אנליזה של תפקוד וביטוי גנים (שיטות ב)

Question 1

ככל שגנים רחוקים יותר אחד מהשני כך הסבירות שתתקיים ביניהם רקומבינציה _________.י

Answer 1

עולה

Question 2

מהן יחידות סנטימורגן?

Answer 2

אחוז הרקומבינציה שהתרחשה בין שני גנים מסומן ביחידות של סנטימורגן

Question 3

מה הסנטימורגן הגבוה ביותר ששני גנים יכולים לקבל?

Answer 3

50%

Question 4

איזה סוגי מוטציות קיימות?

4

Answer 4

1. מוטציה נקודתית
2. אינברסיה
3. מחיקה/הוספה
4. טראנסלוקציה

Question 5

מהי טראנסלוקציה רציפרוקלית?

Answer 5

טראנסלוקציה בין שני כרומוזומים כאשר כל אחד מהם איבד וקיבל חתיכה .

Question 6

מה ההגדרה של מוטציה לטאלית?

Answer 6

מוטציה הגורמת למות עובר של אורגניזם בשלבי התפתחות מוקדמים.

Question 7

מהי מוטציה מסוג

conditional?

Answer 7

הפנוטיפ המוטנטי מתקבל רק תחת תנאים מסוימים

Question 8

מהי מוטציית

LOF?

Answer 8

אבדן חלקי/מלא של פעילות האלל

Question 9

מהי מוטציית

null?

Answer 9

סוג של
LOF
המשאירה את האלל כלל ללא פעילות

Question 10

מהי מוטציית

GOF?

Answer 10

מוטציה הנותנת פעילות יתר לגן או מקנה לו פעילות חדשה

Question 11

מהי מוטציית

dominant negetive?

Answer 11

מוטציה דומיננטית הגורמת למופע של
LOF
בעוד ישנו אלל אחד תקין.
(התוצר של האלל הפגוע מפריע לפעילות האלל התקין)

Question 12

מהי

supressor mutation?

Answer 12

מוטציה המדכאת את הפנוטיפ המוטנטי שנגרם עקב מוטציה אחרת, כך שהפנוטיפ הכללי תקין

Question 13

מה מאפשרת שיטת

complamentation test?

Answer 13

מאפשרת לבחון האם פנוטיפ זהה בין שני פריטים נובע מפגיעה (רצסיבית) באותו גן או בגנים שונים

Question 14

כיצד מבוצעת שיטת ה

complementation test?

Answer 14

מכליאים שני פריטים עם פנוטיפ זהה שנגרם ממוטציה הומוזיגיטית כלשהי ובודקים את הפנוטיפ של הצאצא. אם תקין, מדובר בשני גנים והפוך.

Question 15

מה מאפשרת אנליזת אפיסטאזיס?

Answer 15

מאפשרת לקבוע את סדר הפעילות של גנים במערכת ביולוגית

Question 16

כיצד מבצעים אנליזת אפיסטאזיס?

Answer 16

מייצרים צאצא עם פגיעה בשני הגנים עליהם רוצים לבצע את האנליזה ובוחנים את הפנוטיפ המתקבל בהשוואה לפנוטיפים של כל אחת מהמוטציות לבד. מי שהפנוטיפ של המוטנט הכפול זהה לו, קודם בפעילותו לגן השני.

Question 17

מתי נקבל

synthetic lethality?

Answer 17

כאשר הפנוטיפ המתקבל ממוטציה כפולה הוא חמור יותר מהפנוטיפ המתקבל מהמוטציה הבודדת ומוביל למוות.
(בד”כ כשכל אחת מהמוטציות פוגעת במסלול תאי שונה)

Question 18

מהו

SNP?

Answer 18

פולימרפיזם באוכלוסיה המתבטא בשינוי בנוקלאוטיד בודד, שבד”כ מצוי מחוץ לגנים עצמם.

Question 19

מהם

haplotypes blocks?

Answer 19

קומבינציות של פולימורפיזם המורשות כיחידה אחת לצאצאים

Question 20

למה משמשים מחקרי ה

GWAS?

