אנליזה של דנ"א (שיטות ב)

Question 1

מה יהיה בד”כ סוג הרצף בו יחתכו אנזימי רסטריקציה?

Answer 1

רצף פולינדרומי בן 4-8 בסיסים

Question 2

באיזה אופן אנזימי רסטריקציה חותכים את הרצף המזוהה על ידם?

2

Answer 2

1. blunt

2. sticky ends

Question 3

מהו ולמה משמש החומר
etidium bromid
באלקטרופורזה של חומצות גרעין?

Answer 3

חומר פלורוסנטי העובר אקסיטציה בתחום ה

UV, ומשמש לראות את הבנדים שנוצרו בהרצה

Question 4

עבור איזה גודל מולקולות נעשה שימוש בג’ל אגרוז באלקטרופורזה?

Answer 4

גדולות מ

500bp

Question 5

עבור איזה גודל מולקולות נעשה שימוש בג’ל פוליאקרילאמיד באלקטרופורזה?

Answer 5

קטנות מ
500bp
(ג’ל צפוף)

Question 6

מה משפיע על מרחק הנדידה של חומצות גרעין באלקטרופורזה?

2

Answer 6

• גודל

- טופולוגיה

Question 7

מהי השיטה

pulse field electrophoresis?

Answer 7

אלקטרופורזה של מולקולות דנ”א ארוכות מאוד בה מפעילים שדות חשמליים בכיוונים משתנים וכך מושכים אותה כלפי מטה

Question 8

למה משמש

digoxygenin?

Answer 8

סימון מולקולת דנ”א מאחר והוא מזוהה על ידי נוגדן, לו ניתן לצמד מולקולה פלורוסנטית

Question 9

מהו

clone?

Answer 9

מושבה של אורגניזמים שהם כולם צאצאי אב משותף

Question 10

מהו וקטור?

Answer 10

אמצעי להעברת מידע גנטי חיצוני אל אורגניזם בהעברה ורטיקלית

Question 11

מה וקטור חייב להכיל?

3

Answer 11

1. מוצא שכפול המזוהה ע”י המארח
2. מרקר סלקציה
3. אתרי רסטריקציה ידועים
   (mcs/poly-linker)

Question 12

באיזה סוג של פלסמידים יש לעשות שימוש כאשר ה
insert
שלנו מאוד גדול?

Answer 12

BAC

עד כמליון בסיסים

Question 13

מהו תהליך הטרנזפורמציה?

Answer 13

תהליך בו חיידקים מכניסים אליהם מקטעי דנ”א מהסביבה

Question 14

כיצד מייצרים וקטור רקומביננטי?

Answer 14

חותכים את המחדר ואת הפלסמיד באנזימי רסטריקציה זהים ומדגירים אותם ביחד עם ליגאז ו
ATP

Question 15

מה הסיכוי של מחדר להיכנז לפלסמיד?

Answer 15

כ-1 למליון

Question 16

כיצד ניתן לייצר חיידקים קומפטטנטים לשם תהליך הטרנספורמציה?

2

Answer 16

1. אלקטרופורציה (שדה חשמלי)
2. heat shock
   וריכוז מלח גבוה

Question 17

מהי ספריה גנומית?

Answer 17

אוסף של עשרות אלפי מושבות שונות של חיידקים, כאשר כך מושבה מכילה חתיכה מגנום של אורגניזם

Question 18

כיצד מייצרים ספריה גנומית?

4

Answer 18

1. חיתוך הגנום הרצוי
2. החדרת כל חתיכה כ
   insert
   לוקטור אחר (בד”כ
   BAC)
3. טראנספורמציה
4. גידול המושבות

Question 19

מהי ספריית

cDNA?

Answer 19

ספריה המכילה את מקטעי הדנ”א המקודדים לחלבון בתא ספציפי של אורגניזם מסוים

Question 20

כיצד מכינים ספריית
cDNA?
(5)

Answer 20

1. הפקת מרנ”א מתא נתון
2. רברס טרנסקריפציה
3. יצירת וקטורים רקומביננטים
4. טראנספורמציה
5. גידול מושבות

Question 21

כיצד מתבצע תהליך הרברס טרנסקריפיציה כחלק מהכנת ספריית ה
cDNA?
(4)

Answer 21

- לאחר מיצוי המרנ"א מוסיפים פריימר פולי
T
- פעילות
RNA dependent DNA pol.
- RNaseH
מפרק לסירוגין את הרנ"א של ההיבריד שנוצר
- פעילות
RNA dependent DNA pol.
להשלמת דו-גדיל של דנ"א

Question 22

מדוע לא ניתן להכין ספריית
cDNA
לפרוקריוטים?

