbest piyasa ilkelerine göre
dağıtılmalıdır (ödeme gücü ve isteğine
bağlı bireysel seçim, yoksullar için sınırlı
hayırseverlik bakımı) - A.B.D. örneği
YARARCI– Kaynaklar herkes için maksimum yarar ilkesine göre dağıtılmalıdır.
EŞİTLİKÇİ- Kaynaklar kesinlikle ihtiyaca göre dağıtılmalıdır. (İsveç)
ONARICI- Kaynaklar tarihsel olarak dezavantajlı olanları destekleyecek şekilde
dağıtılmalıdır. (Güney Afrika)
14
Q
AA’lerin aktivasyonları ve tRNA’ya takılmaları
Aminoaçil tRNA sentetaz:
A
Aminoaçil tRNA sentetaz:
• Özgül olarak aminoasidi
tanıma
• Özgül olarak tRNA’yı tanıma
• ATP hidrolizi ile amino asidi aktive etme
• Yaptığı bağlantıları kontrol
etme
15
Q
Post-translasyonel Mod.lar
Glikolizasyon
Glikoproteinler ikiye ayrılır
A
N-bağlı = Asparagin (ER)
O-bağlı= Ser/Thr (golgi)
(Glikozilasyon enzimatik rx.dur- glikozil transferaz, glikozidaz kullanılır)
16
Q
Protein, lipitler ER’den vezikullerle tasinir
Vezikulleri kaplama proteinleri?
A
- COPII - ER -> Golgi
- COPI
- Klatrin - Golgi <-(retrieval)-> Membran
17
Q
Ko-translasyonel translokasyon
Post-translasyonel translokasyon
Amino ucuna yakın sinyal dizilerini tanıyan yapılar?
A
“SRP” dizileri ko-translasyonelde
“Sec 62/63” post-translasyonelde
18
Q
Proteinler ribozomlar aracılığıyla sentezlendi
posttranslasyonel mod.lar
glikozilasyon
rx.u nedir, nerede
A
Glikozilasyon ENZIMATIK şeker bağlanmasıdır,
(Kh ekleme ‘glikozilasyon transferaz’, kh çıkarma ‘glikozidaz’)
ER ve golgide
19
Q
N linked glikozilasyon sonucu
yüksek mannoz/hibrid/kompleks N-glikan oluşur
öz.leri?
A
Kompleks N-glikan siyalik asit içerir
20
Q
İnsan IgG ve N-glikozilasyonu
A
Gal-noksan IgG glikoformları , “pro-inflamatuar”
Siyalillenmiş IgG glikoformları, “anti-inflamatuar”
antikorların efektör fonksiyonlarını kontrol eder, terapötik uygulamalar için fırsatlar
21
Q
Glikozilasyon
ST6Gal1 (β-galactoside α-2,6-sialyltransferase 1) aktivitesi artışı ile ANORMAL SİYALİLASYON
A
Kanserde etkilidir
22
Q
Mitokondriyal İÇ MEMBRANın 3
önemli özelliği:
A
- Lipid/protein oranı düşük
(%75 protein, %25 protein) - Yüksek kardiyolipin oranı. Kardiolipin
membranın geçirgenliğini kısıtlar. - Kolesterol bulunmaz (çok çok az)
23
Q
Mitokondrial mutasyonlar
A
•Hücrelerin nükleer genlerden iki kopya içerirken,
mitokondrial genlerden binlerce bulundurması,
mutasyon olasılığını arttırmaktadır.