Answer 20

מציאת אסוציאציה בין וריאנטים גנוטיפים שונים לבין פנוטיפים מורכבים (תכונות, מחלות..)

Question 21

מהי

reverse genetics?

Answer 21

מחקר גנטי מודרני העושה מניפולציה על גן וע”י חקירת הפנוטיפ לומד על תפקודו

Question 22

מהם שלבי תהליך הייצור של עכברים טראנסגנים?

Answer 22

1. עורכים תאי גזע בגן הרצוי
2. מחדירים לבלסטוציסט באזור שיניב תאי מין
3. נוצרים עכברים כימרים
4. הכלאות בין העכברים הכימרים ליצירת עכברים הומוזיגוטים לעריכה

Question 23

אילו מרכיבים משתתפים במערכת ה
CRISPER?
(3)

Answer 23

1. cas9
2. gRNA
3. רצף
   PAM
   באתר המטרה עליו רוצים לבצע מיניפולציות ע”י המערכת

Question 24

מה עושה חלבון

cas9?

Answer 24

מייצר שבר דו גדילי באתר המטרה

Question 25

כיצד ניתן להשתיק/להפעיל גן בעזרת מערכת | CRISPER?

Answer 25

משתמשים ב cas9 חסר פעילות חיתוך ומאחים אליו אתר אקטיבציה/רפרסיה שישפיע על גן המטרה אליו הוא מכוון

Question 26

מהי ספריית מוטנטים?

Answer 26

ספריה המכילה בכל מושבה גן פגום אחר עם ברקוד לגן הפגום

Question 27

מה עושה מולקולת RNAi המכוונת נגד גן ספציפי?

Answer 27

משתיקה אותו

Question 28

מה היתרון בשימוש ב c.elegans עם מולקולת RNAi?

Answer 28

``` אופן החדרתה היא קלה ביותר מכיוון שהתולעים ניזונות מחיידקי E.coli להם ניתן להחדיר RNAi בקלות יחסית ```

Question 29

מהן החסרונות בשימוש ב RNAi כשיטה? (2)

Answer 29

``` 1. לא כל הגנים ניתנים להשתקה בעזרת RNAi 2. שימוש ב RNAi עלולה להיות לא ספציפית מספיק בשל הדמיון הרב הקיים בין גנים מאותה משפחה ```

Question 30

מה מאפשר השימוש בגן מדווח? | 2

Answer 30

1. גילוי מיקום התבטאות הגן | 2. השפעת תנאי הסביבה על רמת ביטוי הגן ומיקומו

Question 31

מה מאפשרת השיטה | in situ hibridization?

Answer 31

גילוי מיקום מולקולת רנ"א או דנ"א בתא ללא צורך בהנדסה גנטית

Question 32

למה משמשת שיטת RT-PCR? (reverse transcription PCR)

Answer 32

מאפשרת לזהות את עצמת רמת הביטוי של מולקולות רנ"א שונות באופן מדויק וספציפי, גם אם רמתן נמוכה מאוד.

Question 33

כיצד מבוצעת שיטת RT-PCR? (reverse transcripyion PCR) (6)

Answer 33

1. בידוד מולקול רנ"א מרקמה 2. DNase ע"מ לוודא שאין מולקולות דנ"א 3. הכנסת מרכיבים נצרכים לראקציית RT, לראקציית ה PCR ומולקולה פלורוסנטית המזהה דו-גדיל דנ"א 4. ראקציית RT 5. ראקציית PCR 6. מדידת כמות המחזורים עד להגעה לרמת פלורוסנציה שנקבעה מראש