Answer 22

מאחר והמרנ”א שלהם אינו מכיל זנב פולי

A

Question 23

מהי שיטת

FISH?

Answer 23

זיהוי רצפי דנ”א בתוך רקמה תוך שימוש בפרובים פלורוסנטים

Question 24

מהם שלושת שלבי שיטת ה

PCR?

Answer 24

1. דה-נטורציה ב90 מעלות
2. annealing-
   איחוי פריימרים בטמפ’ נמוכה יותר מתאימה
3. אלונגציה ב72 מעלות

Question 25

כיצד מחושבת טמפרטורת ה annealing עבור שיטת ה PCR?

Answer 25

לפי אורך הפריימר ואחוז GC/AT | הקיימים בו

Question 26

מה הטמפרטורה האידיאלית בו עובד | Taq polymerase?

Answer 26

72 | מעלות

Question 27

מדוע עושים שימוש ב taq polymerase ב PCR?

Answer 27

מכיוון שהוא שורד בטמפרטורה הגבוהה של שלב הדה-נטורציה

Question 28

מה צריך להכניס למבחנת ה PCR? (5)

Answer 28

- תבנית - פריימרים - dNTPs - taq polymerase - בופר +יוני מגנזיום

Question 29

מתי לראשונה מתקבל תוצר בגודל הרצוי?

Answer 29

בסוף המחזור השלישי

Question 30

מהו רצף | STR?

Answer 30

short tandem repeats. | רצף חוזרני שכמות החזרות שבו מאוד וריאבילי בין פרטים שונים

Question 31

כיצד משמשים ב PCR לשם זיהוי פלילים?

Answer 31

מגבירים מספר רצפי STR שונים מהראיה הפורנזית ומהחשודים ובודקים התאמה

Question 32

כיצד מבצעים את שיטת סנגר?

Answer 32

- ארבע מבחנות עם נוקלאוטידים רגילים וסוג אחד של ddNTPs בריכוז נמוך - לאחר מכן, מריצים בג'ל

Question 33

איזה גדיל מרוצף בשיטת סנגר?

Answer 33

הגדיל המשלים

Question 34

מהי שיטת | automated dideoxy sequencing?

Answer 34

שיטה משוכללת של סנגר בה כל ddNTP מסומן בצבע פלורוסנטי שונה (מבחנה אחת ומחשב שקורא)

Question 35

למה משמשת שיטת ה | shotgun sequencing?

Answer 35

ריצוף גנומים קטנים

Question 36

כיצד מבוצע ריצוף | shotgun?

Answer 36

חותכים את הגנום של אורגניזם בדרכים שונות מספר פעמים, מגבירים ומרצפים. לאחר מכן מחשב מבצע allignment לפי אזורי חפיפה שהתקבלו בחיתוכים השונים.

Question 37

כיצד עושים שימוש בשיטת shotgun sequencing לשם ריצוף גנומים גדולים?

Answer 37

``` שוברים את הגנום הגדול ומכניסים ל BACs רבים. לאח"מ עושים shotgun עבור כל BAC בנפרד ומחברים ```

Question 38

מה מיוחד ב ddNTPs של שיטת אילומינה?

Answer 38

- כל אחד מסומן בפלורופור שונה הנקשר אליו באופן הפיך - ישנה מולקולה החוסמת את 3'OH באופן הפיך

Question 39

מהם שלבי שיטת אילומינה? | 5

Answer 39

- PCR להגברת מקטעים המקובעים למצע קשיח - התארכות של הגדיל המשלים בנוקלאוטיד אחד הקשור לפלורופור ולמולקולה חוסמת - צילום - שטיפה הגורמת להסרת הפלורופור והמולקולה החוסמת - וחוזר חלילה

Question 40

על מה מבוססת שיטת | ion torrent?

Answer 40

על השינוי ב pH שנוצר כתוצאה מכניסת נוקלאוטיד לרצף המסונתז

Question 41

כיצד מבוצעת ion torrent? (4)

Answer 41

- אמפליפיקציה של מקטע יחיד על כל ביד (המון בידים) - כל ביד מוכנס לבארית משלו - שטיפה בכל אחד מהנוקלאוטידים ומדידת ה pH - רישום הנוקלאוטיד עבורו התרחש שינוי וחוזר חלילה

Question 42

מה יכילו expression vectors בנוסף למה שכל וקטור צריך? (2)

Answer 42

- פרומוטור חזר בסמוך למחדר המרנ"א שיוכנס - בד"כ, tag שישמש לבידוד החלבון בסוף התהליך