Week 2

Question 1

stille mutatie/transitie punt mutatie

Answer 1

verandering van base maar aminozuur blijft hetzelfde
purine –> purine (A/G)
pyrimidine –? pyrimidine (C/T)

Question 2

verschillende puntmutaties

Answer 2

transitie: purine –> purine of pyrimidine –> pyrimidine, aminozuur blijft hetzelfde
transversie: purine –> pyrimidine bvb.
bij missense transversie wordt ander aminozuur ingebouwd
bij nonsense transversie wordt het een stopcodon
deleties/inserties kunnen leiden tot leesraamverschuivingen

Question 3

epigenetische veranderingen

Answer 3

functionele veranderingen van het genoom die niet het gevolg zijn van mutatie
DNA methylering en histonmodificatie

Question 4

chemische instabiliteit als oorzaak van DNA schade

Answer 4

1. spontane hydrolyse: verbinding tussen suiker en base wordt verbroken waardoor er een abasische site ontstaat: gedepurineerde suiker
   effect: tijdens DNA replicatie wordt dit een deletie van 1 bp
2. deaminatie van basen: door verlies van een aminogroep van een base wordt het een andere base
   bvb cytosine –> uracil waardoor uiteindelijk een T wordt ingebouwd tijdens DNA replicatie ipv C
   effect: transities

Question 5

biologische stoffen als oorzaak van DNA schade

Answer 5

1. endogene stoffen zuurstofradicalen ROS
   veranderen guanine in 8-oxoguanine
   8-oxoguanine paart met A ipv C waardoor uiteindleijk G –> T wordt
   transversie van purine naar pyrimidine
2. exogene stoffen benzo[a]pyreen in sigarettenrook wordt BPDE, BPDE bindt aan Guanine zodat G-BPDE ontstaat, dit paart liever met A dan met C waardoor er weer een G –> T transversie ontstaat

Question 6

BER base excisie repair

Answer 6

1. herkenning van foute base door DNA glycosylase
   (OGG1 voor 8-oxoguanine of UNG voor deaminatie van C naar U)
   DNA glycosylase verwijdert dmv base flipping de verkeerde base: zo ontstaat er een abasische plaats
2. herkenning en verwijdering van AP door AP endonuclease wat een knip maakt aan de 5’ kan van de AP: zo ontstaat een enkelzijdige breuk
3. herstel door DNA polymerase en ligase en PARP1

Question 7

global genome NER

Answer 7

1. herkenning van schade door XPC, CETN2 en RAD23B complex
   bij herkenning laat RAD23 los wat een signaal is voor TF2H om te binden
2. openen van omliggende DNA door TF2H (hier zit o.a. helicase in)
3. verwijderen van laesie
   knip gemaakt aan 5’ kant van laesie door XPF
   knip gemaakt aan 3’ kant van de laesie door XPG
4. herstel door DNA polymerase en ligase

Question 8

transciptie gekoppelde NER

Answer 8

1. transcriptiecomplex RNA polymerase wordt geblokkeerd door laesie
   herkenning van laesie door CSB eiwitten, terug duwen van complex door CSA eiwitten
2. dit trekt TF2H aan waardoor het omringende DNA wordt geopend
3. verwijderen van de laesie dmv XPF (maakt knip aan 5’ kant) en XPG (maakt knip aan 3’ kant)
4. herstel door DNA polymerase en ligase

Question 9

herkenning van schade bij globaal genoom NER vs transcriptie gekoppeld NEr

Answer 9

globaal genoom: door RAD23/XPC/CETn2 complex
transcriptie gekoppeld: door CSB en CSA eiwitten

Question 10

welke template mogelijkheden bestaan er

Answer 10

• complementaire streng (als maar een van de strengen is beschadigd)
• zusterchromatide (als beide strengen zijn beschadigd)
• homolog chromosoom (als beide strengen zijn beschadigd)

