2A1 Flashcards
(124 cards)
1
Q
Waaruit bestaat de backbone van het DNA?
A
DIociribose fosfaat
2
Q
Aan welk deel van het DNA binden de meeste eiwitten?
A
major groove
3
Q
Welke nucleotiden zijn verbonden met 2 waterstofbruggen?
A
A-T
4
Q
Welke nucleotiden zijn verbonden met 3 waterstofbruggen?
A
C-G
5
Q
Welke 5 soorten genen muteren bij kanker?
A
1 groeibevorderende genen
2 groeiremmende genen
3 genen betrokken bij genetische stabiliteit
4 genen betrokken bij angiogenese
5 genen betrokken bij therapie resistentie
6
Q
wanneer zet ras celgroei aan?
A
als het gebonden is aan GTP
7
Q
hoe wordt ras-GTP uitgezet?
A
GTP wordt gehydrolyseerd tot GDP
8
Q
Hoe worden groeibevorderende genen ook wel genoemd?
A
proto oncogenen
9
Q
Hoe worden groeiremmende genen ook wel genoemd?
A
tumorsuppressor genen
10
Q
Waarom is necrose tumor bevorderend?
A
het veroorzaakt ontstekingen
11
Q
Waarbij zijn de genen betrokken die zorgen voor de genetische stabiliteit?
A
apoptose
DNA reparatie
DNA replicatie
celcyclus controle
12
Q
Hoe worden genen betrokken bij therapie resistentie ook wel genoemd?
A
multidrug resistance genes
13
Q
in welke twee hoofdgroepen zijn DNA mutaties te verdelen?
A
punt mutaties & chromosomale afwijkingen
14
Q
Wat zijn de 4 soorten puntmutaties?
A
transities
transversies
kleine inserties
kleine deleties
15
Q
Wat is een transitie?
A
een purine veranderd in een purine
of
een pyrimidine veranderd in een pyrimidine
16
Q
Wat is een transversie?
A
een purine veranderd in een pyrimidine of andersom
17
Q
Wat is een purine?
A
a of g
18
Q
Wat is een pyrimidine?
A
t of c
19
Q
Wat kunnen mogelijke gevolgen zijn voor de eiwitten van een puntmutatie?
A
veranderd eiwit
korter eiwit
langer eiwit
geen effect
20
Q
hoe heet het als een mutatie geen effect heeft op het gevormde eiwit?
A
een stille mutatie
21
Q
Hoe heet het als een eiwit veranderd door een mutatie?
A
missence
22
Q
Wat gebeurd er bij een nonsence mutatie?
A
een stopcodon veroorzaakt een korter eiwit
23
Q
Wat is het effect van een deletie of insertie op het eiwit?
A
die wordt korter of langer
24
Q
Welke soort chromosomale afwijkingen bestaan er?
A
translocatie
amplificaties
deleties
numerieke afwijkingen
25
Welke soort translocaties zijn er?
gebalanceerd & ongebalanceerd
26
Wat is een ongebalanceerde translocatie?
een translocatie waarbij geen verlies van DNA optreed
27
Wat is een amplificatie?
vermeerdering van een stuk DNA
28
Hoe toon je een translocatie aan?
met een spectraal karyogram/sky analyse
29
Wat wordt er bedoeld met een numerieke afwijking?
te veel of weinig chromosomen
30
Wat is een ander woord voor een numerieke afwijking?
aneuploidie
31
bij welke aandoening komt vaak aneuploidie voor?
darmkanker
32
Wat zijn de gevolgen voor het eiwit van translocatie?
fusiegenen
> Deregulatie van expressie (promotor)
o Expressie in verkeerde weefsel
o Expressie op verkeerd moment
o Te veel of weinig expressie
> Fussie eiwit met veranderde activiteit
33
Wat is het gevolg voor het eiwit van amplificatie?
overexpresie
34
Wat is het gevolg van grote deleties voor het eiwit?
verlaagde expressie & verlies van hetrozygositeit (LOH)
35
Welke twee fenotypen van darmkankercellen zijn er?
