מצגת 3 Flashcards
(47 cards)
1
Q
פולימר
A
פולי- הרבה
מר- יחדיה
פולימר- הרבה יחידות
מולקולת ענק מקרו מולקולה
היחידות נקראות מונומר
מונו- אחד
מר- יחידה
2
Q
ממה מורכבים החלבונים
A
- קבוצה אמינית משמאל
- אטום מימן
- פחמן אחד מרכזי שיוצר ארבעה קשרים קוולנטים- פחמן אלפא
- קבוצה קרבוקסילית
- שייר R- זוהי הקבוצה שקובעת את זהות חומצת האמינו ומבדילה בינהן
שלד החלבון-
NCC-NCC…
3
Q
קיימים 20 חומצות אמינו, מתחלקות לכמה קבוצות:
A
- חמש חומצות אמינו טעונות במטען כלשהו
- חמש חומצות אמינו הידרופיליות- פולאריות
- חומצות אמינו הידרופוביות- לא פולאריות
- יוצאות דופן
4
Q
קשר פפטידי
A
- הקשר בין הפחחן של הקבוצה הקרבוקסילית לחנקן של הקבוצה האמינית
- זהו קשר קוולנטי בין שתי חומצות אמינו. כלומר קשר בין מולקולרי
- המאפיין שלו הוא שהוא קשר קשיח שלא מסתובב ולא מאפשר חופש תנועה סביבו.
- תוך כדי יצירת הקשר הפפטידי נפלטת מולקולת מים. לתהליך זה קוראים דה הידרציה.
- אורכו של הקשר הפפטידי 0.13 ננומטר
5
Q
דה הידרציה-
A
תהליך בו שתי מולקולות מתחברות תוך כדי פליטה\יצירה של מולקולת מים.
6
Q
פפטיד-
A
רצף קצר של חומצות אמינו, עד 30
לא חלבון מתפקד.
חלבון בממוצע מורכב מ100 חומצות אמינו
7
Q
פוליפפטיד-
A
רצף ארוך של חומצות אמינו
8
Q
זוויות דהידרליות
A
זוויות בין מישורים
9
Q
קשרים בשרשרת הפפטידית
A
- קשר אלפא- הקשר בין החנקן של הקבוצה האמינית לפחמן אלפא
- קשר פסיי- הקשר בין הפחמן אלפא לפחמן של הקבוצה הקרבוקסילית
טווחי זוויות פאי ופסיי המותרים מאפשרים מבנים יציבים של חלבונים- מבנים שניונים על ידי קשרי מימן. מה שמחזק את המבנה
החלבון יכול לשנות את הקונפורמציה שלו רק על ידי שינוי הזוויות הדהידרליות.
הזוויות המסתובבות מאפשרות למבנה החלבוני גמישות המאפשרת את תפקודיו השונים
10
Q
דיאגרמת רמצ’אנדראן:
A
ראמצ’אנדראן פיתח את התצוגה הגרפית על מערכת צירים בה מציגים את הזוויות פאי ופסיי המותרות של חומצות אמינו בחלבון נתון.
זו דרך בה אנו יכולים לזהות מבנים שניוניים של מבני חלבונים, על ידי תלות של הסיבוב או חופש הסיבוב במעלות על ידי זוויות פאי ופסיי. מבנים שניוניים של חלבון יכול להיות אלפא -הליקס או בטא שיט’.
- בנקודות השחורות יש צירופים מפוצים של זוויות פאי ופסיי. טווח זוויות שמאפשרות בנייה של מבני חלבונים יציבים. (מבנים שניוניים) (שבהם השייר לא מתנגש)
- בטווחים בלבן יש צירופים של זוויות שאינם יאפשרו בנייה של מבנים יציבים שניוניים.
11
Q
איך מגיעים חלבונים לגופינו?