Question 11

welke templates worden gebruikt bij NHEJ en HR

Answer 11

NHEJ: geen gebruik van template,
HR: zusterchromatide

Question 12

NHEJ

Answer 12

vindt voornamelijk plaats in G1 fase
is de verbinding van DNA stukken na een dubbelstrengsbreuk zonder template
- KU70/80 herkent te breuk en zal binden
- hierdoor bindt een complex met ligase dat de stukken verbindt
eindresultaat is intact DNA met kleine deletie zodat celdeling door kan gaan

Question 13

functie van NHEJ

Answer 13

de genen die coderen voor antilichamen liggen op verschillende stukjes die later in elkaar worden gezet door NHEJ
RAG1/RAG2 zorgen voor breuken in het DNA en NHEJ zet ze weer samen
door onnauwkeurigheid: grote diversiteit in antilichamen

Question 14

voorbeeld van defect in NHEJ

Answer 14

SCID patienten hoge radiosensitiviteit en gaan na straling eigenlijk gelijk dood

Question 15

HR

Answer 15

Homologe recombinatie (vnmlk in S en G2 fase)
- aan beide 5’ kanten van de breuk worden een aantal nucleotiden weggegeten
- hierdoor ontstaan twee enkelstrengse staarten
- deze worden door RAD51 herkent
- RAD51 (oiv BRCA1 en BRCA2) stimuleert de base pairing tussen gebroken en intacte zuster chromatide

Question 16

fouten tijdens dubbelstrengs DNA breuk repair

Answer 16

1. verkeerde moment van HR
   als dit plaats vindt zonder dat er een zusterchromatide aanwezig is wordt de verkeerde template gebruikt: het homologe chromosoom –> dit zorgt voor verlies in heteroxygiteit
2. fouten bij NHEJ
   - als er een breuk is in coderend allel is er een deletie en verlies van heterozygiteit
   - verkeerde stukken DNA kunnen aan elkaar vast worden gemaakt: translocatie

Question 17

3 mechanismen voor DNA replicatie nauwkeurigheid (voor/tijdens/na)

Answer 17

Voor:
1. base selectie: A/T en C/G
2. proof reading dmv DNA polymerase 3’-5’ exonuclease activitiet:
iminotautomeer van C paart graag met A, als deze C wordt ingebouwd en dan terug vervalt naar aminotautomeer (die met G wil paren) is er een mismatch die herkent en weggeknipt wordt door DNA polymerase
3. mismatch reparatie: groep eiwitten (MSH2, MLH1, MSH6, PMS2) herkennen een mismatch en recruteren EXO1 die de foute nucleotiden wegknipt

Question 18

wat gebeurt er b8ijdefect in mismatch repair mechanisme

Answer 18

replication error fenotype RER bvb lynch syndroom

Question 19

Opsoren van defecten in mismatch reparatie systeem

Answer 19

1. specifieke antlichamen voor eiwitten van het mechanisme: MSH2, MLH2, MSH6, PMS2
   hierdoor zien of aanwezig zijn of niet (maar niet of ze defect zijn of niet)
2. microsatteliet sequenties
   dit zijn repeterende sequenties die X aantal keer na elkaar voorkomen
   bij defecte mismatch reparatie zal het aantal repetities niet meer goed in stand worden gehouden en wordt er bij de PCR veel verschillende lengtes gezien ipv 1 vaste lengte

Question 20

syndroom van lynch

Answer 20

mismatch reparatie defect
hoge proliferatieve activitiet met veel DNA-repicatie dus foutenpercentage is hoger en er ontstaan poliepen

Question 21

oorzaken van colorectaal carcinoom

Answer 21

sporadisch > belaste familieanamnese > lynch syndroom > IBD, FAP

Question 22

wanneer onderzoek naar erfelijke belasting bij CRC?

