Partie D

Question 1

quest ce que fais la pol 1 chez les eucaryotes

Answer 1

synthese des arn ribosomique
Se fait dans le nucléole

Question 2

quest ce que fais la pol2 chez les eucaryotes

Answer 2

Pol 2: synthese des arn m qui sont changés par le spliceosome

Ajout de la coiffe (5’) et de la queue poly a (3’) se fait dans le noyau tout comme l’épissage des introns

Question 3

structure de la coiffe a l’extrémité des ARNm

Answer 3

ajouté à l’extrémité 5’ avant que l’ARNm n’Atteigne 30 nt de longueur

7-méthyl guanosine ajoutée via pont 5’-5’ triphosphate

Question 4

quelles enzymes sont responsable de l’ajout de la coiffe

Answer 4

guanylyl tranferase: transfert un guanosine mono phosphate

methyltransferase: transfert méthyl en 7’ via coenzyme Ado meth
(S-adenosylmethionine donneur de CH3)

Question 5

Fonctions coiffe

Answer 5

1. protège ARNm de la dégradation par l’exonucléase 5’->3’

2.aide exportation de l’ARNm du noyau

3.augmente efficacité de TRANDUCTION de l’arnm

4. contribue à l’epissage approprié de l’ARNm

Question 6

2 rx qui permettent l’ajout de la queue poly A

Answer 6

Ajouté via 2 rx:
1.clivage de 10-35 nt après AAUAAA ou <50 nt avant le site G/U riche
2.synth;se de chaine poly-A par la poly-A polymérase PAP (environ 250 nt)

Question 7

à quoi sert la queue poly A

Answer 7

Pré arnm eucaryote ont région 3’ variable (terminaison de transcription imprécise)

L’ajout d’une queue poly A (250 nt) permet de corriger ces différences dans l’ARNm mature

-Protege Arnm de la degradation par exonuclease 3’->5’

-Peut stimuler la traduction dans certains systèmes (repère pour la liaison de prot)

-Aide dans l’exportation des ARMm du noyau

-Sur d’autres types d’ARN (ex: ARNt, ARNsn,ARNr, ARNsno, ArN bact ) l’ajout de poly A peut cibler la dégradation via l’exosome/dégradosome

Question 8

quelles sont les séquences controlant l’épissage

Answer 8

entre deux exons on retrouve un intron

dans le côté 5’ de cet intron on retrouve GU

dans le côté 3’ de cet intron on retrouve AG

ce sont les signaux pour dire qu’il faut cliver ces endroits

Question 9

lors de l’épissage de l’ARNm 2 liaisons sont rompues pour former 2 nouvelles liaisons, explique

Answer 9

1) 2’-OH d’un adénine de l’intron va venir attaquer le groupement phosphoryle du G en 5’ de l’intron et former une liaison (lasso), ce qui libère l’extrémité 3’OH de l’exon 1

2)groupe 3’-OH de l’exon 1 forme une liaison avec l’exon 2 (à son extrémité 5’) ce qui libère l’intron en lasso et colle les 2 exons ensemble

Question 10

l’épissage requiert qui

Answer 10

le spliceosome

Question 11

dequoi est fait le spliceosome

Answer 11

5 snARN et plus de 100 protéines

Les 5 snARN forment des complexes avec les prot qui seront recrutées de manière dynamique pendant l’épissage

dans le site actif du spliceosome, on retrouve aussi deux ions Mg2+ donc le spliceosome est considéré comme une métalloenzyme

Question 12

quels sont les premiers complexes snARN/prot recrutés lors de l’épissage par le spliceosome

Answer 12

U1 et U2

Question 13

le spliceosome est fait … et reconnait des motifs …

Answer 13

de petits arn
ARN

donc interaction ARN -ARN

Question 14

L’arnm peut subir un epissage alternatif de quel type

Answer 14

Question 15

donne des exemples dans la recherche d’epissage alternatif

Answer 15

1)ARNm du gène humain KCNMA1
2) ARNm du gène DESCAM de la drosophile
3) ARNm du gène Mod de la drosophile

Question 16

qu’est ce quil y a de spécial avec l’épissage alternatif de l’ARNm du gène Mod chez la drosophile