A
- מזון- הגוף מפרק את החלבונים שנכנסים לגופינו לחומצות אמינו (מונומרים) ומשתמש בהם לבנייה של חלבונים
- מאבני יסוד- מהאטומים
- ממחזר- לחלבונים יש תאריך תפוגה, אז הם מתפרקים לחומצות אמינו, הגוף לוקח אותן ובונה מהן חלבונים חדשים
12
Q
סדרי גודל של חלבונים
A
חלבון הכי גדול- סדר גודל של כעשרת אלפים חומצות אמינו
החלבון הטיפיקלי, סדר גודל של כ50 עד 2000 חומצות אמינו
13
Q
חישוב של שרשראות חומצות אמינו
A
20
בחזקת
n
כאשר המעריך הוא מספר חומצות האמינו בשרשרת הפוליפפטידית
14
Q
מיחזור חלבונים:
A
- חלבון מזדקן
- יוצמד אליו יוביקויטין
- החלבון יזוהה על ידי הפרוטאזום- אלו יפרקו את החלבון על ידי פירוק הקשרים הפפטידיים. נקרא פרוטאוליזה
- תוצרי החלבון לאחר הפירוק חוזרים לתא לשימוש נוסף
15
Q
משקל של חלבון נמדד ביחידות של
A
דלתון-
גרם למול
17
Q
פרוטיאום
A
סך כל החלבונים שנמצאים בגוף האדם\רקמה\תא מסויים
E coli 3∙10^6 proteins per cell
Yeast ~ 6000 different proteins, total ~ 10^8 proteins per cell
Human ~ 20,000 different proteins, total ~ 10^10 proteins per cell
18
Q
צ’פרון
A
חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחבי (שניוני ושלישלוני) תקין, תוך כדי ובסיום תהליך התרגום, כשאר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם.
19
Q
קיפול של חלבון
A
כל החלבונים נוצרים בריבוזום, הם נולדים כשרוך, שהוא רצף של חומצות אמינו (פוליפפטיד). חלק מהחלבונים מתקפלים בעת יציאתם, וחלק מאוחר יותר.
הקיפול הוא התהליך בו החלבון מקבל את המבנה התלת מימדי שלו, והוא זה שמכתיב את הפעילות שלו. איך הוא יתקפל? המידע על מבנה החלבון טמון ברצף חומצות האמינו שלו.
20
Q
רמות ארגון שונות של חלבונים:
A
- מבנה ראשוני- רצף חומצות האמינו של השרשרת הפוליפפטידית
-
מבנה שניוני- יחידות מבניות שחוזרות על עצמן, בעלות תבנית קבועה וידועה. המבנים השניונים מתקפלים בעיקר בעקבות קשרי המימן הנוצרים בין חומצות האמינו המרכיבות את החלבון. קבוצת השייר אינן מעורבות בייצוב המבנה השניוני.
אלפא הליקס
יריעת בטא
inramolecules hydrogen bond - מבנה שלישוני- אנטרקציות בין מבנים שניוניים. מתייחס למבנה המרחבי של מקרומולקולה אחת המתקפלת במרחב. קיפול המקרומולקולה למבנה השלישוני הטבעי הכרחי לצורך פעילותם.
- מבנה רביעוני- מספר מבנים שלישיניונים מתחברים למבנה ממש גדול
21
Q
הרחבה מבנה שלישוני-
A
- אינטרקציות שנוצרות בין מבנים שניוניים וכך נוצר המבנה השלישוני: צירוף של המבנים השניוניים והחלקים הלא מבניים של החלבון.
- מבנה תלת מימדי של שרשרת אחת בלבד
- יש לה קצה אן טרמינלי וקצה סי טרמינלי
- חלבון יחסית ארוך אבל הקצוות יחסית קרובים זה לזה בגלל הקיפול.
- קיפול המקרומולקולה למבנה השלישוני הכרחי לצורך פעילותם.
- הכח העיקרי המכתיב את המבנה השלישוני של חלבונים מסיסים, נובע מנטייתן של חומצות אמינו בעלות שיירים הידרופוביים להתרחק ממולקולות הממס. בניגוד למולקולות הידרופיליות, ולכן הן תעדפנה להיות בלב החלבון.
- מבנה שלישוני מיוצר לרב על ידי אינטרקציות לא קוולנטיות הנוצרות בין קבוצות השייר של חומצות האמינו המרוחקות אחת מהשנייה.
