MALDI-TOF

Question 1

Ge exempel på tre olika sorters artbestämning inom bakteriologin

Answer 1

• Biokemi/odlingsbaserade
• Genetiska; PCR, sekvensering
• Fettsyra-profil, SDS-page (protiein profil), MALDI-TOF

Question 2

Vad står MALDI-TOF MS för?

Answer 2

Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry

Question 3

Beskriv hur MALDI-TOF fungerar

Answer 3

MALDI: I jondetektorn byggs det upp ett elektromagnetiskt fält där joner accelereras

TOF: Jonerna utan elektromagnetiskt fält separeras. Jonerna flyger med en bestämd läng (ca 1 m) Tiden det tar att flyga 1 m är specifik för olika ämnen.

Question 4

Vilka delar består MALDI-TOF MS av?

Answer 4

• Jon-detektor
• Flygområde
• Elektrod
• Accelererings-zon
• Matrix/analyte kristaller

Question 5

Vilka cellkomponenter detekteras med MALDI-TOF

Answer 5

Mest proteiner men även kolhydrater och lipider

Question 6

Vilka proteiner detekteras med MALDI-TOF

Answer 6

Proteiner som kan extraheras, är lösliga, relativt hydrofila, stabila och som förekommer i stora mängder (t ex ribosomala)

Question 7

Vad bestämmer signalintensiteten hos MALDI-TOF?

Answer 7

Mängd, stabilitet, vilka aminosyror

Question 8

Vad innehåller den lilla enheten av ribosomen?

Answer 8

16S rRNA

21 proteiner

Question 9

Vad innehåller den stora enheten av ribosomen?

Answer 9

5S rRNA
23s rRNA
31 proteiner

Question 10

Vilka är de två IVD-systemen som finns på marknaden?

Answer 10

• Bruker Daltonics

- Biomerieux

Question 11

Vad är Bruker Daltonics?

Answer 11

MALDI Biotyper databas
- Enskilda stammar (varje träff blir en träff på en stam)
- Ca 3000 arter
- Lista med stammar (men många fler stammar)
- Lista med stammar, med score + gränser
- Möjligt att lägga in och jämföra egna spektra
(mer egen bedömning)

Question 12

Vad är Biomerieux?

Answer 12

VITEK MS IVD databas

• Arter (sammanlagda spektra, i snitt 12 stammar/art)
• Ca 1300 bakterierarter
• Svar: Art-id/ tveksamt/ inget id

VITEK, MS RUP (SARAMIS) databas
- stor, icke validerad databas
program med möjlighet att lägga in och jämföra egna spektra
(görs dock inte så mycket pga måste köra plattan flera gånger)

Question 13

Vad är det taxonomiska namnet för Enterokocker?

Answer 13

Enterococcus species

Question 14

Vad är det taxonomiska namnet för Pneumokocker?

Answer 14

Streptococcus pneumonie

Question 15

Vad är det taxonomiska namnet för Gonokocker?

Answer 15

Neisseria gonorrhoeae

Question 16

Vad är det taxonomiska namnet för Meningokocker?

Answer 16

Neisseria meningitidis

Question 17

Vad är det taxonomiska namnet för grupp A streptokocker?

Answer 17

Streptococcus pyogenes (mfl)

Question 18

Vad är det taxonomiska namnet för Grupp B streptokocker?

Answer 18

Streptococcus agaliactiae (mfl)

Question 19

Vad är det taxonomiska namnet för Alfa-streptokocker (viridans)?

Answer 19

S.mitis, S.oralis, mfl

Question 20

Vad är det taxonomiska namnet för Difteroida stavar?

Answer 20

Corynebacterium spp mfl

Question 21

Vad är det taxonomiska namnet för Icke fermenterande Gram-stavar?

Answer 21

Birkholderia, Pseudomonas mfl

Question 22

Vad finns det för svårigheter med MALDI-TOF

Answer 22

• Närbesläktade arter (databas otillräcklig eller omöjligt)
• Nya arter
• Bakterier med kapsel, Mögel, vissa Gram-pos –> mer svårpreppade
• Skillnader pga odlingsmedium/ ursprung
• Framodlade bakterier krävs idag för optimal analys