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MMD1042- Module 3 > transcription > Flashcards

transcription Flashcards

1
Q

que génère la transcription

A

un polymère de ribonucléotide synthétisé par ARN polymérase

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2
Q

sens de la synthèse de l’ARN polymérase

A

de 5 vers 3

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3
Q

Que synthétise l’ARN polymérase

A

copie complémentaire du brin matrice (lu de 3 vers 5)

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4
Q

différence entre la séquence de l’ARN et ADN codant

A

ribonucléotide au lieu de déxosyribonucléotides
U au lieu de T

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5
Q

pourquoi l’ARN a une structure secondaire et tertiaire?

A

à cause des interactions entre ses bases

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6
Q

pseudoknot

A

appariement de bases entre 2 régions simple-brin de boucles

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7
Q

étapes de la transcription

A

déroulement de l’ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par ARN polymérase
reformation de la double hélice en arrière de l’ARN polymérase
courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement

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8
Q

caractéristiques des ARN polymérases

A
  1. synthétise l’ARN en copiant un brin matrice d’ADN
  2. transcrit de 5 vers 3 (brin matrice de l’ADN doit être lu de 3 a 5)
  3. ne nécessite pas d’amorcce
  4. transcription n’a pas à être aussi précise que la réplication d’ADN puisque les erreurs ont une durée de vie limitée correspondant à la durée de vie du transcrit
  5. crée des liens phophodiester entre nucléotides et son site actif
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9
Q

séquence d’ADN qui signale l’initiation

A

promoteur

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10
Q

séquence d’ADN qui signale la terminaison

A

terminateur

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11
Q

rôle du facteur sigma

A

s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription

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12
Q

ou est relaché le facteur sigma

A

quelques 10 nucléotides après l’initiation de la transcription

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13
Q

ou est recrutée l’ARN polymérase

A

au niveau du promoteur avec le facteur sigma

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14
Q

séquence consensus/séquence canonique concept

A

ordre calculé des nucléotides ou aa trouvés à chaque position dans un alignement de séquences
représente les résultats d’alignements de séquences multiples dans lesquels des séquences apparentées sont comparés les unes aux autres
% des motifs de sequences similaires ainsi calculés pour chaque position

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15
Q

Sigma

A

facteur (prot) nécessaire à l’initiation de la transcription qui permet la séléction du promoteur du gène à transcrire.
pls sigma chez procaryote

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16
Q

le facteur sigma chez les procaryotes

A

s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription avant de se lier au promoteur

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17
Q

les facteurs sigma bactériens reconnaissent une paire de cours motifs conservés:

A

boites -10 et -35 à cause de leur distance du site d’initiation de la transcription

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18
Q

position de séquence consensus (boites -10 et -35) dicte quoi

A

brin à utiliser et sens de la transcription

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19
Q

comment est obtenu la séquence consensus des promoteurs procaryote

A

séquence idéal obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chq position

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20
Q

plus la séquence est … à la séquence consensus (idéale) plus grande sera …. et plus grande sera ….

A

plus la séquence est SIMILAIRE à la séquence consensus (idéale) plus grande sera L’AFFINITÉ DU FACTEUR SIGMA et plus grande sera L’EFFICACITÉ D’INITIATION LA TRANSCRITPTION= PROMOTEUR PLUS FORT

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21
Q

point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation et transcription

A

séquence TATAAT (-10) située environ 10 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription

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22
Q

que possèdent typiquement les procaryotes

A

plusieurs facteurs sigmas, chacun ayant sa propre spécificité de séquence

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23
Q

qui est responsable de la reconnaissance de la séq promotrice sur l’ADN chez les procaryote

A

facteurs sigma, tous intéragissant avec l’ARN polymérase, ayant chacun sa propre spécificité de séquence

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24
Q

étapes chez les procarytes du complexe d’initiation de la transcription

A
  1. facteur sigma s’associe à l’ARN polymérase avant la transcription, ce complexe ira se fixer sur le promoteur.
  2. contacy de l’ARN polymérase avec promoteur entraine ouverture locale de la double hélice de l’ADN= bulle de transcription
  3. Initiation de la synthèse d’ARN à 50 ribonucléotides/sec
    4-5. relachement du facteur sigma après synthèse d’une chaine de +/- 10 ribonucléotides ET élongation
  4. rencontre du signal de terminaison: forme que prend ARN grace aux appariements locaux (intramoléculaires). ARN sous cette forme=indique à ARN polymérase qu’elle doit être relachée.
  5. ARN poly se détache, libérant ARN
    ARN poly peut aller trouver un facteur sigma pour enclencher une nouvelle transcription
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25
Q

qu’est ce qui fait l’arrêt de la transcription chez les procaryotes

A

ARN poly relâchée de l’ADN au niveau d’un signal de terminaison

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26
Q

que se trouve à l’extrémité 3 de l’ARN néosynthétisée des procaryotes

A

signal de terminaison de la transciption encodée par l’ADN

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27
Q

qu’est ce qui favorise le détachement de l’ARN poly chez les procaryotes

A

séquence ARN transcrite du signal de terminaison permet la formation d’une tige-boucle (hairpin) qui cr.e une contrainte au niveau du complexe d’ARN poly

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28
Q

séquence en tige-boucle des procaryotes est constitué de:

A

riche en G-C et suivi d’une série de U
cause la term de la transcription chez les procaryotes

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29
Q

les cells eucaryotes utilisent cmb d’ARN poly

A

3

30
Q

ARNm

A

codent pour prot (ARN poly II)

