week 3 Flashcards
(77 cards)
1
Q
Toegenomen aantal witte bloedcellen kan komen door
A
- Infecties
- Ontstekings processen
- Leukemie
2
Q
Onderzoek bij verdenking leukemie
A
Morfologisch onderzoek
3
Q
In het perifere bloed mag je alleen maar __________________cellen tegenkomen.
A
functionele eind
4
Q
Verder onderzoek om leukemie diagnose te bevestigen
A
- Cytogenetisch onderzoek van beenmergcellen
- Moleculair onderzoek voor BCR-ABL fusiegen
5
Q
Oorzaken mutaties die tot leukemie kunnen leiden
A
- Radioactieve straling
- Mutagene stoffen
- Erfelijke factoren
6
Q
Reactie van cel op DNA-schade
A
- Aanzetten van DNA herstel-mechanismen
- Incorrect DNA schade herstel: cel gaat dood
- Incorrect DNA schade herstel/ cel gaat niet dood: mutaties gevolgd door transformatie
7
Q
DNA-schade die waarneembaar is met microscoop
A
Chromosoom-afwijkingen
8
Q
DNA-schade die niet waarneembaar is met een microscoop
A
- Punt-mutaties
- Micro-deleties
- Micro-inserties
9
Q
Philadelphia chromosoom
A
Omgeruilde chromosoom 22 en 9, afwijking die iedereen met CML heeft
10
Q
Imatinib
A
Blokkeert de functie van het Bcr-Abl eiwit
11
Q
Imatinib resistenties komen door
A
Mutaties in het AbI1 gedeelte van het BCR/ABL fusie-eiwit
12
Q
Volgorde (eerste-laatste) CML behandelingen
A
- Imatinib (Gleevec)
- Dasatinib, Nilotinib
- Stamceltransplantatie
13
Q
Bij patienten met CML die van chronisch naar acuut gaan worden vaak ___________________________ gevonden
A
cytogenetische afwijkingen
14
Q
G1-fase
A
Celgroei
15
Q
S-fase
A
Verdubbeling van het DNA
16
Q
G2-fase
A
Klaarmaken voor mitose
17
Q
M-fase
A
Uitverdeling van de chromosomen over de dochtercellen
18
Q
Technieken om chromosomen te kunnen zien
A
- Aankleuren
- In situ hybridisatie (FISH)
- Chromosoom specifieke probes
- Spectrale karyotypering
19
Q
Dicentrische chromosomen
A
Chromosomen die vaak optreden nadat er breuken zijn opgetreden die verkeerd gerepareerd zijn, meestal na een paar keer celdeling verdwijnen ze.
20
Q
Ontstaan numerieke afwijkingen
A
In de metafase worden alle chromosomen vastgemaakt. Als een chromosoom niet vastzit voordat de uitverdeling begint, dan kan er een chromosoom te veel of te weinig in de dochtercel komen.
21
Q
Ontstaansproces deletie
A
- Dubbelstrengs breuk in DNA
- Mitose
- Stukje acentrisch chromosoom wordt niet goed uitverdeeld
- Er ontstaat een cel die een (stuk) chromosoomarm mist
22
Q
Chromothripsis
A
Chromosomen breken in kleine stukjes en worden weer aan elkaar gezet (kan gebeuren met één chromosoom of met meerdere)
23
Q
Chromothripsis
A
Chromosomen breken in kleine stukjes en worden weer aan elkaar gezet (kan gebeuren met één chromosoom of met meerdere)
24
Q
Activering van oncogenen kan komen door
A
- Translocatie
- Verdubbeling van chromosoom
- Genamplificatie
25
Inactivering van tumor suppressor genen door
- Deletie
- Verlies van chromosoom
26
FISH
Fluorescente in situ hybridisatie
27
Banderingstechnieken (vb.)