Question 34

``` בשיטת reverse transcription PCR מודדים מספר מחזורי PCR עד להגעה לרמת פלורוסנציה שנקבעה מראש. על מה מדידה זו מעידה? ```

Answer 34

מספר מחזורי ה PCR מעידים על כמות מולקולות הרנ"א ההתחלתית שבודדה מהתא/מהרקמה

Question 35

אלו מרכיבים יש להכניס למבחנה ע"מ לערוך את שיטת ה reverse transcription PCR? (3)

Answer 35

1. RT 2. מרכיבי PCR: - דנ"א פולימראז - דיאוקסיריבונוקלאוטידים - מגנזיום - בופר מתאים 3. מולקולה פלורוסנטית הנקשרת לדו-גדיל של דנ"א (יש שימוש גם ב DNAse בשלב של טיהור הרנ"א)

Question 36

למה משמשת שיטת המיקרואריי?

Answer 36

קביעת דגם הביטוי של תא מסוים תחת תנאים ספציפיים | בד"כ משווים בין שני תאים

Question 37

כיצד מבוצעת שיטת המיקרואריי? | 4

Answer 37

1. הפקת מרנ"א מתא תחת תנאים ספציפיים 2.שימוש באנזים RT ליצירת cDNA וסימונו באופן פלורוסנטי 3. היברידיזציה על צ'יפ בעל רצפים הספציפיים לגנים אותם רוצים לבדוק 4. השוואה בין הפלורוסנציה המתקבלת מתא אחד לזו של תא שני

Question 38

מה החיסרון בשיטת מיקרואריי?

Answer 38

יש צורך לדעת את רצף המרנ"א אותו אנו מחפשים | בשביל ההיברידיזציה

Question 39

למה משמשת השיטה | RNA-seq?

Answer 39

שיטה ישירה למציאת דגם ביטוי המרנ"א בתא מסוים תחת תנאים ספציפיים

Question 40

מה היתרון בשיטת RNA-seq לעומת שיטת מיקרואריי? (3)

Answer 40

- אין צורך בידיעת מרנ"א המטרה - מאפשר הבחנה בין דפוסי שחבור חליפי שונים, RNA editting שונים - מאפשר הבחנה וכימות גם של non-coding RNAs

Question 41

למה משמשת שיטת | cluster analysis?

Answer 41

הבנת תפקידו של גן מסוים לפי השוואת דגם הביטוי שלו לדגמי ביטוי של גנים נוספים (מבוסס על מיקרואריי או על RNA seq)

Question 42

מה מאפשרת שיטת | ChIP?

Answer 42

גילוי אינטראקציות חלבון-דנ"א | למשל, פקטורי שעתוק עם אזורי בקרה

Question 43

כיצד מבוצעת שיטת ChIP? (6)

Answer 43

1. הדגרת התא עם פורמלדהיד (קרוס-לינק) 2. ליזיס לתאים 3. פירוק הדנ"א לשברים קטנים (דנ"אזות/סוניקציה) 4. אימונופרסיפיטציה עם נוגדן כנגד חלבון המטרה 5. הפרד קשרי הצילוב 6. ריצוף והשוואה לרצפים הקיימים במאגר

Question 44

מה מאפשרת שיטת | ribosome profiling?

Answer 44

קביעת רמת התרגום של מרנ"א מסוים

Question 45

כיצד מבוצעת שיטת ה ribosome profiling? (4)

Answer 45

1. קרוס לינק בין הריבוזומים למרנ"א 2. שימוש ברנ"אזות והשקעה 3. הסרת הריבוזומים 4. reverse transcription וריצוף

Question 46

מהו callus של צמח?

Answer 46

צבר לא מאורגן של תאים טוטי-פוטנטיים

Question 47

כיצד מייצרים צמח טראנסגני? | 5

Answer 47

1. הוצאת דיסקים של הצמח והדגרתם עם אגרובקטריום שעבר עריכה כלשהי 2. סלקציה לתאי צמח שקיבלו את הדנ"א הרקומביננטי מהאגרובקטריום 3. מניפולציות סביבתיות על הקאלוס ליצירת shoots 4. העברת השוט למדיום המעודד יצירת שורשים 5. גידול הצמח הטראנסגני מהשוט

Question 48

למה משמש חיידק האגרובטריום?

Answer 48

העברת דנ"א רקומביננטי מהפלסמיד שלו לתאי צמח