MIN & CIN
36
Wat is het MIN fenotype?
Microsatalite instability (MIN) fenotype
- Normaal aantal chromosomen
- Kleine veranderingen
- Microsatalite DNA
37
Wat is het CIN fenotype?
Chromosomal instability (CIN) fenotype
- Afwijkend aantal chromosomen
- Grote veranderingen
- Willekeurige positie in het DNA
38
Hoe weet je of een darmkankercel het MIN of het CIN fenotype heeft?
SKY analyse
39
Wat zijn epigenetische veranderingen?
Verandering van gen expressie door chemische modificatie
40
Waardoor treden epigenetische veranderingen op?
voeding, slaaptekort, nachtdiensten, alchol, roken, ect
41
Wat doet DNA methylatie?
Gemethyleerde cytosinen staan uit
42
Wat gebeurdt er bij histonen modificatie?
geacetyleerde histonen staan aan
43
Wat is het verschil tussen actieve en stille genen?
actieve genen hebben open chromatiden, stille genen hebben gecondenseerde chromatiden
44
Wat veroorzaakt schade aan het DNA?
chemische instabiliteit
chemische verbindingen
biologische stoffen
straling
replicatie fouten
45
Wat zijn twee vormen van chemische instabiliteit?
spontane hydrolyse
deanimatie van base
46
Wat is spontane hydrolyse?
een base reageert met water en laat los
47
Wat is het effect van spontane hydrolyse?
deletie bij de volgende replicatie
48
Wat is het effect van deaminatie van een base?
het veroorzaakt een transitie
49
Wat bepaalt de mate waarin iets giftig is?
- Interspecies/interindividuele variatie (genetische hetrogeniteit)
- In welke vorm giftig (metabole activatie)
- Hoeveelheid (dosis en duur van blootstelling)
- Moment van de dag (chronotoxiciteit)
50
Hoe heet de giftige stof in sigaretten?
Benzopyreen
51
welke endogene stoffen veroorzaken DNA schade?
zuurstof radicalen die vrijkomen bij verbranding (reactive oxygen species)
52
Welke twee replicatie fouten veroorzaken DNA schade?
translesie synthese
proofreading fouten
53
Wat wordt veroorzaakt door translesie synthese?
een mutatie
54
Waarvoor wordt translesie synthese gebruikt?
DNA synthese over een lesie
55
Hoe wordt DNA gesynthetiseerd?
5' > 3'
56
Waarvoor is polymerase alpha?
lagging strand
57
Waarvoor is polymerase delta?
leading strand
58
Welke polymerasen voor translesie synthese?
translesie DNA polymerasen
59
Wat is een nauwkeuriger alternatief voor translesie synthese?
celdood
60
Waarom is proofreading nodig?
zeldzame tautomeren zorgen voor verkeerde base paringen
61
Hoe kunnen we een mismatch reparatiedefect aantonen?
microsatelite instamility assay
62
Wat is het gevolg van defecte mismatch reparatie?
RER fenotype
63
Wat is een RER fenotype?
basen paren niet met de goede basen waardoor een lusje ontstaat
64
Welke soorten DNA beschadiging bestaan er?
chemische adducten
intrastrengs crosslinks
interstrengs crosslinks
DNA streng breuk
basepaar mismatch
65
Welk soort DNA schade wordt veroorzaakt door benzopyreen?
chemische adduct (dat de dubbele helix verstoort)
66
Welke soorten chemische adducten zijn er?
met en zonder verstoring van de dubbele helix
67
waardoor wordt een chemisch adduct zonder verstoring van de dubbele helix veroorzaakt?
o Methylerende stoffen
o Oxidative DNA schase
o Deaminatie
o Spontane Hydrolyse
68
Waardoor worden intrastreng crosslinks veroorzaakt?
UV licht
cisplatine
69
Wat is een intrastreng crossllink?
crosslink op 1 DNA streng
70
Wat is een interstreng crosslink?
