techniques d'edition génomique

Question 1

quels types de dommages peuvent activer P53?

Answer 1

les signaux d’hyperprolifération
Les dommages à l’ADN
l’écourtement des télomères
L’hypoxie

Question 2

quel est l’effet de P53 sur la cellule

Answer 2

l’arret du cycle cellulaire
la sénescance
L’apoptose

Question 3

des souris KO pour p27, une CKI atteigne une taille plus grosse que des souris WT. pourquoi?
quel est le risque associé à ce phénotype6

Answer 3

une CKI est une kinase inhibitrice du cycle cellulaire
Les KO vont donc faire plus de division cellulaire lors de leur croissance et devenir plus grosses
Puisqu’elles n’ont pas cette CKI, elles sont plus à risque de développer des cancer

Question 4

quelles molécules sont souvent ciblées par les virus afin de retirer les freins sur le cycle cellulaire?
Quels sont les effets de l’inhibition de ces protéines

Answer 4

P53 : plus capable d’arrêter le cycle cellulaire pour difféerentes raisons
Rb: plus de répression de la transcription de gènes qui codent pour des protéines impliquées dans le cycle cellulaire

Question 5

comment les protéines E6 et E7 font elles pour inactiver Rb et P53 respectivement?

Answer 5

E6 lie Rb au lieu de L’activateur de transcription qu’il réprime habituellemnet
E7: va se lier à P53 pour empêcher sa liaison à l’ADN

Question 6

en quoi la surproduction de Myc peut il jouer un role sur la régulation du cycle cellulaire par P53?

Answer 6

Myc en grande quantité mène à la dissociation de Mdm2, une ubiquitine ligase qui permet la dégradation de P53.
Cela permet donc d’augmenter la concentration de P53 et ainsi de mener à l’arrêt du cycle cellulaire/apoptose

Question 7

pourquoi Mdm2 est il souvent surexprimé dans les cancer?

Answer 7

il mène à la dégradation de P53. La dégradation de P53 est importante pour le développement du cancer

Question 8

qu’Est ce que des oncosomes?

Answer 8

des exosomes impliqués dans l’oncogénèse

Question 9

qu’est ce que contiennent les oncosomes?

Answer 9

des récepteurs cellulaire menant à la division cellulare comme des RTK de epidermal growth factor qui sont mutés et superactifs.

Question 10

en quoi est ce que des récepteurs RTK mutés dont la portion extracellulaire est tronqué peut il mener au cancer?

Answer 10

sans leur portions extracellulaire, les RTK peuvent quand même se dimériser et activer des voies de signlisation cellulaire sans être en intéraction avec leur ligand.

Question 11

comment a t-on prouvé que les exosomes pouvaient transmettre des caractéristiques cancéreuses entre cellules?

Answer 11

on a exprimé un récepteur pour EGFR muté dans des cellules transgéniques puis collecté le milieu de culture
Le milieu de culture a été incubé avec des cellules non-transgéniques.
Le récepteur muté a ensuite été observé dans les cellules non-transgéniques
on a aussi découvert que plus un cancer était avancé, plus on retrouvais de EGFR dans les exosomes en circulation

Question 12

en quoi les oncosomes mettent ils les patients à risque de développer des métastates?

Answer 12

les oncosomes s’installent dans d’autres populations cellulaires et permettent l’expression de d’autres facteur de croissance, ce qui rend propire l’établissement de cellules cancéreuses dans ces tissus
IMPORTANT: CE NE SONT PAS LES CELLULES QUI RECOIVENT LES ONCOSOMES QUI DEVIENNENT DES MÉTASTASES. ILS SÉCRÈTENT DES FACTEURS DE CROISSANCE ET LES TUMEURS AIMENT SA

Question 13

qu’est ce qui peut être transporté dans des exosomes/oncosomes?

Answer 13

des protéines transmembranaires

des miRNA

Question 14

pourquoi est ce que les protéines transmembranaires mutées sont plus faciles à traiter lorsqu’elles possèdent encore un domaine extracellulaire?

Answer 14

cela permet l’utilisaition d’anticorps qui vont se lier à la portion extracellulaire

Question 15

en quoi les intégrines sont ils des facteurs anti-apoptotiques vis a vis l’anoikis?

Answer 15

Les intégrines qui intéragissent avec un ligand permettent l’activation intracellulaire de voies anti-apoptotiques via activation des voies Ras-GTPase

Question 16

qu’est ce qu’une endoadhéasome?

Answer 16

c’est un endosome de signlisation qui incorporent des intégrines liées à un ligand pour conserver les voies anti-anoikis lors de la migration des tumeurs

Question 17

qu’est ce que la théorie ‘‘de la graine et du sol’’ chez les cancers?