24
Q
Hücre döngüsü düzenleyici proteinler
Cdk aktive eden/ inhibe eden proteinler, ubikitin ligaz ve aktivatörleri
A
- Cdk’ları modifiye eden protein kinaz ve fosfatazlar
-Cdk Etkinleştirici Kinaz (CAK): Cdk’ların etkin bölgesini fosforiller
-Wee1 kinaz: mitoz öncesi Cdk1 etkinliğini baskılar (inhibitör)X Cdc25fosfataz - Cdk İnhibitör Proteinleri: p27, p21, p16
- Ubikitin Ligazlar ve Aktivatörleri: APC/C, SCF
Hücre döngüsünde 3 temel mek:
ligaz, aktifleyici molekul, inhibitor molekül
- Mitojenik uyarıya cevap veriyorlar
- DNA hasarı varsa inhibitörleri rol alır
- Siklinler mutasyona ugrarsa veya fazlaca ifade edilirse çeşitli kanserlerde rol oynayabilir ve bunların partneri olan Cdk’lar da kanser tedavisinde ilaç hedefidir
25
Siklin konsantrasyon artışı evreleri düzenler, Cdk konsantrasyonu genelde sabittir
Siklinler:
4 siklin sınıfı var
G1-Cdk= SiklinD - Cdk 4/6
G1/S-Cdk= SiklinE - Cdk 2
S-Cdk= SiklinA - Cdk 2/1
M-Cdk= SiklinB - Cdk 1
26
Membranlardan transport
Küçük moleküllerin taşınması
- Basit difüzyon örn:
- Kolaylaştırılmış difüzyon
Basit difüzyon
- Yağda çözünebilir bazı yapılar
- O2, N2, CO2, H2O, üre, etanol
Kolaylaştırılmış difüzyon
ATP (-)
Taşıyıcı protein (+) - özgün olmalı
SPESİFİTE (+) - örn: GLUT’lar (1-12), (farklı dokularda farklı GLUT’lar hatta birden fazla GLUT [glucose transporter] var)
Örn.
Klorür-bikarbonat exchange protein= antiport transport, kolaylaştırılmış difüzyon (konsantrasyon gradienti oluşmuyor, satüre olabilir)
27
Nernst denklemi
Belirli bir iyon için denge potansiyeli mV
Denge var;
konsantrasyonlar farklı
iyonun memrandaki voltaj farkı:
● Nernst denklemi
28
DNA Yapısı Üzerine Etkisi Açısından Mutasyonların Sınıflandırılması
Nokta mutasyonları:
Tranzisyon
Transversiyon
Tranzisyon: Pürin→Pürin veya Primidin→Primidin
Transversiyon: Pürin→Primidin veya Primidin→Pürin
29
Fonksiyona Etkisi Açısından
Mutasyonların Sınıflandırılması
1- Sessiz mutasyon - baz değişir ama kodon değişmez, okumayı değiştirmez
2- Missens (yanlış anlamlı) mutasyon - baz değişir, kodon da değişir
3- Nonsens (anlamsız) mutasyon - mutasyon stop codon kodlar
(“bunlar tabii nokta mut. için geçerli “)
30
Polimorfizm
- %1’in üstünde
- Gradient, Ara form YOK
- Aynı zamanda aynı habitatta
- temelde Mutasyon, hastalık genleri/alakasız dizilerde olabilir; sadece varyant değil
Örn. ABO kan grupları ara formları bulunmaz- polimorfizm
- polimorfizm genetik.
- Bimodal ya da polimodal
- Bir türün üreyen bir populasyonunda iki veya daha fazla biçimin (formun) birarada bulunması
31
DNA tamir mek:
DNA hasarı tersine çevrilir,
Hasarlı bölge yeni sentez DNA ile değiştirilir
Rx.un tersine çevrilmesi ile Pirimidin dimerleri ve Alkile olmuş guaninler (O6-alkilguanin) tamir edilebilir
Pirimidin dimerleri:
AYNI iplikteki iki pirimidin arası kovalent bağ
(UVB fermuar yapıyı bozar, bölge kullanılamaz hale gelir)
siklobütan halka yapısı kırılacak
32
Kaspazlar
öz.leri
apoptotik yolaklarda başlangıç kaspazı değişir:
Ölüm reseptör (Ekstrinsik)- prokaspaz 8
Mitokondrial (İntrinsik) yolak prokaspaz 9
Heterotetramer yapı- 2 büyük 2 küçük alt ünite
Aktivasyon için özel kesim
33
Bcl-2 Ailesi
sonunda “cl” varsa anti-apoptotik (hepsinin yerleşim yeri mitokondri membranı)
Bcl-2 Homology domainleri (bölgeleri) içerirler (BH 1-4)
• BAX: pro-apoptotik protein, mitokondrilerden sitokrom c’nin salınmasını sağlarlar
• Bcl-2 protein: anti-apoptotik protein, sitokrom c’nin salınmasını ve APAF-1’in
aktivasyonunu inhibe eder.
