CH5_PROTEINES Flashcards
(16 cards)
C’est quoi une liaison peptidique ? C’est quoi un pont disulfure ?
La liaison peptidique (réaction de condensation entre
une fonction amine et carboxylique = amidation).
Qu’est ce qui s e passe quand on hydrolyse des protéines ? Faut faire attention à quelles exceptions ?
Attention W (tryptophane) détruit par l’hydrolyse
(désamination).
➔ Attention N (-CONH2) à D (-COOH), de même pour
Q à E (désamination)
Quels agents permettent la reduction des pont disulfures ?
Quelles sont les étapes préalables au séquençage des protéines ?
Quels sont les limites du séquençage d’Edman ?
Limites du séquençage d’Edman :
- Blocage de l’extrémité N-ter (fonction NH2 ter bloqué)
(acétylation).
- On ne peut pas séquencer un polypeptide trop long (>60
AA).
➔ Fragmentation de la protéine (enzymatique et/ou
chimique).
➔ Séquençage des fragments peptidiques.
Quels sont les hydrolyses spécifiques des chaînes polypeptidiques ?
La trypsine est une endoprotéase qui hydrolyse les liaisons peptidiques du côté carbonyle des résidus basique R et K.
- Chymotrypsine est une endoprotéase qui hydrolyse les liaisons peptidiques du côté carbonyle des résidus aromatique F, Y et W.
Détermination de la séquence des fragment de protéolyse :
- Par séquençage automatique (dégradation d’Edman) des
peptides isolés.
- Analyse de spectrométrie de masse.
- Ordre des fragment connu par fragmentation séparé par la
chymotrypsine et la trypsine. Ensuite on reconstruit la
structure primaire.
Décrire la liaison peptidique de configuration trans ? Quels sont les différentes longueurs de liaison peptidique ?
Donner les configuration possibles des feuillets (protéines) ?
Feuillet :
- 5 à 10 résidus en conformation presque totalement
étendue.
- Liaison H entre CO et NH des brins voisins.
- Formation d’un feuillet beta par association latérale de
plusieurs brins beta via des liaison hydrogène entre O du
groupement carbonyle d’un premier brin et H d’un azote
d’un deuxième brin (et vice versa).
- Association pouvant être parallèles, antiparallèle ou mixte
(moins fréquents).
- Un feuillet est caractérisé par la présence de paires (ou
plus) de brins parallèles et/ou de paires (ou plus) de brins
antiparallèles.
Nommer les 3 types de méthode pour l’étude de la structure tertiaire des proteines ?
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- La cristallographie aux rayons X
Résonance magnétique nucléaire (RMN) :
Cryo-microscopie électronique (cryo-EM) :
Decrire la cristallographie aux rayons X (prot)
- La cristallographie aux rayons X :
➔ Certaines protéines peuvent être cristallisé mais pas
toutes. Ensuite on détermine la composition en AA via
la diffraction de la lumière
Decrire la Résonance magnétique nucléaire (RMN) : (prot)
Résonance magnétique nucléaire (RMN) :
➔ Se déroule en milieu aqueux et nécessite un champs magnétique. Elle fournit les distances interatomiques de protons spécifiques distants de moins de 5 Å dans une protéine de séquence connue.
➔ Limite : Impossible avec les protéines de grandes
tailles.
Decrire la Cryo-microscopie électronique (cryo-EM) : (prot)
Cryo-microscopie électronique (cryo-EM) :
➔ Congélation très rapide des échantillons biologiques
sous forme hydratée. L’état natif est conservé et cela
permet de visualiser des objet biologiques en 3D,
résolution quasi atomique.
Quel produit peut denature les pont disulfure des proteines ? Quel est le principe d’une dialyse ?
Nommer les principales modifications co et post traduction elles des proteines
Principales modifications co- et post-traductionnelles :
- N-glycosylation (N).
- Hydroxylation.
- Acétylation -NH2 de K.
- Méthylation.
- Amidation C-ter.
C’est quoi la modification post traduction elles des proteines ?
Modification des propriétés physico-chimiques et de
l’activité des protéines. Cela permet d’enrichir le
répertoire des AA en modifiant leur propriétés.
- Ces modifications sont réalisées par des enzymes spécifiques agissant sur le NH2-ter, le COOH-ter et les
chaînes latérales. Elles vont altérer les propriétés
physico-chimiques et l’activité des protéines.
C’est quoi la maturation, protéolytique