Crosslink tussen twee DNA strengen
71
Waardoor worden interstreng crosslinks veroorzaakt?
cisplatine
carboplatine (stabieler, minder reactief, hogere concentratie)
mitomycine C
72
Welke soorten DNA strengbreuken zijn er?
enkelstrengsbreuken
dubbelstrengsbreuken
73
Waardoor worden enkelstreng DNA breuken veroorzaakt?
oxidative DNA schade
74
Waardoor worden dubbelstreng DNA breuken veroorzaakt?
ioniserende straling
75
Wat zijn oorzaken van basepaar mismatches?
- Fout bij replicatie
- Translesie synthese
- Proofreading fouten
76
Via welk mechanisme worden basepaarmismatches gerepareerd?
mismatch reparatie (MMR)
77
Via welk mechanisme worden dubbel helix verstorende chemische adducten gerepareerd?
nucleotide excisie reparatie (NER)
78
Via welk mechanisme worden chemische adducten gerepareerd die de dubbele helix niet verstoren?
base excisie reparatie (BER)
79
Via welk mechanisme worden intrastrengscrosslinks gerepareerd?
nucleotide excisie reparatie (NER)
80
Via welk mechanisme worden interstrengscrosslinks gerepareerd?
homologe recombinatie (HR)
81
Via welk mechanisme worden enkelstrengsbreuken gerepareerd?
base excisie reparatie (BER)
82
Via welk mechanismen worden dubbelstrengsbreuken gerepareerd?
niet-homologe eind verbindingen (NHEJ)
homologe recombinatie (HR)
83
Welk template wordt gebruikt bij de reparatie van basepaar mismatches?
de complementaire DNA streng
84
Welk template wordt gebruikt bij de reparatie van intrastrengcrosslinks?
de complementaire DNA streng
85
Welk template wordt gebruikt bij de reparatie van enkelstrengs DNA breuken?
de complementaire DNA streng
86
Welke templates worden gebruikt bij de reparatie van interstrengs DNA crosslinks?
zuster chromatide of homologe chromosoom
87
Welke templates worden gebruikt bij de reparatie van dubbelstrengs DNA breuken?
zuster chromatide of homologe chromosoom
88
Wat is het nadeel van het gebruik van het homologe chromosoom template?
het kan leiden tot verlies van hetrozygositeit (LOH)
89
Wanneer kan LOH optreden?
bij het gebruik van het homologe chromosoom als template
90
hoe werkt het eerste deel van base excisie reparatie?
(schade specifieke) glycosylases scannen het DNA voor schade
glycosylases knippen de beschadigde base weg
AP endonuclease maakt een enkelstrengsbreuk in het DNA
91
Welke twee routes kan base excisie reparatie gaan?
short patch reparatie
long patch reparatie
92
hoe werkt shortpatch reparatie
5'dRP lyase haalt het stukje DNA van de foute base weg
polymerase (nondisplacing synthesis) ligase, goede base ingebouwd
93
Hoe werkt long patch reparatie?
polymerase (displacing syntheses) (nieuwe nucleotiden ingebouwd)
flap endonuclease (knipt de flap van oud dna weg)
ligase maakt de twee delen aan elkaar
94
Hoe heet het scannen van DNA voor schade door glycosylase?
base flipping
95
Hoe werkt nucleotide excisie reparatie?
schade wordt herkent, het DNA wordt ontwonden en het beschadigde DNA wordt weggeknipt
96
Wat is het risico van een defect in niet homologe DNA eindverbindingen?
radiosensitiviteit
97
Welk soort DNA mutatie vind plaats door niet homologe eindverbindingen?
deletie en translocatie
98
Wat is een evolutionair voordeel van niet homologe eindverbindingen?
de onnauwkeurigheid vergroot de diversiteit aan antilichamen
99
Hoe werkt homologe recombinatie?
schade herkenning en verwerking tot enkelstrengs 'staart'
paring tussen gebroken DNA en zusterchromatiden
synthese ontbrekend DNA en ligatie gebroken strengen
resolutie van verbonden zuster chromatiden
100
Wat doen RAD51 eiwitmoleculen?
binden aan enkelstrengsstaart tijdens homologe recombinatie en bevorderd baseparing tussen het gebroken en intacte zusterchromatide
101
Waardoor wordt RAD51 beinvloed?