Bcl-2 ailesi üyesi BAD proteini
• Fosforile edilmediğinde Pro-apoptotik
• anti-apoptotik Bcl-2 aile üyelerini inhibe eder
• hücreyi apoptoza duyarlı hale getirir
• Fosforile edildiğinde Inaktif ‘dir
34
Otofaji
Atg proteinleri Otofaji- yerine getirme de rol oynuyor
35
Genetik hastalıklar
Tek gen hastalıkları (mendel kalıtımı)
Otozomal resesif
Talasemi (dünya da en sık- Beta Talasemi)
Kistik fibrozis
(her insan resesif bozukluklar için taşıyıcıdır)
36
Tıbbi Görüntüleme Düzlemleri
Transvers düzlem
Sajital (önden arkaya) düzlem
Koronal (dikey) düzlem
37
Elektromanyetik spektrum
Dalga boyu ve frekans birbirinin tersidir, biri artarken diğeri azalır
Dalga boyu azalıp, frekans arttıkça- iyonizerlik ____
Dalga boyu azalıp, frekans arttıkça- iyonizerliğe yaklaşılır
(Gamma/X ray’ler= iyonizer)
frekans arttıkça dalga boyu azalır- enerjisi artar= tehlike
38
Ultrasound (US)
Ses dalgası MEKANİK dalga,
elektromanyetik dalga değil
zarar vermediği düşünülüyor
ses frekansı arttıkça görüntü kalitesi de artar ama termal hasar riski
doğrudan temas olmaz- termal hasar
39
Kanserde
Onkogen/Proto-onkogen aktivasyonu=
Tümör baskılayıcı gen kaybı=
Onkogen/Proto-onkogen aktivasyonu= dominant etki, TEK gen kaybı ile aktive
Tümör baskılayıcı gen kaybı= resesif İKİ gen kaybı ile (iki allelde etkinliğini kaybetmeli)
40
PCR da ihtiyacımız?
ihtiyacımız= bölgeyi tanimlayacak DNA dizi bilgisi (sekans bilgisi)
Hücrede çoklu kopya oluşturma= replikasyon
PCR= Tüp içinde DNA polimerazla hedef bölgeyi çoğaltmak
PCR, tüp içerisinde DNA replikasyonunun taklit edilmesidir.
41
Multifaktöriyel kalıtımda;
- RİSK AKRABALIK UZAKLAŞTIKÇA AZALIR
- BİR BOZUKLUĞUN SIKLIĞI O BOZUKLUĞU EN AĞIR
GÖSTERENİN AKRABALARINDA EN FAZLADIR
- ETKİLENMİŞ AKRABA SAYISI ARTTIKÇA RİSK ARTAR
- BELİRLİ BİR CİNSTE DAHA SIKSA, AZ GÖRÜLEN CİNSİN
AKRABALARINDA RİSK DAHA FAZLADIR
42
Süperoksit dismutaz (SOD)
Farklı hücre kompartmanlarında fonksiyon gören İki formu vardır:
katalaz nerede bulunur?
Cu-Zn SOD : Sitozolde bulunur
Mn SOD: Mitokondride bulunur
Katalaz Başlıca peroksizomlarda bulunur
43
Dezenfeksiyon
Sterilizasyon
Dezenfeksiyon-ortamdaki canlı organizmaların çoğunu ortadan
kaldıran işlem
Sterilizasyon- ortamdaki canlı organizmaların tamamını ortadan kaldıran işlem
44
Sterilizasyon yöntemlerinin doğru çalıştığını anlamak için biyolojik göstergeler
Bacillus (athropheus) subtilis hangi mekanizmalarda kontrol edici olarak kullanılıyor?