Answer 17

que certaines tumeurs dans des organes particuliers ont une préférence pour créer certains types de métastases
Par exemple, des cancer de l’estomac vont presque tout le temps produire des métastases dans le foie
La théorie dit que les tumeurs sont capables de préparer le ‘‘sol’’ l’organe cible via oncosomes qui rendrait l’organe cible propice à développer des métastases

Question 18

en quoi est ce qu’un tissus peu être propice à l’établissement de tumeurs?

Answer 18

une certaine population d’astrocytes expriment exosomes qui contiennent des oncomiRs ciblant l’ARNm de PTEN.
la présence de ces exosomes facilite grandement l’établissement de tumeur puisque les cellules suppriment déjà l’activité de PTEN, un suppresseur de tumeur

Question 19

comment est ce que les tumeurs peuvent utiliser l’expression d’intégrines à leur avantage?

Answer 19

lorsqu’une tumeur prépare un organe cible pour y installer des métastases, elle va exprimer des oncosomes qui contiennent des protéines transmembranaires/oncoMirs mais aussi des intégrines qui vont permettre de cibler un tissu en particulier pour ces oncosomes

Question 20

quel a été la première classe de protéine utilisée comme domaine de liaison à l’ADN programmable?

Answer 20

les domaines à doigts de zinc

Question 21

pourquoi était-ce difficile de travailler avec des domaines à doigts de zinc?

Answer 21

la liaison était programable mais s’était un peu sketch et il fallait faire beaucoup de testing pour s’assurer que le binding se fait sur la bonne séquence

Question 22

quel était le deuxième modèle protéique programable pour la liaison à l,ADN?

Answer 22

Les TALEs

Question 23

d’où proviennent les TALEs?

Answer 23

d’effecteurs bactériens qui servaient à faire exprimer à des cellules proies des gènes spécifiques qui servaient à nourrir la bactérie

Question 24

qu’est ce qu’on peut faire avec des domaines de liaisons à l’ADN programable?

Answer 24

de la modification du transcriptiome en greffant aux domaines des activateurs/répresseurs de transcription
Des modifications à l’épigénome en greffant des méthylases
induire des mutations en greffant une endonucléase au domaine

Question 25

pourquoi est ce qu’on utilise des endonucléases pour induire des mutation génomiques?

Answer 25

les bris doubles-brins vont être réparés par les systèmes de réparation cellulaires qu’on peut utiliser pour réparer l,ADN d’une manière spécifique

Question 26

quel sont les deux types de modifications génomique qu’on peut faire chez une cellule qui a une coupure d’ADN double brin? quels mécanismes permettent de faire ces modifications?

Answer 26

NHEJ: réparation non homologue, permet d’induire des mutations qui von insérer ou déléter des paires de bases, inactivant ainsi la protéine codée par le CDS
HDR: on va fournir une séquence homologue au site de coupure où l’on a inséré une séquence particulière. En réparant la coupure, la cellule va incorporer la séquence désirée dans son génome

Question 27

qu’est ce que des ZFNs ou TALENs?

Answer 27

des zinc finger domain ou TALEs combinés à des nucléases

Question 28

quelle est l’outil le plus récent pour faire de l’édition génomique?

Answer 28

CRIPR-Cas9

Question 29

de quoi est composé le gRNA de CRIPR-Cas9?

Answer 29

le protospacer, la séquence d’ADN cible

PAM une séquence de 3 nucléotides suviant le protospacer qui lie Cas9

Question 30

quel type de mutations peut on faire sur CRIPR-Cas9 pour n’avoir qu’un domaine de liaison à l’ADN?
que peut on faire avec ce CRISPR?

Answer 30

L’endonucléase Cas9 peut être inactivée
on peut ensuite combiner cette protéine à un domaine d’activation de transcription
on peut aussi greffer une GFP sur le CRISPR et observer la localisation de l’ADN cible

Question 31

comment peut on se servir du modèle CRISPR cas9 pour modifier une seule base sans utilier le NHEJ?

Answer 31

on fusione un CRISPR-Cas9 muté pour remplacer la nucléase qui brise les deux brins pour une nickase qui brise un seul brin et ajouter à Cas9 une déaminase. (souvent une adénine ou cytosine déaminase)
Cela permet de remplacer une seule base avec précision. La modification par la déaminase permet ensuite de remplacer le site déaminé par une base particulière.

Question 32

qu’est ce que le CRISPR prime?

Answer 32

un CRISPR-Cas9 combiné à une nickase plutot qu’une endonucléase auquel on a aussi ajouté une reverse transcriptase. Celle-ci permet de rétro-transcrire une portion de l’ARNg en ADN après la coupure
CRISPR-prime permet donc d’ajouter des séquences d’ADN directement avec CRISPR sans avoir à utiliser du NHEJ ni à ajouter de l’ADN additionnel