Virologi Flashcards
(91 cards)
1
Q
Glukoproteiner i höljet
A
Transmembranproteiner:
-Yttre domän: bindning till cellulära receptorer, fusering med membranet
-Inre domän: ofta viktigt för ihopsättning av viruspartikeln
2
Q
Naket virus
A
Komponenter: -Nukleinsyra
-Kapsid
Hög stabilitet: -Temp, lågt pH, proteaser, detergenter, uttorkning
3
Q
Höljevirus
A
Komponenter: -Nukleinsyra
-Kapsid
-Lipidmembran
-Glykoprotein
Känslig för: lågt pH, detergenter, uttorkning, värme
4
Q
Indelning virus
A
-Typ av nukleinsyra RNA/DNA (ss,ds,+,-)
-Kapsidens symmetri: helikal/ ikosahedral/komplex
-Närvaro/frånvaro av hölje
-Storlek på virion & kapsid
5
Q
Baltimores klassificering
A
System där virus delas in i 7 olika klasser beroende på hur de syntetiserar mRNA och hur deras genom ser ut.
6
Q
Tropism
A
Beskriver vilka organ/vävnader eller celler som infekteras av viruset
7
Q
Virus livscykel
A
1 Bindning
2 Upptag & avklädnad
3 Proteinsyntes: viralt mRNA translateras av cellen
4 Replikation av nukleinsyra
5 Ihopsättning av virioner
6 Frisättning
8
Q
Virus in i cell respektive ut ur endosomen?
A
Naket: Receptor medierad endocytos in i cellen.
-Ut ur cellen: pH receptor interaktion, por bildas av proteiner som spräcker PM
Höljevirus: fuse med PM, aktivering av glykoproteiner endocytos
9
Q
Laddning på RNA?
A
-Virus med ss+RNA kan translateras direkt => p.g.a + mRNA
-Virus med ss-RNA måste däremot kopieras till +RNA innan translation
10
Q
Replikering av DNA virus + och ±
A
Sker m.h.a DNAP, viralt eller cellulärt
11
Q
Replikering dsDNA virus ±
A
DNAP
12
Q
Replikering RNA virus
A
Kräver RdRp (RNA-dependent-RNAP)
-RdRp kopierar RNA
-Virusgenomet måste koda för RdRp
13
Q
Replikering +ssRNA virus
A
-Virala + RNA genomet translateras direkt
-RdRp för replikation
-Viruset bär inte med sig RdRp
14
Q
Replikering -ssRNA
A
-Genomet kan ej translateras direkt +RNA måste produceras av RdRp
-Virus måste bära med RdRp
15
Q
Virus som använder reverse transcriptase
A
-Kopierar RNA -> DNA
-Kodas av viruset
16
Q
Replikationscykel RNA virus
A
Cytoplasman.
+RNA -> -DNA -> dsDNA -> dsDNA integreras i cellens DNA -> translateras till +RNA för translation
17
Q
Replikationscykel DNA virus
A
Cellkärnan.
18
Q
Frisättning av virus från cell
A
Lysering, exocytos eller budding
19
Q
CPE
A
Cytopatogen effekt, innebär bl.a. nedreglering av cellulär RNA- och translation
20
Q
Persistent virusinfketion
A
-Ingen CPE: värden kan ej känna igen infekterade celler
-All replikation/transkription
-Infektion av: organ utan aktiv bevakning ex. öga och av immunsystemets celler
-Dåligt T cells svar mot infektionen, milda eller inga symptom - virusinfekterade celler dödas inte
21
Q
Lytisk/Akut infektion
A
Cellmedierad immunitet/inflammation orsakar symptom och eliminerar de infekterade cellerna
22
Q
Viremi
A
Virus i blodet
23
Q
Inaktivering av virus
A
-Värme: Det denaturerar proteiner, lipider. ex. autoklavera
-UV-ljus: Förstör RNA/DNA
-Klorinlösningar: Bryter ned proteiner, lipider
-Detergenter: bryter ned lipider
-Etanol: torkar ut och bryter ned lipider
24
Q
HIV
A
- +ssRNA
- Gag protein proteolytically processed into: Matrix, capid, nucleocapsid
- Pol protein encodes enzymes: protease, reverse transcriptase, integrase
- Env protein encodes: surface glycoprotein, transmembrane protein
Regulatory proteins: Tat & Rev
25
HIV viral mechanism
-CD4 is main receptor
- CXCR4 main co-receptor for T-cell-tropic strains
-CCR5 is major co-receptor for macrophage- tropic strains
26
HIV pathogenesis
1 HIV induced cytolysis: increased permeability if PM, syncytia formation, induction of apoptosis
2 CD8+ T cells cytolysis CTL: neutralizing antibodies active against gp120-CTL response, CD8+ kill infected cells & produce cytokines that block HIV co-receptor
3 Chronic activation: activation of Tcells in response to HIV antigen production, increased T cell death
4 Reduction in total number of T cells: increased virus amount => increased T-tropic X4 HIV => reduced CD4+ => reduced T cells
27
Why increased malignancy rate when HIV-1 infected?