Kuru ısı, Etilen oksit
Otoklav=Bacillus stearothermophilus
Kuru ısı=Bacillus atropheus (Bacillus subtilis)
Etilen oksit=Bacilius subtilis (Bacillus atropheus)
45
Parazitlik çeşitleri
Hiperparazitizm
Süperparazitizm
Multiparazitizm
- Hiperparazitizm
(Konağın kendi de parazit; sivrisinek,plasmodiıum)
- Süperparazitizm
(Konak aynı cins ile ikinci kez enfekte)
- Multiparazitizm
(Birden fazla parazit)
46
Parazit kaynakları
Canlı Kaynaklar
- İnsanlar
- Hayvanlar (vektör, rezervuar vs)
- Bitkiler
Cansız Kaynaklar
• Besinler (tarımsal, hayvansal )
• Su
• Toprak
• Eşyalar (Parazitozlu insan giysileri, yakın çevresi)
47
Candida Virulans Faktörleri
Adezyon
Penetrasyon, İnvazyon
Fenotipik değişim
Dimorfizm
Konağa ait faktörler ile patojen forma geçiş
• deri bütünlüğü bozulması, antibiyotik kullanımı, flora değişimi, bağışıklık sistemi baskılanması
Hif forma geçiş kolaylaştıran faktörler;
• 37 °C
• nötral pH
• serum
C. albicans’ın maya-hif dönüşümü, fagositik bağışıklık hücrelerinden kaçmasını kolaylaştırır
48
Crytoccocus neoformans enfeksiyonları
Küçük (Candida’dan daha iyi giriş)
Kapsüllü (anti-fagositer)
Melanin, mannitol (superoksit dismutaz/proteaz/fosfolipaz) sentezi
37°C’de üreyebilme
patogenezde önemli
49
Enfeksiyon patogenezinde genel olarak ___________ ve ____________ birlikte görev almaktadır
Enfeksiyon patogenezinde genel olarak mikroorganizmaların virülansı ve konak immun yanıtı birlikte görev almaktadır
50
Doğal bağışık yanıt özellikleri
Her zaman hazır (mek.ları mikroorganizma ile karşılaşmadan hazırdır)
İlk savunma hattı
Krizle karşılaşınca anında aktive olur ve özgül yanıt gelişmeden önce etki gösterir
Mikroplara karşı en eski savunma mekanizması
Adaptif bağışık yanıtın başlatılabilmesi için sağlıklı bir doğal bağışık yanıt lazım
51
Edinsel bağışıklık genel özellikleri
Özgüllük*
Çeşitlilik
Klonal seçilme ve genişleme
Bellek
Özelleşme
Kendini-sınırlama
• Homeostaz*
Kendine karşı tepkisizlik
52
Glikoliz nerede
SİTOZOLDE
53
Uzun süreli açlıkta enerji kaynağı =
yağ
(glikojen değil)
54
Glikolizde ATP’den daha enerjik olan oluşan moleküller
Fosfoenolpiruvat
1,3-Bifosfogliserat
55
“ATP olabilmesi için ortamda kendinden daha yüksek enerjili bileşik olacak”
ATP’den daha yüksek enerjili bileşikler
Fosfoenolpiruvat
1,3-Bifosfogliserat
Keratin fosfat
ATP (ADP’ye dönüşüm)
56
Glikolizde rx.lar
1. basamak
Glukoz—hexokinaz——>Glukoz 6P
bu rx.=
kendiliginden olmaz ATP varlığında olur
57
Glikolizde izoenzim örneği
(izoenzim= aynı rx./ farklı yapıda enzimler)
Hekzokinaz & Glukokinaz
Hekzokinaz tüm hücrelerde bulunur
Glukokinaz yalnızca KC’de, glükoza affinitesi hekzokinazdan düşük (Km’i yüksek)
!Glukokinaz son ürün glukoz-6-P ile inhibe olmaz
58
Glikolizde reg. basamak
(1, 3 ve 10. basamaklar regülasyonun olduğu basamaklar)
FFK-1 bsmk.ı
Fruktoz 6-P —— PFK-1——> Fruktoz 1,6-bifosfat
FFK-2 ise aynı substratı
fruktoz-2,6-bifosfata çevirir;
glikolizde bir yan üründür- bu basamağın 2 “potent” regülatoründen biri (diğeri AMP)
yan ürün arttıkça glikoliz devam eder, glukoneogenezi ise inhibe eder
59
Glikolizde fosforil grup transfer potansiyeli
daha yüksek bir molekülün oluştuğu birinci
reaksiyon
Gliseraldehid-3-Fosfat Dehidrogenaz (6):
Gliseraldehid 3-fosfatın, 1,3- Bifosfogliserata Dönüşümü
60
Glikolizde
Substrat düzeyinde
ATP’nin sentezlendiği
ilk basamak
7. basamak:
1,3-Bifosfogliserattan ATP’ye Fosforil Transferi
1,3-Bifosfogliserat —fosfogliserat kinaz—> 3-Fosfogliserat
61
Glikolizde hangi basamaklardan substrat düzeyinde enerji (ATP) elde edilir?