22
Q
קשרים שמייצבים את המבנה השלישוני
A
- קשרים יונים
- קשרי מימן- בעיקר בין קבוצות השייר של חומצות האמינו
- קשרי ואן דר ואלס
- קשרים די סולפידים קוולנטים
הכח העיקרי שמכתיב את המבנה השלישוני הוא כוחות הידרופוביים
23
Q
קבוצה פרוסטטית-
A
- מרכיב לא חלבוני, כלומר, אינה מורכבת מחומצות אמינו
- בדרך כלל קשורה בקשר קוולנטי לחלבון
- בעלת תפקיד חשוב לפעילות חלבונים ובעיקר באנזימים
- דוגמה מוכרת קבוצת ההם בהמוגלובין
24
Q
- *קריסטלוגרפיה בקרני**
- *X**
A
קריסטלוגרפיה בקרני X- מקרינים קרן של קרני רנטגן על גביש של חלבון, הגביש מפזר את הקרניים. יש חיישן שקולט את הקרניים שהתפזרו ואחרי סדרה של חישובים אפשר לפתור את המבנה.
מיוגלובין- החלבון הראשון בעולם שהמבנה שלו נפתר.
25
**תהודה מגנטית גרעינית (NMR)-**
מים את החלבון בתוך שדה מגנטי וקובעים כיצד הגרעינים של האטום מסתובבים בשדה המגנטי. באמצעות אנליזות מתמטיות מורכבות מגיעים לפתרון מבנה ממדי של החלבון.
26
**מיקרוסקופיה אלקטרונית-**
1. מיקרוסקופ משוכלל שנותן לנו הסתכלות לעומק על מבנה החלבון.
27
green fluorescent protein
שם של חלבון שנפתר
238
חומצות אמינו
גילו שהחלבון הזה זורח באור ירוק כאשר מקרינים עליו אור כחול או אולטרה סגול. אפשר להצמיד אותו לחלבון אחר בתא, כמו "תג זיהוי אלקטרוני" שמצמידים לבעלי חיים בטבע. וכאשר יקרינו על הדוף אור כחול\אולטרה סגול, ניתן לעקוב אחרי החלבון שעוקבים אחריו.
GFP has a beta barrel structure consisting of eleven β-strands that create a β-sheet, connecting loops, and an α-helix containing the covalently bonded chromophore.
28
ליגנד
* ליגנד היא מולקולה קטנה (כמו לדוגמה יון, הורמון, תרופה) אשר נקשרת בקשר לא קוולנטי
* נקשרת באופן ספציפי והפיך למולקולה גדולה יותר
ליגנד נקשרת לחלבון בקשר לא קוולנטי
קבוצה פרוסטטית נקשרת לחלבון בקשר קוולנטי
29
אנזימים הם
אנזימים הם מולקולות- חלבונים, מאיצים תהליכים ביוכימיים. על ידי הורדת אנרגיית השפעול של התגובה
30
המנגנון האנזימטי בנקודות:
1. על האנזים יש **אתר פעיל**
2. האנזים מסומן באות **E**
3. המגיב או המגיבים מכונים **מצע או סובסטרט- S**
4. התוצרים שמתקבלים מהפעולה האנזימטית מעונים **תוצרים- product**
5. אנזים שקשור לסובסטרט יסומן ב**ES**
6. האנזים מתחבר למצע, דרך אתר הקישור
7. על המצע אתר הקישור מבצע פעולה כימית- יוצר או מפרק קשרים
8. המצע השתחרר מהאנזים לתוצרים
31
שני אנלוגיות לתהליך האנזימטי
אנלוגיית המנעול והמפתח: מתארת מצב בו לכל מצע יש אנזים שמתאים לו, כפי שלכל מנעול יש מפתח שפותח אותו. כלומר, שיש התאמה מוחלטת בין אתר הקישור של האנזים למצע.
