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Structure des a.a et des peptides Flashcards

(62 cards)

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1
Q

Vrai ou faux

Même si l’on ne connait pas sa structure, il est facile de comprendre la fonction d’une protéine

A

Faux, difficilement comprendre

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Q

L’irrégularité et la complexité des protéines sont nécessaires pour…

A

la spécificité

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Q

Vrai ou faux

La structure et la fonction d’une protéine sont le résultat de l’évolution

A

Vrai

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4
Q

Quels groupements possède un a.a?

D’ou vient le nom acide a-aminé?

A

Carboxyle et amine

Groupement amine est lié à l’atome de carbone adjacent au COOH (carbone a)

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5
Q

Quel a.a ne possède pas de chaine latérale?

A

Glycine

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6
Q

Quels groupements font partis de la chaine principale?

A

N-H, Ca, C=O

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7
Q

Quels sont les a.a non polaire?

A

glycine, valine, alanine, cystéine,proline, leucine, Isoleucine, methionine, tryptophan, phenylalanine

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8
Q

Quels sont les a.a polaire?

A

Serine, Threonine, tyrosine, aspargine, glutamine

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9
Q

Quels sont les a.a positif?

A

Lysine, arginine, histidine

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10
Q

Quels sont les a.a négatif?

A

acide aspartique et acide glutamique

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11
Q

Comment appelle-t-on la forme oxydée et réduite de la cystine?

A

oxydée ( S-S) = cystine

Réduite (SH) = cystéine

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12
Q

Quel a.a est responsable de certaines conformations seulement possible avec celui-ci?

A

Glycine

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13
Q

Vrai ou faux

Tous les a.a sont chirales

A

Faux, tous sauf la glycine

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14
Q

Vrai ou faux

Les a.a sont retrouvés majoritairement en forme L

A

Vrai

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15
Q

Quel a.a à une conformation L avec une configuration R?

A

L-cystéine

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16
Q

Quels facteurs influencent l’occurence moyenne des a.a dans les protéines?

A
  • Différent cout métabolique
  • Nombre différent de codons
  • Différentes protéines
  • Différence entre protéines intracell et protéines membranaires
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17
Q

Qu’est ce qu’une liaison peptidique?

Elle correspond à quelle fonction?

A

Liaison covalente entre la fonction carboxyle d’un a.a et la fonction amine de l’a.a suivant.

Amide

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18
Q

Il y a perte de quelle molécule lors de la création d’un lien peptidique?

A

H2O

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19
Q

Vrai ou faux

La liaison peptidique est stabilisée par mésomérie et ne peut subir de libre rotation

A

Vrai

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20
Q

La résonance (stabilisation par mésomérie) implique…

A

La planéité de la liaison peptidique

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21
Q

Vrai ou faux

Toutes les valeurs de phi et psi sont favorables

A

Faux, Certaines conduisent à des contacts trop rapprochés entre atome

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22
Q

Quels sont les deux régions principales favorisés?

Y a-t-il une troisième région?

A

Hélice a avec un min d’énergie à (-64, -41)
Feuillet B avec un min d’énergie à (-121, +128)