7 ve 10. basamakta
7 basamak
1,3 bifosfogliserat + ADP ——fosfogliserat kinaz——> 3-Fosfogliserat + ATP
(substrat düzeyinde ATP’nin sentezlendiği ilk basamak)
10 basamak (Fosfoenolprüvatın, Prüvata Dönüşmesi)
Fosfoenolpiruvat + ADP ——pirüvat kinaz——> Piruvat + ATP
(Substrat düzeyinde ATP sentezlenen ikinci basamak)
62
Fosforil grup transfer potansiyeli yüksek madde hangisidir?
Fosfoenolpiruvat
1,3-bifosfogliserat
(PCr)
63
Glikolizde 10 rx.un 3’ü geri dönümsüz
Bypass basamakları
(enerji değişimi en yüksek basamaklar)
1. bsmk= Hekzokinaz
3. bsmk= Fosfofruktokinaz-1
10. bsmk= piruvat kinaz
64
Glikolizde oluşan NADH’ın Mitokondriye girmesi
Mekik sistemleri
Gliserol-3P= 1.5 ATP (kaslarda)
Malat-Aspartat= 2.5 ATP (KC)
65
Galaktozun Glikolize girişi
Leloir pathway
66
Eritrositte glikolizde
Rapaport Leubering döngüsü
2,3-Bifosfogliserat
glikolizin bir yan
ürünüdür
Hemoglobinin O2’ye
ilgisini azaltarak;
dokulara O2 verilmesini
kolaylaştırır
2,3-Bifosfogliserat,
fosfataz ile tekrar
glikolize girebilir
67
9. basamak inhibe olursa bir çocuk 1 mol glukozdan kaç ATP elde eder?
net= 0 ATP elde eder- yaşamla bağdaşmaz
çocukta Piruvat Kinaz eksikse yaşamla bağdaşmaz
piruvat kinaz 10. basamak enzimi, substrat düzeyinde enerji elde edilir
68
Glikoliz
Enerjiye ihtiyaca göre
Kas çalışırken AMP artar
____ no’lu basamak hızlanır
İstirahat durumunda
glikoliz durmalı, glikolizin enzimleri azalmalı
Kas çalışırken AMP artar
3 no’lu basamak hızlanır
69
Glukoneogenez substratları
Temel substratlar: Glukojenik amino asidler (Asp, Ala, Glu), laktat, gliserol ve
propiyonat (tek C sayılı YA’leri)
ve TCA döngüsü ara ürünleri
70
Glukoneogenez (6 ATP harcar)
Glikolizdeki on basamaktan yedisi aynı, üçü farklı:
Hekzokinaz, fosfofruktokinaz-1 ve prüvat kinazın
katalizlediği reaksiyonlar
Farklı basamaklar termodinamik açıdan engeldir, bu engeli aşmak için enerji harcanır
Bypass 1
Piruvat (3C) ——piruvat karboksilaz——> OAA (4C)
(mitokondriyal matrixte, ATP harcandı, karboksilasyon rx.u)
OAA (4C) ——PEP karboksikinaz——> PEP (Fosfoenolpiruvat, 3C)
(GTP harcandı, Sitoplazmada)
Bypass 2
Fruktoz 1,6-bifosfat —— fruktoz 1,6 bifosfataz ——> Fruktoz 6 fosfat
(sitoplazmada)
Bypass 3
Glukoz 6-fosfat —— glukoz 6-fosfataz——> Glukoz
(sitoplazmada)
Glukoz 6-fosfataz= KAS ve YAĞ dokuda yok!
71
Glukoneogenez karboksilasyon reaksiyonu ve koenzimi
I. Bypass’te
Piruvat——“prüvat karboksilaz” ——> Okzaloasetat (OAA)
!!piruvat karboksilaz koenzimi= Biotin
72
Glukoz 6-fosfataz
Kas ve yağ dokusunda bulunmaz
73
Cori döngüsü
Eritrositte glikolizle oluşan LAKTAT KC’e geçerek glukoneogeneze katılır
(6 ATP harcanır)
74
Tek C sayılı yağ asitleri glukeoneogeneze katılabilir (glukoz yapılabilir), bunlar TCA’ya ____’dan katılır
Propiyonat, Süksinil-CoA’ya dönüşerek TCA’ya girer ve glukoneogeneze katılır
75
Asetil KoA, ______ın pozitif
allosterik effektörü
Asetil KoA aynı zamanda
__________ın
inhibitörü
Asetil KoA, prüvat
karboksilazın pozitif
allosterik effektörü
Asetil KoA aynı zamanda
prüvat dehidrogenazın
inhibitörü
76
Hangisi glikolizi aktive/ inhibe eder?