- G-bandering
- R-bandering (fluorescerend, complementair aan Q)
- Q-bandering (fluorescerend, complementair aan R)
28
Soorten numerieke afwijkingen
- Winst (compleet chromosoom)
- Verlies (compleet chromosoom)
29
Soorten structurele gebalanceerde afwijkingen
- Translocatie (uitwisseling van terminaal chromosomaal segment)
- Inversie (binnen een chromosoom)
- Insertie
30
Soorten structurele niet-gebalanceerde afwijkingen
- Deletie
- Amplificatie
- Gen mutatie
31
Paracentrische inversie
Inversie binnen chromosoomarm
32
Pericentrische inversie
Inversie rond centromeer
33
Complex karyotype (AML)
Meer dan drie verschillende chromosoomafwijkingen bij de patient in de tumorcellen gevonden
34
FISH kan toegepast worden op (2)
- Interfase
- Metafase
35
Voordelen FISH (noem min. 3)
- Opsporing microdeleties
- Opsporing cryptische translocaties en complexe genoom alteraties
- Snelle diagnostische opsporing op interfase nuclei
- Demonstratie van kleine hoeveelheden van aberrante cellen
36
Nadelen FISH (3)
- Beperkte sensititviteit
- Beantwoord alleen gevraagde vragen
- Kan niet te veel targets tegelijkertijd aan
37
Wat is het probleem bij MM?
- Moeizaam chromosoom onderzoek verrichten
- Laag percentage afwijkende cellen in beenmergaspiraat
- Afwijkende cellen delen niet of nauwelijks onder lab condities
- Resultaat: vaak een normaal karyotype, met afwijkende FISH op interfase kernen
- Aantal afwijkingen zijn chromosomaal niet zichtbaar
38
Wat is een oplossing voor het probleem bij FISH?
Hoog percentage plasmacellen nodig, zorgt voor zuivering van de plasmacellen
39
Proces zuivering plasmacellen
- Rode bloedcellen verwijderen met rode bloedcel lysis
- Zuivering met anti-CD138 kit (Stem Cell Technologies)
40
Fasen celcyclus
- G1: Groei, restrictiepunt
- S: Duplicatie van de chromosomen
- G2: Voorbereiding op celdeling
- M: Celdeling
41
Genen van de celcyclus regulatie
- Cyclines
- Cycline afhankelijke kinases
- Cycline afhankelijke kinase remmers
42
Overgang naar M-fase cycline
Cycline B
43
Activatie van celcyclus in G1 cycline
Cycline D
44
Overgang naar, en voortgang van S-fase cycline
Cycline E
45
Progressie door S-fase cycline
Cycline A
46
Functie cyclines
Controleren de voortgang van de celcyclus door activering van cycline-afhankelijke kinase enzymen
47
Kenmerken CDK's
- Binden aan cycline/ CDK complexen
- Remmen kinase activiteit
- Vnl in G1-fase of na signalen van buitencel of DNA schade
48
Checkpoint anafase doel + eiwit
Zijn chromosomen goed geranschikt?
BUB1
49
Checkpoint restrictie punt doel + eiwit
Wel/niet delen? Specialiseren?
RB
50
Checkpoint G1/S fase doel + eiwit
DNA schade?
p53
51
Checkpoint G2/M fase doel
DNA schade? Replicatie volledig?
52
Proces voor G1/S arrest
normale cel --> p53 eiwit niveau omhoog --> p21 gen (CKI) wordt afgeschreven --> Cycline E / CDK2 wordt geremd --> G1/S arrest
53
Kenmerken ATM
- Overgevoelig voor rontgenstraling
- Kankerpredispositie
- Progressieve ataxia
- Autosomaal recessieve overerving
54
Proces remming DNA synthese
normale cel --> ATM kinase --> CHK2 activatie --> Cycline A/ CDK2 wordt geinactiveerd --> Remming van DNA synthese
55
Defecte genen NBS (Nijmegen breuk syndroom)
Nbs1 / Rad50
56
Kenmerken NBS
- Microcefalie
- Groeivertraging
- Gonadale dysgenesie
- Immuun deficientie
- Stralingsgevoeligheid
- Kankerpredispositie
- Autosomaal recessieve overerving
57
Functie RAD50
Vormt brug tussen gebroken DNA moleculen
58
Beschadiging van de ______ veroorzaakt aritmisch gedrag.