מודל הכפפה ליד- מודל חדש יותר. מתארת מצב בו אין התאמה גאומטרית מרחבית מלאה בין האנזים למצע, אבל לאט לאט ברגע שהאנזים נקשר למצע, המצע מתאים את עצמו לאנזים. האנזים עצמו גורם לזה שתהיה גמישות במבנה של המצע, אך מראש צריכה להיות התאמה מאוד טובה בין האנזים למצע. בגמישות קיימת בעיקר בשלבים האחרונים של ההיקשרות.
32
קרטין-
* חלבון דומיננטי שנמצא במבנה השיער שלנו
* מבנה רבעוני
* בנוי משתי שרשראות אלפא הליקס הכרוכות זו סביב זו למבנה של חלה\צמה
* חומצת האמינו הדומיננטית בקרטין היא **הצסטאין**- היכולה ליצור קשרים די סולפידים
* קרטין הוא חלבון יציב הודות לקשרים הדי סולפידים
* ככל שיש יותר קשרים די סולפידים ככה השיער יהיה יותר מקורזל ולהיפך
* על ידי תהליך חיזור ניתן לפתוח את הקשרי הדי סולפידי על ידי החלפת אטום גופרית אחד באטום מימן
* תהליך חיזור לשיער יחליק אותו
33
הגורמים שתורמים ליציבות הקרטין
הקרטין מכיל בעיקר חומצות אמינו קטנות: [גליצין](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%92%D7%9C%D7%99%D7%A6%D7%99%D7%9F) ו[אלאנין](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%90%D7%9C%D7%90%D7%A0%D7%99%D7%9F)
כיוון שהקבוצות הצדדיות של חומצות אמינו אלו קטנות (אטום מימן בודד בגליצין וקבוצת מתיל באלאנין) אין הפרעה מרחבית ליצירת [קשרי מימן](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A7%D7%A9%D7%A8_%D7%9E%D7%99%D7%9E%D7%9F) בין קבוצה קרבוקסילית לקבוצה אמינית בשרשראות פפטידיות סמוכות.
כתוצאה נוצר מבנה צפוף וקשיח, והשרשראות המולקולריות נוטות להיכרך זו סביב זו (וכך מקנות ייצוב מרבי של קשרי מימן) וליצור סיבים.
מבנה צפוף זה הופך את החלבון לבלתי ניתן לעיכול, משום שהקשרים אינם חשופים לאנזימים במערכת העיכול.
בנוסף, עשיר הקרטין ב[ציסטאין](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A6%D7%99%D7%A1%D7%98%D7%90%D7%99%D7%9F) המייצב עוד יותר את המבנה הצפוף על ידי קשרי גפרית.
34
קולגן
* אחד החלבונים הכי נפוצים בגוף שלהו- 25 אחוז
* פוליפפטיד ששמכיל מעל 1500 חומצות אמינו, רצפים קבועים של שלוש חומצות אמינו, כאשר החומצת מינו השלישית היא תמיד גליצין.
* הקולגן עשיר בחומצת אמינו בשם גליצין
* מורכב משלוש שרשראות פוליפפטידיאות, מסוג אלפא הליקס, והוא חלבון רביעוני
* הקולגן יחסית קשיח, גמיש אך לא אלסטי
* כל שרשרת יכולה להיות באורך של יותר מ1400 חומצות אמינו, תלוי בסוג הקולגן
* השייר בגליצין הוא מאוד קטן, מה שמאפשר לשרשראות להיות מאוד קרובות זו לזו ולכן המבנה הוא הדוק וחזק
* הקולגן נמצא בשכבת הדרמיס
* כשאנו צעירים העור שלנו חלק מפני הסיבים של הקולגן ישרים יחסית ויש לנו הרבה מהם. אחרי גיל 20-25 מתחילות להווצר היפרדויות בשרשראות וכתוצאה מכך השכבה העליונה של העור (האפידרמיס) מתחיל לצנוח לדרמיס.
35
מה אחוז החלבונים בתא הבקטריאלי?
* הם מונים כ **15 אחוז מהתא הבקטריאלי**. לחלבונים יש רצף מסוים שמגדיר תפקיד מסוים.
36
**Number of residues**
זהו מספר השיירים בחלבון
הוא שווה למספר חומצות האמינו.
