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Maladies infectieuses > Microbiome et sciences omiques > Flashcards

Microbiome et sciences omiques Flashcards

1
Q

Quels sont les 4 niveaux d’analyse omique?

A

La génomique

Les transcriptomiques

Les protéomiques

Les metabolimiques

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Q

Quel niveau d’analyse omique à rapport à:

A. l’encodage de l’information

B. le phénotype

A

A. La génomique

B. Les métabolimiques

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3
Q

Que doit-on détecter pour séquencer un polymère?

A

Pour séquencer un polymère, on doit détecter le monomère à chaque position

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4
Q

L’ADN a combien de monomères? Que sont-ils?

A

l’ADN a 4 monomères : A T C G

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5
Q

Qu’est-ce que la transcription?

A

Lorsqu’un brin d’ADN est copié en ARNm

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6
Q

Comment fonctionne le séquencage de Sanger?

A

On prend un gène qu’on veut séquencer. On va amplifier le gène et dans le mix d’amplification, il va y avoir un des nucléotides qui va manquer. Ce manque va faire qu’il va y avoir des chaînes qui vont être briser et on va donc pouvoir observer les fragments.

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7
Q

Quelles sont les caractéristiques de la méthode des nucléotides fluorescents?

A

Basée sur la méthode de Sanger

Les réactions sont combinées

Électrophorèse capillaire & fluorescence

Réception automatique des données & analyse automatique.

Note de moi: on utilise de la fluorescence qui vont bloquer la séquence comme la méthode de Sanger. On utilise ensuite un chromatogramme qui représente la séquence du gène

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8
Q

Expliquer comment le séquencage parallele fonctionne.

A
  1. Extraction de l’ADNg
  2. On prépare des échantillon de fragments d’ADNg et on ajoute des adaptateurs pour générer une bibliothèque
  3. On va séquencer les fragments d’ADN à l’intérieur d’une même bibliothèque en parallèle
  4. Les lectures de séquences individuelles sont réassemblées en s’alignant sur un génome de référence
  5. La séquence complète du génom est dérivé du consensus de des lectures de séquences individuelles.

Note de moi: Au lieu de devoir cloner des genome dans des bactéries, on va prendre le genome et le fragmenter en petit morceau, on va rajouter des index et des codes barres a lextremité du fragment et on le mets dans la machine qui va etre capable de sequencer pleins de petit morceau en meme temps

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9
Q

C’est quoi la pertinance de faire du séquencage ?

A

Connaitre le génome d’une espèce

Identifier les variation entre le génome de personnes de la même espèce

Caractériser les différences entre les cellules d’un individu

Savoir comment le mécanisme cellulaire fonctionne

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10
Q

Quels sont les deux approches à la protéomiques?

A

Gel en 2D

Prendre l’échantillon, le digérer et ensuite faire de la spectrophotométrie de masse pour avoir un portrait global

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11
Q

Nommez les étapes de la protéomique

A

Sample information

Fractionation data

LC-MS/MS data collection

Sequence database searching

Quantification

data validation

Data or relational database

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12
Q

Comment préparons-nous des échantillons pour de la protéomique?

A

On a un tissu, on va extraire les protéines qu’on va ensuite digérer pour obtenir des peptides

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13
Q

à quoi sert la spectrométrie de masse dans les protéomiques?

A

On va obtenir un graphique de la fréquence des peptides. On va ensuite pouvoir la séquence de chaque peptide en «l’explosant»

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14
Q

À quoi ça sert de faire de la protéomique?

A

En identifiant les protéines contenus dans un échantillon, on peut associer des protéines à des phénotypes ou a des maladies en comparant les peptides présents chez une personne maladie et une personne saine.

De plus, ça permet la classification des gènes avec leur fonction

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15
Q

Que font les protéines?

