Vecka 1 - Transkription, posttranskription och translation

Question 1

Runka min testis

Answer 1

1. Rna polymeras 1 - rRNA syntes
2. Rna pol 2 - mRNA, sn, sno, mi
3. Rna pol 3 - tRNA

Question 2

Vad är

1. sno
2. mi
   3 si

Answer 2

Små funktionella RNA

1. kemisk modifering av rRNA
2. blockerar translation i cytosolen genom att binda t.ex. Piwi.
3. small inteferring - nedreglerar gener genom att rikta mRNA för degradering

Question 3

Beskriv hur RNA polymeras ser ut.

Answer 3

• Öppnar upp vätebindningarna i ds-DNA som kommer in med 3 prim ände.
• Läser i 3-5 riktning. Detta är anti sense-sträng (templatet) Ut kommer 5 prim RNA först.
• Sense-strängen är coding.
• I active site finns 10 baspar som parar till templatet med ribonukleosidtrifosfater komplementärt. PPi spjälkas.

Question 4

Vad är snRNP?

Answer 4

snRNA + associerade proteiner.

Flera bildar spliceosom.

Question 5

Vad är speciellt med alfa tropomyosin genen?

Answer 5

Alternativ splicing kan ske så att vi får olika proteiner

Funkar genom att vi har plsicing enhancers och repressor proteiner som hjälper till att avgöra bilken intron/exongräns som ska vara för ett mRNA

Alternativ splicing viktigt beroende på celltyp.

Question 6

Beskriv hur polyadenylering går till.

Answer 6

1. RNA pol har CTD svans, fosfat på denna. Detta känns igen av
   - CPSF - sätter sig på AAUAAA
   - CstF –> sätter sig på GU rikt område.

som hoppar av CTD.

CPSF och CSTF binder varandra och skapar en böj i RNA. Där finns Poly A site

2. Till poly A site mellan dessa, binder Clevage factors. Då klyvs RNA.
3. PAP syntetiserar därefter poly A svansen.
4. GU rikt område bryts ner och släpper.

Question 7

Hur termineras transkriptionen av RNA-polymeraset, av det RNA som bildas nedan poly A svansen?

Answer 7

När CsfT och CPSF hoppar av CTD-svansen initieras

1. Proteiner aktiveras av poly A adenyleringens initiering. Dessa binder RNA-polymeraset –> saktar ner.
2. Den fria 5 prim änden i poly A site som blir av att polyadenyleringen initieras (GU rika området) kommer brytas ner av exonukleaser. Denna tuggar i sig RNA och kommer ikapp RNA pol.Då släpper RNA pol.

Question 8

Vilka rRNA inkoproreras i respektive subenhet i ribosomen?

Hur många proteiner vardera?

Answer 8

40S

• 18S rRNA
• 33 proteiner

60S

• 5S
• 28S
• 5.8S
• 49 proteiner

Question 9

Hur ser en typisk promotor ut?

Vad gör TATA boxen?

Answer 9

• 400 nt i snitt.
• TATAA box Ligger 25 nt från 5 UTR. TATA bestämmer i vilken riktning polymeras ska syntetisera., och var.
• en core promotor på 60nt binder generella TF, också RNA-pol 2.

Question 10

Tata dont be a fucking evil horse.

Beskriv transkriptionsinitieringen.

Answer 10

1. TBT binder till tatabox med TF2D
2. TF2A och B rekryteras till promotor
3. Då kan TF2F binda in som sitter på RNA-polymeras.
4. TF2E och TF2H rekryteras sedan
   - H använder ATP för att dela på DNA-strängarna. Helikasfunktion.
   - H är kinas Fosforylerar CTD svansen.

Nu har preinitieringskomplexet bildats.

Question 11

Vad gör fosforylering av CTD?

Answer 11

Sker med TF2H, som både har kinas och helikas funktion.

1. Aktiverar RNA pol
2. Generella TF släpper
3. Andra proteiner binder till CTD (CsfT och CPSF)
   - medverkar till att RNA pol kan binda hårdare till DNA och transkibera fortare.

Question 12

Var binder genspecifika transkriptionsfaktorer?

Answer 12

Utanför core promotor, men i promotorn.

Question 13

Vad är en enhancer?

Answer 13

Ett DNA element långt från promotorn som påverkar transkription genom att förstärka denna, genom att en aktivator binde denna. sekvens.