Answer 22

jonge leeftijd, lynch syndroom geassocieerde tumoren in familie, colorectale tumoren in familie

Question 23

runner up voor colorectaal carcinoom binnen het lynch syndroom

Answer 23

endometriumcarcinoom (baarmoedercarcinoom)

Question 24

waar speelt de erfelijke vorm van darmkanker zich af

Answer 24

vaak in proximale colon rechtszijdig
geeft veel later symptomen
bij screening moet het hele darmtraject worden onderzocht

Question 25

surveillance bij gezonde mensen zonder maligniteit met lynch syndroom

Answer 25

- vanaf 25 jaar 1 keer per 2 jaar totale colonoscopie - jaarlijkse transvaginale echoscopie (voor endometriumcarcinoom) geen ovariele surveillance wegens gebrek aan effectivitiet

Question 26

behandeling bij patient boven/onder de 60 jaar met CRC en lynch syndroom

Answer 26

patient < 60 jaar totale colectomie met ileorectale anastomose (hoge kans op metastase) patient > 60 jaar partiele colectomie (vanwege geringe overlevingswinst van totale colectomie)

Question 27

screenen bij personen met familaire belasting voor CRC maar geen mismatch repair defect (geen lynch syndroo)

Answer 27

vanaf 50 jaar 1 x per 5 jaar screenen met colonoscopie

Question 28

bleomycine

Answer 28

anti-kanker therapie zorgt voor dubbelstrengsbreuken dmv zuurstofradicalen

Question 29

etoposide

Answer 29

anti-kanker therapie: remt topoisomerase topoisomerase 2 zorgt voor dubbelstrengsbreuken en herstel voor ontwinding van DNA, etoposide remt topoisomerase op het moment dat de breuk is gemaakt en voorkomt het herstel zo zorgt etoposide voor dubbelstrengs breuken

Question 30

synthetische lethaliteit uitgelegd bij PARP1 remmers

Answer 30

BER werkt als volgt: DNA glycosylase herkent schade en verwijdert dmv base flipping ⇒ abasiche site AP endonuclease knipt bij abasiche plaats ⇒ enkelzijdige breuk herstel van breuk door DNA polymerase, ligase en PARP1 als een PARP1-remmer wordt gegeven kan deze enkelzijdige breuk niet worden hersteld replicatie van DNA met enkelstrengs breuk resulteert in een eenzijdige dubbelstrengsbreuk: replicatie wordt gestopt → NHEJ werkt niet doordat er maar 1 DNA uiteinde is → alleen HR werkt (waarvoor RAD51, BRCA1 en BRCA2 belangrijk zijn) in tumoren met BRCA1/2 mutaties werkt het geven van een PARP1-remmer voor tumordood

Question 31

farmacokinetiek vs farmacodynamiek

Answer 31

farmacodynamiek wat doet het medicijn met het lichaam farmacokinetiek wat doet het lichaam met het medicijn

Question 32

hyperthermie geven samen met PARP-1 remmer

Answer 32

als tumor geen mutatie draagt in BRCA1 of BRCA2 werkt PARP-1 remmers alsnog als de tumor wordt verhit tot 42 graden hierdoor denatureren de BRCA1 en BRCA2 waardoor RAD51 niet meer goed kan ophopen en HR niet goed werkt na het geven van PARP1 remmers ontstaan er dus weer enkelzijdige dubbelstrengse breuken die niet goed kunnen worden hersteld door HR

Question 33

wanneer presenteert kanker zich met symptomen

Answer 33

--> bij massa groter dan 1 gram --> ongeveer op het 3/4 deel van periode tussen ontstaan en overlijden --> gemiddeld genomen na 5 jaar

Question 34

alarmsymptomen voor maligniteiten

Answer 34

- vermoeidheid - gewichtsverlies - koorts - algehe malaise

Question 35

belangrijkste risicofactoren voor maligniteiten

Answer 35

- roken - overgewicht en obseitas - onvoldoende groente en fruit - alcohol - beroepsgerelateerd en straling

Question 36

aantal waterstofbruggen C-G en A-T