Oui, hélice gauche

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23
Q

Vrai ou faux

les régions favorisées sont différentes pour les glycines et proline

A

Vrai

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24
Q

Vrai ou faux

Certaines conformations sont favorisées dans les chaines latérales

A

Vrai

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25
Vrai ou faux Les différences d'énergie entre les conformations des chaines latérales favorisées et non sont souvent élevées
Faux
26
Il est possible d'adopter différentes conformations ______
Si nécessaire
27
Les longues chaines latérales à la surface des protéines sont _______
Souvent désordonnées
28
Quelle est la région du diagramme de ramachandran la plus peuplée? Que contient cette région?
Région des feuillets B Résidus qui sont dans une conformation étandue, y compris les feuillets B
29
À partir de quoi sont formés les feuillets B?
plusieurs chaines de polypeptides -> brins B
30
Les brins B sont... | Ils s'alignent...
de longueur variables (5-10) | Côte-à-côte (2-10) pour former un feuillet B
31
À quelles régions appartiennent souvent les feuillets B?
Régions souvent éloignées dans la structure primaires de la protéine
32
Les feuillets B forment des plaque relativement ___ qui constituent _____
rigides armature de la protéine
33
Vrai ou faux Les feuillets parallèles sont les plus fréquents?
faux, antiparallèles
34
Les feuillets courts sont presque toujours...
antiparallèle
35
Pourquoi les feuillets ____ sont plus fréquents?
antiparallèles Plus facile à former
36
Vrai ou faux Les feuillets parallèles et antiparallèles ont une énergie et une géométrie similaire
Vrai
37
Vrai ou faux Les feuillets entièrement formé de brins parallèles sont fréquents
Faux
38
Vrai ou faux Les feuillets B sont souvent tordus
Vrai
39
Quelles sont les différents types d'hélices?
- l'hélice a (3.610) | - Les hélices 310 et hélice pi
40
Quelles types d'hélices sont énergiétiquement beaucoup moins favorables?
-Les hélices 310 et hélice pi
41
La longueur des hélices a est...
Très variable 4-40 moyenne = 10 (3 tours)
42
Vrai ou faux Tous les groupement N-H et C=O sont impliqués dans des liaisons hydrogènes (hélice a)
Faux, tous sauf les trois premier groupement n-h et les trois dernier c=o
43
Les hélices a sont droite ou gauche?
droite
44
Chaque tour d'hélice a idéale est composé de...
3.6 résidus pour un total de 13 atomes (11 atomes de la chaine principale + l'O du carbonyle du résidu n et l'H du résidu n+4)
45
Un tour d'hélice équivaut à un déplacement de combien d'amstrong?
5.4 soit 1.5 par résidu
46
Les liaisons hydrogènes sont presque ____ à l'axe de l'hélice
parallèle
47
Les liaisons C=O sont orienté vers...
l'extrémité C-terminale, mais un peu vers l'extérieur
48
À quoi est du le moment dipolaire d'une hélice a?
Que tous les ponts hydrogènes sont orientés dans la même direction suivant l'axe de l'hélice
49
Pourquoi l'asparagine est préférée à la position N-cap des hélices?
Parce que sa chaine latérale peut imiter la géométrie de la chaine principale du polypeptide, et former un pont H entre son C=O et le N-H libre du résidu n+2
50
Quelles a.a ont une préférence marquée pour la position N-cap?
aspargine, aspartate, sérine, thréonine
51
Quelles a.a ont une préférence marquée pour la position C-cap?
aucun
52
À quoi est souvent associé les random coil?
aux boucles présentes entre entre deux hélices ou feuillets
53
Vrai ou faux Les random coil sont une absence de structuration
Faux
54
Donne 2 exemples de random coil
Hormones et toxines polypeptidiques
55
Les random coil ne sont pas une forme précise, mais plutôt...
une répartition statistique
56
Vrai ou faux Certaines protéines ne possèdent aucun élément de structure secondaire régulière, mais sont stables
Vrai
57
Quels sont les facteurs déterminants pour la structure d'une protéine?
- Association des groupements hydrophobes - Groupements polaires et chargés forme des ponts H - Chaque résidu possède une liaison peptidique polaire
58
La structure secondaire régulière adoptée par une protéine est donc déterminée par...
- le besoin d'adopter une conformation favorable dans le diagramme de ramachandran - Le besoin de former des ponts H entre les liaisons peptidique
59
Qu'est ce que le Pka d'une protéine?
Valeur de pH ou un groupement est 50 protoné et 50 déprotoné
60
Comment le Pka d'un a.a peut être altéré?
- Environnement hydrophobe -> forme neutre | - Environnement chargé -> forme chargé
61
Quelles a.a sont normalement chargé (pH = 7)
asp, glu, lys, arg
62
Quel a.a possède un pKa moyen?
his

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