παρουσιαση 8 Flashcards

Question

πως γινεται η σύνθεση του προπορευόμενου και του καθυστερημένου κλώνου του DNA;

Answer 1

ο προπορευόμενος κλώνος συντίθεται συνεχόμενα προς τη φορά της κίνησης της αντιγραφικής διχάλας ο καθυστερημένος κλώνος συντίθεται τμηματικά σε βραχέα τμήματα, τμήματα Okazaki, που η επιμήκυνση τους πραγματοποιείται με φορά αντίθετη σε σχέση με αυτήν προς την οποία κινείται η αντιγραφική διχάλα τα τμήματα Okazaki συνενώνονται μεταξύ τους με τη δράση της DNA λιγάσης

Answer 2

``` το DNA των τελομεριδίων αναδιπλώνεται, σχηματίζει μια κυκλική δομή βρόχου και συνδέεται με ένα πρωτεϊνικό σύμπλοκο -σελτερίνη προστατεύοντας τα άκρα των χρωμοσωμάτων ```

Answer 3

``` αποτελούνται από επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες εξανουκλεοτιδίων και αντιγράφονται από το ένζυμο τελομεράση είναι μια πολυμεράση που φέρει το δικό της εκμαγείο RNA φέρει ένα μόριο RNA το οποίο είναι συμπληρωματικό με το τελομερικό DNA ```

Answer 4

``` το τελομερικό DNA είναι μια απλή επαναλαμβανόμενη αλληλουχία με ένα προεξέχον 3΄ άκρο η τελομεράση, ως τμήμα του ενζυμικού συμπλόκου, φέρει ένα μόριο RNA το οποίο είναι συμπληρωματικό με το τελομερικό DNA το προεξέχον άκρο του τελομερικού DNA προσδένεται στο RNA της τελομεράσης που λειτουργεί ως μήτρα για την επιμήκυνση της αλυσίδαςμήτρας κατά μία επαναλαμβανόμενη μονάδα ο καθυστερημένος κλώνος του τελομερικού DNA μπορεί στη συνέχεια να επιμηκυνθεί με δράση της πριμάσης και πολυμεράσης ```

Answer 5

στο DNA το γονίδιο είναι μια αλληλουχία βάσεων που κωδικοποιούν μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη

Answer 6

ο γενετικός κώδικα είναι μια ‘τριπλέτα’, σε κάθε τρεις βάσεις αντιστοιχεί ένα αμινοξύ

Answer 7

για τη μεταγραφή το μόριο του δίκλωνου DNA ανοίγει κατά μήκος ενός γονιδίου - η μεταγραφή ξεκινά όταν ένα ειδικό ένζυμο RNA πολυμεράση προσδένεται σε ειδικές περιοχές του DNA που λέγονται υποκινητές - η RNA πολυμεράση ξετυλίγει την έλικα του DNA και τοποθετεί τα ριβονουκλεοτίδια απέναντι από τα δεοξυριβονουκλεοτίδια Α-U, G-C (σύμφωνα με την αρχή της συμπληρωματικότητας) - τα ριβονουκλεοτίδια ενώνονται μεταξύ τους σχηματίζοντας την αλυσίδα του mRNA που η σύνθεση της σταματά στο τέλος του γονιδίου - η μονόκλωνη αλυσίδα του mRNA απελευθερώνεται - το ολοκληρωμένο mRNA εξέρχεται από τον πυρήνα μέσω των πυρηνικών πόρων και κινείται προς τα ριβοσώματα

Answer 8

Το ριβοσωμικό DNA (rDNA) μεταγράφεται σε ένα μεγάλο πρόδρομο μόριο RNA (το 45S pre-rRNA), από το οποίο στη συνέχεια αποκόπτονται τα 28S, 18S και 5,8S rRNA. στον υποκινητή του rDNA προσδένονται συνεργειακά οι μεταγραφικοί παράγοντες (UBF και SL1) και στρατολογούν την RNA πολυμεράση Ι στο μεταγραφικό σύμπλοκο

Answer 9

η RNA πολυμεράση ΙΙΙ συνδέεται με υποκινητές και μεταγραφικούς παράγοντες στο μεταγραφικό σύμπλοκο

Answer 10