Answer 16

c’est un exemple d’épissage alternatif en TRANS avec un exon transcrit sur un brin complèmentaire (produit final a des exons de 2 ARN)

Question 17

quest ce que permet l’épissage alternatif

Answer 17

++++ isoformes

Question 18

qu’est ce que permet les nombreux isoformes de la protéine DSCAM

Answer 18

chaque neurone exprime un isoforme différent

ainsi, les dendrites d’un meme neurones ne peuvent pas se lier ensemble parce que répulsion du meme isoforme

par contre les dendrites d’un neurone peuvent se lier avec un autre neurone parce que pas de répulsion entre deux isoformes de la prot qui sont différent

Question 19

la maturation de l’ARNm necessite des facteurs de maturation.

certains de ces facteurs sont recrutés à l’Aide d’une partie de la pol 2, laquelle

Answer 19

la pol2 contient un domaine C terminale dans sa S-U RPB1 qui contient des séquences heptapeptidiques répétées (YSPTSPS) d’a.a.

la phosphorylation des résitus sérine, thréonine et tyrosine est dynamique pendant la transcription et permet le recrutement de trans-régulateurs impliqués dans la maturation des ARN

ex: prot qui aide a l’ajout de la coiffe
prot du sliceosome(épissage)
prot de clivage et de polyadénylation

Question 20

comment on cible traditionnelement l’emplacement des protéines vs comment on peut cibler l’emplacement des protéines par methode alternative et ses avantages

Answer 20

protéines sont localisées via une étiquette protéique (mécanisme post-trad)
(ex: je met tel chose sur la prot pour qu’elle s’en aille à tel place dans la cellule)

mécanisme alternatif: localiser et traduire l’ARNm dans une région spécifique de la cellule
ce qui donne comme avantage:
-économie d’énergie (ARNm fait beaucoup de copies de prot donc interessant que l’ARNm soit à l’endroit ou on a besoin de ces prot dans la cellule )
-empeche prot d’aller dans compartiment inapproprié
-capacité à moduler composition protéique locale en réponse à l’environnement
-assemblage cotraductionnel de complexes protéiques

Question 21

la localisation des ARNm joue un rôle important dans des processus variés tel que

Answer 21

la division cellulaire asymétrique (ex: levure qui envoie l’ARNm dans la cellule fille)

spécification des axes embryonnaires (ex: oeuf de drosophile donc l’ARNm est à l’extrémité pour faire un gradient de protéine)

migration cellulaire (ex: dans les fibroblastes ARNm du côté ou on veut des protéines de l’ACtine)

fonctions neuronales/plasiticité synaptique et memoire (ex: dans les cellules neuronale ARNm est placé au niveau des dendrites)

Question 22

l’ARnm bicoide chez la larve de drosophile est habituellement au pole antérieur (la ou on a la tête) qu’est ce qui se passe si on mute le gène de l’ARNm bicoide

Answer 22

on se retrouve avec un phénotype bicoidale (une queue antérieure et postérieure)

Question 23

L’ARNm nanos est située habituellement au pole postérieurs chez la larve de drosophile (queue). qu’est ce qui arrive si on ajoute une gène qui fait une ARNm Nanos mais avec le 3’UtR de l’ARNm bicoid

Answer 23

étant donné que le 3’ UTR de lARNm bicoid permet habituellement à l’ARNm bicoid de se situer au pole antérieur, on retrouvera du nanos en postérieur et en antérieur ce qui donne un phénotype bicoidale (une tête antérieur et postérieure)

Question 24

explique hybridation in situ

Answer 24

1) préparation de sonde ADN ou aRN complémentaire à l’ARNm cible
c’est sondes ont des nucléotides marqués qui permettront leur reconnaissance par les anticorps

2)hybridation de la sonde sur tissus, cellule ou organisme fixé et perméabilisés

3)ajout d’anticorps qui reconnait la marque sur la sonde (ac souvent conjugué avec enzyme permettant l’amplifiaction du signal) ex: peroxidase, phosphatase alcaline…

4) incubation avec substrat chromogénique ou fluorescent