Glikoliz:
Fosfofruktokinaz
F-2,6-BP
AMP
ATP
Citrate
H+
Piruvat kinaz
F-1,6-BP
ATP
Alanine
Glukoneogenez:
Piruvat karboksilaz
Asetil KoA
ADP
PEP piruvat karbokinaz
ADP, AMP
İnsülin
Glukagon, Epinefrin, Kortizol
Fruktoz 1,6-bifosfataz
F-2,6-BP
AMP
Citrate
Glukagon, Epinefrin
Glukoz 6-fosfataz
AMP
İnsülin
Glukagon, Epinefrin
PFK-1= F-2,6-BP, AMP (+)/
ATP, Citrate, H+ (-)
(glukagon- KC’de
epinefrin- KC ve kasta)
Piruvat kinaz= F-1,6-BP (+)/
ATP, Alanine (-)
Glukoneogenez
Piruvat karboksilaz= Asetil KoA (+), ADP(-)
PEP piruvat karbokinaz= ADP, AMP, İnsülin (-)/
Glukagon, Epinefrin, Kortizol (+)
Fruktoz 1,6-bifosfataz= F-2,6-BP, AMP (-) (potent)/
Citrate, Glukagon, Epinefrin (+)
Glukoz 6-fosfataz= AMP, İnsülin (-)/
Glukagon, Epinefrin (+)
77
Glikojen sentezinin primer molekülü
Glikojenin - primer
Glikojen sentezinin başlatılması için
bir primer olarak görev yapar
78
Glikojen sentezinde - Glikojenez de
Glukoz taşıyıcısı
UDP= glukoz taşıyıcısı
UDP-Glikoz= UTP ile glikoz 1-fosfat tepkimesinden oluyor
Serbest glikoz değil UDP-GLUKOZ!
79
‘Glikojen fosforilaz’ indirgen olmayan uçtan glikojeni fosforilledi
(enerji harcanmadı)
açığa
Glukoz 1-fosfat çıktı
80
Glikojenolizde bifonksiyonel enzim
Glukan transferaz (4:4-transferaz)
&
α-1→6 glikozidaz
α-1→6 glikozidaz ile dallanma bölgesi kırılınca açığa
Serbest glikoz çıkar
(normalde glikojen fosforilaz ile glukoz 1-fosfat açığa çıkıyordu)
81
Glikojenolizin Son Basamağı:
Glukozun, Glukoz-6-Fosfataz Tarafından
Serbestleştirilip Kana Verilmesi
Glukoz-6-Fosfataz yağ ve kas
dokusunda bulunmadığından,
kana glukoz veremezler
82
Glikojen sentezinde enzimler
ilk 7 glukoz Glikojenin tarafından sonrası Glikojen SenTAZ tarafından eklenir
!Enerji harcanmıyor
Glikojen sentaz glikoz 1-P’ı DEĞİL-> glikoz 1-P + UTP= “UDPG”yi kullanır
83
Glikojenez ve Glikojenoliz kontrolü
AMP
Ca
Glukoz 6-P
ATP
Glukagon ve nörepinefrin
İnsülin ve protein defosfataz-1
Allosterik (Hücre içi substratlar)
AMP- glikojenolizi aktive, glikojen sentezini inhibe eder
Ca - glikojenolizi aktive eder
Glukoz 6-P ve ATP - Glikojenolizi inhibe, glikojen sentezini aktive eder
Hormonal- cAMP ve Protein kinaz A üzerinden (glikojenolizi desteklerler)
Glukagon ve nörepinefrin - glikojenolizi aktive, glikojen yapımını inhibe eder
İnsülin ve protein defosfataz-1 - (cAMP oluşumunu inhibe eder) glikojenolizi inhibe, glikojen yapımını aktive eder
84
Pentoz fosfat yolu
oksidatif yol (geri dönümsüz)
ne oluşur, ne için lazım?
NADPH oluşur:
- YA sentezi, Monooksigenazlar (ilaç detoksifikasyonu), Fagositik (makrofaj/nötrofil): Oxidative burst
- Reaktif oksijen türlerine (ROT) karşı !Glutatyon savunma (GSH) sistemi!