``` Χωρίς τη δράση ενός ενισχυτή ένα γονίδιο μεταγράφεται σε χαμηλά επίπεδα παρουσία ενός ενισχυτή, Ε, η μεταγραφή διεγείρεται ο ενισχυτής είναι ενεργός όχι μόνο όταν τοποθετείται ακριβώς ανοδικά σε σχέση με τον υποκινητή –P αλλά και όταν τοποθετείται αρκετές κιλοβάσεις είτε ανοδικά είτε καθοδικά της θέσης έναρξης της μεταγραφής οι ενισχυτές είναι ενεργοί ανεξάρτητα από τον προσανατολισμό τους σε σχέση με τη θέση έναρξης της μεταγραφής ```

Answer 11

για να είναι φυσιολογικά τα επίπεδα της μεταγραφής χρειάζεται και η παρουσία ενός ανοδικού ενισχυτή ο οποίος αποτελείται από δύο επαναλήψεις των 72 ζευγών βάσεων

Answer 12

οι μεταγραφικοί παράγοντες που προσδένονται σε έναν απομακρυσμένο ενισχυτή είναι δυνατόν, μέσω της αναδίπλωσης του DNA (του σχηματισμού βρόχου), η οποία σταθεροποιείται από την κοχεσίνη, να αλληλεπιδράσουν με τους γενικούς μεταγραφικούς παράγοντες στην περιοχή του υποκινητή

Answer 13

οι ενισχυτές και οι υποκινητές μέσα σε μια TAD αλληλεπιδρούν συχνά μεταξύ τους στα όρια των TAD εντοπίζονται πολλαπλές θέσεις πρόσδεσης της πρωτεΐνης CTCF και του μεταγραφικού παράγοντα TFIIIC, που φαίνεται πως οριοθετούν τις TAD μέσα σε μια TAD η CTCF δρα σε συνδυασμό με την κοχεσίνη προάγοντας τον σχηματισμό βρόχων που ευνοούν τις αλληλεπιδράσεις ενισχυτών-υποκινητών

Answer 14

``` Η χρωματίνη στις περιοχές των ενισχυτών και των υποκινητών δε φέρει νουκλεοσώματα Έτσι το DNA τους είναι προσβάσιμο στους μεταγραφικούς παράγοντες ```

Answer 15

η επεξεργασία του mRNA περιλαμβάνει την τροποποίηση του 5΄ άκρου του μέσω της προσθήκης μιας καλύπτρας 7-μεθυλογουανοσίνης (m7G) η τροποποίηση του 3΄ άκρου συνίσταται στην προσθήκη μιας ουράς πολυ(Α)

Answer 16

``` η διαδικασία του ματίσματος λαμβάνει χώρα σε δύο στάδια στο πρώτο στάδιο η 5΄ θέση ματίσματος (ΘΜ) συνδέεται με το υδροξύλιο της 2΄ θέσης ενός νουκλεοτιδίου αδενίνης (στο σημείο διακλάδωσης) το οποίο βρίσκεται κοντά στο 3΄ άκρο του ιντρονίου ``` το 5΄ άκρο έτσι του ιντρονίου συνδέεται με το νουκλεοτίδιο της αδενίνης του σημείου διακλάδωσης και έτσι προκύπτει ένα ενδιάμεσο μόριο που έχει τη μορφή λάσου κατά το δεύτερο στάδιο κόβεται η 3΄ θέση ματίσματος και τα δύο εξόνια συνδέονται μεταξύ τους το ιντρόνιο απομακρύνεται ως ένα μόριο με μορφή λάσου που αργότερα αποικοδομείται μέσα στον πυρήνα του κυττάρου

Answer 17

το πρώτο βήμα κατά τον σχηματισμό του σωματίου ματίσματος έγκειται στην πρόσδεση του U1 στην 5΄ θέση ματίσματος (ΘΜ) του pre-mRNA ακολουθεί η πρόσδεση του U2 στο σημείο διακλάδωσης και ένα προσχηματισμένο σύμπλοκο που αποτελείται από τα U4/U6 και U5 ενσωματώνεται στο σωμάτιο ματίσματος τέλος τα U1 και U4 αποσυνδέονται από το σύμπλοκο ενώ το U6 καταλύει τον σχηματισμό της δομής σε σχήμα λάσου και τη σύνδεση των εξονίων

Answer 18

``` τρεις τύποι RNA, συμμετέχουν και οι τρεις: αγγελιοφόρο RNA mRNA μεταφορά του γενετικού μηνύματος μεταφορικό RNA tRNA μεταφορά αμινοξέων ριβοσωμικό RNA rRNA συστατικό των ριβοσωμάτων ```

Answer 19