BRCA1 en BRCA2
102
Hoe ontstaat translocatie bij niet homologe eind verbinding?
twee stukken DNA worden ten onrechte aan elkaar geplakt
103
Wat kan een gevolg zijn van een dubbelstrengsbreuk in de mitose?
een acentrisch fragment, wat niet aan de mitotische tubulinedraden wordt vastgemaakt en dus niet correct wordt verdeeld over de dochtercellen.
104
Wat is de oorzaak van xeroderma pigmentosum?
een defect in de nucleotide excisie reparatie
105
Wat is de oorzaak van cockayne syndroom?
een defect in de nucleotide excisie reparatie
106
Wat is een belangrijk verschil tussen de presentatie van xeroderma pigmentosum en cockayne syndroom?
patienten met xeroderma pigmentosum hebben een sterk verhoogd risico op huidkanker, cockayne patienten niet
107
Wat is een belangrijk verschil tussen de presentatie van xeroderma pigmentosum en cockayne syndroom?
bij cockayne gaat de cel dood bij schade
108
Wat doet topoisoemrase?
verwijderd windingen in het DNA
109
Welk soort DNA schade wordt veroorzaakt door topoisomerase remmers?
dubbelstrengs breuken
110
Wat is de functie van PARP1?
het maakt de reparatie van enkelstrengsbreuken efficienter
111
Wat wordt er bedoeld met een eenzijdige dubbelstrengsbreuk?
het halve stuk DNA dat wordt veroorzaak door de replicatie van een chromosoom met een enkelstrengsbreuk
112
Hoe wordt een eenzijdige dubbelstrengsbreuk gerepareerd?
alleen met homologe recombinatie
113
Wat is het effect van een PARP remmer?
er ontstaat een opstapeling van dubbelstrengsbreuken
114
Wanneer zijn PARP remmers lethaal?
bij een BRCA deficiente cellen (dan kunnen de dubbelstrengsbreuken niet door homologe recombinatie worden hersteld)
115
Wat is het gevolg van hyperthermie bij de reparatie van DNA schade?
het breekt BRAC af en voorkomt zo de ophoping van RAD51 op DNA schade
116
Wat moet je doen om te zorgen dat een PARP remmer werkt bij BRCA cellen?
hyperthermie veroorzaken
117
Wanneer is lynch erfelijk?
CRC (gerelateerde tumor) <50
2X CRC/ CRC + geasocieerde tumor bij 1 persoon
CRC met microsatalite instability <60
2x lynch geasocieerde tumor
118
Wat zijn lynch geassocieerde tumoren?
baarmoeder & eirstok
hogere urine wegen
colorectaal, maag, alvleesklier, galwegen, dunne darm
talgklieren & hersenen
119
Wat is het lifetime risico op CRC bij lynch?
70%
120
Hoevaak is er bij diagnose lynch meer dan 1 tumor?
25%
121
Wat is het lifetime risico op endometriumcarcinoom van lynch patienten?
55%
122
Wat is het advies bij lynch?
- >25 1 keer per 2 jaar colonoscopie
- 40-60 jaarlijks transvaginale endoscopie (ook ovaria worden beoordeeld, maar alleen ovaria is niet nuttig) & endometrium sample
- Bij tumor < 60 totale colectomie , > 60 partieel
- Pembrolizumab > chemotherapie
123
Wat is het advies bij familiar CRC?
bij een patient van <50 of meer dan 1 patient
1x per 5 jaar vanaf 50 jarige leeftijd preventieve colonoscopie
124