SCN
59
Negatieve loop moleculaire klok
(core loop)
Cyclische remming CLOCK/ BMAL1 door CRY/PER
60
Positieve loop moleculaire klok
(stabiliserende loop)
Cyclische activatie Bmal1
Door REV-ERVBalfa
61
Klokgestuurde genen zorgen voor
Gedrag, fysiologie en metabolisme van de klok
62
Locatie perifere klokken
Overige (zenuw)weefsels en cellen
63
Perifere klokken in weefsels zijn ongevoelig/gevoelig voor lichtprikkels
ongevoelig
64
Circadiane desynchronie
Verschil tussen lichaamstijd en geografische tijd
65
Circadiane verstoring is een ______________ risicofactor
borstkanker
66
Algemene kenmerken van het humane genoom
- 20.000 eiwit-coderende genen voor het humane genoom
- Erc complex proteoom
- Slechts 1,5% van humane genoom bestaat uit coderende sequenties (exoom), meeste sequenties bevatten vaak grote intronen
- Ongeveer helft bestaat uit hoog repetitief DNA
67
Toepassing van de humane genoomsequentie
- Identificeren en kloneren van ziektegenen, inclusief genen die betrokken zijn bij het ontstaan van kanker
- Identificeren van nieuwe genen, met farmacologische einddoel
68
Voordelen NGS
- Enorm dynamisch bereik
- Gebruik van alternatieve promotoren
- Alternatieve splicing
- Allel-specifieke gene xpressie
- Mutatie detectie
- Ontdekking van nieuwe exons, niet-coderende RNAs, micro-RNAs
69
Wat is een betere maat voor genexpressie dan mRNA?
De hoeveelheid eiwit
70
Proces eiwit identificatie met massa spectometrie
1. Eiwit/ eiwitmengsel
2. Trypsine digestie
3. Analyse met massa spectrometrie
4. Data vergelijking
5. Identificatie van het eiwit
71
Massa spectrometrie kan
- Eiwit identificeren
- Eiwit kwantificeren
- Bindende eiwitten identificeren
- Eiwitmodificaties identificeren
72
Wat doen metabolomics?
Analyseert welke metabolieten voorkomen, bijvoorbeeld in het bloed
73
Stappen herkenningsproces metabolomics
1. Sample preparation: eventueel zuiveringsstap
2. Massa spectrometrie
3. Identificatie m.b.v. computer
4. Herkennen van patroon
5. Wat is de biomarker?
74
Regulatie van translatie
- Regulatie van miRNA transcriptie
- Drosha knipt het tot pre-miRNA
- Transport naar cytoplasma
- Dicer knipt het tot miRNA
- 1 streng wordt ingebouwd in RISC complex
- miRNA zorgt voor specificiteit, eiwitcomponenten zorgen voor repressie van translatie of mRNA afbraak
75
Belang microRNA voor kanker
- Verlaagd: Bcl2 verhoogd, remt apoptose
- Verlaagd: Cdc25A verhoogd, celcyclus progressie
76
Voordelen van RNAi
- Heel eenvoudig toe te passen op elk willekeurig gen waar je de sequentie van weet
- Zeer specifiek
- Door het mRNA op verschillende plekken met siRNAs aan te pakken, zal resistentie niet gemakkelijk ontstaan
- Zeer geschikt voor hoge doorvoer analyses (RNAi libraries)
77
Nadelen van RNAi
- Kan in principe alleen gebruikt worden om expressie te remmen
- We weten nog niet hoe we het siRNA in de gewenste cellen moeten inbrengen