``` κάθε μόριο tRNA αποτελείται από μιά τριάδα βάσεων στη μιά πλευρά του και ένα αμινοξύ στην άλλη ``` -έχει μήκος 74-95 νουκλεοτιδίων -μεταφέρει ειδικά αμινοξέα σε μια επεκτεινόμενη πολυπεπτιδική αλυσίδα στα ριβοσώματα με βάση τις οδηγίες του κωδικονίου στο αγγελιαφόρο RNA

Answer 20

αρχικά συνδέεται στο αμινοξύ ένα AMP για να σχηματιστεί ένα ενδιάμεσο μόριο αμινοακυλοAMP στο επόμενο βήμα το αμινοξύ μεταφέρεται στο 3΄ άκρο CCA του αντίστοιχου tRNA με ταυτόχρονη απελευθέρωση του AMP και τα δύο βήματα της αντίδρασης καταλύονται από τη συνθετάση αμινοακυλοtRNA

Answer 21

τα ευκαρυωτικά ριβοσώματα περιέχουν τέσσερα διαφορετικά μόρια rRNA: 18S, 5.8S, 28S, και 5S τα διαφορετικά είδη rRNA είναι πολυάριθμα στο κύτταρο και αποτελούν το 80% των ολικών RNA στο ευκαρυωτικό κύτταρο στο κυτταρόπλασμα το ριβοσωμικό RNA συνδυάζεται με ειδικές πρωτεΐνες του πλάσματος και συνθέτουν ένα νουκλεοπρωτεΐνικό σύμπλεγμα το ριβόσωμα

Answer 22

στην πρωτεϊνοσύνθεση είναι απαραίτητη η συμμετοχή και των τριών ειδών RNA το mRNA που εξήλθε από τον πυρήνα προσδένεται σε ένα ριβόσωμα για να ξεκινήσει η διαδικασία της μετάφρασης από την οποία θα προκύψει τελικά η πρωτεΐνη το ένα άκρο του mRNA συνδέεται με τη μικρή υπομονάδα του ριβοσώματος χάρη στη συμπληρωματικότητα των αζωτούχων βάσεων ακολούθως κατάλληλα μόρια tRNA, που εμφανίζουν επίσης συμπληρωματικότητα με το mRNA, μεταφέρουν διαδοχικά στο ριβόσωμα συγκεκριμένα αμινοξέα η μεγάλη υπομονάδα στο ριβόσωμα έχει τρεις θέσεις πρόσδεσης των tRNA: P, A και E τα μόρια tRNA προσκολλώνται διαδοχικά στις αντίστοιχες θέσεις του mRNA σύμφωνα με την αρχή της συμπληρωματικότητας (U-A,G-C) κάθε αμινοξύ συνδέεται με το επόμενο και έτσι σχηματίζεται η συγκεκριμένη πρωτεΐνη

Answer 23

το εναρκτήριο μεθειονυλο-tRNA τοποθετείται στη θέση P (πεπτιδυλο-), αφήνοντας άδεια τη θέση A (αμινοακυλο-) το επόμενο αμινοακυλο-tRNA μεταφέρεται στη θέση Α από τον eΕF1α (σε σύμπλοκο με GΤP) ακολουθεί υδρόλυση του GTP και απομάκρυνση του eΕF1α (σε σύμπλοκο με GDP) συνδέονται η μεθειονίνη με την αλανίνη -μεταφορά της μεθειονίνης στο τRNA της θέσης Α το ριβόσωμα μετακινείται τρία νουκλεοτίδια κατά μήκος του mRNA το φορτισμένο tRNA μετατοπίζεται στη θέση P, το αφόρτιστο tRNA μεταφέρεται στη θέση Ε και η θέση Α μένει άδεια προκειμένου να δεχτεί το επόμενο φορτισμένο tRNA η μετατόπιση του ριβοσώματος διεκπεραιώνεται από τον eΕF2 και συνοδεύεται από υδρόλυση GTP