A

Elles intéragissent ensembles, elles servent de machines pour des réactions chimiques (enzymes), elles ont des fonctions structurales, elles permettent de modifier d’autres molécules pour avoir des fonctions différentes

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16
Q

Vrai ou faux, selon le génotype, le métabolome de deux personnes peuvent être différents ou similaires

A

Vrai, certaines personnes ont un métabolome similaire alors que pour d’autres, c’est complètement différent

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17
Q

Qu’est-ce que le métabolomique?

A

C’est l’étude des petites molécules dans un fluide biologique.

On recherche des liens entre un phénotype et un métabolisme

Ca donne une photo du métabolome

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18
Q

Qu’est-ce que m/z?

A

m/z = ratio masse sur charge dans les conditions de l’expérience

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19
Q

Qu’est-ce qu’un métabolite?

A

C’est un composé issu du métabolisme

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20
Q

Que fait le spectrométrie de masse?

A

C’est une méthode expérimentale qui permet de mesurer des molécules ou des métabolites dans un échantillon.

Ca quantifie les métabolites en fonction de leur masse et de leur charge. Les métabolites vont voyager à différentes vitesses selon leur m/z

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21
Q

Vrai ou faux:

la dopamine peut être fractionner lors d’un spectre de masse. On se retrouve alors avec 3 molécules à observer

A

Vrai

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22
Q

Qu’est-ce que la métobolimique ciblée?

La métobolomique non-ciblée?

A

Ciblée: on trouve les métabolites spécifiques dans un échantillon

Non-ciblée: on obtient un profil global des métabolites, le but est d’identifier les molécules présentes dans l’échantillon

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23
Q

Qu’est-ce que la métabolimique en 3D?

A

On peut obtenir une carte 3D avec les molécules de l’échantillon

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24
Q

Qu’est-ce qu’est le microbiote? et le microbiome?

A

Microbiote: ensemble des microorganismes vivant dans un environnement

Microbiome: le microbiote et son environnement

definition alternative: certaines utilisent le mot microbiome pour parler du matériel génétique contenu dans le microbiote (donc de son génotype)

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25
Q

Vrai ou faux, les microbiomes sont différents pour différentes personnes

A

vrai

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26
Q

Comment certaines personne appelle le microbiote ?

A

le deuxième génome

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27
Q

Combien y’a t’il de bactéries par cellule humaine?

A

1,3 bactéries par cellule humaine

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28
Q

Qu’est-ce l’abondance relative?

A

La distribution relative (en proportion de la population) des espèces dans le microbiome

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29
Q

Qu’est-ce que la richesse du microbiome?

A

Nombre d’espèces trouvées dans un microbiome

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30
Q

Qu’est-ce que l’équitabilité du microbiome?

A

équitabilité: répartition des individus dans les microbiome

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31
Q

Dans un microbiome, il y a quelques bactérie qui sont _________ ________ et beaucoup de bactéries qui sont _____ _____ _________.

A

Dans un microbiome, il y a quelques bactérie qui sont très abondantes et beaucoup de bactéries qui sont très peu abondantes

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32
Q

La diversité microbienne est une combinaison des notions ______ et _______

A

La diversité microbienne est une combinaison des notions d’équitabilité et de richesse

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33
Q

Qu’est-ce que l’approche 16S?

A

C’est une approche utilisée pour mesurer le microbiome.

C’est un bon marqueur pour classer les bactéries dans l’arbre de la vie.

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34
Q

Comment pouvons-nous identifier les espèces par les bases 16S?

A

Si les bactéries sont très identiques, les bases de données 16S vont être très similaires.

Si les bactéries sont très différentes évolutivement , les bases de données 16S vont être très différentes.

35
Q

Associer les méthodologies avec les caractéristiques

Métho: Culture microbienne, métagénomique complète, séquencage de 16S (métataxonomie)

A. Permet d’étudier le microbiome une bactérie à la fois. Elle ne donne pas toujours des résultats représentatifs (E. coli est très représenté en culture, mais peu abondant dans le microbiome)

B. Qui est là, peut être corrélé à certaines fonctions métaboliques

C. Qui est là, séquence le génome des bactéries donc permet de connaitre le génotype, dont d’inférer leur fonctions potentielles. Comme le font-ils? on peut aussi savoir quelle bactérie contient quel gène.

