Vecka 1 - Genen

Question 1

Vilka nukleotider bine der varandra? Med hur många vätebindningar?

Answer 1

AT
GC

GC 3 bindningar
AT 2 bindningar

Question 2

Vilka nukleotider är puriner?

Answer 2

A och G

Question 3

Var i B-format DNA binder transkriptionsfaktorer in?

Answer 3

Major groove. Öppnare struktur än minor groove.

Question 4

Enklaste packningsformen DNA?

Answer 4

DNA upplindat runt histoner

Question 5

Vad är definition på nukleosom?

Hur många nt ingår i nukleosomen?

Answer 5

Histonprotein + DNA som är lindat runt den.

Totalt 200 nt i nukleosom, då ingår linker DNA.

Question 6

Hur många nt i en nucleosome core particle?

Answer 6

147 st.

Question 7

Vad består en histonkärna av? Vilka protiener?

Answer 7

En oktamer av dimerer.

2 av varje:
H2A
H2B
H3
H4

Question 8

Vilka bindningar finns mellan histonkärnor och DNA?

Answer 8

Vätebindningar

Question 9

Vad är histon 1?

Vad är histonsvansar?

Answer 9

Histon 1
- Ett protein som drar åt DNA runt histonkärnan

Histonsvans

• varje histonprotein i histonkärnan har histonsvansar.
• Dessa binder olika delar av nukleosomstrukturen och drar ihop nukleosomerna med varandra för att packa ytterligare.
• Bidrar till att skapa kromatinfiber.

Question 10

Beskriv organisation av en kromsom i storleksordning.

Answer 10

Kromosom -> nukleosomer packade tätt med varandra -> heterokromatin.

Eukromatin

• nukleosomer är glesare från varandra.
• DNA helixen är lindad runt nukleosomen.

Question 11

Vad innehåller en centromer för packning av kromatin?

Vad innehåller telomer för packning av kromatin?

Vilken packning har kromsomarmarna?

Answer 11

Båda heterokromatin. Centromeren har inga gener.

Kromsomarmarna, mellan centromer och telomer, eukromatin. Men även heterokromatin beroende på celltyp.

Question 12

Vilken packningsform har DNA under interfas?

Answer 12

Eukromatin relativt till mitos.

Question 13

Hur lokaliseras en kromsosom i interfas, där gener ska uttryckas i cellkärnan?

Answer 13

Aktiv transkription

Mer centralt kommer dem homologa kromosomerna att finnas med eukromatin mer centralt i kärnan. (för den gen som uttrycks)

Om genen inte transkiberas är kromosomen per perifiert

Question 14

Vad är en gen?

Answer 14

En informationsbärande enhet som kan koda för ett mRNA eller funktionellt RNA.

En gen associeras också av DNA sekvenser som reglerar uttrycket av genen, t.ex. enhancers, introner.

Question 15

En haploid kromosomuppsättning. Hur många baspar?

Answer 15

3,2 miljarder

Totalt 6 miljarder i en diploid cell

Question 16

Hur ser en typisk proteinkodande gen ut? Beskriv delarna.

Kommer UTR finnas med i proteinet?

Answer 16

Promotor
- Första och sista exonet innhåller UTR.

5 UTR
exon
intron
3 UTR

UTR finns inte med i proteinet, men i mRNA finns dem. Translateras inte. Behövs för initieringen.
UTR tillhör exon-definition.

Question 17

Hur stora är gener (minst till störst)

Answer 17

1000 baspar - 2 Mb

Question 18

Vilka två modifieringar är intimt förknippade med epigenetik?

Answer 18

1. Metylering på C

2. Acetylering/Metylering på histoner.

Question 19

Vad är en CpG island?

Answer 19

Ett område med CG rika områden som är mellan 300 - 3000 baspar långa. De ligger ofta i anslutning till promotorer av gener, och är ofta hypometylerade. T.ex. gällande house keeping gener, hjälper CpG islands till med att öka transkriptionell aktivitet för att underhålla cellens basala funktioner.

Detta är en epigenetisk modifiering som gör det möjligt att hosue keeping gener blir aktiva i alla celler, bestämmer därmed en del av cellens uttryck.

Question 20

Hur stor andel av CpG områden förutom islands är hypermetylerade?

Answer 20

70-80 %. Kromatin packas ner.

Question 21

Vilka enzymer metylerar cytosin i DNA?

Answer 21

DNMT 1, 3 A/B.

DNA metyl transferaser.

Question 22

Vad gör DNMT1?

När är den aktiv?

Answer 22

Metylerar C i 5 prim regionen, med mall från den ena strängen i DNA.

Sker i samband med replikation. Då hjälper denna till att metylera den nya strängen.

Question 23

Vad gör DNMT3 A och B?

Answer 23

Metylerar helt ometylerat ds-DNA.

Sker vid behov när vi vill stänga ner kromatin/gener.

Question 24

Förutom på DNA, kan modifieringar göras på proteiner som dessa är lindade runt som påverkar packningsgrad. Epigenetik.

Vilka proteiner och strukturer?

Nämn vad olika modifieringar leder till på en specifik histonprotein.

Answer 24

Histonsvansarna kan modifieras på sina aa.

• modifieringar skapar interaktionsmöjligheter för proteiner.
• modifieringar påverkar hur strukturen ska vara packad.

På H3 svans, finns lysin i position 9.

• Metylering = stängt
• Acetylering = öppet = akitiv gen.

Question 25

Vad är den gemensamma nämnaren för acetylering och metylering på histoner?

Nämn vilka enzymer som modifierar histonsvansar.

Hur många metylgrupper kan sättas på histon 3?

Answer 25

Att det påverkar packingsgraden av kromatin och därmed transkriptionell aktivitet av gener som ligger angränsade.

HAT - histon acetyl transferas

HDAC - histon deacetylaser

HMT - histon metyltransferaser
- både metylering och demetylering.

Upp till 3. metylgrupper kan sättas på lysin i histon 3, pos 9, lysin.