Answer 24

``` όταν στη θέση Α εισέρχεται ένα κωδικόνιο τερματισμού (UAA, UAG ή UGA) τότε αντί για κάποιο tRNA προσδένεται σε αυτό ένας παράγοντας απελευθέρωσης ο παράγοντας αυτός προκαλεί την απελευθέρωση της ολοκληρωμένης πολυπεπτιδικής αλυσίδας, που ακολουθείται από την απελευθέρωση του tRNA και του mRNA από το ριβόσωμα ```

Answer 25

η αποικοδόμηση του mRNA συνήθως ξεκινά με τη μείωση του μήκους της ουράς πολυ(Α) ακολουθεί είτε αποικοδόμηση του μορίου του mRNA με κατεύθυνση 3΄ προς 5΄ είτε απομάκρυνση της καλύπτρας στο 5΄ άκρο και αποικοδόμηση του μορίου με κατεύθυνση 5΄ προς 3

Answer 26

ένα mRNA μεταφράζεται από μια σειρά διαδοχικών ριβοσωμάτων (ένα πολύσωμα)

Answer 27

``` ανάλογα με τη λειτουργία τους κατατάσσονται σε: ένζυμα μεταφορικές Δομικές κινητήριες Αποθηκευτικές σηματοδοτικές ```

Answer 28

Πρωτοταγής αμινοξέα στη σειρά συνδεδεμένα με πεπτιδικούς δεσμούς Δευτεροταγής σπειροειδής(α-έλικα) β- πτυχωτή επιφάνεια δεσμοί υδρογόνου μεταξύ καρβοξυλομάδων και αμινομάδων των αμινοξέων Τριτοταγής πολυπεπτιδική αλυσίδα με αναδιπλώσεις και συστροφές στο χώρο σχηματισμός δισουλφιδικών δεσμών Τεταρτοταγής πολλές πολυπεπτιδικές αλυσίδες χαλαρά ενωμένες

Answer 29

στην α-έλικα αναπτύσσονται δεσμοί υδρογόνου μεταξύ των καρβοξυλομάδων και αμινομάδων των πεπτιδικών δεσμών που βρίσκονται σε απόσταση τεσσάρων αμινοξέων ο ένας από τον άλλο σε ένα β-φύλλο οι δεσμοί υδρογόνου συνδέουν δύο τμήματα μιας πολυπεπτιδικής αλυσίδας που βρίσκονται το ένα δίπλα στο άλλο

Answer 30

η ισομεράση πρωτεϊνικών δισουλφιδικών δεσμών (PDI) αλληλεπιδρά με το υπόστρωμά της μέσω δύο καταλοίπων κυστεΐνης και καταλύει τον σχηματισμό δισουλφιδικών δεσμών

Answer 31

Οι μοριακοί συνοδοί προσδένονται στο αμινοτελικό τμήμα της υπό σύνθεσης πολυπεπτιδικής αλυσίδας και το σταθεροποιούν σε μια μη αναδιπλωμένη διαμόρφωση μέχρι να ολοκληρωθεί η πρωτεϊνοσύνθεση κατόπιν το ολοκληρωμένο πολυπεπτίδιο ελευθερώνεται από το ριβόσωμα και αναδιπλώνεται προκειμένου να αποκτήσει τη σωστή στερεοδιαμόρφωση

Answer 32

μοριακοί συνοδοί της οικογένειας της Hsp70 προσδένονται στην υπό σύνθεση πολυπεπτιδική αλυσίδα και τη σταθεροποιούν κατά τη διάρκεια της μετάφρασης το μη αναδιπλωμένο πολυπεπτίδιο μεταφέρεται σε ένα μέλος της οικογένειας της σαπερονίνης, στο εσωτερικό της οποίας λαμβάνει χώρα η αναδίπλωση της πολυπεπτιδικής αλυσίδας τόσο για την απελευθέρωση της μη αναδιπλωμένης πολυπεπτιδικής αλυσίδας από τα μέλη της οικογένειας της Hsp70 όσο και για την αναδίπλωσή της στο εσωτερικό των σαπερονινών απαιτείται η υδρόλυση ATP

Answer 33

κατά την έξοδο μιας γλυκοπρωτεΐνης από το τρανσλοκόνιο αφαιρούνται από αυτή δύο κατάλοιπα γλυκόζης αυτό επιτρέπει στον μοριακό συνοδό καλνεξίνη να προσδεθεί στη γλυκοπρωτεΐνη και να βοηθήσει στην αναδίπλωσή της η απομάκρυνση του εναπομείναντος καταλοίπου γλυκόζης τερματίζει την αλληλεπίδραση με την καλνεξίνη και απελευθερώνεται η γλυκοπρωτεΐνη ένας βιοαισθητήρας πρωτεϊνικής αναδίπλωσης αξιολογεί τον βαθμό αναδίπλωσης της γλυκοπρωτεΐνης ψάχνοντας για εκτεθειμένες υδρόφοβες περιοχές στην επιφάνειά της αν δε βρεθεί καμία τέτοια περιοχή σημαίνει ότι η πρωτεΐνη έχει αναδιπλωθεί σωστά και κατά συνέπεια προωθείται η εξαγωγή της από το EΔ