A

A. Culture microbienne

B. séquence de 16S (métataxonomie)

C. métagénomique complète

36
Q

Vrai ou Faux, connaitre un seul microbiome, ça ne dit pas grand chose. On doit en comparer plusieurs pour avoir des réponses

A

Vrai

37
Q

Nommez des méthodes pour comparer les microbiomes

A

Comparer des familles taxonomiques

Comparer des espèces taxonomiques

38
Q

Vrai ou faux, une personne n’a pas le même microbiome durant toute sa vie

A

Vrai

39
Q

À la naissance, le microbiome est dominé par :

A. Bacteroidetes

B. Bifidobactéries

C. Fimicutes

A

B. Bifidobactéries (les bactéries qui aiment le lait)

40
Q

Le microbiome (A)_______ en diversité et en richesse plus on grandit

Augmente, diminue

A

Augmente

41
Q

À l’age adulte, le microbiome est riche et dominé par : (2)

A. Bacteroidetes

B. Firmicutes

C. Bifidobactéries

A

A. Bacteroidetes

B. Firmicutes

42
Q

Le microbiome peut demeurer stable très longtemps chez les adultes. Vrai ou Faux

A

Vrai

43
Q

À des âges avancés, la diversité du microbiome …?

A

diminue

44
Q

Quel sont les microbiotes présent lors de la naissance?

A

Au début, le microbiote de la peau et celui du tractus gastro-intestinal sont similaires chez le bébé.

Si naissance naturelle (voie vaginale) : Inoculation initiale par le microbiote vaginal et fécal de la mère.

Si césarienne : Inoculation initiale par la peau de la mère et par l’environnement.

45
Q

Le microbiome du nouveau-né dépend aussi de : (4)

A

Âge gestationnel

Hospitalisation

Antibiotiques

Nutrition

46
Q

Associée les caractéristiques avec le bon mot

Mots: Allaitement, Formule du commerce

A. plus riche en bifidobactéries, espèces différentes. Enrichi en gènes permettant d’utiliser les glycans du lait et les polysaccharides des plantes

B. Plus d’entérobactéries, de clostridium, de bacteroides et de lactobacilles

A

A. Allaitement

B. Formule du commerce

47
Q

Quelles sont les deux caractéristiques des oligosaccharides du lait humain?

A

Ils ne sont pas directement absorbés par l’intestin

Effet prébiotique sur le microbiome

48
Q

Quelles sont les différences qui peuvent affecter le microbiome des personnes âgées? (5)

A

Modification du mode de vie

Comportements nutrionnels

Maladies

Médication

Environnement de vie (maison vs CHSLD)

49
Q

Vrai ou faux, quand les bactéries du microbiome changent, les fonctions générales sont changées.

A

Faux, les fonctions générales sont conservées même si les bactéries changent

50
Q

Qu’est-ce que la dysbiose?

A

Déséquilibre de l’écosystème bactérien

Réduction de la diversité microbienne

Microbiome déstabilisé par un stress, réduction des bactéries importantes, augmentation des bactéries opportunistes

51
Q

Qu’est-ce qui est quoi?

CHOIX: prébiotique, probiotique et postbiotique

A. Métabolites produits par les bactéries qui ont un effet sur l’hôte

B. Nutriment qui module la flore microbienne (par exemple des fibres précises qui favorisent certaines bactéries)

C. Souche de bactérie considérée comme bénéfique utilisée pour la prévention ou comme médicament

A

A. Postbiotique

B. Prébiotique

C. Probiotique

52
Q

Qu’est-ce que la bactériothérapie?