37
הקשר בין המשקל של החלבון למס' חומצות האמינו
חלבון בממוצע שוקל 110 גרם למול
38
חלבון מורכב בממוצע ממספר חומצות אמינו השוה ל
100 חוצות אמינו
## Footnote
**בממוצע**
39
**ד****נטורציה**
חלבון שעבר דנטורציה- המבנה המרחבי שלו נהרס, והוא חוזר למבנה הראשוני שלו
חלבון זה מאבד את התפקיד הפיזיולוגי שלו
40
רנטורציה
* תהליך הופכי לדנטורציה. הוא קורה כאשר דנטורציה היא הפיכה, כלומר לא כל החלבונים יכולים לעבור תהליך של רנטורציה.
41
ההמוגלובין-
* חלבון הנמצא בתוך כדוריות הדם האדומות. נושא חמצן במחזור הדם
* מורכב מ4 תת יחידות:
2 אלפא
2 בטא
* כל תת יחידה קושרת מולקולה שנקראת
HEME,
היא מולקולה בת כמה עשרות אטומים וכדי לפעול היא צריכה להקשר ליון ברזל בקשר לא קוולנטי
* יון ברזל- נקשר במרכז של מולקולת ההם בקשר יון-דיפול
* חמצן- נקשר למולקולת ההם רק בנוכחות של יון ברזל. קשירת החמצן מתרחשת בהדרגה.
חמצן נקשר למולקולת הם אחת, וכתוצאה מכך ההמוגלובין משנה את צורתו ומאפשר למולקולת חמצן נוספת לקשר למולקולת הם אחרת וכן הלאה.
* זה נקרא קשר **קופרטיבי**- ברגע שאחד נקשר הוא הופך את השאר ליותר נוחים לקשירת חמצן
* כדוריות הדם נקשרות עם חמצן בריאות ופורקות אותו בתאים. הטעינה הנה טעינה מדורגת ולכן גם הפריקה היא מדורגת.סדר הפריקה הפוך מסדר הטעינה.
42
מיוגלובין
החלבון הראשון שהמבנה שלו פוענח
על ידי
John Kendrew
1950
מיוגלובין מורכב מ-153 [חומצות אמינו](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%97%D7%95%D7%9E%D7%A6%D7%AA_%D7%90%D7%9E%D7%99%D7%A0%D7%95). במרכזו נמצאת קבוצת [הם](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%94%D7%9D) - מערכת טבעות [חנקניות](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%97%D7%A0%D7%A7%D7%9F) שבמרכזה [אטום](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%90%D7%98%D7%95%D7%9D) [ברזל](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%91%D7%A8%D7%96%D7%9C). קבוצת ההם היא זו המאפשרת את נשיאת החמצן, על ידי קשירת ה[מולקולה](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%95%D7%9C%D7%A7%D7%95%D7%9C%D7%94) הדו-אטומית של החמצן לאטום הברזל במרכזה.
מיוגלובין הוא נושא החמצן העיקרי ב[שרירים](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A9%D7%A8%D7%99%D7%A8).
43
אנמיה חרמשית
לכדוריות הדם האדומות צורה של דיסקית.
באנמיה חרמשית כדוריות הדם בצורה של חרמש. כתוצאה מכך הן לא מצליות להכנס לתאי הדם הקטנים. הסיבה לחרמשיות- ההמוגלובין נדבקים זה לזה, יוצרים צברים, כבר לא בודדים וכתוצאה מכך המבנה של הכדורית מתעוות)
כדוריות הדם נתקעות בנימים וכך נפגעת אספקת הדם לגוף.
הטיפול- שיקום דם.
44
הסיבה לאנמיה חרמשית
אצל אדם חולה**-** בעמדה מספר 6 ברצף חומצות האמינו במקום חומצה גלוטמית יהיה ואלין. מכאן שהחומצות הללו נמצאות בעמדה אסטרטגית בשרשרת הפפטידית והואלין מאפשר קישור של תת יחידה של מולקולת המוגלובין נוסף.