Due to lack of immune surveillance and elevated production of cytokines
28
Vaccine challenges of HIV?
High mutation frequency, developed mechanisms to evade body's defenses, target CD4 infection, broadly neutralising antibodies.
29
Genom norovirus
3 st ORF.
-ORF2 kodar för största kapsidproteinet VP1 som bestämmer virusets antigenecitet.
-Bestämma aminosyrasekvensen av VP1 kan man klassificera grupp & typ
-3 epitoper på VP1 i P2 subdomän
30
Norovirus mekanism
Binder blodgruppsantigen.
-H epitopen bestämmer sekretor-blodtyp, som adderas av enzym kodat av genen FUT2.
-Funktionell gener suttryck av AB blodhrupp + H-typ + Lewis b-antigen
-Norovirus binder om H- epitop finns
31
Vaccin norovirus
Viruskapsid av VP1.
32
Rotavirus
-Infekterar mogna enterocyter i övre delen av tarmvilli
-Naket RNA
33
Rotavirus mekanism
1 Na+/glukos transport intakt & underlättar absorption av elektrolyter och H2O.
2 Infk. celler och extracellulärt toxin, NSP4, stimulerar serotonin & prostaglandiner från enterochromaffina celler. Utsöndring av VIP från nerver binder till kryptceller och ökar cAMP => selretion av Cl- och H2O.
4 Rotavirus stimulerar nerver till ENS via serotonin från EC celler i tarmen.
34
Virus för gastroenterit
Salivirus, kobuvirus, astrovirus, rotavirus, norovirus.
35
Meningitis
-Enterovirus
-Mild symptoms, fever, headache, stiff neck
-Infection only in meninges
36
Encephalitis
-Virus replication in the brain tissue
-Drowsiness, confusion, seizures etc.
-High mortality compared to meningitis
37
Myelitis
-Direct virus infection of motor neurons in spinal cord
-Fever and flaccid paresis in certain muscle groups etc.
-Polivirus
38
Post infectious encephalo myelitis
-Rubella, VZV etc.
-T cell mediated autoimmune response toward myelin antigen
-Ascending paralysis associated with paresis
-Recover spontaneously after a few weeks, months and nerves become myelinated again
39
Progressive multifocal leukoencephalopathy
-Rare & fatal
-Damage of white matter
-Patients with immunodeficiency
-Polynoma, JC -virus
-Oligodendrocytes & astrocytes are infected by JCV
-Disapperance of myelin
40
Entry into CNS
1 Invasion of sensoric nerve ends
2 Invasion of motorneurons at NMJ
3 Invasion via olfactory epithelium and olfactory nerve cells
4 Invasion of infected circulating leukocytes
5 Infection of brain's microvascular endothelium
41
HSV
-Invasion of sensoric nerve ends
-Reduced neuroinvasive ability in CNS and increased neurovirulence
- HSV enters via nerve ends
-Rarely enter CNS
-When in CNS => severe disease, deadly is possible
42
Polivirus
-Invasion of motorneurons at NMJ
-Fecal-oral transmission
-Back pain, muscle spasm + symptoms above
- Paralytic polio: Muscles in lower extremities affected- degradation of motor neurons in muscles.