Glutatyonun redükte halde durması için NADPH lazım
85
Eritrosit membranlarının bütünlüğünü korunması ve glutatyonun indirgenmiş
formda (GSH) tutulması için NADPH gereklidir. Bu nedenle NADPH Eritrositlerde Üretilmektedir
Glukoz 6-P dehidrogenaz eksikliginde;
GLUKOZ 6-FOSFAT DEHİDROGENAZ EKSİKLİĞİNDE: Glutatyon savunma sistemi tehlikeye atılır.
Heinz cisimcikleri oluşur, ROT’ların membrana etkisi ve deformabilite eksikliğinden mekanik stres, hemoliz
hemolitik anemi (oksidatif stres-reaktif oksijen türleri; favizm)
Sağlıklı bireylerin eritrositlerinde, Hemoglobinlerin enzimatik olmayan oksidasyonu ile
sürekli süperoksit iyonu (O2_) üretimi ROT'un bir kaynağını oluşturur ve GPX (glutatyon
peroksidaz) ile H2O’ya indirgenir
86
Sorbitol dehidrogenaz
Sorbitol’u Fruktoza çevirir
Sorbitol dehidrogenaz Retina, Lens, Böbrek ve Sinir hücrelerinde çok düşük
veya hiç yoktur
hücre içinde yüksek düzeyde SORBİTOL oluşur, Sorbitol birikimi hücre içine su girişine ve osmozis’e neden olur
87
Pentoz Fosfat Yolağı
Oksidatif faz: eritrositlerde
Glukoz 6-P dehidrogenaz?
Glukoz 6-P
I
I G 6-P DH
I
NADPH+
6fosfoglukonat
I
I
Ribuloz 5 fosfat, CO2, NADPH+
G 6-P DH eksikliğinde Glutatyon savunma sistemi tehlikeye girer,
hemolitik anemi olur (oksidatif stres/ ROT’leri)
Heinz cisimcikleri oluşur (hücre membranına mekanik stres- hemoliz)
NADPH okside glutatyonu indirgenmiş glutatyona (glutatyon reduktaz ile) çevirir o da glutatyon peroksidaz ile H2O2’i H2O’ya çevirir
88
TCA’da substrat seviyesinde enerji elde edilen tek basamak ve enzimi?
Süksinil KoA’nın Süksinat’a çevrimi,
enzimi Süksinat tiyokinaz (süksinil KoA sentetaz)
Suksinil KoA (4C)
I —(GDP+Pi)
I
I——GTP
I
Suksinat (4C)
Süksinat tiyokinazın iki izoenzimi var
• Glukoneogentik dokularda (karaciğer ve böbrek) hem GDP hem ADP’ye
spesifik olanı formu var
• Non-glukoneogenetik dokular, yalnızca ADP için spesifik olan var
89
TCA’da 8 basamağın 7’ sinin enzimleri mitokondrial matrix’te bulunur
________ enzimi mitokondri iç membranına bağlıdır
Süksinat dehidrogenaz enzimi mitokondri iç membranına bağlıdır
90
Asetil Koa’dan sonra TCA’dan kaç ATP enerji elde edilir?
1 molekül Asetil Koenzim A’dan 10 ATP elde ettik
TCA’dan= 3 NADH, 1 FADH2, 1 GTP elde edilir
NADH:
izositrat dehidrogenaz (izositrat- alpha-ketoglutarat)
alfa-ketoglutarat dehidrogenaz (alfa-ketoglutarat- süksinil KoA)
malat dehidrogenaz (malat- OAA)
FADH2:
süksinat dehidrogenaz (süksinat- fumarat)
GTP:
süksinil KoA sentetaz (süksinat tiyokinaz) (süksinil KoA- süksinat)
toplam= 10 ATP
91
Aşağıdaki substratlardan hangisinden glukoneogenez ile glukoz yapılamaz?