**חלבון מוטנטי-** נוצר בעקבות מוטציה בDNA. שינוי ברצף החומצה האמינית, שינוי אפילו בחומצה אחת גורם לשינוי קיצוני בתפקוד.
45
פרדוקס לוינתל
**פרדוקס לוינתל** הוא מונח בתחום של דינמיקת [קיפול חלבונים](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A7%D7%99%D7%A4%D7%95%D7%9C_%D7%97%D7%9C%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%99%D7%9D) (יצירת המבנה התלת ממדי שלהם), המייצג דילמה אשר שררה בתחום עד ל[שנות ה-80](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A9%D7%A0%D7%95%D7%AA_%D7%94-80_%D7%A9%D7%9C_%D7%94%D7%9E%D7%90%D7%94_%D7%94-20) והיא "כיצד חלבונים מתקפלים כה מהר?". המונח נטבע על ידי ה[ביולוג](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%91%D7%99%D7%95%D7%9C%D7%95%D7%92) סיירוס לוינתל ב-[1969](https://he.wikipedia.org/wiki/1969).
## Footnote
אם נבחן חלבון היפוטתי קטן בעל 300 חומצות אמינו, לכל חומצת אמינו יש 3 דרגות חופש (כלל המצבים בהם יכולה להמצא המערכת), אחרי חישוב קומבינטורי נראה שינן כ3 בחזקת 300 תצורות שונות אפשריות לחלבון. מכאן שלחבון המנסה להתקפל על ידי חיפוש התצורה הנכונה באופן אקראי של ניסוי וטעיה, יקח זמן שעולה על גיל היקום. (וזאת גם עם המעבר מתצורה אחת לשנייה לוקחת חלקיק של זמן).
פתצרון הפרדוקס על יד תאוריית המשפך. התאוריה גורסת שישנן תצורות קיפול חלבון מועדפות יותר מבחינה אנרגטית (מצב של מינימום אנרגיה פוטנציאלית), ומספרן של תצורות אלה קטן בהרבה ממבפר התצורות הפחות מועדפות. לפי המודל, סידור כלל התצורות במרחב יתן צורה של משפך. "משפך האנרגיה של קיפול חלבון". החלבון "נופל" מבחינה אנרגטית אל מצבו המקופל. ה"שביל" בו עובר החלבון בדרכו למינימום האנרגטי, הוא סדרת מצבי ביניים שכל אחד מהם מועדף אנרגטית על הקודם לו וכך נדחף החלבון הלאה בתהליך הקיפול עד הגעתו למצבו הסופי.
46
הדוגמה של אנפינסן
**הדּוֹגְמָה של אנפינסן** (ידועה גם בתור **ההיפותזה התרמודינמית**) היא הנחה ב[ביולוגיה מולקולרית](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%91%D7%99%D7%95%D7%9C%D7%95%D7%92%D7%99%D7%94_%D7%9E%D7%95%D7%9C%D7%A7%D7%95%D7%9C%D7%A8%D7%99%D7%AA) שנתמכה על ידי זוכה [פרס נובל](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A4%D7%A8%D7%A1_%D7%A0%D7%95%D7%91%D7%9C) [כריסטיאן ב. אנפינסן](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9B%D7%A8%D7%99%D7%A1%D7%98%D7%99%D7%90%D7%9F_%D7%90%D7%A0%D7%A4%D7%99%D7%A0%D7%A1%D7%9F). בהתבסס על עבודתו על חלבון ה[ריבונוקלאז](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A8%D7%99%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%95%D7%A7%D7%9C%D7%90%D7%96), קבע אנפינסן שלפחות עבור חלבונים קטנים וכדוריים, [המבנה המרחבי הטבעי](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A0%D7%98%D7%99%D7%91%D7%99) נקבע אך ורק על ידי רצף [חומצות האמינו](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%97%D7%95%D7%9E%D7%A6%D7%95%D7%AA_%D7%94%D7%90%D7%9E%D7%99%D7%A0%D7%95) המרכיבות את החלבון. כלומר, לכל רצף חומצות אמינו קיים קיפול מרחבי ייחודי אשר נוצר באופן ספונטני. קיפול ייחודי זה הוא הקיפול הטבעי של החלבון.