43
Rabies
-Symptoms: anxiety and worry, cramps when swallowing
-Death within 14 days
-Virus in animal saliva
-Transport of virus to CNS via neuron
44
Pathogeneis Rabies
1 Common: animal saliva at bite
2 Virus replication in muscle
3-4 Infection in peripheral nerves
5-6 Replication in DRG. Transport in spinal cord neurons
7 Infection in spinal cord & brain
8 Then salivary glands, eye, skin => other organs
45
Congenital transmission
Infection during pregnancy from mother => fetus in uterus through placenta (viremia)
46
Perinatal transmission
Newborn becomes infected during birth or first 4-5 weeks (breast milk)
47
Congenital infection damage?
-Cell differentiation is disturbed
-Growth inhibition
-Fetal anemia
48
Tetratogens
Viruses that can reach the embryo/fetus during fetal developement.
49
Rubellavirus
-Usually mild viral infection in children/young adults
-Rubella in pregnant women cause death or CRS
-Prevention by vaccination
-Viremia => transmission through placenta
50
Cytomegalovirus
-Most common congenital infection
-Transplacentally/ at birth/ via breastmilk
51
Zikavirus
-Spread by mosquitos
-Mostly asymptomatic
-Rare complication Guillain-Barré
-Vertical transmission (placental)
52
HIV - Congenital & Perinatal infection
-Infection during last pregnancy month or at birth
-Congenital infection by CD4+ cells
-Prevention: antivirals, C section, no breastfeeding
53
Zoonos
Zoonoser är sjukdomar som sprids naturligt mellan människa och djur antingen via direktsmitta, via vektorer, förorenat vatten eller livsmedel. Det finns bakteriella zoonoser, virala zoonoser och parasitära zoonoser.
54
Svenska zoonoser
- TBE: gnagare/rådjurs- reservoar => fästingar => människor
- Sorkfeber: sorkar => saliv/avföring => människor
- Ockelbosjukan: fågelreservoar => myggor => människor
55
V-onc (virus-onkogener)
Virusgener som kan stimulera celldelning ex. HHVB, HTLV.
56
HPV 6
Slemhinnetyp. Larynxpapillom.
57
HPV 16
Slemhinnetyp. Cancer.
58
HPV mekanism
E6, E7 stimulerar celldelning (E2 bromsar E6,E7). Vid cancer E2 försvinner => okontrollerad celldelning.
-HPV E6 degraderar p53 så inget stopp i G1 fas
-HPV E7 inducerar ppRB => transkriptions aktivering
59
Koch's postulates
-Organism must be regularly found in the lesions of the disease
-Organism must be isolated in pure culture
-Inoculation of such pure culture of organsims into a host should initiate the disease
-Organism must be recovered once again from lesions of host
60
Antivirala medel
LM som hämmar virusinfektioner
-Finns mot: herpesvirus, HBV/HCV, HIV, influenza, RSV, coronavirus
61
Problem vid utveckling av antiviraler
-Virus förökar sig intracellulärt & beroende av värdcellens funktioner
-Måste selektivt hämma förökningen av virus utan biverkningar hos värden.
-Icke-odlingsbara
-Kortvariga infektioner
-Brist på snabb diagnostiska tester
-Måste vara extremt potent
-Partiell hämning icke acceptabelt
62
RNA virus mutationsfrekevens
Felbenäget/ error prone RNAP, ingen mekanism för korrigering => mutation på 1-10:e genom
63
DNA virus mutationsfrekvens
De flests DNAP har korrekturläsning => fixa nukleotider => misstag 10^8-10^11 nukleotid
64
Steg i virus livscykel som kan behandlas med antiviraler
-Bindning & inträde
-Avklädnad, frisättning av genomet
-Klyvning av polyprotein
-Replikering av virusgenomet
-HBV & HIV: transkription av virus RNA & DNA
HIV: integrering
-Ihopsättning & mognad
-Frisättning från den infekterade cellen
65
Ibalizumab
Antiviral mot HIV. Binder CD4 => konformationsförändring av gp-120 komplex => förhindrar CCR5 eller CXCR4
66
Fostemsavir
Antiviral mot HIV. Binder gp-120 och förhindrar interaktion med CD4 på cellen.