Gliserol
Laktat
Alanin
Palmitoleik asit
Palmitoleik asitten yapılamaz
!Çift karbon sayılı YA’lerinden glukoneogenezle glikoz yapılamaz
92
Izositrat dehidrogenaz basamağı özelliği?
bir NADH elde ettik
bir dekarboksilasyon oldu
bu reaksiyonun vitamini Tiyamin
93
Sitozoldeki NADH’ların Mekik Sistemi İle Mitokondriye Taşınması:
Gliserol-3-P
Malat-Aspartat
kaç ATP elde ederler
Gliserol 3-P= 1.5 ATP
Malat-Aspartat= 2.5 ATP (KC’de)
94
Florid hangi enzimi inhibe eder?
Glikolizin 9. basamak enzimi Enolazı inhibe eder, eritrositin glikolizi engellenir
Kan şeker testi- Florid kullanılır
95
İzositratın α-Ketoglutarat’a çevrimi - regulator basamak
enzim:
_________ ile aktive
_________ ile inhibe olur
Enzim izositrat dehidrogenaz- Tiyamin, Mg/Mn2+ kofaktör
ADP, Ca2+ (+)
ATP, NADH (-)
96
Bir dokuda 1 molekül glikozdan aerobik glikolizle;
Malat-Aspartat mekik sistemi kullanan bir dokuda _____ ATP
Gliserol 3-P mekik sistemi kullanan dokuda ____ ATP elde edilir (____ ve ____de)
Bir dokuda 1 molekül glikozdan aerobik glikolizle;
Malat-Aspartat mekik sistemi kullanan bir dokuda 32 ATP
Gliserol 3-P mekik sistemi kullanan bir dokuda 30 ATP elde edilir (kas ve beyinde 30 ATP)
97
1 molekül glikozdan
Aerobik glikoliz (+ PDH + TCA)
ile 30 veya 32 ATP oluşur
Bu farkın sebebi?
Glikolizin 6. basamağında oluşan NADH’ın sitozolden mitokondriye hangi mekik sistemi ile girdiği
98
TCA’ya ____ giren her üründen glikoz yapılır
AMA bir tek ____ giren (yani Asetil KoA’dan) yapılmaz
TCA’ya aradan giren her üründen glikoz yapılır
AMA bir tek baştan giren (yani Asetil KoA’dan) yapılmaz
99
TCA döngüsü (amfibolik) metabolizmada rol oynar, örneğin;
Birçok aminoasit TCA’dan beslenir (alfa-ketoglutarat)
Hem sentezi (süksinil KoA’dan başlar)
YA ve kolestrol sentezi
100
Tek karbon sayılı YA’leri TCA’ya ____ üzerinden girer,
Demek ki
Tek karbon sayılı YA’lerinden ___ yapılabilir
Tek “C” sayılı YA’leri TCA’ya süksinil KoA üzerinden girerler
Demek ki
Tek karbonlu YA’lerinden OAA dolayısıyla glukoneogenez (glikoz) yapabiliyoruz
101
TCA’da bolca NADH oluştu, OAA’ı malata indirger
denge TCA inhibesi yönünde
vücut ne yapar?
vücut OAA tüketerek dengeyi OAA yönüne kaydırır
102
Glikoliz ve TCA ATP hesabı
glikoliz: 2 ATP + 2 NADH
I
piruvat
I————1 glikozdan 2 piruvat elde edildiğinden sonrası x2
I
PDH: 2.5 ATP (1 NADH)
I
Asetil-KoA
I
TCA: 10 ATP (3 NADH, 1 FADH2, 1 GTP)
27 ATP + 2 NADH (sitozolde)
> Malat-Aspartat ile mt’ye geçerse= 32 ATP
> Gliserol 3-P ile mt’ye geçerse= 30 ATP
103
Piruvat Dehidrogenaz Kompleksi
5 koenzimi:
Tiyamin (TPP), FAD, NAD+, KoA ve
lipoik asid (vitamin türevi değil)
104
Dekarboksilasyon rx.ları koenzimi= Tiyamin
Karboksilasyon= Biotin
izositrat dehidrogenaz & Piruvat DH- Tiyamin
alfa-ketoglutarat dehidrogenaz- Tiyamin
piruvat karboksilaz- Biyotin
105
ETC inhibitörleri (ATP sentezini inhibe eder)
Fo= !oligomisin ve DCCD
F1= !venturisidin (auroventin)
!2,4-dinitrofenol
rotenon, Antimisin, CN- veya CO, Arsenik (glikoliz, TCA’yı da inhibe eder)
106
Glukozun barsak epitelinde sodyuma bağımlı emilimi
Sekonder Aktif Transport
