Teoria tecniche di sequenziamento, post-sequenziamento e metagenomica

Question 1

Differenze tra clone by clone sequencing e whole genome sequencing nel processo

Answer 1

25

Question 2

Vettori per il sequenziamento clone by clone. Differenze tra loro negli inserti

Answer 2

25.1

Question 3

Definizione di MTP

Answer 3

Minimal Tiling Path
25.1

Question 4

Quali possono essere dei marker genomici

Answer 4

25.1

Question 5

Differenza tra mappa fisica e mappa genetica

Answer 5

25.1

Question 6

Perchè non si possono usare le mappe genetiche per il sequenziamento? Come si ovvia a questo problema?

Answer 6

26

Question 7

Tecniche per mappatura fisica

Answer 7

1.Mapping per restrizione
2. FISH
3. STS mapping
26

Question 8

Cosa è la tecnica del cromosome walking, obiettivi e come si fa

Answer 8

26

Question 9

Sequenziamento clone by clone. Metodologia

Answer 9

26.1

Question 10

Sequenziamento whole genome shotgun. Come si fa e obiettivi

Answer 10

26.1

Question 11

Sequenziamento ibrido, vantaggi e come si fa

Answer 11

26.1

Question 12

Def ridondanza

Answer 12

27

Question 13

Def coverage e calcolo

Answer 13

27

Question 14

Sequenze ripetute durante l’assembly. Risoluzione degli errori così ottenuti

Answer 14

27

Question 15

Step per fare l’assembly partendo da reads

Answer 15

27.1

Question 16

Cosa vuol dire fare un assembly?

Answer 16

27.1

Question 17

Paradigma OLC. A che serve? Come si fa? Vantaggi e svantaggi

Answer 17

27.1 28

Question 18

Grafico di De Bruijn. Vantaggi e svantaggi rispetto ad altri metodi. Come lo ottengo?

Answer 18

28

Question 19

Cosa sono gli scaffold? Come si ottengono? A che servono

Answer 19

28.1

Question 20

Optical mapping, cosa è. Come si ottiene

Answer 20

28.1

Question 21

Completezza e accuratezza del sequenziamento + N50 e NG50

Answer 21

29

Question 22

N50 e NG50 cosa sono e differenze

Answer 22

29

Question 23

Costo sequenziamento e lunghezza reads proporzione

Answer 23

29

Question 24

Costo sequenziamento e peso strumento proporzione

Answer 24

29

Question 25

Differenza tra tecniche di prima, seconda e terza generazione per sequenziamento

Answer 25

29

Question 26

Esempi di tecniche di prima seconda e terza generazione

Answer 26

29

Question 27

Cosa è SRA

Answer 27

34.1

Question 28

Come faccio il quality check su un file fastq, che file trovo

Answer 28

34.1

Question 29

A cosa serve il capturing? Quando lo uso? Come si può fare?

Answer 29

35

Question 30

Cosa posso rilevare da un re-sequencing? Perchè e come lo faccio?

Answer 30

35

Question 31

Sequenziamento di DNA e RNA con NGS, applicazioni

Answer 31

34.1

Question 32

Come posso mappare un sequenziamento di RNA? Sulla base di cosa scelgo? E che effetti ha?

Answer 32

35.1

Question 33

Algoritmi slice-aware, esempi

Answer 33

35.1

Question 34

Algoritmi non splice aware, esempi

Answer 34

35.1

Question 35

Funzionamento algoritmi splice-aware

Answer 35

35.1

Question 36

Funzionamento algoritmo STAR

Answer 36

35.1

Question 37

Analisi trascrittomica con approccio genome guided. Esempi di algoritmi e funzionamento

Answer 37

36

Question 38

Analisi trascrittomica con approccio genome indipendent. Esempi di algoritmi e funzionamento

Answer 38

36

Question 39

Perchè è necessaria la normalizzazione nell'analisi trascrittomica. Quali sono i due principali errori di bias

Answer 39

36

Question 40

Normalizzazione statistica con CPM. Cosa correla

Answer 40

36.1

Question 41

Normalizzazione statistica con RPKM. Cosa correla

Answer 41

36.1

Question 42

Normalizzazione statistica con TPM. Vantaggi e cosa correla

Answer 42

36.1

Question 43

Studio degli small RNA con RNA-seq

Answer 43

37

Question 44

Studio di gene expression con RNA-seq

Answer 44

37

Question 45

Studio RNA editing con RNA seq

Answer 45

37.1

Question 46

Chip-seq. Obiettivo e tecnica

Answer 46

37.1

Question 47

Metagenomica. Obiettivi e tecniche

Answer 47

38

Question 48

Metagenomica - analisi in microfluidica

Answer 48

38

Question 49

Metagenomica - analisi in emulsione. Componenti e come avviene

Answer 49

38