wykład 4 Flashcards
(31 cards)
HOMOLOGIA
binarna, przechodna własność, opisująca relację między dwiema sekwencjami wskazującą na wspólne pochodzenie ewolucyjne. Zapisywana w skrócie H(A, B) – A homologiczne do B.
Własność binarna
czyli 2 możliwości: albo istnieje między danymi sekwencjami albo jej nie ma
Konwergencja
podobieństwo funkcji
LCR
LOW COMPLEXITY REGIONS, region o niskiej złożoności. Jest tu zubożały skład aa. Niska różnorodność aa.
Względna entropia H
jej sens biologiczny: średnia ilość informacji zawarta w pojedynczej pozycji dopasowania. używana w teorii informacji, wyrażona w bitach
ortologia
odtanie wspołne wydarzbnei to specjecja czyli powstanie nowego gatunku
paralogia
ostatnie współne wydarznie to duplikacja
co składa się na zasobność
- jak dużo czsu potrzba do obliczeń
- jak dużo pamięci operacyjnej procesora
okno w dopasowaniach
długośc analizowanej sekwecnji
PAM
dobra do blisko spokrewnionych
do porównywania sekwencji, do przeszukiwania baz danych, uproszczone założenia
Też jednostka czasu ewolucji (10 milionów lat) i nazwa jakichś białek
w czym ocena dopasowania
w bitach najlepiej 40
czym jest S w dopasowaniach i jaka wartość co oznacza
s - częstość podstawień sekw. holologicznej w porówaniu z sekwencjami niespokrewnionymi
-7 - występuje rzadko
+3 często
0 tak samo często
jak wybór macierzy (pam o różnych numerach) wpływa na ocenę dopasowania?
ocena w bitach będzie większa dla macierzy o większym numerze
co oznacza że największe dopasowanie jest dla macierzy pam180
że między porównywanymi sekwencjami jest 180 pamów, czyli 1800 milionów lat ewolucji
BLOSUM - na jakiej podsatwie
na podstawie dopasowań lokalnych
na podstawie podstawień w konserwatywnych miejscach sekwencji
nie ma ekstapolacji w odległościach ewolucyjnych
BLOSUM do czego
do przeszukiwania baz danych sekwencji i poszukiwania odległych ewolucyjnie sekwecji
względna entropia MPA
do oznaczenia równocenności PAM i BLOSUM
średnia ilość informajci zawarta w pojedymczej pozycji dopasowania
macierz
rekonstrukcja dopasowania globalnego
punktacja otwarcia i wydłużenia przerwy
otwarcie - zwykle duża, zawiera 1 punkt przerwy
wydłużenie przerwy - mniej punktów niż otwarcie
dopasowanie globalne
całych sekwencji
dopasowanie lokalne
najbardziej podobnych fragmentów
algorytm heurystyczny
nie arytmetyczny, tylko z regułami
porównywanie odległych ewolucyjnie
PAM o wysokich numerach
BLOSUM o niskich
programowanie dynamiczne
stosowane jest do problemów, w których rozwiązanie
składa się z podproblemów zależnych, nie piszemy programu