67
Maraviroc
CCR5 antagonist. Binder till CCR5 och blockerar HIV gp-120 från att binda
68
Enfuviritide
Fusions inhibitor HIV. = Peptid som binder till gp41 och blockar konformationsförändring => ingen fusion
69
Palivizumab
Fusions inhibitor RSV. Ak som binder till RSV höljefusionsprotein och förhindrar membranfusion.
70
Evusheld/Xevudy/Ronapreve
Bindningsinhibitorer SARS-CoV-2. Ak som binder till spike protein och förhindrar bindning på ACE2.
71
Acyclovir
En chain terminator. Nukleosidanalog som är mycket effektiv mot herpes, HSV etc.
-Prodrug krävs för aktivering (endast i infekterade celler)
-Omöjligt att koppla på en ny nukleotid => chain termination
72
Pyrofosfat-analoger, Foscarnet
Inhibitor av virusreplikation
-Binder till DNAP
73
Reverse transcriptase inhibitor
Inhibitor av virusreplikation (HIV & HBV)
-NRTI: fosforyleras och inkorporeras i nukleinsyran => stopp
-NNRTI: inhiberar RT
74
Cap-endonukelas hämmare
Inhibitor av virusreplikation. Influensa.
-Binder till endonukleaset hos RNAP => hämmar replikation
75
Integras inhibitorer
HIV.
76
Proteasinhibitorer
Agerar vid 2 olika ställen:
1 Klyvning av polyprotein: HCV. Proteasinhibitorer blockerar proteaset som annars skulle klyva polyprotein till funktionella proteiner => blockad av infektion tidigt
2 Ihopsättning och mognad: HIV. Effektiv senare i livscykeln. Leder till icke-infektiösa virioner.
77
Neuraminidas inhibitorer
-Influensa A och B virus
-HA bindning till sin receptor sialinsyra (SA)
-NA enzym som klyver bort SA
Inhibering av neuraminidaset => förhindrar frisättning av nya viruspartiklar från den infekterade cellen.
78
HAV
-Picornavirus, ssRNA
-Transmission; Via tarmen. Förorenat vatten, barn upp till förskoleåldern
-Klinik: asymtomatisk, inflammation i levern, gulhet
79
HEV
-Transmission: Via tarmen
-Hepeviridae, ssRNA
80
HBV
-Transmission: Sexuellt, Parenteral transmission
-DNA virus
-Replikation med reverse transcriptase
81
HDV
-Transmission: Via blod.
-RNA virus
-Använder HBsAg från HBV för sin viruspartikel
-HDV infektion fungerar därför bara med någon som redan är infekterad med HBV
82
HCV
-Hölje ssRNA virus
-Transmission: Via blod
83
Influenza di freddo
-Cold weather
-Decrease of absolute humidity with lower temperature
-Low relative humidity and low temperature facilitate influenza transmission
84
Influenza A (HA and NA function)
HA and NA function is the subtypes of Influenza A that differentiate the subtypes and characterise them.
-Influenza A: H1N1, H2N2, H3N2 cause pandemics and epidemics.
85
NP and M proteins
Influenza are typed into A, B, C, D based on their NP and M proteins.
86
Genetic drift (virus)
Epidemic strain.
- New point mutations every year in HA and NA cause of sloppy RNAP.
- Drift away from original NA and HA.
- Ak from previous infections will have some effect.
87
Genetic shift
Pandemic strain.
- Whole RNA segments are shifted
- New virus, with no previous immunity
88
What determines influenza virus tropism?
Cellular tropism and the infection of influenza viruses are primarily determined by the distribution of these two SA receptors in the human respiratory tract:
*alfa2,6 SA receptors in human trachea and alveoli cells
*alfa2,3 SA receptors only in alveoli cells
89
RSV
-Infect infants: 6 weeks - 2 years
- -ssRNA
90
Which are the human coronaviruses?
alfa and beta coronaviruses, 229E, NL63, OC43, and HKU1.
91
RSV pathogenesis
-Infection of ciliated cells in large airways.
-Induces proliferation of goblet cells, via infection of basal cells => high mucus production => recruitment of eosinophils/ neutrophils in the airway ducts.
-Neutrophils release NET in response to RSV infection.
=> bronchial obstruction & collapse of alveoli => acute inflammation.