A

Prendre des bactéries d’une personne saine et la donner à quelqu’un de malade (transplantation fécale)

53
Q

Quelles sont les fonctions du microbiome? (4)

A

Contribuent à la nutrition (Digestion des nutriments, Production de vitamines et d’autres molécules.)

**Développement du système immunitaire** (L’interaction de l’hôte avec le microbiome module le
développement du système immunitaire, Lien avec les allergies.)

Effet barrière (Protection contre les pathogènes, Empêche la colonisation.)

L’axe cerveau-intestin (Les bactéries de l’intestin peuvent affecter le cerveau, Lien avec le métabolisme de l’hôte et le système endocannabinoïde.)

54
Q

Vrai ou Faux:

les fonctions du microbiome passent par les métabolites qu’il produit ou qu’il modifie

A

vrai

55
Q

Vrai ou faux, certains métabolites microbiens modulent le microbiote et d’autres modulent l’hôte

A

Vrai

56
Q

Quelles sont les fonctions possibles des métabolites? (3)

A

Favoriser la communication entre les bactéries pour qu’elles collaborent (quorum sensing).

Contrôler la composition du microbiote.

Complémenter les fonctions de l’hôte (Métabolisme, Régulation de l’immunité, Amélioration de la barrière intestinale)

57
Q

Vrai ou Faux, le but des microbiotes est de nous aider.

A

Faux, leur but n’est pas exactement de nous aider, mais de se créer une niche écologique propice.

58
Q

Vrai ou Faux, le microbiote fait l’inhibition sélective de certains pathogènes

A

Vrai

59
Q

Certaines bactéries du microbiome sécrètent des métabolites qui modulent les cellules immunitaires: _________, __________ et ___________

A

Les macrophages, les cellules dendritiques et les lymphocytes

60
Q

Que font les bactéries gentilles dans la régulation immunitaire?

A

Les bactéries gentilles réduisent l’inflammation intestinale en émoussant l’effet de cytokines et d’autres molécules
pro-inflammatoires.

61
Q

Certaines bactéries du microbiome sécrètent des métabolitques qui modulent la fonction des cellules épithéliales de l’intestin en: (3)

A

Favorisant la sécrétion de mucus protecteur

Améliorant la jonction entre les cellules (réduisant la possibilité d’entrée des bactéries)

Favorisant la sécrétion de molécules comme les IgA

62
Q

Vrai ou Faux, plusieurs bactéries peuvent produire des analogues de neurotransmetteurs

A

Vrai

63
Q

Vrai ou faux, les neurotransmetteurs produits dans l’intestin sont supposés traverser la barrière hémato-encéphalique

A

Faux, ces neurotransmetteurs ne sont pas supposés traverser la barrière hémato-encéphalique.

Pourraient agir via le nerf vague ou en produisant des précurseurs capables de traverser la barrière.

64
Q

Que font les bactéries en rapport avec les glycans?

A

Les bactéries aident les humains à digérer certains glycans. l’influx de glycans alimentaires module la composition et l’activité du microbiote

65
Q

Quels sont les impacts des glycans sur le microbiome?

A

Différentes bactéries dégradent différents glycans.

De repas en repas, les glycans changent, affectant les populations de bactéries du microbiome.

Un mucus de glycans protège l’épithélium.

Certaines bactéries se servent des glycans du mucus comme nutriments, ce qui peut stabiliser le microbiome malgré les changements de diète.

À long terme, un apport constant en un certain type de glycan affecte le microbiome plus profondément.

66
Q

Quelles sont les sources de glycans pour les bactéries?