Answer 34

γλυκοζυλίωση: η προσθήκη ενός ολιγοσακχαρίτη που αποτελείται από 14 σάκχαρα στην αυξανόμενη πολυπεπτιδική αλυσίδα που εισέρχεται στο ενδοπλασματικό δίκτυο (EΔ) ο ολιγοσακχαρίτης συντίθεται πάνω σε ένα λιπίδιο-φορέα (στη φωσφορική δολιχόλη) της μεμβράνης του EΔ ακολούθως μεταφέρεται ολόκληρος σε μια ασπαραγίνη (Asn) που λειτουργεί ως δέκτης του πολυπεπτιδίου

Answer 35

άλλες πρωτεΐνες βρίσκονται αγκυροβολημένες στο εσωτερικό φύλλο της κυτταροπλασματικής μεμβράνης η πρωτεΐνη Src είναι αγκυροβολημένη μέσω μιας ομάδας μυριστικού που προστίθεται στο αμινοτελικό άκρο στην αλληλεπίδραση της πρωτεΐνης με τη μεμβράνη συμβάλλει μια θετικά φορτισμένη περιοχή που αλληλεπιδρά πιθανόν με τις αρνητικά φορτισμένες κεφαλές της φωσφατιδυλοσερίνης η πρωτεΐνη Ras είναι αγκυροβολημένη μέσω μιας πρενυλομάδας που προστίθεται στην πλευρική αλυσίδα ενός καταλοίπου κυστεΐνης στο καρβοξυτελικό άκρο

Answer 36

Πρενυλίωση προσθήκη μιας ομάδας φαρνεσυλίου (φαρνεσυλίωση) στην πλευρική αλυσίδα της κυστεΐνης ακολουθεί απομάκρυνση των τριών αμινοξέων που έπονται της κυστεΐνης και μεθυλίωση αυτού του καταλοίπου κυστεΐνης στο καρβοξυτελικό άκρο της πολυπεπτιδικής αλυσίδας

Answer 37

``` Παλμιτυλίωση ένα μόριο παλμιτικού οξέος (ενός λιπαρού οξέος με 16 άτομα άνθρακα) προστίθεται στην πλευρική αλυσίδα ενός εσωτερικού καταλοίπου κυστεΐνης ```

Answer 38

πρωτεϊνικές κινάσες καταλύουν τη μεταφορά φωσφορικών ομάδων από το ATP στις πλευρικές αλυσίδες σερίνης και θρεονίνης οι πρωτεϊνικές φωσφατάσες καταλύουν την απομάκρυνση των φωσφορικών ομάδων από τα αμινοξέα αυτά μέσω υδρόλυσης

Answer 39

οι πρωτεΐνες στοχοποιούνται για ταχεία αποικοδόμηση μέσω της ομοιοπολικής πρόσδεσης σε αυτές πολλών μορίων ουβικιτίνης και του σχηματισμού μιας αλυσίδας πολυουβικιτίνης οι ουβικιτίνες μεταφέρονται στην πρωτεΐνη-στόχο από τις λιγάσες της ουβικιτίνης (Ε3) η πολυουβικιτινιωμένη πρωτεΐνη αποικοδομείται από ένα σύμπλοκο με ενεργότητα πρωτεάσης - το πρωτεάσωμα

Answer 40

αλλαγή της στερεοδομής του μορίου μιας πρωτεΐνης έχει σαν αποτέλεσμα την αλλαγή των ιδιοτήτων της πρωτεΐνης κατά τη μετουσίωση οι δεσμοί που έχουν αναπτυχθεί μεταξύ των πλευρικών ομάδων των αμινοξέων σπάζουν καταστρέφεται η τρισδιάστατη δομή της πρωτεΐνης και χάνει τη λειτουργικότητά της μπορεί να συμβεί με: αύξηση της θερμοκρασίας Ισχυρά οξέα ή αλκάλια οργανικοί διαλύτες