3 FOSFOGLICERAT

Question 1

značilnosti 3 fosfoglicerata

Answer 1

• nastaja pri glikolizi
• prvi produkt pri Calvinovem ciklu (avtotrofi)
• Je ključni intermediat pri glukoneogenezi (kinaza potrebuje ATP)
• prekurzor za sintezo serinske družine aminokislin (serin, glicin, cistein 🡪 žveplo damo v gojišče v obliki sulfata)

Question 2

Biosinteza serina

Answer 2

3PG: že aktivirana molekula, encim lažje prepozna.
- Imamo 2 funkcionalne skupine: hidroksilna in COOH.
- OH skupino oksidiramo do ketona.
- Ko imamo keton lahko na njega vežemo amino skupino (karboksilna + amino je načeloma že AK). Najbolj pogost donor je gluamat/glutamin.
- Načeloma dobimo AK, ki ima fosfat viška.
- Odstranimo fosfat in dobimo serin.

Question 3

biosinteza cisteina

Answer 3

3PG: že aktivirana molekula, encim lažje prepozna.
- Imamo 2 funkcionalne skupine: hidroksilna in COOH.
- OH skupino oksidiramo do ketona.
- Ko imamo keton lahko na njega vežemo amino skupino (karboksilna + amino je načeloma že AK). Najbolj pogost donor je gluamat/glutamin.
- Načeloma dobimo AK, ki ima fosfat viška.
- Odstranimo fosfat in dobimo serin.
- Na serin vežemo H2S (H2s je strupen!)🡪 L serin v L-cistein
- Serin aktiviramo, imamo več možnosti (fosfat ali acetil-CoA)
- Tu uporabimo aceti-CoA (vsebuje vitamin B5), dobimo acetil-serin, izbijemo aktivacijo z H2S (nukleofil).
- Dobimo cistein na način da smo H2S vezali na acetil-serin in pri tem izbijemo acetil dol

Question 4

Biosinteza glicina

Answer 4

3PG: že aktivirana molekula, encim lažje prepozna.
- Imamo 2 funkcionalne skupine: hidroksilna in COOH.
- OH skupino oksidiramo do ketona.
- Ko imamo keton lahko na njega vežemo amino skupino (karboksilna + amino je načeloma že AK). Najbolj pogost donor je gluamat/glutamin.
- Načeloma dobimo AK, ki ima fosfat viška.
- Odstranimo fosfat in dobimo serin.
Razlika med 2 molekulama je v enem ogljiku (metilenski ogljik), nekje je prisoten nekje ni.
- C1 spojina, se lahko prenaša preko THF.
- S pomočjo THF iz serina naredimo glicin, lahko gremo tudi nazaj. Folati so vitamini! (ko enkrat sintetiziramo N-krat uporabimo)
Težava: kako se znebimo metilena, da lahko ta cikel opravljamo (metilni prenašalci lahko drug drugega regeneirajo, eden pač mora vzeti metilno skupino iz nekje)

Question 5

kako pridemo do h2s pri biosinteza cisteina

Answer 5

Kako pridemo do H2S? (nimamo v gojišču, pridelujemo kontrolirano)
- Vzamemo sulfat, ki ga imamo v gojišču, reduciramo do H2S (ni enostavno, potrebna predhodna aktivacija z ATP)
- dobimo APS, dodamo še en ATP, dobimo PAPS.
- Zdej reduciramo in sulfat se lahko reducira do sulfita, rabimo dodat 8 elektronov 🡪 z znanimi prenašalci NADPH
- Extra pircy (18 ATP)
- Dobimo pomembmo molekulo, ki lahko prenaša žveplo

Question 6

opiši nastanek železo-žveplovih klastrov

Answer 6

Ne moremo dihat, opravljat krebsovega cikla.
Vsebujejo veliko žvepla in železa (ni prosto, je keliran!)
Rabimo donor za žveplo (cistein), rabimo donor za železo (kelirana oblika). Ko imamo enrkat narejeno kletko oz. klaster je ta pogosto vezan preko cisteina.
Funkcije cisteina je povezovanje klastra v cisteinu in je donor žvepla.
sinteza:
Naredimo proteinski kompleks in ga damo na APO protein in ga vrgadimo notri
Eno je izgradnja in prenos klastra na Apo protein, rabimo imeti še klaster vgrajen v ustreznem encumu
- Rabimo donorje za žveplo (cistein) in železo (molekula ki kelira Fe, vzame kelirano železo in ga prenaša drugam)
- Moramo povezati 2 žvepli med seboj (donor cistein). Imamo SH skupino na encimu, rabimio cistein, ki ga vežemo na B6 (začasno zadržimo cistein na vitaminu B6).
- Prenesemo žveplo iz ene na drugo molekulo = ključno za prenos
- Dobimo nenavadno povezavo na encumu (na koncu, če je znotraj peptidne vrige ni nenavadno ss-mostički).
- Tukaj delamo SS-mostičke na koncu vergie. Pripravimo mesto kjer gradimo komleks

Na kompleksu gradimo klaster: imamo veliko cisteina
- Na cistein vežemo žveplo iz enega cisteina (naredimo prej)
- Dodamo žveplo, ko dodamo 2 žveplina sosednje atome, lahko dealmo H2S.
- Delamo povezavo na obeh straneh preko železa (rabimo prenašalec nov protein), kjer začnemo delat del klastra.
- Na drugemd elu imamo 2 komponenti, ki ju med seboj nato povežemo in dobimo Fe-S klaster.

Rabimo velike Fe in S 🡪 S dodajamo preko cisteina. Žveplo rabimo v tiolni obliki
Rabimo še metilirano obliko žvepla, da lahko naredimo? SAM