A

Les bactéries (capsule), le lait maternel, la viande, les plantes, le mucus de l’intestin

67
Q

Vrai ou faux, le lait maternel pourrait contribuer à sélectionner des bactéries importantes qui persistent dans le microbiome longtemps dans la vie

A

vrai

68
Q

Vrai ou faux, le lait de vache dans les formules pour bébé a autant de diversité d’oligosaccharides que le lait humain

A

Faux, Le lait de vache dans les formules pour bébé n’a pas autant de diversité d’oligosaccharides que le lait humain

69
Q

Vrai ou faux, la solubilité et l’accessibilité des glycans varient selon la position dans l’intestin

A

vrai

70
Q

Vrai ou Faux, le microbiote peut modifier certaines médicaments et certains médicaments peuvent modifier le microbiote

A

Vrai

71
Q

Expliquer le lien entre la digoxine et E. lenta.

A

La digoxine est un médicament utilisé pour traiter l’arythmie cardiaque. La dose est critique (pas trop, mais juste assez) pour le succès du traitement.

La bactérie intestinale Eggerthella lenta peut modifier la digoxine et la rendre inactive.

En présence de digoxine, E. lenta produit des enzymes pour dégrader cette molécule.

L’expression de ces enzymes est réduite quand l’environnement de E. lenta est riche en acides aminés.

72
Q

Vrai ou faux, les antibiotiques peuvent changer le microbiome, mais après quelques temps, le microbiome va redevenir diversifié

A
73
Q

Vrai ou faux, les bactéries peu abondantes dans l’intestin peuvent avoir un effet biologique important

A

Vrai

74
Q

La composition du microbiote influence l’effet de l’antibiotique (2 effets)

A

Émergence de pathogènes

Efficacité du retour à l’état initial

75
Q

Vrai ou faux, une partie de l’effet de l’antibiotique est reproductible et prévisible

A

Vrai, certaines bactéries sont affectées chez presque tout le monde

76
Q

Quelles sont les trois étapes de la formation d’un cancer avec le microbiome comme cause d’origine?

A

Inflammation chronique

Génotoxicité

Cancer

(Plus il y a de l’inflammation, plus il y a des risques de mutations qui peuvent causer des canceers

77
Q

Que se passe-t-il dans l’expérience réalisée sur l’obésité avec les souris?

A

Les souris qui ne possèdent pas de microbiote: elles ne sont pas obèse

Si on prends le microbiote de la souris obèse et qu’on fait un transfert fécal dans la souris sans microbiote, la souris va devenir obèse.

Souris sans microbiome (gnotobiotiques) ont moins d’adiposité que les souris normales.

Le phénotype d’obésité peut être transmis d’une souris obèse à une souris gnotobiotique (Et même d’un humain obèse à une souris!)

78
Q

Comment appelle-t-on une souris sans microbiome?

A

elle est gnotobioti

79
Q

Quels sont les mécanismes d’action du microbiote qui favorisent l’obésité? (5)

A

Augmente l’énergie générée par la diète.

Reprogramme les gènes dans le colon.

Modifie la production de molécules bioactives.

Augmente la perméabilité intestinale.

Induit une inflammation chronique.

80
Q

Quelles sont les caractéristiques d’un microbiome intestinal en santé?

A

Production d’acides gras à courte chaine qui favorisent :

l’intégrité intestinale

l’homéostasie énergétique

la réduction de l’inflammation

la réparation des tissus

Régulation appropriée de l’appétit.

81
Q

Quelle sont les caractéristiques du microbiome intestinal du diabète de type 2?

A

Production de certaines molécules associées à la dysfonction métabolique et à l’inflammation:

Lipopolysaccharides (LPS)

Sulfate d’hydrogène

82
Q

Vrai ou Faux, les métabolites produits par le microbiote pourraient être associés aux maladies cardiovasculaires

A

Vrai

Par exemple, la choline et la L-carnitine sont transformées en TMAO.

L’association microbiome-TMAO-maladies n’a pas été prouvée formellement.

83
Q

Vrai ou faux, le microbiome peut être une source d’inflammaion chronique qui peut contribuer au cancer et aux maladies métaboliques

A

Vrai

84
Q

Vrai ou faux, les bactéries produisent des métabolites

A

Vrai

Maladies infectieuses (15 decks)

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