31
Q

ARNr

A

composent ribosome (ARN poly I)

32
Q

ARNt

A

servent d’Adaptateur lors de la synthèse protéique (ARN poly III)

33
Q

petits ARN

A

utilisés dans diff processus cellulaires (ARN polymérase III)

34
Q

boite TATA

A

boite TATA située environ 25 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription sert de point de repère pour assemblage du complexe d’initiation de la trajnscription

35
Q

facteurs généraux de la transcription reconnaissent et se lient à la sequence de la TATA box pour:

A

former le complexe d’initiation de la transcription avec ARN poly II

36
Q

facteurs généraix de la transcription GTF reconnaissent et se lient au séquences :

A

conservées des promoteurs eucaryotes d’ARN pol I
aussi appelé Basal transcription FactorsT

37
Q

TBP subunit

A

1
recognizes TATA box

38
Q

TAF subunits

A

11
recognizes other DNA sequences near the transcription start point, regulates DNA binding by TBP

39
Q

TFIIB

A

1
recognizes BRE element in promoters, accurately positions RNA poly at the start site of transcription

40
Q

TFIIF

A

3
stabilizes RNA poly interactions with TBP and TFIIB, helps attract TFIIE and TFIIH

41
Q

TFIIE

A

2
attractes and regulates TFIIH

42
Q

TFIIH

A

9
unwinds DNA at the transcription start point, phosphorylates Ser5 of the RNA poly CTD, releases RNA poly from promoter

43
Q

seq séquences d’ADN conservées (promoteur eucaryote typique) du promoteur basal

A

à -80 pb la CAAT Box et à -100 pb la GC Box
et augm son efficacité

44
Q

seq CAAT box et GC box impliqué dans:

A

régulation de la transcription des gènes

45
Q

seq CAAT box er GC box liées par:

A

facteurs généraux de la transcritpion GTF et par facteurs (prot) activateurs spécifique

46
Q

à quoi se lie les facteurs spécifiques d’activation

A

séquence enhancer

47
Q

à quoi se lie les facteurs spécifiques de répression

A

séquence silencer

48
Q

ou se trouvent enhancers et silencers

A

peuvent se trouver à des miliers des pb en amont et/ou aval du promoteur

49
Q

ARN poly se fixe au niveau des promoteurs mais…?

A

fixé à la boite TATA que via transcription factors et ne reconnait pas le promoteur directement

50
Q

facteurs généraux de transcription qui associent d’abord à l’ADN du promoteur

A

TFIID et TFIIB
permettent à ARN poly II de se lier

51
Q

reconnaissance de la boite TATA (-25) par

A

TFIID (complexe contenant TBP. TATA binding protein)

52
Q

recrutement de TFIIB par?

A

TFIID qui est lié à l’ADN

53
Q

complexe d’initiation de transcription eucaryote

A

poly + facteurs généraux de transcription

54
Q

TFIIH cause:

A

séparation des 2 brins de l’ADN (ouverture locale, fonction hélicase)

55
Q

TFIIH effectue une phosphorylation de:

A

la queue C-term de l’ARN poly

56
Q

que cause la phosphoryl de la queue C-term de l’ARN poly par la kinase TFIIG

A

libération des autres facteurs de transcription TFIIB, TFIIE, TFIIF et TFIIH
==signal de départ pour L’ARN poly pour commencer la transcription et élongation d’ARN

57
Q

phosphorylation de l’ARN poly II entraine:

A

libération des facteurs de transcription (TFIIB, TFIIE, TFIIF et TFIIH) pour qu’elle puisse commencer élong de la chaine d’ARN

58
Q

début de la synthèse d’ARN commence lorsque

A

tous les facteurs TFIIB, TFIIE, TFIIF er TFIIH libérés

59
Q

TFIID avec TBP pas libérés:

A

continuent dans le processus d’élongation

60
Q

terminaison chez les eucaryotes :

A

couplée à polyadénylation
terminateur des eucaryotes est une séquence dans le pré-ARNm transcrit qui est aussi signal de polyadénylation: AAUAAA
pré-ARN, clivé et polyadénylé
polyméérase se détacher

61
Q

régulation stricte de l’abondance de l’ARN assuré par:

A

ARN constamment synthétisé et dégradé

62
Q

abondance de l’ARN régulée au niveau de:

A
  1. initiation de la synthèse (transcription)
  2. régulation au niveau de sa dégrédation
63
Q

dans le cyto des eucaryotes, la demi-vie des ARNm est de:

A

qlq minutes à qlq heures

64
Q

demi vie de la plupart des ARNm chez les cell humaines

A

4.8min

65
Q

adaptation de la cell aux conditions implique:

A

changements des patrons d’expression des gènes et certains sont induits et d’autres réprimés.

66
Q

efficacité de la transcritpion détermine:

A

la qnt d’ARN produit et a un impact sur la qnt de prot traduite

67
Q

taux de transcription détermine

A

le niveau de ARNm et cmb de prot sera synthétisée

68
Q

taux de transcription d’un gène est régulé à quel niveau

A

niveau de l’initiation
par la séquence du promoteur et facteurs de transcription spécifique que s’y attachent

69
Q

vitesse d’élongation varie cmt

A

tjr la même

70
Q

prot se liant aux seq de régulation qui facilitent l’assemblage des facteurs généraux de transcription et de la polymérase sur le promoteur

A

activateurs de transcription

71
Q

facteurs répresseurs

A

empêchent l’assemblage des facteurs généraux de transcription et de la poly sur promoteur.

MMD1042- Module 3 (10 decks)

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