הניסויים של אנפינסן עם [ריבונוקלאז](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A8%D7%99%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%95%D7%A7%D7%9C%D7%90%D7%96) הראו כי חלבון לא מקופל (שעבר [דנטורציה](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94)) מסוגל להתקפל מחדש (בתהליך הקרוי [רנטורציה](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A8%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94)) באופן ספונטני לקיפול הטבעי. תוצאה זו מראה כי לרצף [פוליפפטידי](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A4%D7%A4%D7%98%D7%99%D7%93) ספציפי קיים גם קיפול מרחבי ייחודי, אליו השרשרת הפוליפפטידית מתקפלת באופן ספונטני. מבנה זה זהה למבנה הפעיל, הקרוי גם המבנה הטבעי ([המבנה נטיבי](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A0%D7%98%D7%99%D7%91%D7%99)). מבחינה סטטיסטית מדובר במבנה אחד מתוך אינסוף מבנים תאורטיים אפשריים, אך החלבון תמיד מתקפל למבנה ייחודי זה. לפיכך, הדּוֹגְמָה של אנפינסן מצביעה על כך שתהליך הקיפול אינו אקראי, אלא מוכתב על ידי שיקולי אנרגיה שמוכתבים מהרכב ורצף חומצות האמינו של החלבון.
חלבונים מסוימים זקוקים לעזרתו של חלבון נוסף הנקרא [שפרון](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A9%D7%A4%D7%A8%D7%95%D7%9F) על מנת להתקפל כראוי. הוצע כי יש בעובדה זו כדי להפריך את הדּוֹגְמָה של אנפינסן, ואולם, נראה כי השפרונים אינם קובעים את קונפורמצית קיפול החלבון, אלא מסייעים לתהליך הקיפול הספונטני בכך שהם מונעים [אגרגציה](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%90%D7%92%D7%A8%D7%92%D7%A6%D7%99%D7%94) של חלבונים לא מקופלים, ומאפשרים להם להגיע למצב הקיפול הטבעי להם מבלי להשפיע בעצמם על המבנה המרחבי של הקיפול הטבעי.
47
אלקטרופורזה- שיטה למדדית משקל של חלבון
**אלקטרופורזה**, היא שיטה ב[כימיה אנליטית](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9B%D7%99%D7%9E%D7%99%D7%94_%D7%90%D7%A0%D7%9C%D7%99%D7%98%D7%99%D7%AA) וב[ביולוגיה מולקולרית](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%91%D7%99%D7%95%D7%9C%D7%95%D7%92%D7%99%D7%94_%D7%9E%D7%95%D7%9C%D7%A7%D7%95%D7%9C%D7%A8%D7%99%D7%AA) המאפשרת הפרדת [חומרים](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%97%D7%95%D7%9E%D7%A8) המצויים ב[תערובת](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%AA%D7%A2%D7%A8%D7%95%D7%91%D7%AA). זוהי אחת השיטות המדעיות הנפוצות ב[כימיה](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9B%D7%99%D7%9E%D7%99%D7%94) וב[ביולוגיה](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%91%D7%99%D7%95%D7%9C%D7%95%D7%92%D7%99%D7%94)
באלקטרופורזה מונחת התערובת-[מומסת](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%AA%D7%9E%D7%99%D7%A1%D7%94) ב[נוזל](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A0%D7%95%D7%96%D7%9C) או נוזלית בעצמה, על גבי משטח העשוי [ג'ל](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%92%27%D7%9C). [זרם חשמלי](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%96%D7%A8%D7%9D_%D7%97%D7%A9%D7%9E%D7%9C%D7%99) מועבר דרך הג'ל, כך שצידו האחד טעון חיובית והשני - שלילית. ה[מולקולות](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%95%D7%9C%D7%A7%D7%95%D7%9C%D7%94) בתערובת, אשר [טעונות חשמלית](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%98%D7%A2%D7%9F_%D7%97%D7%A9%D7%9E%D7%9C%D7%99), נודדות באיטיות לעבר קצהו האחד של הג'ל, כתוצאה מ[הכוח החשמלי](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%97%D7%95%D7%A7_%D7%A7%D7%95%D7%9C%D7%95%D7%9F) הפועל עליהן.
המולקולות בתערובת אינן נודדות בקצב זהה. מולקולות כבדות יותר נודדות באיטיות, ואילו מולקולות קלות נודדות במהירות ומגיעות רחוק יותר בג'ל. גם אם לשתי מולקולות שונות משקל זהה, הרי ש[צורתן המרחבית](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A1%D7%98%D7%A8%D7%99%D7%90%D7%95%D7%9B%D7%99%D7%9E%D7%99%D7%94) משפיעה אף היא על קצב הנדידה. כך מושגת הפרדת התערובת למרכיביה.
בהפרדת חלבונים עשוי הג'ל מ[פולימר](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A4%D7%95%D7%9C%D7%99%D7%9E%D7%A8) [אמידי](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%90%D7%9E%D7%99%D7%93) הקרוי **פוליאקרילאמיד**. לפני הרצת התערובת בג'ל מוסיפים לה בדרך-כלל [דטרגנט](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%98%D7%A8%D7%92%D7%A0%D7%98) הנקרא
**SDS**-
[סודיום דודציל סולפט](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A1%D7%95%D7%93%D7%99%D7%95%D7%9D_%D7%93%D7%95%D7%93%D7%A6%D7%99%D7%9C_%D7%A1%D7%95%D7%9C%D7%A4%D7%98)
עתה מכונה השיטה באופן מלא
**SDS-PAGE**
, ראשי תיבות ב[אנגלית](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%90%D7%A0%D7%92%D7%9C%D7%99%D7%AA) של
Sodium Dodecyl Sulfate - PolyacrylAmide Gel Electrophoresis.
הדטרגנט נקשר לחלבון ביחס התואם לגודל החלבון - מולקולת
SDS
אחת נקשרת לכל שתי [חומצות אמינו](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%97%D7%95%D7%9E%D7%A6%D7%AA_%D7%90%D7%9E%D7%99%D7%A0%D7%95). ה-
SDS
טעון שלילית, וכך מגביר את יכולת הנדידה של החלבון ב[שדה החשמלי](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A9%D7%93%D7%94_%D7%97%D7%A9%D7%9E%D7%9C%D7%99); רוב יכולת הנדידה מושגת למעשה באמצעות ה-
SDS
ולא מסתמכת על המטען החשמלי של החלבון עצמו. בנוסף, גורם ה-
SDS
לשבירת [קשרים](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A7%D7%A9%D7%A8_%D7%9B%D7%99%D7%9E%D7%99) בחלבון ולהרס [המבנה השניוני](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%A0%D7%99%D7%95%D7%A0%D7%99) ו[השלישוני](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%9C%D7%99%D7%A9%D7%95%D7%A0%D7%99) שלו. לאחר טיפול ב-
SDS
כל החלבונים בתערובת הופכים לליניאריים (קוויים), כך שהפרדתם עתה מבוססת **באופן מלא על גודלם** **(כלומר, על מספר חומצות האמינו המרכיבות אותם**). ללא טיפול ב-
SDS
עלולים חלבונים השונים במבנם המרחבי לנדוד האחד ביחס לשני במהירויות שאינן יחסיות ל[מסה המולרית](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%A1%D7%94_%D7%9E%D7%95%D7%9C%D7%A8%D7%99%D7%AA) שלהם. כך, חלבונים בעלי מסה מולרית זהה עשויים לנדוד במהירויות שונות, עקב הסתבכות של חלבונים בעלי מבנה מרחבי רחב בחריצים הזעירים שבג'ל.
לתערובת החלבונים יש להוסיף תרכובת [צבע](https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A6%D7%91%D7%A2) כלשהי אשר מאפשרת לחוקר לקבל אינדיקציה על התקדמות החלבונים ולכן גם מתי להפסיק את ההרצה. קומאסי כחול (באנגלית: Coomassie blue)
משמש לעיתים קרובות למטרה זו.
